Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F5 I102 R1
|
278 |
39.1 |
2251254 |
95.8% |
2156701 |
87.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
960,653 |
T→C |
M293T (ATG→ACG) |
ycaI → |
ComEC family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 960,653 | 0 | T | C | 100.0%
| 125.4
/ NA
| 34 | M293T (ATG→ACG) | ycaI | ComEC family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (16/18); total (16/18) |
GGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCAT > NZ_CP009273/960565‑960740
|
ggAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGc < 2:249888/91‑1 (MQ=255)
ggAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGc < 1:515540/91‑1 (MQ=255)
ggAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGc < 1:453271/91‑1 (MQ=255)
aaTCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCtt < 2:55719/91‑1 (MQ=255)
gctgctTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTg > 2:1122722/1‑91 (MQ=255)
ctgctTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTgg < 1:343184/91‑1 (MQ=255)
ttttATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGAc < 1:1081037/91‑1 (MQ=255)
ttATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTGCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACag > 2:786203/1‑91 (MQ=255)
ttATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACag > 1:439200/1‑91 (MQ=255)
tATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagt < 1:441878/91‑1 (MQ=255)
cTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagtggagt < 2:369207/91‑1 (MQ=255)
cTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagtggagt < 2:914518/91‑1 (MQ=255)
ggTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagtggagtgg > 1:914314/1‑91 (MQ=255)
tGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTg < 2:241543/91‑1 (MQ=255)
gACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTgg > 2:694643/1‑91 (MQ=255)
cGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGa < 1:852767/91‑1 (MQ=255)
cGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGa < 1:1000826/91‑1 (MQ=255)
cGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGAAGTGGCTGGGa < 2:866803/91‑1 (MQ=255)
aTGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTAt < 1:1064943/91‑1 (MQ=255)
aTGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTAt > 1:138541/1‑91 (MQ=255)
ctcctGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATAtg > 2:1100322/1‑91 (MQ=255)
ctcctGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATAtg > 1:918298/1‑91 (MQ=255)
tcctGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATAtgt > 1:863349/1‑91 (MQ=255)
gCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTggcg > 2:760407/1‑91 (MQ=255)
gCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTggcg > 1:233735/1‑91 (MQ=255)
gCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTggcg > 2:949032/1‑91 (MQ=255)
ccATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAAt < 1:612243/91‑1 (MQ=255)
aTGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCttaagttaag > 2:455662/1‑38 (MQ=255)
aTGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCttaagttaag < 1:455662/38‑1 (MQ=255)
aTGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTTTGGCGGCAAttt > 2:186133/1‑91 (MQ=255)
ggCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTg > 1:294316/1‑91 (MQ=255)
cTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATgg < 1:1100322/91‑1 (MQ=255)
gCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATc > 2:328803/1‑91 (MQ=255)
gAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCAt < 1:579223/91‑1 (MQ=255)
|
GGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCAT > NZ_CP009273/960565‑960740
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGT > NZ_CP009273/960553‑960753
|
CCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAAC > SRR3722125.663329/1‑101 (MQ=60)
CCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAAC > SRR3722125.533670/1‑101 (MQ=60)
tctcgtgggctctgagatgtgtataagagacaGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGT < SRR3722125.565363/69‑1 (MQ=60)
TGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGT < SRR3722125.63277/101‑1 (MQ=60)
GGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAG < SRR3722125.462835/101‑1 (MQ=60)
GGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAG < SRR3722125.526484/101‑1 (MQ=60)
tcatgcctagtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAG < SRR3722125.465277/58‑1 (MQ=60)
GTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAG > SRR3722125.448454/1‑101 (MQ=60)
CTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGG < SRR3722125.350317/101‑1 (MQ=60)
TTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGG < SRR3722125.1105356/101‑1 (MQ=60)
TTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGG > SRR3722125.934568/1‑101 (MQ=60)
TATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTG < SRR3722125.451201/101‑1 (MQ=60)
GTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTAT > SRR3722125.141178/1‑101 (MQ=60)
CGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATA < SRR3722125.871551/101‑1 (MQ=60)
CGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATCTATGGATA < SRR3722125.1023189/101‑1 (MQ=60)
GGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATG > SRR3722125.938676/1‑101 (MQ=60)
GAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGT > SRR3722125.882398/1‑101 (MQ=60)
ATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTG < SRR3722125.1088921/101‑1 (MQ=60)
CTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCG > SRR3722125.238416/1‑101 (MQ=60)
GTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTG > SRR3722125.300313/1‑101 (MQ=60)
CCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATG < SRR3722125.625438/101‑1 (MQ=60)
CTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGC < SRR3722125.1125112/101‑1 (MQ=60)
GAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAA < SRR3722125.591635/101‑1 (MQ=60)
CGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCtgtctcttatacacat > SRR3722125.1109965/1‑85 (MQ=60)
CGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGT > SRR3722125.924457/1‑101 (MQ=60)
|
CCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGT > NZ_CP009273/960553‑960753
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
