Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I1 R1
|
404 |
265.1 |
10478538 |
96.8% |
10143224 |
150.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009974 |
4,132,231 |
A→C |
intergenic (+147/+82) |
RPPX_18375 → / ← RPPX_18380 |
membrane protein/phosphonoacetaldehyde hydrolase |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009974 | 4,132,231 | 0 | A | C | 77.2%
| 486.8
/ 111.7
| 232 | intergenic (+147/+82) | RPPX_18375/RPPX_18380 | membrane protein/phosphonoacetaldehyde hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/22); new base C (88/88); total (119/113) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.48e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
AATAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCGGGGAG > CP009974/4132080‑4132378
|
aaTAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGaca < 1:3119995/151‑1 (MQ=255)
aTAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCGCCGGATCGGGGG‑GGacac > 1:4257679/1‑151 (MQ=255)
aTAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGacac < 2:280889/151‑1 (MQ=255)
aGCGTTCTAGCTCAGGTTTGGCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAg < 1:3730707/151‑1 (MQ=255)
gTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTc < 2:3531927/151‑1 (MQ=255)
tAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGGGGACCCGGGCCggg > 2:5199872/1‑150 (MQ=255)
tAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACCCAGGGCgggg > 2:232791/1‑149 (MQ=255)
aGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGa < 1:3426182/151‑1 (MQ=255)
cTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGAtt > 1:5029741/1‑151 (MQ=255)
gaGGTTTGTCGGCGGTAGGAGCTGGTCCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTgg < 2:338699/150‑1 (MQ=255)
aGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGGCACAGGTTGGCGATTggg > 1:1766811/1‑151 (MQ=255)
gTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGgcg > 1:5120486/1‑151 (MQ=255)
ttGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCa > 1:388899/1‑151 (MQ=255)
tCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACGGGTCGGTGATTGGgcggaagg > 1:1535326/1‑146 (MQ=255)
ggCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGCCGGAGCGGGGG‑GGGCTCACGGCGGTGATTCGACGGAGGCcg > 2:674374/1‑151 (MQ=17)
ggCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGGCACAGGTCGGGGATTGGGCGCAGGCcg > 2:3773974/1‑151 (MQ=255)
ccGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTGGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCcgtc < 1:325487/151‑3 (MQ=255)
aGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCCCGGATCGGCGG‑GGACACAGGTCGGTGCTCGGGCGCAGGCcg‑ccctgt > 2:3945943/1‑146 (MQ=14)
ggAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGACGGTGATTGGGCGCAGGCcgtcgtgta > 1:1930790/1‑144 (MQ=255)
ggggTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCGGCTGGCCAATTCCCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGc < 2:1240715/150‑1 (MQ=11)
gggTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGc < 1:4853169/151‑1 (MQ=14)
gggTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGc < 1:1128311/151‑1 (MQ=14)
gTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGT‑GACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCgg > 1:2025376/1‑151 (MQ=14)
agccGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTCCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCgggttt < 2:3002613/149‑5 (MQ=11)
cccGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCgggttta < 1:2819600/151‑6 (MQ=11)
ggAAAGGGCCGGGCCGGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTgg < 2:4587837/150‑1 (MQ=255)
cgaagaggccggccctGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTgg < 1:2639131/145‑1 (MQ=11)
agaggccggccctGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCGGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGAGGACCCAGGTCGGGGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGcac > 1:3795434/4‑151 (MQ=11)
gaggccggccctGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGcaca < 1:3540423/149‑1 (MQ=14)
ggccggccctGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAg < 1:2185943/151‑1 (MQ=14)
ccgggcctgCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAggg < 2:2210966/151‑1 (MQ=17)
cctgctGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCt > 2:4319490/6‑151 (MQ=17)
ctGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAATCCGCTCCTACGCCGGTTCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGCGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGATCGGCCGTGTGCGGTACAAGGTCCGCTTCca > 2:2016368/2‑151 (MQ=14)
ggCCAATTACCCCCCGCCGTTCACCGCGGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCcaca < 2:4735926/151‑1 (MQ=255)
aaTTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGa < 2:662405/151‑1 (MQ=255)
taccACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAAc < 1:4807449/149‑1 (MQ=255)
accACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAAcc > 1:3575413/2‑151 (MQ=255)
cccGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAg > 1:2489387/1‑151 (MQ=255)
gccgTTGACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAgggg < 2:1513888/151‑1 (MQ=255)
gccgTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAgggg < 1:2958918/151‑1 (MQ=255)
cgTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTc > 1:1010657/1‑151 (MQ=255)
cgTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTc > 1:1841794/1‑151 (MQ=255)
gTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCa > 1:1885564/1‑151 (MQ=255)
ttCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAg < 1:9050/151‑1 (MQ=255)
tCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGa < 1:534780/151‑1 (MQ=255)
tccgctgccgctgCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCGAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAg < 1:4007477/150‑1 (MQ=255)
ccgctgccgctgCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAgg < 1:4569668/151‑1 (MQ=255)
tGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTg > 2:1294998/1‑151 (MQ=255)
tGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGGGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCCTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTg > 2:1902103/1‑151 (MQ=255)
gctgctACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGc > 2:895123/1‑151 (MQ=255)
gctACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGACGGCTTGCGGCAtc > 2:3413251/1‑151 (MQ=255)
gctACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCAtc > 1:2172645/1‑151 (MQ=255)
tACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGGCTTGTGTGGCACAAGGGACGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCAtctc > 2:5004157/1‑151 (MQ=255)
tACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCAtctc > 1:4583794/1‑151 (MQ=255)
tACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTCGCGGCAtctc > 2:4451703/1‑151 (MQ=255)
ccGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGc < 1:2783474/151‑1 (MQ=255)
cGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGTGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGATCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACATCGAACCCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGcc > 2:3282523/1‑151 (MQ=255)
gTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGccc < 1:1177502/151‑1 (MQ=255)
gTATGCGCGGGTGAACCCGCGCCCACGCCCGATCGGGGGTGGATCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGccc < 2:1136667/151‑1 (MQ=37)
gTAGTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGAGTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGccc < 2:4924816/151‑1 (MQ=255)
aTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGcccct > 2:5194873/1‑149 (MQ=255)
aTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCtt < 2:2061628/151‑1 (MQ=255)
ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCGCCGGATCGGGGGGGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTg < 2:2523309/151‑1 (MQ=255)
ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTg < 1:5209693/151‑1 (MQ=255)
gggTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAg > 2:1464959/1‑151 (MQ=255)
ggTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGCGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGACACCGCAGGGGTCAGAAGGCTGGCGGCAACCGGCCCGCGGCCAgg > 2:3171524/1‑151 (MQ=25)
tAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGgcg > 1:4650117/1‑151 (MQ=255)
aaaCCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGgcgc > 2:154619/1‑151 (MQ=255)
aaaCCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGgcgc > 1:872850/1‑151 (MQ=255)
aaCCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGcc < 1:1721691/151‑1 (MQ=255)
agccGCTCCTACGCCTGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCg < 2:4221845/149‑1 (MQ=255)
aCCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCg < 2:1930541/151‑1 (MQ=255)
cGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGtt < 1:1616097/151‑1 (MQ=255)
cTCCTACGCCGGATGGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGa < 2:2387411/151‑1 (MQ=255)
cTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGTAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGa > 1:3937774/1‑151 (MQ=255)
cccTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGAt < 1:3583493/150‑1 (MQ=255)
ccTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATg < 2:3228645/151‑1 (MQ=255)
cTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGt > 2:3583123/1‑151 (MQ=255)
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GCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGC > SRR10918231.5252580/1‑151 (MQ=60)
CCGGATGGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCA < SRR10918231.4889721/151‑1 (MQ=60)
CGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAA < SRR10918231.3442453/151‑1 (MQ=60)
ATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGA < SRR10918231.3418040/151‑1 (MQ=60)
ATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGA > SRR10918231.3499036/1‑151 (MQ=60)
GCGGGGGTGGACCCAGGTCGGGGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGAC < SRR10918231.3071743/151‑1 (MQ=60)
CGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACT > SRR10918231.5249076/1‑151 (MQ=60)
GGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTT > SRR10918231.4886507/1‑151 (MQ=60)
GGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTT > SRR10918231.2362170/1‑151 (MQ=60)
GGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTC < SRR10918231.3716770/151‑1 (MQ=60)
GGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTC > SRR10918231.598706/1‑151 (MQ=60)
GGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTC < SRR10918231.3248802/151‑1 (MQ=60)
GGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACTGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTTGG > SRR10918231.1729742/1‑151 (MQ=60)
GGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCATTGATTTCGG > SRR10918231.1730062/1‑151 (MQ=60)
GGTGGAACCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCAGCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCGG < SRR10918231.3052272/151‑1 (MQ=60)
GTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCGGG < SRR10918231.422905/151‑1 (MQ=60)
TGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCGGGG > SRR10918231.1913204/1‑151 (MQ=60)
GGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCGGGGA > SRR10918231.2448230/1‑151 (MQ=60)
GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG < SRR10918231.2405686/30‑1 (MQ=0)
GACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCGGGGAG > SRR10918231.1659583/1‑151 (MQ=60)
CCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCGGGGAGAT > SRR10918231.24173/1‑151 (MQ=60)
CCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCGGGGAGATC < SRR10918231.4065312/151‑1 (MQ=60)
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AATAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCGGGGAGATC > CP009974/4132080‑4132381
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |