Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F1 I1 R1
|
368 |
332.2 |
13092066 |
97.0% |
12699304 |
150.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009974 |
4,132,231 |
A→C |
intergenic (+147/+82) |
RPPX_18375 → / ← RPPX_18380 |
membrane protein/phosphonoacetaldehyde hydrolase |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009974 | 4,132,231 | 0 | A | C | 79.6%
| 644.1
/ 156.9
| 279 | intergenic (+147/+82) | RPPX_18375/RPPX_18380 | membrane protein/phosphonoacetaldehyde hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/37); new base C (119/103); total (139/140) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.71e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
AATAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCGGGGAG > CP009974/4132080‑4132378
|
agtAGCGTTGTAGCGCGGGTTTGTCGGGCGGAGGAGGGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGCTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCGGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGATCGGGGG‑GGaca < 2:6257339/149‑1 (MQ=17)
aaTAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGaca < 1:4330835/151‑1 (MQ=255)
aTAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGacac < 2:3225181/151‑1 (MQ=255)
tAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGAcaca < 1:4850468/151‑1 (MQ=255)
gCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAgg > 2:1861139/1‑151 (MQ=255)
ggtgcTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCCCCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGt < 1:1546695/147‑1 (MQ=255)
cGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGGCACAGGt > 1:2304343/1‑151 (MQ=255)
gTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTc < 1:3947505/151‑1 (MQ=255)
gTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTc > 1:1999837/1‑151 (MQ=255)
tggggTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTg < 2:1467078/148‑1 (MQ=255)
tCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTg > 1:4118173/1‑151 (MQ=255)
tCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTg < 1:1822013/151‑1 (MQ=255)
aGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACCGGTCGGTGATTggg > 2:5090040/1‑151 (MQ=255)
ggTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGgc > 2:82756/1‑151 (MQ=255)
tGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAg < 2:2430232/151‑1 (MQ=255)
gTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGAGCCAGGGCGGGGGTTGGgctgcgg > 1:1926301/1‑146 (MQ=17)
ggCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCcg < 2:3966848/151‑1 (MQ=255)
gCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCcgt < 1:1017724/151‑2 (MQ=255)
ccGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGGTTGGGCCCAGGCcgtc > 1:2410685/1‑149 (MQ=255)
cGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGGCGGTGATTGGGCGCAGGCcgtcg > 1:6188023/1‑148 (MQ=255)
gTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCcgtcgt < 1:2514529/151‑5 (MQ=255)
gTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑g‑g < 2:4054920/151‑1 (MQ=255)
tAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCcgtcgtg < 1:641505/151‑6 (MQ=255)
gggTTCCCCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCGTC‑GTGTAGGAGc < 2:6110021/151‑1 (MQ=14)
tctcccGAGAGAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCGTC‑GTGTAGGAGCgggt < 2:5473181/148‑3 (MQ=11)
gcccccGCGAAGGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCGTC‑GTGTAGGAGCgggt < 2:904644/148‑3 (MQ=1)
aCCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTGGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCGTC‑GTGTAGGAGCgggttt < 2:4612330/151‑5 (MQ=11)
ccGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGGCACAGGGCGGTGATTGGGCGCAGGCCGTCGG‑GTAGGAGCggggggac > 1:696510/1‑145 (MQ=14)
cgcgAAGAGGCCGGGCCGGGTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTtgtgt < 2:1999837/151‑1 (MQ=14)
aagaggccggccctGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGca < 2:1239401/147‑1 (MQ=11)
ggggccggcccTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGcaca < 2:355916/150‑1 (MQ=14)
aggccggccctGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACaa < 1:4051525/150‑1 (MQ=14)
ctgctGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCtt > 2:5810265/5‑151 (MQ=17)
ggctGGCCAATTCCCCCCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTc < 2:5289532/148‑1 (MQ=17)
ggctGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTc < 1:1879035/148‑1 (MQ=255)
ttGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGGGGCCCCAGGCCGGGGATTGGGCGCGGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGGCTTTTGCGGCGCAGGGGCCGCTcccc > 2:2984318/1‑150 (MQ=14)
ctGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCca > 2:5349643/2‑151 (MQ=255)
tGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCcaca > 1:6306722/1‑151 (MQ=255)
tGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTacac > 2:1179586/1‑151 (MQ=255)
tGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCcac > 1:3383058/1‑151 (MQ=255)
ggCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCcaca > 1:556878/1‑151 (MQ=255)
ggacttCCGCTCGCCGTTCGCCGCTTCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCg < 1:4405315/147‑1 (MQ=18)
cAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCg < 1:3532435/151‑1 (MQ=255)
cAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCg < 2:221777/151‑1 (MQ=255)
ttgctaCCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGATACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGGGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGaaa < 1:5043284/146‑1 (MQ=18)
ttCCCCCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAAc < 1:1768737/151‑1 (MQ=255)
tcccACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAAc < 1:1180092/149‑1 (MQ=255)
taccACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAAc > 1:1043114/3‑151 (MQ=255)
taccACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAAc > 1:5296534/3‑151 (MQ=255)
cACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGc > 2:3075790/1‑151 (MQ=255)
cccGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGGGGACCCAGGCCGGTGATTGGCCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTCTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGCAACCGCAg > 1:214027/1‑151 (MQ=18)
ccgccgTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAgg < 1:3387144/151‑1 (MQ=255)
cgccgTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAggg > 2:1747455/1‑151 (MQ=255)
ccgTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGt < 2:5630598/151‑1 (MQ=255)
ccgTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAGCCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGt < 2:4846200/151‑1 (MQ=255)
ccgTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGt < 1:3155055/151‑1 (MQ=255)
gTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCa > 2:21825/1‑151 (MQ=255)
ttCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAg < 1:2836769/151‑1 (MQ=255)
cACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGaa < 1:5810265/151‑1 (MQ=255)
aCCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGGACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAg > 1:2913778/1‑151 (MQ=255)
gctGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCt > 2:5880669/3‑151 (MQ=255)
ctGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCtt < 1:5731779/150‑1 (MQ=255)
ctGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCtt < 1:6107432/150‑1 (MQ=255)
cGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACCGCGAAACCGCAGGGGTCCGCAGGCTTGCgg > 2:4225912/1‑151 (MQ=255)
cGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCgg < 2:4502818/151‑1 (MQ=255)
cGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTGGCgg > 1:473696/1‑151 (MQ=255)
ccgctACCGTACGCGCGGCTGAACCCGCTCCCACGCCGGATCGGGCGGGGACCCAGGTCTGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCa < 2:4910997/149‑1 (MQ=255)
gctACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACCGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCAtc > 2:4447531/1‑151 (MQ=255)
ctACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGCTCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGccccacct > 1:5101424/1‑144 (MQ=255)
cgaCCGTATTCGCGGGTAAGCCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCAtct < 2:3296542/149‑1 (MQ=255)
aCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGACACGGCAGGGGTCAGCAGGCTTGGGACCTCTCg > 2:4002164/1‑151 (MQ=25)
ccGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCATGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGc < 1:5191144/151‑1 (MQ=255)
cGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGcc < 1:2740977/151‑1 (MQ=255)
cGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGcc > 2:3484139/1‑151 (MQ=255)
cGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGcc > 1:989937/1‑151 (MQ=255)
gTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGccc < 2:1363879/151‑1 (MQ=255)
aTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGCGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑CTAGCAGCGGCCCTGTGTGGCACACGGGCCCCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTGGCGGCATCCCGCCCtg > 2:6293968/1‑150 (MQ=25)
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GTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGC > SRR10918232.4106608/1‑151 (MQ=60)
GTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGC < SRR10918232.4283776/151‑1 (MQ=60)
TAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCG < SRR10918232.2997198/151‑1 (MQ=60)
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AACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCC > SRR10918232.2604999/1‑151 (MQ=60)
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CCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGT > SRR10918232.4403850/1‑151 (MQ=60)
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TCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGAT > SRR10918232.3576841/1‑151 (MQ=60)
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CTACGCCGGAGCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGT < SRR10918232.1777312/151‑1 (MQ=60)
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TACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTC > SRR10918232.4607815/1‑151 (MQ=60)
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CGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAA < SRR10918232.530209/151‑1 (MQ=60)
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ATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGA < SRR10918232.321933/151‑1 (MQ=60)
GGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGCTTGGGCGCACGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACT < SRR10918232.3906283/151‑1 (MQ=60)
GGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTT > SRR10918232.3915881/1‑151 (MQ=60)
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AATAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCGGGGAGATC > CP009974/4132080‑4132381
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |