Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F35 I0 R1
|
195 |
10216.4 |
8585726 |
98.3% |
8439768 |
135.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,440,334 |
A→C |
19.1% |
Q797H (CAA→CAC) |
ftsK → |
DNA translocase FtsK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,440,334 | 0 | A | C | 19.1%
| 160.6
/ 6.6
| 146 | Q797H (CAA→CAC) | ftsK | DNA translocase FtsK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/64); new base C (6/19); total (53/93) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.49e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
CTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTG > NZ_CP022686/4440195‑4440469
|
cTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCaa < 4:385408/140‑1 (MQ=255)
tGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAAc < 3:803580/140‑1 (MQ=255)
aCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACa < 6:828977/138‑1 (MQ=255)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCCGGAGTATCCGCAGCCGCAACTTCCACAGcagga > 8:23617/1‑136 (MQ=18)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGAATCAGCAGCAGCAATATCACAAGCCGca > 3:569881/1‑140 (MQ=18)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCATTATCAGCAGCCGcc > 4:177868/1‑139 (MQ=255)
cggCAACTACTGGTTGCATCGCAGCATCATTTTCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACGGCAGGCTCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCATTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaa < 6:791504/136‑1 (MQ=18)
cctcaacaaCCGGTAGCACCGCAGCAGCAATCTCAGCAGCCTCAACAACCTGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaa < 6:791506/135‑1 (MQ=255)
ccGCCACACCCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCATCAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaa < 6:137596/138‑1 (MQ=255)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACATCCGGTGGCACAGCAGCCGCACTATCCGCAGCCGCAAAAGCCGGTTCCACCCCAGCCGCAGTTAAAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGcaacatc > 7:437375/1‑138 (MQ=17)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCATCAGCCGGTTGCGCCACAGCCGCAGGATCAGCAGCAGCAAGATCAGCAGCCGcaacatc > 8:946939/1‑138 (MQ=17)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGACCCTCAGCCGCAGTATCAGCTGCCGCAAACTCAGCAGCCGcaacatc > 2:988694/1‑138 (MQ=18)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCACAGCCGCAGGATCACCTGCGGCAAAATCCGCAGAAGcaacatc > 3:26305/1‑138 (MQ=14)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCaacaac < 4:23474/140‑1 (MQ=255)
caagaaCAGGTAGCACGGCAGGAGCAATATCATCAGCCGCATCAACCGGTAGCACCGCAGCAGCATTATCATCAGACTCAACAACAGGTTGCACAGCAGCCTCAGTATCAGCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAAcc < 8:340716/140‑1 (MQ=18)
caactaCCGGTAGCACCGCCGCATCAATATCAGCAGCCGCAACAACAGGTAGCACCGCAGCCGCATTATCAGCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaacaa < 6:368668/138‑1 (MQ=21)
tAGCTCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACAGGTAGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCTGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCg < 7:605305/140‑1 (MQ=255)
tAGCACCGCAGTCTCATTAGCAGCAGCAGCAACATCCTGTATCAACGCATCAGCAGTATCAGCAGCCGCAATAACCTGTTGCACCGCAGCCTCAGTATAATCAGAATCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCg < 8:283295/140‑1 (MQ=16)
tAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCg < 1:221668/140‑1 (MQ=255)
gCACCGCAGCAGCAATCTCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgca < 2:577888/140‑1 (MQ=255)
cACCTCAGCAGTATTCTCAGCAGCCGCAACAACTGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCTGCAGCCGCAACATCCGCTGGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCATTATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcag < 4:987908/140‑1 (MQ=18)
ccGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCCGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagca < 7:107176/140‑1 (MQ=255)
ctcagcagcaTTATGAGCAGCCGCATCAACCGGTAGCACCGCATCAGCAGTATCAGCAGCCGCAAGAACCGCTCGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagcag < 4:966483/138‑1 (MQ=18)
gcagcagcaATATCAGCAGGCGCATCTTACGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagcagc < 1:1068538/140‑1 (MQ=25)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAAACGGATGCACCGCAGCCGCAGGAACAGCAACCGCAAGATCACCAGCCTCAACCACCGGTTGCACCtcatccgga > 2:608735/1‑134 (MQ=18)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACATCCGGTAGCACCgcagcagca > 2:388404/1‑140 (MQ=255)
gcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAATATCATCTGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCaaa > 1:151663/1‑139 (MQ=255)
caATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAATATCAGCTGCCGCATCAACCGGTGGGCCCGCAGCAGCAATATcc > 3:1039148/1‑139 (MQ=21)
aaTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATc < 5:828185/138‑1 (MQ=255)
ttatCTGCAGCCTGATGAAGCGGTAGCATCGCTGCCTCATTATCCGCAGGCTCAACCACCGGTTGCACCGCTGCGTCAGTATAAGCAGCCTCATTATCACAAGCCGCAACTACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATaagc < 4:759591/139‑1 (MQ=255)
tatCAGCAGCCGCAACAACATGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAAAAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATcagca < 7:774438/140‑1 (MQ=255)
cagcCGCAACAACCGGTATCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAATATCAAGAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCca > 6:645538/1‑138 (MQ=255)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGACGCAAAATCAGAAGCAGCAACATCAGGAGACACCGCAGCAGCATTATCCgccgccc > 6:543954/1‑137 (MQ=17)
gcGCAAGAACCTGAAGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCTGCCGCAACAACCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 8:541006/139‑1 (MQ=37)
ccGCAACAACCGGTAGAAACGCAGCCGAAGTATCAGCAGCCGCAACAACCTGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 8:670853/140‑1 (MQ=25)
cGCAACAACCGGTAGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGATGCACCGAAGCAGCATGATCAGCAGCCACAACAg > 1:1099379/1‑140 (MQ=21)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGc < 2:383381/140‑1 (MQ=255)
gCAACAACCGGTAGCACCGCACCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGAAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 5:789885/138‑1 (MQ=255)
gCAACAACCGGTAGCACCCCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACAGGTTGCCCCGCAGCCGCAGTAGCAGCAGCCGCAAAATCACCAGCCGCACCAGCCGGTTGGACCGCAGCAGCAATATCAGCCGCAACAAGAGc > 2:995797/1‑140 (MQ=21)
ccGGTAGCACCGCATCCGCAGTATCTGCATCCGCAACATCCGCTTGAACCGCAGCCGCAGTATCATCAGCAGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTac < 2:241584/140‑1 (MQ=37)
ccGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTac < 4:1087934/140‑1 (MQ=255)
cccgcagccgccgTCTCAGCTGGCGCATGTACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGCTCTGGAGCCTCAAGATCACCAGCCGCTACAACTGGTTGCAGCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 3:1016349/139‑1 (MQ=21)
agcgcagcagaatTATCAGCTGGAGGATCTACCTGTTGCACCGCTGTCGCCGGCTCTGCAGCCGCATTATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 3:464150/138‑1 (MQ=18)
aCCGCTCCCGCAGGATCATCAGACTCATGAACCGGATGCACCGCTGCAGCCGTCTCAGCAGGCTCATTATCACCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 7:718812/140‑1 (MQ=16)
aCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 7:686825/140‑1 (MQ=255)
aCCGCAGACGTACGATCAGCAGCCGCAACTACCTGTTGCACCGCAGCCGAAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 3:950782/140‑1 (MQ=37)
ccgcaggcgcagTAGCAGCAGCCGCAAGACCCGGTTGCCCCGCAGCCGCAGGCTCAGCAGGCGCAATATCACCAGCAGCAACAACCTGTTGAACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 7:478688/140‑1 (MQ=25)
cgcagtcgcatTCTAAGCAGCAGCAAGATCCTCATGCACCGCATACGAAGTATAAGCAGCATCAATATCATCAGCCGCAACAACCTGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 2:1022659/140‑1 (MQ=16)
cgcagccgcatTATCTGCTGCCGCATCATCCGGTTGCACAGCAGGGGCATTATCTGCAGCGGCAATATCATCATCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 1:608735/140‑1 (MQ=18)
cgcagccgcatTAGCAGCAGCAGCAACTACCGGATGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCATTATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 7:768469/140‑1 (MQ=37)
cgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCCGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGGTCCACAGccgccg > 1:362446/1‑140 (MQ=37)
cgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 3:725758/140‑1 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACCACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCa > 2:775239/1‑140 (MQ=255)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAGATCAACAGCCGCAACATCCGGATTAACCGCAGCAGCAATATAAGAAGCAGCCACCGCCGGTTACCCAGCATCCGCAgg > 2:1022522/1‑139 (MQ=21)
ccgcagGATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCATTATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTa < 1:1036266/140‑1 (MQ=255)
agcCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACCTCAGCAGCCGCAACAACCCGTTGCACCGCAGCAGCATCATCAGAAGCCACCACAGCCGGATACCCAGCAGCCGCAGCAGCCGCAGACGCaa > 2:858031/1‑140 (MQ=25)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAAAAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAc > 3:346183/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCACAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATAAACAGCCTCAAAAACCGGATGCAACGCAGCAGCAATATAAGAAGCCACAACAGGCGGTTCACCAGAAGCAGCAGGATCAGCAGCCGCAAc > 2:79990/1‑140 (MQ=25)
cGCAACATCCGGTTGCACCGAAGCATCAGTATCAGCAGCAGCATTATCATCAGACGCAACCACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAc < 5:726932/138‑1 (MQ=18)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg > 1:10457/1‑140 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCAGCAACAAACGTTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCCGCCGCAACAg > 7:72159/1‑140 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGAACCGCAGCAGCAAAATCAGCAGCCACAACAGCCGTTTACACAGCAGCCGCAGAATCAGCAGCCGCAACAg > 4:106092/1‑140 (MQ=38)
gCAACAACCCGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACATCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGc < 4:260487/140‑1 (MQ=255)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaa < 5:583767/57‑1 (MQ=255)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaa > 6:583767/1‑57 (MQ=255)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACGGCCGGTTACACAGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGcc > 7:682429/1‑140 (MQ=255)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCAACAGCCGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTCCACAGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAGcc > 1:733208/1‑140 (MQ=255)
aaacaacCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCATCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGcc < 7:23617/139‑1 (MQ=255)
tGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTAcc > 6:482110/1‑138 (MQ=255)
ccgcagccgcctGATCTGCAGCCGCAATCTCACCCGCCTCATCCACCGGGTGCACCGCCGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGCTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 8:311762/140‑1 (MQ=18)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 2:1877/140‑1 (MQ=255)
ccgcagccgcagGAGCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGCTTGCACAGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACCACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 8:975847/140‑1 (MQ=21)
cgcatccgaagTCTCTGCAGCATCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCAACGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACACCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAAGCCGGTTGTACCACAGCCg < 4:766239/140‑1 (MQ=18)
cgcagccgcagTATCAGCAGCAGCAATATCCACAGCCGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCg < 1:557138/140‑1 (MQ=255)
cagccgcagTCTCAGCAGCAGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCAGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa < 4:772309/140‑1 (MQ=21)
cagccgcagTCTCAGCAGCAGCAAGATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa < 3:16329/140‑1 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCAGCAACACCCGGTTGCAACGCAGCAGCAATATCAGCAACAACAACAGACGGATACACAGCAGCCGCAGTATAAGCAGCCGATACAGCAGGTTGAACAACAGCCGCa > 3:381384/1‑140 (MQ=37)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 8:219745/140‑1 (MQ=255)
gccgcagGCTCAGCAGCCTCAATATCACCAGCCGCACCAACCGGGTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGGTGTACCACAGCCGCAgg < 1:330343/140‑1 (MQ=21)
cgcgcacTAACAGCAGCCGCACTATCAACAGCCGCACCAACCGGGTTCACCGCTGCAGCAATATCAGCAGCCACAACCTCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTAGCAGCAGCCGCTACAGCCGTTTGTACCACAGCCGCa < 6:1003269/136‑1 (MQ=18)
gcacTATCAGCAGCCGCAAAATCACCAGCCGCATCACCCGCTATCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATa < 1:550459/140‑1 (MQ=18)
cgcagcagcagCCGCACTATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCTGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAACAGCAGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAca < 4:1079071/135‑2 (MQ=21)
agTATCATGAGCCGCAATATCTACATCCGCAACAACCGTTTGCACCGCAGCAGGAATATCAGCAGCCACTACAGCCGGTTAGACAGCTGCCGCAGTATCAGCAGACGCATCAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGTTAcc < 3:1076633/140‑1 (MQ=255)
agTATCAGCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGCTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 3:142408/140‑1 (MQ=255)
gTATCAGCAGCCGCAATATCAACCGCCGCAACAAACGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCCCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAc < 5:349947/138‑1 (MQ=255)
catcagcCTCAATAACAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACATCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCt < 3:254491/137‑1 (MQ=255)
cagcagCCGCAATATCCACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCt < 7:92300/140‑1 (MQ=255)
agcagcagcATTTTCAACTGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGc < 5:1052468/138‑1 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGTTAACACAGCAGCCTCAGTATAAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACACTGCTTCATc > 4:594482/1‑140 (MQ=21)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc < 1:240884/140‑1 (MQ=255)
ctctatatCAACAGCCTCAACAACCCGCTGCACCGCATCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc < 6:485158/134‑1 (MQ=21)
cgcatgatcatcAGCCTCACCAACCGGTTGCACCGCAGGAGCAATATCAGCAGCCACATCAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg < 4:270912/134‑1 (MQ=21)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCATCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGGTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc > 6:713514/1‑138 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCATCCACAACAGCCGGTTACGCAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGCTACCCGGCGTCTTCCg > 8:510475/1‑140 (MQ=21)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg > 2:952357/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGACGCAGGATACCCTGCTTCATCCg > 8:778689/1‑140 (MQ=255)
cAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGAATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGAACCACAGCCGCAGGATACACTGCTTCCTCCg > 5:678139/1‑138 (MQ=255)
atatCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGcg > 5:974028/1‑137 (MQ=255)
ttCACCACCCGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTTCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTg < 4:952656/139‑1 (MQ=21)
tCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 7:578475/71‑1 (MQ=255)
|
CTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTG > NZ_CP022686/4440195‑4440469
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
