Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
235,010 |
G→T |
15.1% |
L72I (CTT→ATT) |
ykfM ← |
lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 235,010 | 0 | G | T | 15.1%
| 634.3
/ 16.2
| 311 | L72I (CTT→ATT) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (145/102); new base T (13/45); total (163/148) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.03e-07 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
ATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGC > CP009273/234864‑235157
|
ttGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCgtaag‑ta < 2:2910617/148‑1 (MQ=255)
gACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑Taaa < 2:251904/148‑1 (MQ=255)
aCATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑Taaaa < 1:3311728/148‑1 (MQ=255)
aCATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑Taaaa < 1:426147/148‑1 (MQ=255)
atCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAG‑TAAAATTAc > 1:2316243/1‑148 (MQ=255)
atCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTAc < 1:734351/148‑1 (MQ=255)
tgtgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTTAGAATTATTTTTTTATATTAAT‑TAAAAtaaaatta > 1:1002281/1‑141 (MQ=255)
gtgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGaa < 1:2827137/148‑1 (MQ=255)
tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAat < 2:648424/148‑1 (MQ=255)
gACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAata < 2:1569501/148‑1 (MQ=255)
aCAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAG‑TAAAATTAAATTAatat > 2:2882142/1‑148 (MQ=255)
cAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATAtt > 2:60678/1‑148 (MQ=255)
cAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATAtt < 2:1144792/148‑1 (MQ=255)
cAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATAtt < 2:3051447/148‑1 (MQ=255)
aaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAG‑TAAAATTAAATGAATATTTaa > 2:1942632/1‑148 (MQ=255)
aaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTaa < 1:1205862/148‑1 (MQ=255)
aGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTaaa > 2:1850030/1‑148 (MQ=255)
aGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTaaa < 1:1923059/148‑1 (MQ=255)
ggAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATTATTTTATTATATTAAT‑TAAAATTACATTAATATTTaaaa > 1:1328806/1‑148 (MQ=255)
gAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTaaaaa < 1:3750828/148‑1 (MQ=255)
gCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAgg < 2:151872/148‑1 (MQ=255)
aTTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaaa < 1:182225/148‑1 (MQ=255)
aTTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaaa < 1:1038222/148‑1 (MQ=255)
aaaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAATAATTATTTTATTATATTAAT‑TAAAATTAAATTAATATTTAAAAAAGaaaaag > 1:1679800/1‑146 (MQ=255)
gttgatATTACGATAGATTTTATTAAAAATATATGATTTAGCTGTATTTTTTTGTCTGTGGCTAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTTTTTTTTTATCGTAAG‑TAAATTTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACa < 2:436751/143‑1 (MQ=255)
ttATTACGATATGTATTAGTAAAAATATAAGTGTTAGCTGTTTTGTTATGTCTGTGGCGAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATATTGATTTTATTATCGTATG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGaa < 2:3234446/147‑1 (MQ=255)
aTTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAATAATTATTTTTTTATAGTAAGTTAAAATAAAATAAAAATTTAAAAA‑GAAAACGACaataaaa > 1:2566341/1‑142 (MQ=255)
tAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TTAAATTAAATGAATATTTAAAAAAGAAAACGACATGAAAACGAAGca > 1:239578/1‑148 (MQ=255)
tAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGca > 2:2485028/1‑148 (MQ=255)
aGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAT‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGAAGcac > 2:1048701/1‑148 (MQ=255)
gCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAACCCAAGcaca > 2:2267581/1‑148 (MQ=255)
cTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAAGAAAAAGACAAGAAACAGAAGCACAg > 2:1616871/1‑148 (MQ=255)
aTTAGTAAAAATATAAGATTTTGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGaa < 2:932568/148‑1 (MQ=255)
ttAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAAt > 2:2600598/1‑148 (MQ=255)
tAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAATAATTATTTTATTATAGTTAG‑TAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGTAAAAAGACAATAAAAAGAAGCACACAAta > 1:1716685/1‑147 (MQ=255)
tAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTTTTTAATAATGTTTTTATTATAGTAAT‑TAAAATTAAATGAATAATTAAAAATTAAAAAGAAATGAAAACGAAGCACAGAAta > 1:1436159/1‑147 (MQ=255)
aGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGTAAACGACAAGAAAACGAAGCACAGAATCa > 1:889791/1‑148 (MQ=255)
gTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAAAGACATGAAACCCAAGCACAGAATCaa > 2:2689743/1‑148 (MQ=255)
tAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAG‑TAAAATTAAATGAATATTTTAAAATGAAAACGACATGAAAACCAATCACacaaacaaa > 1:3008556/1‑147 (MQ=255)
tAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAG‑TAAAATTAAATGAAAATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAATAAAc > 1:847557/1‑148 (MQ=255)
aaaaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCTAATTTCACTACCTTCTTTTTTTTTATTAACAATGATTTTATTACCGTAAT‑TAAATTTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACa < 1:2870300/148‑1 (MQ=255)
aattataAGATTTAGCTTTATTTTTATGTCTGTGGCGAAATTGAATACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACAtt < 2:1765759/145‑1 (MQ=255)
ataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAATAATTATTTTATTATAGTAAA‑TTAAAATACAAGAATATTTAAAAAGGAAAACGAAAAGAAACCCAAGCACACAAAAAACaatatac > 1:2622419/1‑142 (MQ=255)
taAGAGTTAGCGGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCa < 2:137235/148‑1 (MQ=255)
taACAGTTAGCTGTATTTTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTTTTATCGTAAG‑TAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCa < 2:369107/148‑1 (MQ=255)
aaGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCaa > 2:3337040/1‑148 (MQ=255)
attgTTAGTTGTTTTGTTATGTGTGTGGCTAATTTGACTACCTTGTTTTTTTTGATTAAGTATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAt < 2:208696/145‑1 (MQ=255)
agagTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAATAATGATTTTATTATAGTAAG‑TAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACAAGAAAACGAAGCACAGAAAAAACATTATCAAAt > 1:3630876/1‑148 (MQ=255)
gagTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTATTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATc > 2:1485178/1‑148 (MQ=255)
agTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGAAATGAAACCGAAGCACAGAATCAAAATTCTACAATCa > 2:3062368/1‑148 (MQ=255)
ttatatttATTTTTATGTCTGTGGAGAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATa < 2:2791336/141‑1 (MQ=255)
ttAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAG‑TAAAATTAAATGAATATTTAAAAATGAAAAAGACATGAAACCGCAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCaaa > 1:2464854/1‑146 (MQ=255)
tAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATAGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACCACATGAAACCGAAGAACAGAATCAACATTAACCAATCATaa > 2:513853/1‑148 (MQ=255)
tAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAtaataa > 1:3178053/1‑148 (MQ=255)
gCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATaaaa > 2:2759054/1‑148 (MQ=255)
gCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATAATaaaa > 2:2395625/1‑148 (MQ=255)
cTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAAATAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAAAATTATCCAATCAAAAAat > 2:503113/1‑148 (MQ=255)
ttttttttGTCTGGGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATCGAAAT‑TAAATTTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGAACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAttt < 1:3074175/141‑1 (MQ=255)
ttttGTCTGTGGCTAATTTGACTACATTCGTTTTTTTGATTAATATTGATTTTTTTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGt < 2:806967/145‑1 (MQ=255)
ttATGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCTTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGt < 2:265595/148‑1 (MQ=255)
tATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAATAATTATTTTATTATAGTAAT‑TAAAAATAAAAGAAAATTTAAAAAGGAAAACGACAAGAAAACCAAGCACAAAAAAAACAATATACAAAAATAAAAAATTTACGtt > 1:2002841/1‑147 (MQ=255)
ttgtgtgtgGCTAAATTGACTACCTTGTTTTTTTTGATTAATATTTATTTTATTATCTTAAT‑AAAATTTACATTAATATTAAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTgg < 1:2733051/147‑1 (MQ=255)
tgtgGCGAATTTCACTACATCCTTTTTTTTTATAAATAATGATTTTATTATCGTAAG‑AAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAt < 2:1288920/148‑1 (MQ=255)
gtgGCGAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATCGTAAT‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAtt < 1:1285772/148‑1 (MQ=255)
gtctaaaTTGACTACCTTTTTTTTTTTTATTAATATTGATTTTATTATATTAAT‑TAAATTAAAATTAATATTAAAAAAGAAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAtttt < 1:15145/144‑1 (MQ=255)
ctaaaTTGACTACCTGCGTTTTTTTTATAAAGAATTTTTTTATTATCGAAAG‑TAAAATTAATTTAATATTAAAAAAGCAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttat < 1:2684828/146‑1 (MQ=255)
cGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttat > 1:3503167/1‑148 (MQ=255)
taaaTTTACTACATTTTTTTTTTTTATTAATATTTATTTTATTATCTTAAG‑TAAAATTAAATTAATTATAAAAAAGTAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttatt < 1:798637/147‑1 (MQ=255)
aTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAG‑TAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGAAATGAAAAAGAAGCACAGAAAAAAAATTATACAATAATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTattatt > 2:3641340/1‑148 (MQ=255)
aCTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATAAACATTATCCAATCATAAAATATTTACGTGGAGCATTTTATTATTGAat > 2:126294/1‑148 (MQ=255)
cTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAAAAATCTCCAATCATAAAATATTTACGTGGAGCATTTTATTATTGAata > 2:897339/1‑148 (MQ=255)
aCCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTAAAGTAAA‑TAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAAAACAAGCAAAAAAAAAACAATAAAAAAAAAAAAAAAATTTAAGTGGAGCAATTTATTATTGAAtata > 2:1405047/1‑148 (MQ=255)
cattCGTTTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATag < 2:2534216/146‑1 (MQ=255)
ttCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATagag > 2:711001/1‑148 (MQ=255)
ttCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATagag > 2:1891264/1‑148 (MQ=255)
cgattttttGATTAACAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGt < 2:3083388/145‑1 (MQ=255)
cGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGt < 2:3274716/148‑1 (MQ=255)
cGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCAGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGt > 2:2672647/1‑148 (MQ=255)
ttttttttATTAATATTTATTTTATTATATTAAT‑AAAAATTACATTAATATTTAAAATGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGttt < 1:1850030/148‑1 (MQ=255)
tttttttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGttt > 1:3789578/1‑148 (MQ=255)
ttttttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTa > 1:2928351/1‑148 (MQ=255)
ttAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGt > 2:957714/1‑148 (MQ=255)
tAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTa > 2:3443813/1‑148 (MQ=255)
gAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaa > 1:168683/1‑148 (MQ=255)
aaTGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaa > 1:61764/1‑148 (MQ=255)
aaTGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaa > 1:2509892/1‑148 (MQ=255)
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g‑taaAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGc > 2:302049/1‑148 (MQ=255)
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ATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAG‑TAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGC > CP009273/234864‑235157
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
