Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F5 I175 R1
|
328 |
64.7 |
2582366 |
96.2% |
2484236 |
120.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
798,635 |
T→C |
G431G (GGT→GGC) |
ybhI → |
anion permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 798,635 | 0 | T | C | 97.5%
| 258.6
/ ‑3.9
| 80 | G431G (GGT→GGC) | ybhI | anion permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base C (38/40); total (40/40) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 |
ATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGTCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTGTGGTGGTGGAATATGCTGATCGGCTGGAACA > NZ_CP009273/798502‑798768
|
atatCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCAGGCTGGCGAACGTCTCCAGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGt < 2:485868/139‑1 (MQ=255)
tatCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGt < 2:1215318/138‑1 (MQ=255)
atCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCa > 2:844900/1‑139 (MQ=255)
gCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTg > 1:71046/1‑139 (MQ=255)
tGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCg < 2:160401/138‑1 (MQ=255)
tGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCg < 1:680484/138‑1 (MQ=255)
tGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCg < 1:405203/138‑1 (MQ=255)
tGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCg < 2:264139/138‑1 (MQ=255)
tGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGt > 1:326517/1‑139 (MQ=255)
aTTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAAc > 2:974807/1‑139 (MQ=255)
gCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGTGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGTGTGGGTTATAACGATATTaa < 1:207158/138‑1 (MQ=255)
gCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGTGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTaa > 2:207158/1‑138 (MQ=255)
gCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGt > 1:657558/1‑108 (MQ=255)
gCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGt < 2:657558/108‑1 (MQ=255)
gCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGGCATCTTTGGCGTGGGGTATAACGATATTtaa > 2:1248299/1‑139 (MQ=255)
cGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCtggtgg < 2:112447/139‑1 (MQ=255)
ctcCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGtggttg > 1:874353/1‑139 (MQ=255)
cGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGtggttggt < 1:977711/138‑1 (MQ=255)
cGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGtggttggt < 2:409037/138‑1 (MQ=255)
cGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGtggttggt < 2:465981/138‑1 (MQ=255)
cGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGtggttggt < 1:680461/138‑1 (MQ=255)
cGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGACATTAAATCCTGGtggttggt < 2:22627/138‑1 (MQ=255)
gcACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTg < 1:845734/139‑1 (MQ=255)
gcACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTg < 2:874353/139‑1 (MQ=255)
gcACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTg < 1:1263891/139‑1 (MQ=255)
gcACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTg < 1:666084/139‑1 (MQ=255)
cACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACg > 2:636439/1‑111 (MQ=255)
cACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACg < 1:636439/111‑1 (MQ=255)
cACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTg < 2:1263722/138‑1 (MQ=255)
cACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTg > 1:1263722/1‑138 (MQ=255)
ccGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCgg > 1:207805/1‑139 (MQ=255)
cGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGtggttggt > 2:997118/1‑130 (MQ=255)
cGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGtggttggt < 1:997118/130‑1 (MQ=255)
aaTGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACCATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGGCATTAAATCCTGGTGGGTGGTCGGTGCGGTACTg > 2:487168/1‑139 (MQ=255)
aTGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGa < 1:578512/139‑1 (MQ=255)
aaCCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCg > 1:105513/1‑86 (MQ=255)
aaCCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCg < 2:105513/86‑1 (MQ=255)
aaCCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAAc < 1:1117844/97‑1 (MQ=255)
aaCCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAAc > 2:1117844/1‑97 (MQ=255)
aaCCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGtggttggt > 1:138509/1‑120 (MQ=255)
aaCCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGtggttggt < 2:138509/120‑1 (MQ=255)
aaCCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGata > 1:704093/1‑139 (MQ=255)
aaCCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGata > 1:288496/1‑139 (MQ=255)
aaCCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGGGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGata > 2:560055/1‑139 (MQ=255)
ccGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGTCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGatat > 1:321463/1‑138 (MQ=255)
cgcTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAAc > 1:1034600/1‑139 (MQ=255)
gcTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGGCGATATTAAcc > 2:614320/1‑139 (MQ=255)
tGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCtt > 2:255580/1‑139 (MQ=255)
gCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTcc < 2:71046/139‑1 (MQ=255)
gCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTc < 2:1034600/138‑1 (MQ=255)
ttgttCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTg > 2:1023613/1‑138 (MQ=255)
ctcCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCatat > 1:226145/1‑138 (MQ=255)
cAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCAcc > 2:287429/1‑139 (MQ=255)
aTGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCg > 1:101967/1‑54 (MQ=255)
aTGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCg < 2:101967/54‑1 (MQ=255)
tGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCgtg < 1:844900/139‑1 (MQ=255)
tGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCgtg < 2:1049018/139‑1 (MQ=255)
gcATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATaa < 1:172885/58‑1 (MQ=255)
gcATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATaa > 2:172885/1‑58 (MQ=255)
gcATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTgtggtg < 1:749106/139‑1 (MQ=255)
aTGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGata > 1:687353/1‑61 (MQ=255)
aTGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGata < 2:687353/61‑1 (MQ=255)
aCTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGt > 1:633171/1‑74 (MQ=255)
aCTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGt < 2:633171/74‑1 (MQ=255)
tATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCgtg > 2:807536/1‑120 (MQ=255)
tATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCgtg < 1:807536/120‑1 (MQ=255)
aTGGCGGCGCGGCAGGTCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTGTGGTGGTGGAATATGCTGAt > 2:1185334/1‑139 (MQ=255)
aTGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGa < 2:500874/81‑1 (MQ=255)
aTGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGa > 1:500874/1‑81 (MQ=255)
tGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGTCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTGTGGTGGTGGAATATGCTGa < 1:974807/137‑1 (MQ=255)
tGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCAccc < 1:499551/110‑1 (MQ=255)
tGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTGTGGTGGTGGAATATGCTGATc > 2:699762/1‑139 (MQ=255)
tGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTGTGGTGGTGGAATATGCTGATc > 1:101057/1‑139 (MQ=255)
tGGCCGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCAccc > 2:499551/1‑110 (MQ=255)
cgcggcAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTGTGGTGGTGGAATATGCTGATCGGCTg > 1:645325/1‑138 (MQ=255)
cgcggcAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTGTGGTGGTGGAATATGCTGATCGGCTg > 2:731231/1‑138 (MQ=255)
cggcAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCCTATCACCCTCGGCGTGTGGTGGGGGAATATGCTGATCGGCTGGaa > 2:1140490/1‑139 (MQ=255)
cggcAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTGTGGTGGTGGAATATGCTGAt < 1:229798/130‑1 (MQ=255)
cggcAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTGTGGTGGTGGAATATGCTGAt > 2:229798/1‑130 (MQ=255)
gcAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTGTGGTGGTGGAATATGCTGATCGGCTGGAACa < 1:1023613/139‑1 (MQ=255)
|
ATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGTCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTGTGGTGGTGGAATATGCTGATCGGCTGGAACA > NZ_CP009273/798502‑798768
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGTCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTGTGGTGGTGGAATATGCTGATCGGCTGGAACATGCTGTAAATA > NZ_CP009273/798486‑798779
|
GCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCC > SRR3722129.267864/1‑151 (MQ=60)
CTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCC > SRR3722129.472755/1‑151 (MQ=60)
CCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGG > SRR3722129.71976/1‑151 (MQ=60)
TATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTG > SRR3722129.331233/1‑151 (MQ=60)
ATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAAC < SRR3722129.690541/150‑1 (MQ=60)
ATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAAC < SRR3722129.411079/150‑1 (MQ=60)
GTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGctgtctcttatacacatctcc > SRR3722129.667334/1‑130 (MQ=60)
ttttcaagcagaagacggcatacgagattcgccttagtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagCTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAAT < SRR3722129.175259/80‑1 (MQ=60)
gatgtgtataagagacagCGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCC < SRR3722129.645898/133‑1 (MQ=60)
cgtgggctcggagatgtgtataagagacagCCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATC < SRR3722129.1133441/119‑1 (MQ=60)
ATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGTGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGTGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGT < SRR3722129.210043/151‑1 (MQ=60)
CTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGG > SRR3722129.886826/1‑151 (MQ=60)
CGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCG > SRR3722129.1281291/1‑151 (MQ=60)
TCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGGGCGGG > SRR3722129.210700/1‑151 (MQ=60)
CCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTAC < SRR3722129.991545/150‑1 (MQ=60)
CCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTAC < SRR3722129.690518/150‑1 (MQ=60)
CCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTAC < SRR3722129.1011179/150‑1 (MQ=60)
CGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACG < SRR3722129.857842/151‑1 (MQ=60)
CGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACG < SRR3722129.675949/151‑1 (MQ=60)
CGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACG < SRR3722129.1281463/151‑1 (MQ=60)
CCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACctgtctcttatacacatctccgagcccacgagactaaggcga > SRR3722129.106953/1‑108 (MQ=60)
CCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATAT > SRR3722129.292639/1‑151 (MQ=60)
CCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATAT > SRR3722129.714462/1‑151 (MQ=60)
CCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGGGGGGTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGGGCGGTACctgtctctt > SRR3722129.140387/1‑142 (MQ=60)
GTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGTCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATT > SRR3722129.326096/1‑150 (MQ=60)
AATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACC > SRR3722129.1049167/1‑151 (MQ=60)
AATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACC < SRR3722129.587053/151‑1 (MQ=60)
CTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTctgtctcttatacacatctccgagcccacgagactaaggcgaatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaaaa > SRR3722129.328867/1‑75 (MQ=60)
GCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATC > SRR3722129.229281/1‑150 (MQ=60)
CTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACctgtctcttatacacatctccgagcccacgagactaaggcgaatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaaa > SRR3722129.103357/1‑76 (MQ=60)
ggatgtgtataagagacaGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTGTGG < SRR3722129.506765/133‑1 (MQ=60)
CCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGctgtctcttatacacatctccgagcccacgagactaaggcgaatttcgtatgccgtcttctgcttga > SRR3722129.697480/1‑83 (MQ=60)
aagagacagTGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTGTGGTGGTGGAA < SRR3722129.819172/142‑1 (MQ=60)
ATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTGTGGTGGTGGAA < SRR3722129.857000/151‑1 (MQ=60)
GGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTGTGGTGGTGGAATATGC < SRR3722129.760044/151‑1 (MQ=60)
CATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACctgtctcttatacacatctccgagcccacgagactaaggcgaatctcgtatgccg > SRR3722129.642583/1‑96 (MQ=60)
GGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCctgtctcttatacacatctccgagcccacgagactaaggcgaatctcg > SRR3722129.508110/1‑103 (MQ=60)
GTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTGTGGTGGTGGAATATGCTGATCG > SRR3722129.102438/1‑151 (MQ=60)
CACTATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTGTGGTGGTGGAATATGCTGATCGGCTGG > SRR3722129.654949/1‑150 (MQ=60)
ATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGTCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTGTGGTGGTGGAATATGCTGATCGGCTGGAAC < SRR3722129.988608/149‑1 (MQ=60)
ATGGCGGCGCGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTGTGGTGGTGGAATATGCTGATCGGCTGGAACA < SRR3722129.233062/150‑1 (MQ=60)
CGGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGCGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCCGCGTGTGGTGGTGGAATATGCTGATCGGCTGGAACATGCTGTAATT > SRR3722129.50744/1‑151 (MQ=60)
GGCAGGCCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTGTGGTGGTGGAATATGCTGATCGGCTGGAACATGCTGTAAATA < SRR3722129.1038045/151‑1 (MQ=60)
|
GCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGTCCGGTCATCTTTGGCGTGGGTTATAACGATATTAAATCCTGGTGGTTGGTCGGTGCGGTACTGACGATATTAACCTTCCTGGTGCATATCACCCTCGGCGTGTGGTGGTGGAATATGCTGATCGGCTGGAACATGCTGTAAATA > NZ_CP009273/798486‑798779
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
