Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F109 I0 R1
|
80 |
111.8 |
2404748 |
95.6% |
2298939 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
584,121 |
G→T |
77.5% |
intergenic (+205/‑67) |
rplA → / → rplJ |
ribosomal protein L1/ribosomal protein L10 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 584,121 | 0 | G | T | 77.5%
| 201.7
/ 74.3
| 135 | intergenic (+205/‑67) | rplA/rplJ | ribosomal protein L1/ribosomal protein L10 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/18); new base T (57/46); total (71/64) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.35e-01 |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
AGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTTTC > CP000730/583983‑584258
|
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aaTTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACATTTTGCCTTGGGt > 2:863496/1‑141 (MQ=255)
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ttcagaGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGa < 1:111635/136‑1 (MQ=255)
tCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGaa > 1:291471/1‑141 (MQ=255)
tCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGaa < 2:1115115/141‑1 (MQ=255)
tCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGaa < 2:755482/141‑1 (MQ=255)
aGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAggg > 1:305779/1‑139 (MQ=255)
aGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTg > 1:930396/1‑141 (MQ=255)
aGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCCATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTGGAAAGTg > 1:301605/1‑141 (MQ=255)
tatTACTTATTGTTATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCtttt < 2:529818/141‑1 (MQ=255)
atTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCttttt < 1:16571/141‑1 (MQ=255)
ttACTTCTTGTGATTATTTTACCGGATTTAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCtttttt < 2:1201867/141‑1 (MQ=255)
ttACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCtttttt > 1:593552/1‑141 (MQ=255)
tcTTATTGTTATTATTTTACCTAAGCCATTAGGAGTTATTTATAACTTAAATTTTTTCCTGCCGAGGCTAAGATAGACTTGTCCTTTTTGATCTATGATCTTTCAAGCAATTTTGTCCTTTTGTAGAAAGGGCTTTTTtta < 2:304405/140‑1 (MQ=255)
ttATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTttatt > 1:356549/1‑141 (MQ=255)
tgtgATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAAtt < 1:349414/141‑1 (MQ=255)
tgtgATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCATGCAGAGAATAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACGTTTTGTCGTGGGTAGAAAGTGCttttttaaaaaaaa < 2:411152/141‑9 (MQ=255)
gtgATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATCACTTAAAATGTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCAATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCGGTTGGTAGAAAGTGCTTTTTttattatctt > 2:762565/1‑137 (MQ=255)
ttttACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTaaaaaa > 2:224417/1‑141 (MQ=255)
ttgtggttgaggcAGTAGGAGTTATTTAGAAGTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTaaaaaa < 2:586147/129‑1 (MQ=255)
tttACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTaaaaaaa > 1:1013989/1‑141 (MQ=255)
ttACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATACCTTACCATTTACCATGCCGAACCTAACATAGCATTCAAACAGATGGTCCATGATCTTTCAAGCGCATGAGGCGTTTGCGAGAAATTGCTTTTTTTATTAATTTAACAAAAAg > 2:399991/1‑141 (MQ=255)
ttACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAg < 1:967697/141‑1 (MQ=255)
ttACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAg > 1:156127/1‑141 (MQ=255)
tACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAGTTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGc > 1:138362/1‑141 (MQ=255)
tACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGc > 1:521367/1‑141 (MQ=255)
aCCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCGGCCGAGGATAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGGTCTTTCAAGCACTTTTGGCCCTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAGTTTTATAAAAAGCa > 2:478869/1‑141 (MQ=255)
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cTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCAcc < 2:401049/141‑1 (MQ=255)
gACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTATTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCaaaa > 1:832204/1‑141 (MQ=255)
gTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAAttt > 2:735397/1‑141 (MQ=255)
aGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAGAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAGAAATTTaa > 1:329750/1‑141 (MQ=255)
ggAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTaaa > 2:308198/1‑141 (MQ=255)
ggAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTaaa > 1:890176/1‑141 (MQ=255)
ggAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTaaa > 1:80201/1‑141 (MQ=255)
aGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATg > 2:701142/1‑141 (MQ=255)
gTTATTTATAACTTAAAAGTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATgg < 2:810386/141‑1 (MQ=255)
tataACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGgtgt > 1:848991/1‑141 (MQ=255)
tataACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGgtgt < 2:52626/141‑1 (MQ=255)
aCTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGa > 1:119782/1‑141 (MQ=255)
aCTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGa > 1:119817/1‑141 (MQ=255)
aaaTTTAGCCTGCCGAGGCTAAAGTTTACTTAAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACCTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATATTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTc < 2:916638/141‑1 (MQ=255)
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ttATCCTGCCGAGGCTAATATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCt < 2:398747/141‑1 (MQ=255)
ttATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAGCGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCt < 2:989966/141‑1 (MQ=255)
tgaTCCTGCCGAGGTTAAAATTGACTTGAAGGTGATGATATATGACCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAATTGCTTTTGTTTTTAATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCt < 2:498325/139‑1 (MQ=255)
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tATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTa < 2:671301/141‑1 (MQ=255)
tATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTa < 1:1156990/141‑1 (MQ=255)
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gCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTGTTTATTAATTTTAAAAAGAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTACTAACAtat > 2:418725/1‑139 (MQ=255)
gAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAg > 1:372020/1‑141 (MQ=255)
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ggCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCt > 2:946082/1‑141 (MQ=255)
gCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTa < 1:73222/141‑1 (MQ=255)
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gACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAaacaac > 1:893716/1‑141 (MQ=255)
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cTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTa > 1:341875/1‑141 (MQ=255)
ttGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGGGTCTGAATGTCTNCTANCNTTGAAGCTAAAGAACAACTAg > 1:697421/1‑141 (MQ=255)
tgatgaTCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTtgatga < 2:119817/141‑1 (MQ=255)
tgatgaTCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTtgatga < 2:119782/141‑1 (MQ=255)
aaaaatcaatgatctTTCAAACACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTATATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGaa < 2:626613/137‑1 (MQ=255)
gatctatgatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAAtt < 1:224417/141‑1 (MQ=255)
gatctatgatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAAtt < 1:444757/141‑1 (MQ=255)
gatctatgatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAAtt < 1:701142/141‑1 (MQ=255)
gatctatgatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGACGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAAtt < 1:803763/141‑1 (MQ=255)
tctatgatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAACGTGCTTTTTTTATTAATTGTCAAAAAAGCAGCAAAGATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCGAAAAAACAACTAGTTGATGCAAtttc > 2:566371/1‑139 (MQ=255)
tatgatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTg < 2:521367/141‑1 (MQ=255)
tatgatctTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGGGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGACTGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTg > 1:170931/1‑141 (MQ=255)
atgatctTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGa < 2:522222/141‑1 (MQ=255)
tgatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAAATAGTTAATGAAATTGCTTAg > 2:990601/1‑141 (MQ=255)
tgatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATAAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTCAAATGGAGGCGTCTGAAAGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACAAATAGAAGaaaatacagag > 1:337077/1‑133 (MQ=255)
gatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAgg > 1:40553/1‑141 (MQ=255)
gatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGGGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAACTTGCTGAgg > 1:113136/1‑141 (MQ=255)
atctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGt < 1:10159/141‑1 (MQ=255)
atctTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGCCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGt < 1:971616/141‑1 (MQ=255)
tctTTCAAGCACTTTTTTTCTTTTTTATAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATTAAATTGCTGATGTa > 2:322328/1‑141 (MQ=255)
tctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGCTGAAATTGCTGAGGTa > 1:430751/1‑141 (MQ=255)
ctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTAc < 2:325675/141‑1 (MQ=255)
ttCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTa < 1:684003/141‑1 (MQ=255)
tCAAGCAGTTATTGCCTTGGGTAGAAAGTGCCTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTAt < 1:863496/141‑1 (MQ=255)
tCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTAt > 1:613218/1‑141 (MQ=255)
tCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTAt > 2:488923/1‑141 (MQ=255)
cAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATc > 1:551086/1‑141 (MQ=255)
aaaGCACTTTTTGCCGGGGTTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAAGTAGTTGATGAACGTGCTGAGGTACTATc > 2:1100524/2‑141 (MQ=255)
gCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCaaa > 1:3313/1‑141 (MQ=255)
gCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGTAATTGCTGAGGTACTATCaaa > 1:805827/1‑141 (MQ=255)
gaCTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAAt < 2:930396/140‑1 (MQ=255)
tcTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTTGTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAAtt < 2:551569/140‑1 (MQ=255)
aCTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAAtt < 1:946082/141‑1 (MQ=255)
ttGCCTTGGGTAGAAAGTGCTCTATTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGtt > 1:1189949/1‑141 (MQ=255)
tGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATAGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTTATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTAAGttt > 2:666909/1‑141 (MQ=255)
gCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTATCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCCAAATCAGTTTc > 2:229290/1‑141 (MQ=255)
gCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGAAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTTTCAAATTCAGTTTc > 2:321523/1‑141 (MQ=255)
|
AGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTTTC > CP000730/583983‑584258
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
