Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F5 I97 R1
|
275 |
44.0 |
1733530 |
96.5% |
1672856 |
122.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
960,653 |
T→C |
M293T (ATG→ACG) |
ycaI → |
ComEC family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 960,653 | 0 | T | C | 100.0%
| 119.1
/ NA
| 34 | M293T (ATG→ACG) | ycaI | ComEC family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (17/17); total (17/17) |
CCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTC > NZ_CP009273/960526‑960777
|
ccTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCttaagtt > 2:763132/1‑137 (MQ=255)
cTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCAGGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGa < 1:181362/139‑1 (MQ=255)
cACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagtgg < 1:290612/138‑1 (MQ=255)
cACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagtgg < 2:815005/138‑1 (MQ=255)
aCTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTggg < 1:144033/128‑1 (MQ=255)
aCTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTggg > 2:144033/1‑128 (MQ=255)
aCTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagtggag > 1:322997/1‑139 (MQ=255)
aCTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagtggag < 2:691490/139‑1 (MQ=255)
aCTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagtggag < 1:739758/139‑1 (MQ=255)
gCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGc < 2:848504/139‑1 (MQ=255)
aTACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTggg < 2:85015/139‑1 (MQ=255)
aTACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTggg < 2:309484/139‑1 (MQ=255)
tACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGa > 2:790193/1‑139 (MQ=255)
aTTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTa < 2:710069/139‑1 (MQ=255)
ttAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCt < 1:168339/101‑1 (MQ=255)
ttAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCt > 2:168339/1‑101 (MQ=255)
ttAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagtggag > 2:546824/1‑125 (MQ=255)
ttAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagtggag < 1:546824/125‑1 (MQ=255)
ttGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGat < 2:52721/139‑1 (MQ=255)
ctTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAAtttt > 2:219606/1‑139 (MQ=255)
tGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGAt < 1:444543/138‑1 (MQ=255)
cTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGAt > 1:540565/1‑139 (MQ=255)
cTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGAt > 1:345107/1‑139 (MQ=255)
gTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCt > 1:588896/1‑139 (MQ=255)
cGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGc > 1:213499/1‑139 (MQ=255)
ctcctGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCa < 2:213499/139‑1 (MQ=255)
tGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGt > 2:586480/1‑139 (MQ=255)
cGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTggg > 1:789926/1‑48 (MQ=255)
cGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTggg < 2:789926/48‑1 (MQ=255)
cGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCa > 1:58249/1‑128 (MQ=255)
cGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCa < 2:58249/128‑1 (MQ=255)
cATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGctctct > 1:679243/1‑139 (MQ=255)
cATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGctctct > 1:698517/1‑139 (MQ=255)
tGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTc > 1:804923/1‑139 (MQ=255)
|
CCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTC > NZ_CP009273/960526‑960777
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTT > NZ_CP009273/960513‑960792
|
ACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTA < SRR3722120.806428/151‑1 (MQ=60)
gggctcggagatgtgtataagagacagGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTG < SRR3722120.170641/123‑1 (MQ=60)
GGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAG < SRR3722120.145977/151‑1 (MQ=60)
GCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGT > SRR3722120.327652/1‑151 (MQ=60)
GCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCAGGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGG < SRR3722120.183846/151‑1 (MQ=60)
CCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGA < SRR3722120.294778/150‑1 (MQ=60)
acagGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATG < SRR3722120.554523/147‑1 (MQ=60)
CACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATG < SRR3722120.749787/151‑1 (MQ=60)
GCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATC > SRR3722120.548194/1‑151 (MQ=60)
GCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATC > SRR3722120.350098/1‑151 (MQ=60)
TTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTG > SRR3722120.597108/1‑151 (MQ=60)
ATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTG < SRR3722120.451038/150‑1 (MQ=60)
TGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCC > SRR3722120.216441/1‑151 (MQ=60)
CTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGctgtctcttatacacatctccgagcccacgagactaaggcgaatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaaaacaaaat > SRR3722120.800562/1‑70 (MQ=60)
CTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCC > SRR3722120.58964/1‑151 (MQ=60)
GCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTG > SRR3722120.688571/1‑151 (MQ=60)
GCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTG > SRR3722120.708053/1‑151 (MQ=60)
ATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCG > SRR3722120.815783/1‑151 (MQ=60)
ACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATActgtctcttatacacatctccgagcccacgagactaaggcgaatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaaaaaaatcgaaatgacaacta > SRR3722120.26263/1‑57 (MQ=60)
|
ACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTT > NZ_CP009273/960513‑960792
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
