Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F2 I0 R1
|
252 |
7301.5 |
9636800 |
98.5% |
9492248 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,440,334 |
A→C |
19.2% |
Q797H (CAA→CAC) |
ftsK → |
DNA translocase FtsK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,440,334 | 0 | A | C | 19.2%
| 173.8
/ 6.7
| 159 | Q797H (CAA→CAC) | ftsK | DNA translocase FtsK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/59); new base C (12/15); total (75/84) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.65e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
GTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGAT > NZ_CP022686/4440197‑4440471
|
gTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACa > 4:611504/1‑140 (MQ=255)
aCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCTGCCGCAATATCAGCa > 2:67485/1‑138 (MQ=18)
aCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCCGCAGCCGCAACATCAACa > 1:296856/1‑138 (MQ=255)
cagcagCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGcc < 5:817180/140‑1 (MQ=255)
cagcCGCAACACCCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAGCCGCTTGCACCCCAGCCGCAGACTCAGAAGCCGCAAAATCACCAGACGcc > 6:311629/1‑139 (MQ=17)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCCGCAGCCGCAACAGCCGGTAGAACCGCAGCCGCAGTAACCGCAGCCGCAACAACCGGTGGCGCCGCAGCCGCAGTATCCGAAGCGGCAAACTCAGCAGCGGca > 4:384282/1‑140 (MQ=17)
tccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCATCAATATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAACAACCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTAACACCAGCCGCAATATCATCAGACGcaac > 5:81971/2‑140 (MQ=18)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAAAATCagcagcagcc > 1:978796/1‑137 (MQ=18)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACACCCGGTTCCGCCGCAGCCGCAGGAGCAGCAGCAGCAAAATCATCAGCCGcc > 1:667815/1‑137 (MQ=18)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAAGATCGCCAGACGcc > 1:444609/1‑137 (MQ=18)
ccGCAACATCCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaaca < 5:1151644/140‑1 (MQ=255)
gCAACAACCGGTAGCACTGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTCAACCACAGCCGCAGTATCAGCTGCCGCAGGAGCCGCAGCCGcaacagc > 3:632692/1‑138 (MQ=14)
caacaaCCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaacaa < 2:907822/138‑1 (MQ=255)
ggTATCACCGCAGCAGCAATCTCAGCAGCCGCACCAACCGGAAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCAc < 4:739656/140‑1 (MQ=255)
aaGCACCGCCGCAGCAAACTCAGCAGCCGCATCAACCGGTAGCACCGCATCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCTGTCGCACCGCAGGCGCAGTATCATCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCg < 5:400238/139‑1 (MQ=21)
gCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgca < 6:741424/140‑1 (MQ=255)
gcagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagcagc < 3:547647/140‑1 (MQ=255)
gcagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGACGCAAAATCATCAGCCGCAACAACCGGATGCACCgcagcagc > 5:299384/1‑140 (MQ=21)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCCGCAGCGGCATAATCACCAGCCGCAACAGCCGGATGCCCCgcagctgca > 4:1179704/1‑140 (MQ=18)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGATGCACCgcagcagca > 6:536010/1‑140 (MQ=255)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGGACCGCAGCCGCAGGATCCGCCGCAGCAATATCCACCTCACCAACCACCCGATGCACAgccggagcg > 5:955762/1‑139 (MQ=17)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCCCCGCAGCCGCAGAATCAGCAGCCGCAATATCATCAGACGCAACAACCGGGTGCCCCgcagcag > 2:602846/1‑138 (MQ=21)
agcagcaATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCTGCAGCAATATCATCATCCGCCAAATCCCGATGGACCgcagcagc > 1:1151255/1‑138 (MQ=18)
caATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATca < 3:400588/140‑1 (MQ=255)
aaaTCTCAGCAGCCGCAACAACCGGAAGCACCGCAGCCGAAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATca < 6:932303/139‑1 (MQ=255)
aaaTATCAGCAGCCGCAACAACCTGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGGCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATca < 3:500264/139‑1 (MQ=255)
agcCTCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAACAACCGGTGGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa < 3:536104/140‑1 (MQ=255)
agcCGCAACATCCGGTAGCACCGCAGCCGAAGTATCAGCAGCAGCAACAACCGGTGGCACCGCAGCCGCAGTATCATGAGCAGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCcac < 2:577965/138‑1 (MQ=25)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCATCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCCGCCGCAATATCACGAGCCGCAACAACCGGTGGCACCGCAGCCGCAATCTCAGCCGCCacaac > 5:904206/1‑140 (MQ=21)
catcaacaaCAGGTAGCTCCGCAGACGCAGTATCAGCAGCCGCATCTACCGGTTGCACCGCTGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa < 2:46436/135‑1 (MQ=25)
caacaaCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGcc < 7:434319/140‑1 (MQ=255)
actaacGGTAGCAACGCCTCAGCAGTAGCAGCAGCAGCATCTTCCGGTTGCACCGCTGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCgg < 7:1034344/135‑1 (MQ=25)
aCCGCAGAAGCATGATCAGCAGCCTGAAGAACCTGATGCACCGCAGCCGCAGGCTCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACGGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 5:661219/140‑1 (MQ=25)
cgcatccgcagTAGCAGCAGCCGCATCAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCAGCATTATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 3:317038/140‑1 (MQ=37)
cgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACCACCGGTGGCACCGCAGCTGCAGTATCTTCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 7:426599/140‑1 (MQ=37)
cgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg > 3:1027123/1‑140 (MQ=255)
gcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTGGCACCGCAGAAGCATTATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACCTCagcagc > 5:1109738/1‑140 (MQ=25)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGATACGCAGAAgcagca > 8:734414/1‑140 (MQ=37)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAAAATCCGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGcc > 8:331352/1‑139 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGATGCCCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACCACAGCCGGTTAAGCAGCAGCCGcc > 4:702888/1‑139 (MQ=37)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCATTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg > 1:1027541/1‑138 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAGATCAACAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTAAACAGCAGCCGCa > 5:1047884/1‑140 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGAACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCAGCAAGATCAACAGCCGCGACAACACGTTGCCCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGTCTAAACAGCAGCCGCa > 4:102257/1‑140 (MQ=25)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCAGCAGCCGCCACATCCGGAGGGACCGCAGCAGCATTATCAGAAGCCTCAACAGCCGGTTACAcagcagcagcaga > 6:1063221/1‑139 (MQ=21)
gcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGATTAACCGCAGCCGCAGTATAAGCAGCCGCAATATCACAAGAAGCAAAAACAGGATGCACCGCAGAAGCAAAATCAGCAGACACAACAGCCGATTCCACAgcagcagcacaatc > 8:911646/1‑135 (MQ=19)
tCAGCCGCAGCAAGAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCATCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATcagca < 2:1068735/138‑1 (MQ=21)
ccagcagcagCAACATCCGCTGGAACCTCATCAGCAGTCTCAGCAGGATCAATATCAACATCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCAAAACAGCCGGTTACACAGCAGCAGCAGTATCagcagc < 4:10423/139‑1 (MQ=18)
agcagcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCg > 7:244702/1‑140 (MQ=255)
cagcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 6:896960/121‑1 (MQ=255)
cagcCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCTGCAGCAGCAATATCAACATCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCg < 1:715548/138‑1 (MQ=25)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCCGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTGGCACCGCCGCAGCAATATCAGCATCCGCAACAGCCGGTTACCCAGAAGCCGCAGGATCCGCAGCCGCCACAg > 6:852062/1‑140 (MQ=25)
tcaagtacCGGAAGCTCCCCAGCCGCAGTCTCACCAGCAGCATTATCATCACCCCCATCAACCTGTTGCACCTCAGAAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGTTTACACAGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGc < 4:111191/134‑1 (MQ=16)
gCAACATCCGCTCGCAGCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCAGCAATATCAACAGCCTCAACAACAGGTTGCACCTCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGc < 4:361745/140‑1 (MQ=21)
gCAACAACCGCTTGCACCGCATCCGCAGTCTAAGCAGCCGCCATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGc < 8:81851/140‑1 (MQ=21)
caagcacCGCTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACATCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg < 2:378698/133‑1 (MQ=18)
caacacCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGCATCAGCAGCAGCATGATCAACAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg < 2:23745/138‑1 (MQ=21)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAAGATCACGAGCAGCAACAACCGGTTGCCCCGCAGGAGCATTATCCGCCGCCCCAACAGCCGGATCCACAGCAGCGGCAGAAGCCGCAGCCGCAagag > 2:718911/1‑138 (MQ=19)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAAAATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg > 1:311841/1‑138 (MQ=255)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGcc > 4:616740/1‑140 (MQ=255)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGcc < 7:825366/140‑1 (MQ=255)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTAGCCCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACCCAGCAGCCGCAGTATCAGCCGCCGCAACAg > 1:593535/1‑138 (MQ=255)
accacCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCgg < 5:1161135/137‑1 (MQ=255)
catccGGTTGCACCGCAGCCGCATCATCAGCATCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGt < 3:1162085/137‑1 (MQ=255)
catccGGATGCACCGCAGCCTCATGATCAGCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACATCAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCg < 2:164736/135‑1 (MQ=21)
aagCACCGCAGCCGCAGACTCCGGAGCAGCATTATCACCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACca < 8:1042911/138‑1 (MQ=18)
cgCACCGCAGCAGCAGCAACAGCAGCAGCATGATCACCAGCCGCAACAACCGGTAGCACAGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACcac < 4:9563/139‑1 (MQ=18)
agCACCGCAGCCTAAGCATCAGCAGCAGCAATATCATCAGCCGCATCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACcac < 7:894585/139‑1 (MQ=21)
gCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACca > 1:106019/1‑138 (MQ=255)
cACCGCTGCCGCAGCATCCGCAGCCGCACTATCACCATCCGCCACACCCGCTAGCACCGCAGCATCAATATCAGCAGCCACAACATCCGGTTACACAGCAGCAGCAGAATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 5:491503/140‑1 (MQ=255)
cACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACcac > 1:1205546/1‑138 (MQ=255)
aCCGCAGCCGCAGTCTATCCAGCAGCAATATCACCATCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACATCCGGTTACACAGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGc < 6:281779/140‑1 (MQ=18)
ccgcagcctcatTATAAGCAGCAGCAATCTCATCAGCCTCAACAACCGGTTGCACCTCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTACACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 6:190979/140‑1 (MQ=18)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAAGATCCACAGCCGCAACAACCGTTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 3:1100025/140‑1 (MQ=21)
ccgcagccgcagCATCAGCAGCCTCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 2:901127/138‑1 (MQ=255)
ccgcagccgcagCAGCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCCACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 8:561046/140‑1 (MQ=255)
cagccgccgGTTCCGCAGCCGCATTTTCATCACGCGCAACCAACGGTTGCAACGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGGTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGGACCACAGCCGCa < 7:507988/140‑1 (MQ=17)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa > 7:518087/1‑140 (MQ=255)
gcctcagGATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCTGCCACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 6:489547/140‑1 (MQ=255)
gccgctcTATAAGCATCAGCAATATCATCAGGCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCATTATCTGCAGCCTCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 3:1174205/140‑1 (MQ=18)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa > 1:220945/1‑138 (MQ=255)
gccgcagGCTCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCTCAACAACCGCATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 4:442754/140‑1 (MQ=21)
gcagcagGATCAGCTGCAGCAATATCAACAGCCGCATCAACCGGTTGCACCGCAGGAGCAATATCAGCAGCCACCACATCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 8:959993/137‑1 (MQ=18)
cagaagTATCAGCAGCCGCATGATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAg < 1:679021/134‑1 (MQ=255)
cagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGGTACACAGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAc > 3:1220080/1‑140 (MQ=255)
attctCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 8:794514/136‑1 (MQ=255)
agtcgcagcagCCGTAATCTCCTCAGCCGCAACAACCGCTTGCAACTCAGCATCATTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCCGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGGTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 6:60303/135‑1 (MQ=18)
agcctCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCACCAACCGGTGGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 8:345110/136‑1 (MQ=255)
agTATCAGCATCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 5:383083/140‑1 (MQ=255)
caTCCGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 2:401402/137‑1 (MQ=255)
cagcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCtt < 1:897280/138‑1 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCTATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc > 7:1087435/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACCCAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACTGCCGCAGGAGACCCTGCTTCATc > 4:309503/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc > 6:238818/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGGTCTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc > 1:564488/1‑138 (MQ=255)
gCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTTCACCGCAGAAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGACGCAGTATCATCAGACGCAACAGCCGGTGGTAACAAAGCCGCAGGATACACTGCTTCATcc > 1:253653/1‑138 (MQ=255)
cAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg > 1:123127/1‑138 (MQ=255)
cAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCCGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATACgag > 8:1004682/1‑138 (MQ=255)
atCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCTGCAGCAATATCAGCAGCCACATCAGCCGGTTACACAGCCGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTg < 3:1100510/140‑1 (MQ=255)
cAACATCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGAt < 5:543908/140‑1 (MQ=255)
cAACAGGCGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACATCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTg < 2:288873/138‑1 (MQ=255)
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GTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGAT > NZ_CP022686/4440197‑4440471
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
