Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A16 F6 I5 R1
|
67 |
1716.9 |
106595685 |
99.0% |
105529728 |
99.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AE015451_phaM1 |
6,011,161 |
T→C |
intergenic (+90/+20) |
xpt CDS (Xanthine phosphoribosyltransferase) → / ← PP_5266 CDS (putative acetyl‑CoA hydrolase family protein) |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AE015451_phaM1 | 6,011,161 | 0 | T | C | 99.6%
| 2065.8
/ ‑5.4
| 546 | intergenic (+90/+20) | xpt CDS (Xanthine phosphoribosyltransferase)/PP_5266 CDS (putative acetyl‑CoA hydrolase family protein) | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base C (430/113); minor base A (2/0); total (432/114) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 |
Only 100 of 546 total aligned reads displayed.
TCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCG > AE015451_phaM1/6011064‑6011296
|
atgggCACCCCCTCCCCCAGGGGTACAGCACGGTTCTCAACCTCTTTTCC‑TCCCTGGGGGGAGTGGCCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCt < 6:40391419/97‑1 (MQ=255)
cGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTgcc > 5:34522956/1‑99 (MQ=255)
gCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTgccg > 6:7374022/1‑99 (MQ=255)
gCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCCTTTATCTGGTTgccg > 5:2093651/1‑99 (MQ=255)
ccccCTCCCAGGGGGGCAACAGGGTTCTCGAACGTTGTGCCGTCTTTGG‑GGGAGCGGCCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTgccgc < 6:17954898/99‑1 (MQ=255)
ccccCTCACACGGGGGCAGAACATTTTTCGAATGTTTTGCCGCCCCTGT‑GGGAGTGTCCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTgccgc < 6:5133080/99‑1 (MQ=255)
ccGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTgccgcc > 6:13455904/1‑99 (MQ=255)
ccGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTgccgcc > 6:36158868/1‑99 (MQ=255)
cGCTCCCACAGGTGCAGCACCGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGCGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCa > 6:28849273/1‑99 (MQ=38)
cGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCa > 5:43118738/1‑99 (MQ=255)
gCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAg > 6:11481804/1‑99 (MQ=255)
cTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGc > 6:48025084/1‑99 (MQ=255)
tCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGcc > 6:20034580/1‑99 (MQ=255)
tCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGcc > 5:9258087/1‑99 (MQ=255)
cccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGccc > 6:5721488/1‑99 (MQ=255)
cccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGccc > 5:29296774/1‑99 (MQ=255)
cccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGccc > 5:47300761/1‑99 (MQ=255)
cccACAGGTGCAGCACAAGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑AGAAGCGGGCATGCCCGCGAATGGCCGCAACACTTTTATCTGGTTGCCGCCAGccc > 5:45783009/1‑99 (MQ=38)
ccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGcccc > 5:10392479/1‑99 (MQ=255)
ccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGcccc > 5:51576259/1‑99 (MQ=255)
acaGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGaa > 5:42085868/1‑61 (MQ=255)
acaGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTTCCGCCAGCCCCGc > 6:28121131/1‑99 (MQ=255)
acaGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGc > 5:35459802/1‑99 (MQ=255)
acaGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGc > 6:238100/1‑99 (MQ=255)
acaGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGc > 5:19164557/1‑99 (MQ=255)
acaGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGc > 6:29568354/1‑99 (MQ=255)
acaGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGc > 5:11963230/1‑99 (MQ=255)
caGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGcc > 5:38022838/1‑99 (MQ=255)
aGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCca > 3:143058/1‑99 (MQ=255)
aGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCca > 6:47341001/1‑99 (MQ=255)
gTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCcaac > 6:14075989/1‑99 (MQ=255)
gTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCcaac > 5:26286602/1‑99 (MQ=255)
tGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCcaaca > 5:3636995/1‑99 (MQ=255)
cagcaCAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCcaacaac > 5:20109588/1‑99 (MQ=255)
gcaCAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCcaacaacaa > 6:30544653/1‑99 (MQ=255)
cacaGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAg > 6:46399273/1‑99 (MQ=255)
cacaGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAg > 6:2541633/1‑99 (MQ=255)
cacaGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAg > 5:33851428/1‑99 (MQ=255)
caGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAgcg > 6:44759230/1‑99 (MQ=255)
aGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAgcgc > 6:3530575/1‑99 (MQ=255)
gTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTg > 5:32303178/1‑99 (MQ=255)
tctcGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTgg > 6:40985930/1‑99 (MQ=255)
ctcGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGt > 5:50769743/1‑99 (MQ=255)
tcGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTa > 5:45176528/1‑99 (MQ=255)
cGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTaa > 6:18199244/1‑99 (MQ=255)
aaCGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAg > 5:48669841/1‑99 (MQ=255)
aaCGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAg > 5:1469663/1‑99 (MQ=255)
aaCGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAg > 6:12031803/1‑99 (MQ=255)
aCGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGt > 6:15496718/1‑99 (MQ=255)
aCGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGt > 6:50265096/1‑99 (MQ=255)
aCGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGt > 5:48515129/1‑99 (MQ=255)
cGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAGCAAGCGCTGGTAAAGtt > 5:34745695/1‑99 (MQ=255)
cTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGttct > 6:14699399/1‑99 (MQ=255)
tgtgCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGttctt > 5:6203974/1‑99 (MQ=255)
tgtgCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGttctt > 6:34623494/1‑99 (MQ=255)
tgtgCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGttctt < 6:9043783/99‑1 (MQ=255)
gtgCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGttcttc > 5:35142226/1‑99 (MQ=255)
gtgCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGttcttc > 5:3979644/1‑99 (MQ=255)
gtgCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGttcttc > 5:41420873/1‑99 (MQ=255)
tgCCGTATTTGG‑GGGAGTGGTCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTtcttct < 6:20380238/99‑1 (MQ=255)
tgCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTtcttct > 6:18941574/1‑99 (MQ=255)
gCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTcttctt > 5:13119579/1‑99 (MQ=255)
gCCGGACTTGG‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTcttctt < 6:43075221/99‑1 (MQ=39)
cGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTACAGTTCTTCTTTa > 5:27205078/1‑99 (MQ=255)
cGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTa > 5:22183635/1‑99 (MQ=255)
tACCTGT‑GGGGGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAg > 5:44148546/1‑99 (MQ=255)
tACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAg > 5:38435644/1‑99 (MQ=255)
tACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAg > 6:22778214/1‑99 (MQ=255)
aCCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCcaa < 6:46738634/68‑1 (MQ=255)
aCCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGc > 6:16285104/1‑99 (MQ=255)
tttgt‑gGGAGCGGCCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGcc < 5:5002542/97‑1 (MQ=255)
ccTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGcc > 5:18598166/1‑99 (MQ=255)
ccTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGcc > 5:31240638/1‑99 (MQ=255)
ccTGG‑GGGGGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGcc < 5:2368498/99‑1 (MQ=39)
cTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGccc < 5:30324742/99‑1 (MQ=255)
cTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGccc > 5:11522281/1‑99 (MQ=255)
tgt‑gGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGcccc > 6:9294171/1‑99 (MQ=255)
tggggggAGCGGCCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGccc < 6:31588400/95‑1 (MQ=255)
gtgggggAGTGGCCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGccc < 6:34454278/95‑1 (MQ=255)
tgggggAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAGCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGcccc < 6:27681043/96‑1 (MQ=39)
gt‑gGGAGCGTGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAACCCCt > 6:12877526/1‑99 (MQ=255)
gt‑gGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCt > 5:49851470/1‑99 (MQ=255)
t‑gGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTg > 6:48628960/1‑99 (MQ=255)
gggAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGc > 6:21323877/1‑99 (MQ=255)
gggAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGc > 5:18085153/1‑99 (MQ=255)
ggAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCg > 6:26449219/1‑99 (MQ=255)
gAGTGGCCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCgg < 5:3963360/99‑1 (MQ=255)
gAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCgg > 6:39040282/1‑99 (MQ=255)
gAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCgg < 5:16285104/99‑1 (MQ=255)
gAGCGGACGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCg > 1:123762/1‑149 (MQ=255)
cGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTg > 5:17250133/1‑99 (MQ=255)
gggCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGc < 6:3799438/99‑1 (MQ=255)
gCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTgg < 6:8081914/67‑1 (MQ=255)
gCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 6:42580910/1‑99 (MQ=255)
gCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc < 5:8053275/99‑1 (MQ=255)
gCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 5:42930310/1‑99 (MQ=255)
cGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGcccc > 6:19345108/1‑99 (MQ=255)
cGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGcccc > 5:2860386/1‑99 (MQ=255)
tGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCaa > 6:22451194/1‑99 (MQ=255)
tGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCaa > 5:5433392/1‑99 (MQ=255)
|
TCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCG > AE015451_phaM1/6011064‑6011296
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 423 total aligned reads displayed.
CAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATCCAA > AE015451_phaM1/6011056‑6011306
|
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CCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCA > LH00444:96:22JGLYLT3:3:2192:10385:15436/1‑101 (MQ=60)
CGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCAT < LH00444:96:22JGLYLT3:3:2157:48941:23095/101‑1 (MQ=60)
CGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCAT < LH00444:96:22JGLYLT3:3:2250:31586:19938/101‑1 (MQ=60)
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CAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATCCAA > AE015451_phaM1/6011056‑6011306
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
