Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A16 F6 I1 R1
|
81 |
160.8 |
7353682 |
98.1% |
7213962 |
137.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| MC JC |
AE015451_phaM1 |
5,918,836 |
Δ4,582 bp |
|
[gcvP‑II CDS (glycine dehydrogenase)]–[gcvT‑II CDS (aminomethyltransferase)] |
[gcvP‑II CDS (glycine dehydrogenase)], gcvH‑II CDS (glycine cleavage system H protein 2), [gcvT‑II CDS (aminomethyltransferase)] |
|
| | | | seq id |
start |
end |
size |
←reads |
reads→ |
gene |
description |
|---|
| * |
* |
÷ |
AE015451_phaM1 |
5918836 |
5923417 |
4582 |
208 [0] |
[0] 208 |
[gcvP‑II CDS (glycine dehydrogenase)]–[gcvT‑II CDS (aminomethyltransferase)] |
[gcvP‑II CDS (glycine dehydrogenase)],gcvH‑II CDS (glycine cleavage system H protein 2),[gcvT‑II CDS (aminomethyltransferase)] |
|
| |
seq id |
position |
reads (cov) |
reads (cov) |
score |
skew |
freq |
annotation |
gene |
product |
| * |
? |
AE015451_phaM1 |
= 5918835 | 0 (0.000) | 208 (1.270) |
57/272 |
0.1 |
100% |
coding (2872/2874 nt) |
gcvP‑II CDS (glycine dehydrogenase) |
|
| ? | AE015451_phaM1 |
5923418 = |
0 (0.000) | coding (3/1083 nt) |
gcvT‑II CDS (aminomethyltransferase) |
|
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATCC > AE015451_phaM1/6011064‑6011304
|
tgtaataaacgcgacacgtggttcgggggcacgcccgctcccaatgttgctgaactgttatctaagggtgtgcgttacgtgtgggtggggggGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCG < VH01111:79:AACJV3JHV:1:2206:50554:5752/61‑1 (MQ=60)
gcgttaAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCACCCACAGGTGCACCAAAGTACTCGAACGGTGTCCCGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCG < VH01111:79:AACJV3JHV:1:1308:25048:1379/147‑1 (MQ=60)
TCTAATAAACGCGACACCTGGTTCGGGGGCACGCCCGCACCCACTGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGGTGTGCCGTACCTGGGGGAGCGGGCGTGCACGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCG < VH01111:79:AACJV3JHV:1:2206:49816:5771/153‑1 (MQ=60)
TCTAATAAACGCGACACCTGGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGACCGCTGTGCCTAACGTGTGGGTGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCG < VH01111:79:AACJV3JHV:1:2411:48036:47383/153‑1 (MQ=60)
gctcggagatgtgtataagagacaGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTC < VH01111:79:AACJV3JHV:2:1404:14198:9500/129‑1 (MQ=60)
gctccagattgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTC < VH01111:79:AACJV3JHV:2:1102:38814:51983/109‑1 (MQ=60)
gctccagattgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTC < VH01111:79:AACJV3JHV:1:2411:49248:10012/109‑1 (MQ=60)
gctccagattgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTC < VH01111:79:AACJV3JHV:1:2109:43794:10239/109‑1 (MQ=60)
cggagatgtgtataagagacagGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCC < VH01111:79:AACJV3JHV:1:1312:35122:11526/131‑1 (MQ=60)
CGCGGGCACGCCCGCTCCCACTGGTGCACCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACGTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCC < VH01111:79:AACJV3JHV:1:2309:48358:39072/153‑1 (MQ=60)
CGCGGGCACGCCCCCCCCCACTGGTCCACCACTGGTCACGAACGCTGGGCCGAACCTGGGGGCGGGGGCGTGCCCGCTAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCC < VH01111:79:AACJV3JHV:1:1402:68638:10580/153‑1 (MQ=60)
cgcccacaacgcacatgtaccgcaccgcacgccaagtaggggcgcaACCTGTGGGCGCGGGCGTCCCCCCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCATCAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGG < VH01111:79:AACJV3JHV:1:1602:72652:33487/107‑1 (MQ=60)
ccgcccgcacccacggggcccgcaccgggcccgaccccgggcccgtccctggggggggggggGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGG < VH01111:79:AACJV3JHV:1:1602:72273:33146/91‑1 (MQ=60)
accccccatccaaatggtgaagaaatgctcactaacgatggGCCGTACGTGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCTAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGG < VH01111:79:AACJV3JHV:1:1602:72633:33392/112‑1 (MQ=60)
CGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCcaccatgttatcctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacaatctggagcatcgggtaagccgtcttgtggt > VH01111:79:AACJV3JHV:2:1102:33399:24835/1‑75 (MQ=60)
CTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCC > VH01111:79:AACJV3JHV:1:2611:37943:43578/1‑153 (MQ=60)
CCAGGTCCAGCACAGGTCACGAACGCTGTGCCGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTG < VH01111:79:AACJV3JHV:1:1210:58621:19837/153‑1 (MQ=60)
ACAGGTGCAGCACAGGACTCGAACGCTGTCCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTG < VH01111:79:AACJV3JHV:1:2309:71913:11015/153‑1 (MQ=60)
GGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCAT > VH01111:79:AACJV3JHV:1:1414:67653:38182/1‑153 (MQ=60)
GGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCAT > VH01111:79:AACJV3JHV:2:2402:76269:23056/1‑153 (MQ=60)
GGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGACCCTGCGGCTGCCCCAACTGCAT > VH01111:79:AACJV3JHV:1:2608:68827:23074/1‑153 (MQ=60)
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GGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA > VH01111:79:AACJV3JHV:1:1312:23704:1057/1‑58 (MQ=60)
GGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA > VH01111:79:AACJV3JHV:2:1614:71876:27561/1‑58 (MQ=60)
GGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA > VH01111:79:AACJV3JHV:2:2311:46142:1341/1‑58 (MQ=60)
GTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATC > VH01111:79:AACJV3JHV:1:1606:46142:5316/1‑153 (MQ=60)
GTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATC > VH01111:79:AACJV3JHV:1:1611:40045:33411/1‑153 (MQ=60)
GTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA > VH01111:79:AACJV3JHV:2:2604:17834:30590/1‑57 (MQ=60)
aagagacaggctgcACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTT < VH01111:79:AACJV3JHV:2:2106:41768:26615/139‑1 (MQ=60)
gtgtgccgtcggtgtggggggggggGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATAC < VH01111:79:AACJV3JHV:1:2104:70020:31272/128‑1 (MQ=60)
CTGTGCCGTACGTGTGGGAGGGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATAC < VH01111:79:AACJV3JHV:1:2508:15902:11469/153‑1 (MQ=60)
CTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATAC < VH01111:79:AACJV3JHV:1:1610:71800:30212/153‑1 (MQ=60)
CTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATAC < VH01111:79:AACJV3JHV:1:1409:70133:18058/153‑1 (MQ=60)
GTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCACCAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCC > VH01111:79:AACJV3JHV:2:2303:56027:39091/1‑153 (MQ=60)
GTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCC > VH01111:79:AACJV3JHV:2:1213:58677:1984/1‑153 (MQ=60)
GTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCC > VH01111:79:AACJV3JHV:2:2608:63279:54217/1‑153 (MQ=60)
GTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCC > VH01111:79:AACJV3JHV:1:2207:37640:23321/1‑153 (MQ=60)
gctgcACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCT > VH01111:79:AACJV3JHV:2:2112:52107:7115/6‑153 (MQ=60)
gctgcACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCT > VH01111:79:AACJV3JHV:1:1502:16982:39697/6‑153 (MQ=60)
GTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCG > VH01111:79:AACJV3JHV:1:2612:68335:25119/1‑153 (MQ=60)
GTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCG > VH01111:79:AACJV3JHV:1:1612:70910:22544/1‑153 (MQ=60)
tcggtgggggcggggggGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGG < VH01111:79:AACJV3JHV:1:2304:30293:55088/136‑1 (MQ=60)
ACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGC > VH01111:79:AACJV3JHV:2:1209:16054:7001/1‑153 (MQ=60)
GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCtgtctcttatacacatctccgagcccacgagacaatctggagcatctcgtatgccgtcttgtgcttgtaaattgtgggggggggggggggggggggg > VH01111:79:AACJV3JHV:2:2310:41067:17546/1‑56 (MQ=60)
GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCtgtctcttatacacatctccgagcccacgagacaatctggagcatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaatgggggggggggggggggggggggg > VH01111:79:AACJV3JHV:2:1310:53887:7872/1‑56 (MQ=60)
GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCtgtctcttatacacatctccgagcccacgagacaatctggagcatcgggtatgccgtcttctgcttgaaaaatcggggggggggggggggggggggg > VH01111:79:AACJV3JHV:2:1310:53660:8630/1‑56 (MQ=60)
GGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATCC > VH01111:79:AACJV3JHV:1:2306:46653:4427/1‑153 (MQ=60)
|
TCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATCC > AE015451_phaM1/6011064‑6011304
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
