Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A23 F171 I0 R1
|
85 |
107.7 |
2387914 |
93.1% |
2223147 |
139.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
584,121 |
G→T |
100% |
intergenic (+205/‑67) |
rplA → / → rplJ |
ribosomal protein L1/ribosomal protein L10 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 584,121 | 0 | G | T | 100.0%
| 321.1
/ ‑6.5
| 94 | intergenic (+205/‑67) | rplA/rplJ | ribosomal protein L1/ribosomal protein L10 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (40/52); total (41/53) |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
AGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTTTC > CP000730/583983‑584258
|
aGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTg > 2:1168001/1‑141 (MQ=255)
tttCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGGTCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAg > 2:444990/1‑141 (MQ=255)
ccAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGaaa < 2:365567/141‑1 (MQ=255)
cAAGTTATATTACTTATCGTGATTTTTTTACCTAAGACTGTACGAGTTATTTATAACTTAACATTTATCCTGCCGAGGCTACAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAg < 1:554767/141‑1 (MQ=255)
aGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTa < 1:50800/134‑1 (MQ=255)
aGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTa > 2:50800/1‑134 (MQ=255)
aGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTg > 1:1007432/1‑141 (MQ=255)
aGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTg < 2:211642/141‑1 (MQ=255)
aGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTg > 1:496128/1‑141 (MQ=255)
gTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGc > 1:476188/1‑141 (MQ=255)
gTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGc < 2:519141/141‑1 (MQ=255)
tataTTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCtt < 1:429829/141‑1 (MQ=255)
tatTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCtttt < 1:921199/141‑1 (MQ=255)
atTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCttttt > 2:656668/1‑141 (MQ=255)
atTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCttttt < 2:799395/141‑1 (MQ=255)
atTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCttttt < 2:1167776/141‑1 (MQ=255)
cTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTttat < 1:404782/141‑1 (MQ=255)
ttATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTttatt < 1:510496/141‑1 (MQ=255)
tATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTttatta < 1:881570/141‑1 (MQ=255)
aTTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTaa < 1:802423/141‑1 (MQ=255)
tgtgATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAAtt < 1:3731/141‑1 (MQ=255)
tcgATTATTTTATCTTCGTCAGTAGTAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGACGAAACTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTttaaaaaaaa < 2:350683/139‑8 (MQ=255)
gtgATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAATGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAAttt > 1:105751/1‑141 (MQ=255)
gtgATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAAttt < 2:41514/141‑1 (MQ=255)
tgtttattTTACCTAAGGCCGTAGAAGTTATTTATAACTTAACATTTATCCTTCCGAGTCTAAAATTGACTTGAGCTTTATGATCTATGTTCTTTCTATCTCGTTTTGCCTTGGGTGGAAAGTGCTTTTTTTATTAAttt‑‑t < 2:336746/138‑1 (MQ=255)
tgATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAAttt‑‑t < 1:15140/141‑1 (MQ=255)
tgATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAAttt‑‑t < 2:252110/141‑1 (MQ=255)
gATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATGGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTttaaaattaata < 2:314224/141‑10 (MQ=255)
attattTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATACTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑Taa > 1:72955/1‑141 (MQ=255)
attattTTACCTAAGACAGGAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑Taa < 1:961518/141‑1 (MQ=255)
ttattTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑Taaa > 1:969398/1‑141 (MQ=255)
ttattTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑Taaa > 1:790628/1‑141 (MQ=255)
ttACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAg < 1:636366/141‑1 (MQ=255)
tACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGc > 2:780051/1‑141 (MQ=255)
tACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGc > 2:404884/1‑141 (MQ=255)
aCCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCa > 1:1013335/1‑141 (MQ=255)
gACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCaaaa > 2:348969/1‑141 (MQ=255)
cAGTACGAGTTCTTTAAAACTTCACAATCATACTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCCCTACTTCTCACCAGTCCCTACAACTTTTTTTCCTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCaaaact < 2:1009280/141‑3 (MQ=255)
aggaGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAAtt < 1:898768/138‑1 (MQ=255)
gTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTTTTTTTTTTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAAttt > 2:511136/1‑141 (MQ=255)
tAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTa > 2:1102637/1‑141 (MQ=255)
aGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTaa > 2:80684/1‑141 (MQ=255)
gAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAAt < 1:639830/141‑1 (MQ=255)
atttatAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAgg > 1:254554/1‑141 (MQ=255)
ttatAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGgtg < 2:1109920/141‑1 (MQ=255)
ttatAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGgtg > 1:751433/1‑141 (MQ=255)
tataACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTTATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTATATGGAGgtgt > 2:760299/1‑141 (MQ=255)
taACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCt < 1:649509/141‑1 (MQ=255)
ttAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAAt > 2:413600/1‑141 (MQ=255)
aaaTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTc < 1:1118869/141‑1 (MQ=255)
aaTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCt < 2:37713/141‑1 (MQ=255)
aaTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGGAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCt > 1:121058/1‑141 (MQ=255)
tATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAAAAAGTGCTTTTTTTCTTAATTT‑‑TAAACAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTa < 1:718439/141‑1 (MQ=255)
tCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATc > 1:133893/1‑141 (MQ=255)
tGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCAtt < 1:951108/141‑1 (MQ=255)
tGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCAtt < 1:884297/141‑1 (MQ=255)
gCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATCGAGGTGTCTGAATGTCTCCTATCAttc > 2:943017/1‑140 (MQ=255)
cGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGaa < 2:346789/141‑1 (MQ=255)
gatgttAAAATTGACTGGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAg < 2:392268/136‑1 (MQ=255)
gAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAg > 2:1047888/1‑141 (MQ=255)
gAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAg < 2:122678/141‑1 (MQ=255)
gAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAg < 1:765841/141‑1 (MQ=255)
aGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGc < 2:254554/141‑1 (MQ=255)
ggCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCt < 1:283508/141‑1 (MQ=255)
tAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTaaa < 2:620210/141‑1 (MQ=255)
gACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAaacaac > 1:213438/1‑141 (MQ=255)
cTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTa > 1:910164/1‑141 (MQ=255)
gAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGtt < 2:3246/141‑1 (MQ=255)
aaCGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTtg < 1:683513/141‑1 (MQ=255)
cGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTtgat < 1:1168001/141‑1 (MQ=255)
gTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTtgatg < 1:424738/141‑1 (MQ=255)
gTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTtgatg > 1:846283/1‑141 (MQ=255)
tgatgaTCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTTTTTTTTTTTGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTtgatga > 2:378312/1‑141 (MQ=255)
tgatgaTCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTATAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTtgat < 2:699448/141‑1 (MQ=255)
tgatgaTCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTtgatga < 1:446905/141‑1 (MQ=255)
tgatgaTCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAAGGTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTtgatga < 2:540485/141‑1 (MQ=255)
tgatctatgatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAAt > 1:362903/1‑141 (MQ=255)
gatctatgatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAAtt > 1:723086/1‑141 (MQ=255)
ctatgctctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGAAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCt < 1:376643/141‑1 (MQ=255)
tttCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACt < 1:413600/141‑1 (MQ=255)
tttCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACt < 1:901008/141‑1 (MQ=255)
ttCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTa < 1:781706/141‑1 (MQ=255)
ttCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTa > 1:869197/1‑141 (MQ=255)
tCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTAt > 2:62502/1‑141 (MQ=255)
tCAAGCACTTTTTACTTTCGGTAGAAAATGGTTTATCTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGACTGTCTGCTATCATTGATGCAACAAAACAACTAGTTGATTAAATTGCTGANGTACTAt > 2:897966/1‑141 (MQ=255)
cAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATc > 1:318447/1‑141 (MQ=255)
aaGCACTTTTTTCTTTTGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGTACCAAAAATTTAAATGGTGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGTGTTACTAtta > 2:609099/1‑139 (MQ=255)
cTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAAGTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTc > 1:1107564/1‑141 (MQ=255)
cTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTc > 2:740746/1‑141 (MQ=255)
tttttGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGGCTGAATGTCTGGTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCa > 2:1003538/1‑141 (MQ=255)
ttttGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAg < 1:1105611/141‑1 (MQ=255)
ttttGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAg < 1:658063/141‑1 (MQ=255)
ttGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGtt > 1:285176/1‑141 (MQ=255)
gCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTTTc < 2:263223/141‑1 (MQ=255)
|
AGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTT‑‑TAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTTTC > CP000730/583983‑584258
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
