Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R2
|
775 |
327.3 |
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97.2% |
10417946 |
138.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
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mutation |
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| RA |
NZ_CP025268 |
939,446 |
(A)7→8 |
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| |
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new |
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reads |
annotation |
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product |
| * | NZ_CP025268 | 939,439 | 1 | . | A | 95.2%
| 841.8
/ 27.9
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/6); new base A (79/139); total (84/147) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.37e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
CTGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGTATGGCGTGGACAGACGCCATTCGTGATGTCGATAGCTGCCACAAGGCAACGGTCTTCTC > NZ_CP025268/939300‑939572
|
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tGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGgaag‑‑a > 1:1567030/1‑140 (MQ=255)
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cTTAAATTTCCCGCATTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCAGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑‑aa‑a‑aaa > 2:2052479/1‑140 (MQ=255)
tAAATTTCCCGCTTTCTAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAGAACATTCGAGGAAG‑‑aa‑a‑aaa‑aa > 2:3740166/1‑139 (MQ=255)
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aaTTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑‑aa‑a‑aaa‑aaca < 1:2635261/140‑4 (MQ=255)
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aaTTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑‑aa‑a‑aaa‑aaca < 2:5203830/140‑4 (MQ=255)
aaTTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑‑aa‑a‑aaa‑aaca < 1:73986/140‑4 (MQ=255)
aaTTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCAGGTTGCACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑‑aa‑a‑aaa‑aaca < 2:4933540/140‑4 (MQ=255)
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tttCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑‑aa‑a‑aaa‑aacagt < 1:4996825/140‑6 (MQ=255)
tttCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAG‑‑aa‑a‑aaa‑aacagt < 1:4871323/140‑6 (MQ=255)
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ccGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTc > 1:1064727/1‑140 (MQ=255)
tttATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTtat < 2:2718432/140‑1 (MQ=255)
tttATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTtat < 1:468029/140‑1 (MQ=255)
tttATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTtat < 1:1924898/140‑1 (MQ=255)
tataAGCCGATTCAATGATTAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTatat < 2:626399/140‑1 (MQ=255)
tataAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTGGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTatat < 1:4791151/140‑1 (MQ=255)
gCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTATATGCGCa < 1:2276905/140‑1 (MQ=255)
gATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTATATGCGCATaa > 2:4705139/1‑140 (MQ=255)
aTTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGCTGTCTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTATATGCGCATAAc > 1:3800245/1‑140 (MQ=255)
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tgatgaATAAACGCCCCTGTTAATGATTATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTATATGCGCATAACcatgca < 2:1912536/140‑1 (MQ=255)
tgatgaATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTATATGCGCATAACcatgca < 2:2263028/140‑1 (MQ=255)
aaTAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTaa > 1:3250528/1‑140 (MQ=255)
tAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAAt < 1:3830477/140‑1 (MQ=255)
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tAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAAt < 2:5022049/140‑1 (MQ=255)
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aTGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTg < 2:16088/140‑1 (MQ=255)
aTGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTg > 1:3060447/1‑140 (MQ=255)
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tatCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGAAAA‑A‑AAA‑A‑CATTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCTTGCAAg > 2:2589544/1‑140 (MQ=255)
tatCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGt > 2:5145992/1‑140 (MQ=255)
tatCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGt < 2:4210905/140‑1 (MQ=255)
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tCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTATATGCGCATACCCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGa > 1:1816950/1‑140 (MQ=255)
tCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGa > 1:3519272/1‑140 (MQ=255)
tCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGa > 1:3234236/1‑140 (MQ=255)
tCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGa > 2:3114115/1‑140 (MQ=255)
tGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGaaa < 2:3465510/140‑1 (MQ=255)
ggCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAAt < 2:2372735/140‑1 (MQ=255)
ttgtACTAAACATCGATGTTTTGCTTTGACAAGCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGt < 1:2844087/140‑1 (MQ=255)
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ttgtACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGt < 1:4389971/140‑1 (MQ=255)
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tggtACTAAAAATCGATGTTTTGTTTTGACAGTAATCTGGGGGTGTGCGTAAACATTTGAGGGAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑AAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGTATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGt > 2:4815519/3‑140 (MQ=255)
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aaaaTCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGGAAGA‑AA‑A‑AAA‑A‑CAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGTATGGCGTg > 2:4602890/1‑140 (MQ=255)
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AATGATGAACACACGCCCCTTTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCATGGTGTTTTGCGCAAACATTCGAGG‑‑AAGA‑AAAAAA‑ACAGTATTCTTATATGCGCATAACCTTGCATGTAAATAC < SRR14920189.781257/151‑1 (MQ=60)
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GAGG‑‑AAGA‑AAAAAA‑ACAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGTATGGCGTGGACAGACGCCATTCGTGATGTCGATAGCTGCCACAAGGCAACGGTCTTCTCACCGTAGACC < SRR14920189.2152217/151‑1 (MQ=60)
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AGG‑‑AAGA‑AAAAAA‑ACAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGTATGGCGTGGACAGACGCCATTCGTGATGTCGATAGCTGCCACAAGGCAACGGTCTTCTCACCGTAGACCC < SRR14920189.2228822/151‑1 (MQ=60)
gagaaagaAAAAAA‑ACAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGTATGGCGTGGACACACGCCATTCGTGATGTCGATAGCTGCCACAAGGCAACGGTCTTCTCACCGTAGACC < SRR14920189.4572995/143‑1 (MQ=60)
agaAAAAAA‑ACAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGTATGGCGTGGACAGACGCCATTCGTGATGTCGATAGCTGCCACAAGGCAACGGTCTTCTCACCGTAGACCCAGGC < SRR14920189.1049161/148‑1 (MQ=60)
agaAAAAAA‑ACAGTATTCTTATATGCGCAGAACCATGTATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGTATGGCGTGGACAGACGCCAGTCGTGATGTCGATAGCTGCCACAAGGCAACGGTCTTCTCACCGTAGACCCAGGC < SRR14920189.4614306/148‑1 (MQ=60)
A‑‑AAAAAA‑ACAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGTATGGCGTGGACAGACGCCATTCGTGATGTCGATAGCTGCCACAAGGCAACGGTCTTCTCACCGTAGACCCAGGCAT < SRR14920189.140819/151‑1 (MQ=60)
A‑‑AAAAAA‑ACAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGTATGGCGTGGACAGACGCCATTCGTGATGTCGATAGCTGCCACAAGGCAACGGTCTTCTCACCGTAGACCCAGGCAT > SRR14920189.5075670/1‑151 (MQ=60)
gaAAAAAA‑ACCGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGCAATCTACGTATGGCGTGGACCGACGCCATGCGTGATGTCGATAGCTGCCACAAGGCAACGGTCTTCTCACCGTAGACCCAGGCA > SRR14920189.720895/3‑151 (MQ=60)
gaAAAAAA‑ACAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGTATGGCGTGGACAGACGCCATTCGTGATGTCGATAGCTGCCACAAGGCAACGGTCTTCTCACCGTAGACCCAGGCA < SRR14920189.2901314/149‑1 (MQ=60)
AAAAAA‑ACAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGTATGGCGTGGACAGACGCCATTCGTGATGTCGATAGCTGCCACAAGGCAACGGTCTTCTCACCGTAGACCCAGGCATC > SRR14920189.4726313/1‑151 (MQ=60)
AAA‑ACAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGTATGGCGTGGACAGACGCCATTCGTGATGTCGATAGCTGCCACAAGGCAACGGTCTTCTCACCGTAGACCCAGGCATTGCG < SRR14920189.4091704/151‑1 (MQ=60)
AAA‑ACAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGTATGGCGTGGACAGACGCCATTCGTGATGTCGATAGCTGCCACAAGGCAACGGTCTTCTCACCGTAGACCCAGGCATTGCG < SRR14920189.4091485/151‑1 (MQ=60)
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CCTCTGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTTGCTTTGACAATCCCCTGGTGTTTTGCGAAAACATTCGAGG‑‑AAG‑‑AAAAAA‑ACAGTATTCTTATATGCGCATAACCATGCATGTAAATACCATGTTTACCGTGCTAGTGAAATCTACGTATGGCGTGGACAGACGCCATTCGTGATGTCGATAGCTGCCACAAGGCAACGGTCTTCTCACCGTAGACCCAGGCATTGCG > NZ_CP025268/939297‑939593
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |