Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F6 I2 R1
|
82 |
424.1 |
19537984 |
98.2% |
19186300 |
137.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
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gene |
description |
| MC JC |
AE015451_phaM1 |
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Δ4,582 bp |
|
[gcvP‑II CDS (glycine dehydrogenase)]–[gcvT‑II CDS (aminomethyltransferase)] |
[gcvP‑II CDS (glycine dehydrogenase)], gcvH‑II CDS (glycine cleavage system H protein 2), [gcvT‑II CDS (aminomethyltransferase)] |
| | | | seq id |
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end |
size |
←reads |
reads→ |
gene |
description |
| * |
* |
÷ |
AE015451_phaM1 |
5918836 |
5923417 |
4582 |
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[0] 398 |
[gcvP‑II CDS (glycine dehydrogenase)]–[gcvT‑II CDS (aminomethyltransferase)] |
[gcvP‑II CDS (glycine dehydrogenase)],gcvH‑II CDS (glycine cleavage system H protein 2),[gcvT‑II CDS (aminomethyltransferase)] |
| |
seq id |
position |
reads (cov) |
reads (cov) |
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skew |
freq |
annotation |
gene |
product |
| * |
? |
AE015451_phaM1 |
= 5918835 | 0 (0.000) | 398 (0.920) |
75/272 |
0.3 |
100% |
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gcvP‑II CDS (glycine dehydrogenase) |
|
| ? | AE015451_phaM1 |
5923418 = |
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gcvT‑II CDS (aminomethyltransferase) |
|
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATCCA > AE015451_phaM1/6011026‑6011305
|
CCGGGTGATGGCGCTGTATGGTGGTGTGGTCAGCTTCTTCTAATAAACGGGACACGTGGTTCGCGGCCACGCCCGCTCCCACTGGTGCAGCACAGGTCTCTAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCC < VH01111:79:AACJV3JHV:1:1512:22719:19421/153‑1 (MQ=60)
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aagtcgctttaaggtgttttgttaagatacatctAATAAACGCGACACCTGATTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACTGTTCTCAAACGCTGTGCCGAACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC < VH01111:79:AACJV3JHV:1:2313:51558:32919/119‑1 (MQ=60)
AAGTCGCTGGAAGGTTGTTTGGTCAGCTTCTTCGAATAAACGCTACACGTGCTGCGCGGGCACGCCCGCACCCACAGGTCCAGCACAGGACACGACCGCTGGGCCGTACCTGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATC < VH01111:79:AACJV3JHV:1:2414:67823:37785/153‑1 (MQ=60)
AAGACGGTGGAAGGTGGTGTGTTCAGGTTCTTCTAATAACCGCGACACCTGCTTCGCGGGAACGCCCCCACCCACAGGTGCAGCACTGGACTCGACCGCTGTCCCGTACCTGGGGGAGCGGGGGTGCCCGCTAATGGCCGCAACCCTTTTATC < VH01111:79:AACJV3JHV:1:1308:58696:11091/153‑1 (MQ=60)
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GCTTCATCTAATAAACGCAACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCCCACCCACTGGTGCAGAACTGGTGTCTAACGCTGTGCCTTCCCTTTGGGTGGGGGCGTGCCCGCTAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAA < VH01111:79:AACJV3JHV:1:1406:23249:10939/153‑1 (MQ=60)
TCGATTAAACGCGACACGTGCTTCGCGGGCACGCCCGCACCCAGTGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCG < VH01111:79:AACJV3JHV:1:1414:60495:18417/153‑1 (MQ=60)
TCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCG < VH01111:79:AACJV3JHV:1:1411:54531:32824/153‑1 (MQ=60)
CGCGACACCTGATTCGCGGGCACCCCCGATCCCACAGGTGCATCACAGTACTCGAACGGTGTGCCTTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAG < VH01111:79:AACJV3JHV:1:1301:21109:43142/153‑1 (MQ=60)
ggctcggagatgtgtataagagacagGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGT < VH01111:79:AACJV3JHV:1:1404:62976:45622/127‑1 (MQ=60)
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ggctcggagatgtgtataagagacagGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGT < VH01111:79:AACJV3JHV:1:1604:40708:1057/127‑1 (MQ=60)
ggctcggagatgtgtataagagacagGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGT < VH01111:79:AACJV3JHV:1:1305:32206:55827/127‑1 (MQ=60)
caaacgtgctacgcgggcacccccccacccactgttgcacaACAGGTCACGAACGCGGTCCCGAACCTGGGGGGGCGGGCGTGCCCGCTAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTC < VH01111:79:AACJV3JHV:1:1502:62465:53063/112‑1 (MQ=60)
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ggcataccagataactcatgcagtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAA < VH01111:79:AACJV3JHV:1:2610:53830:4824/97‑1 (MQ=60)
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TCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTCCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGC < VH01111:79:AACJV3JHV:1:1414:21848:49522/153‑1 (MQ=60)
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tctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCC < VH01111:79:AACJV3JHV:1:2502:56027:19288/120‑1 (MQ=60)
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agtggtgcagcacagcactctatCGCTGTGCCGTACGTGTGGGAGGGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTG < VH01111:79:AACJV3JHV:1:2602:30653:18531/130‑1 (MQ=60)
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actggtgatcaactggtcacaAACGCTGTGCGGTACGTGTGGGAGCGGGGGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTG < VH01111:79:AACJV3JHV:1:2205:56083:40094/132‑1 (MQ=60)
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GGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA > VH01111:79:AACJV3JHV:1:1506:40840:1265/1‑58 (MQ=60)
GTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATC > VH01111:79:AACJV3JHV:1:2213:45271:53176/1‑153 (MQ=60)
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GGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATCCA > VH01111:79:AACJV3JHV:2:1102:33134:3026/1‑153 (MQ=60)
GGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATCCA > VH01111:79:AACJV3JHV:2:1214:50838:22961/1‑153 (MQ=60)
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CCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATCCA > AE015451_phaM1/6011026‑6011305
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |