Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F4 I88 R1
|
217 |
30.5 |
1742422 |
95.9% |
1670982 |
87.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
960,653 |
T→C |
M293T (ATG→ACG) |
ycaI → |
ComEC family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 960,653 | 0 | T | C | 100.0%
| 139.6
/ NA
| 37 | M293T (ATG→ACG) | ycaI | ComEC family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (21/16); total (21/16) |
GGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCA > NZ_CP009273/960565‑960739
|
ggAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGc < 2:371174/91‑1 (MQ=255)
gctgtgctgCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCttaagtt > 2:40222/1‑91 (MQ=255)
tgctgcTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTtaagttaagt < 1:406612/91‑1 (MQ=255)
tgctgcTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTtaagttaagt < 2:614455/91‑1 (MQ=255)
gctgctTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTg > 1:741978/1‑91 (MQ=255)
ccTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagtggag < 1:175488/91‑1 (MQ=255)
ccTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagtggag > 2:680611/1‑91 (MQ=255)
cTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagtggagt < 2:305191/91‑1 (MQ=255)
tGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagtggag < 1:352182/89‑1 (MQ=255)
tGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagtggag > 2:352182/1‑89 (MQ=255)
ggTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagtggagtgg > 2:507758/1‑91 (MQ=255)
tGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTg < 2:11618/91‑1 (MQ=255)
tGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTg < 2:174550/91‑1 (MQ=255)
ggAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATg < 2:372614/91‑1 (MQ=255)
gAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGt < 1:750936/91‑1 (MQ=255)
aTGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGGTGTAt > 2:632032/1‑91 (MQ=255)
aTGCAACCTCCTGCATGGCGGACCAGGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTAt < 1:596898/91‑1 (MQ=255)
aCCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGata < 2:741978/91‑1 (MQ=255)
ttGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTgg > 1:484980/1‑91 (MQ=255)
gCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTggcg > 2:694220/1‑91 (MQ=255)
gCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTggcg > 2:795018/1‑91 (MQ=255)
gCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTggcg > 2:243338/1‑91 (MQ=255)
gCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTggcg > 1:630943/1‑91 (MQ=255)
gCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTggcg > 1:501971/1‑91 (MQ=255)
ccATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGa > 2:367395/1‑64 (MQ=255)
ccATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGa < 1:367395/64‑1 (MQ=255)
tggtggCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGGTGTATGGATATGTTGTCTGGCGGGAAtttt > 2:554804/1‑91 (MQ=255)
gtggCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCt > 2:335939/1‑55 (MQ=255)
gtggCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCt < 1:335939/55‑1 (MQ=255)
gtggCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGc > 2:372084/1‑91 (MQ=255)
gtggCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGc > 1:567085/1‑91 (MQ=255)
cgcTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGAt < 2:635580/91‑1 (MQ=255)
gcTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATg > 1:763633/1‑91 (MQ=255)
ttGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGAGGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGa > 1:778945/1‑91 (MQ=255)
aCGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATg < 2:5648/84‑1 (MQ=255)
aCGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATg > 1:5648/1‑84 (MQ=255)
ggAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCa > 2:381751/1‑91 (MQ=255)
|
GGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCA > NZ_CP009273/960565‑960739
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAG > NZ_CP009273/960561‑960752
|
TGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGT < SRR3722118.167990/101‑1 (MQ=60)
TGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGT < SRR3722118.79008/101‑1 (MQ=60)
TGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGT < SRR3722118.483734/101‑1 (MQ=60)
GCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTA < SRR3722118.819922/101‑1 (MQ=60)
AATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTG > SRR3722118.758290/1‑101 (MQ=60)
TGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGT < SRR3722118.415144/101‑1 (MQ=60)
TTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGG > SRR3722118.8980/1‑101 (MQ=60)
CCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGAT < SRR3722118.178922/101‑1 (MQ=60)
CCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGAT < SRR3722118.359494/101‑1 (MQ=60)
ggctcggagatgtgtataagagacagGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATG < SRR3722118.342859/75‑1 (MQ=60)
atgtgtataagagacagGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATA < SRR3722118.375042/84‑1 (MQ=60)
GAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGT < SRR3722118.767410/101‑1 (MQ=60)
ATGCAACCTCCTGCATGGCGGACCAGGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTG < SRR3722118.609601/101‑1 (MQ=60)
ACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGG > SRR3722118.495237/1‑101 (MQ=60)
CTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCG > SRR3722118.512614/1‑101 (MQ=60)
CTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCG > SRR3722118.644536/1‑101 (MQ=60)
GCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGC > SRR3722118.579113/1‑101 (MQ=60)
CCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATG > SRR3722118.780403/1‑101 (MQ=60)
ATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGAGGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGA > SRR3722118.796041/1‑101 (MQ=60)
GGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTG > SRR3722118.5771/1‑101 (MQ=60)
ACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAG < SRR3722118.40962/101‑1 (MQ=60)
|
TGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAG > NZ_CP009273/960561‑960752
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
