Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F28 I3 R2
|
122 |
64.1 |
3058059 |
97.6% |
2984665 |
63.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,325,522 |
T→G |
K71T (AAA→ACA) |
wcaL ← |
predicted glycosyl transferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,325,522 | 0 | T | G | 100.0%
| 169.6
/ NA
| 48 | K71T (AAA→ACA) | wcaL | predicted glycosyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (20/28); total (20/28) |
GGTTGAGCGCCTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTATTTCGTCCA > minE/1325454‑1325589
|
ggTTGAGCGCCTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTc < 1:1934635/71‑1 (MQ=255)
ttGAGCGCCTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGc > 1:1556353/1‑71 (MQ=255)
aGCGCCTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCa < 1:1819564/70‑1 (MQ=255)
cTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCg < 1:108520/62‑1 (MQ=255)
cTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCg < 1:595699/62‑1 (MQ=255)
aGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACttt > 1:635312/1‑64 (MQ=255)
aGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACttt > 1:2546626/1‑64 (MQ=255)
gTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAgg < 1:2999305/71‑1 (MQ=255)
aTTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGtt > 1:1172189/1‑71 (MQ=255)
tttttACGATGAATTCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTc < 1:2942137/71‑1 (MQ=255)
tttttACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGtt < 1:673027/70‑1 (MQ=255)
tttACGATGAATTCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGt > 1:1653186/1‑71 (MQ=255)
tttACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCg < 1:462984/70‑1 (MQ=255)
tttACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGt > 1:1660421/1‑71 (MQ=255)
tttcGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTc > 1:2674107/4‑71 (MQ=255)
tACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTcc > 1:2684186/1‑71 (MQ=255)
aCGATGAATGCCTCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCTACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCt > 1:663647/1‑71 (MQ=255)
aTGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTa < 1:1413555/71‑1 (MQ=255)
aaTGCCGCGCAAGGGCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGc < 1:1629631/50‑1 (MQ=255)
tGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGt < 1:1113710/52‑1 (MQ=255)
tGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGt < 1:2873167/52‑1 (MQ=255)
ccGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGc < 1:2951789/70‑1 (MQ=255)
ccGCGCAAGGACTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCg > 1:319929/1‑71 (MQ=255)
cgcgCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACtt < 1:1095104/42‑1 (MQ=255)
cgcgCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAATCAGCgg < 1:389961/71‑1 (MQ=255)
cgcgCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCgg > 1:259966/1‑71 (MQ=255)
cgcAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGt < 1:2900943/71‑1 (MQ=255)
gcAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTa < 1:1827812/47‑1 (MQ=255)
aaGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGt > 1:589870/1‑57 (MQ=255)
ggTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTgg > 1:1031298/1‑71 (MQ=255)
ggTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTgg < 1:1799566/71‑1 (MQ=255)
tggctggcTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGgcag > 1:2839014/1‑70 (MQ=255)
gctggctCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGgcagca < 1:2589409/70‑1 (MQ=255)
gctggctCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGgcagc < 1:3009520/69‑1 (MQ=255)
gctggctCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGgcagc < 1:424296/69‑1 (MQ=255)
tggctCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGt < 1:1941442/58‑1 (MQ=255)
gctCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAgg < 1:1864380/69‑1 (MQ=255)
ctCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTg < 1:207956/71‑1 (MQ=255)
cGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTa > 1:2467104/1‑71 (MQ=255)
gTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTAtt < 1:328361/71‑1 (MQ=255)
gTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTAtt > 1:360928/1‑71 (MQ=255)
gTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTAtt < 1:182474/71‑1 (MQ=255)
ggCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTATTTc > 1:385848/1‑71 (MQ=255)
gcgcAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGtta > 1:2904565/1‑49 (MQ=255)
gcgcAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTATTTCg < 1:291100/71‑1 (MQ=255)
gcgcAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTATTTCg > 1:2862398/1‑71 (MQ=255)
gcAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTg < 1:1134409/62‑1 (MQ=255)
aGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTATTTCGTCCa > 1:2662204/1‑71 (MQ=255)
|
GGTTGAGCGCCTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTATTTCGTCCA > minE/1325454‑1325589
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
