Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F28 I1 R1
|
122 |
92.7 |
4382561 |
94.3% |
4132755 |
66.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,325,522 |
T→G |
K71T (AAA→ACA) |
wcaL ← |
predicted glycosyl transferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,325,522 | 0 | T | G | 100.0%
| 221.7
/ NA
| 58 | K71T (AAA→ACA) | wcaL | predicted glycosyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (34/24); total (34/24) |
AGCGCCTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTATTTCG > minE/1325459‑1325585
|
aGCGCCTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCAc < 1:587612/71‑1 (MQ=255)
aGCGCCTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCAc < 1:2009418/71‑1 (MQ=255)
aGCGCCTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCAc < 1:483157/71‑1 (MQ=255)
gcCTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACttt > 1:725531/1‑71 (MQ=255)
gcCTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACttt > 1:3036822/1‑71 (MQ=255)
gcCTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACttt > 1:294245/1‑71 (MQ=255)
gcCTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACttt > 1:3570750/1‑71 (MQ=255)
gcCTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACttt > 1:2281116/1‑71 (MQ=255)
gcCTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACttt > 1:2253696/1‑71 (MQ=255)
gcCTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACttt > 1:4196071/1‑71 (MQ=255)
gcCTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACttt > 1:205515/1‑71 (MQ=255)
gcCTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACttt > 1:705025/1‑71 (MQ=255)
gcCTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACttt > 1:1409064/1‑71 (MQ=255)
gcCTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACttt > 1:1116287/1‑71 (MQ=255)
gcCTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACttt > 1:526875/1‑71 (MQ=255)
aTTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGt > 1:1285483/1‑70 (MQ=255)
tttACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCTGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCg < 1:2400278/70‑1 (MQ=255)
tttACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCg < 1:1637144/70‑1 (MQ=255)
tttACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCg < 1:3368680/70‑1 (MQ=255)
tttACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCg < 1:2351370/70‑1 (MQ=255)
tttACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCg < 1:3828515/70‑1 (MQ=255)
tttACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCg < 1:3889917/70‑1 (MQ=255)
tttACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCg < 1:2159014/70‑1 (MQ=255)
tttACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCg < 1:1425265/70‑1 (MQ=255)
aaTGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGTCCGTAGGTTCGTCCTGTAAc > 1:2396374/1‑70 (MQ=255)
aaTGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAAc > 1:3342432/1‑70 (MQ=255)
aaTGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAAc > 1:426348/1‑70 (MQ=255)
aaTGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAAc > 1:3084046/1‑70 (MQ=255)
aaTGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAAc > 1:1083328/1‑70 (MQ=255)
aaTGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAAc > 1:2277771/1‑70 (MQ=255)
aaTGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAAc > 1:1730593/1‑70 (MQ=255)
aaTGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAAc > 1:1789750/1‑70 (MQ=255)
aaTGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAAc > 1:1217151/1‑70 (MQ=255)
aaTGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAAc > 1:2183241/1‑70 (MQ=255)
aaTGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAAc > 1:2256730/1‑70 (MQ=255)
aaTGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAAc > 1:2665255/1‑70 (MQ=255)
gCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGc > 1:626526/1‑39 (MQ=255)
gCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCa > 1:4288695/1‑69 (MQ=255)
gCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGc > 1:810178/1‑71 (MQ=255)
gCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGc > 1:1026055/1‑71 (MQ=255)
gCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGc > 1:1112902/1‑71 (MQ=255)
gCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGc > 1:3348603/1‑71 (MQ=255)
gCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGc > 1:332992/1‑71 (MQ=255)
gCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGc > 1:2975089/1‑71 (MQ=255)
tggctCGGTGGCGCAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAgg > 1:3674440/1‑71 (MQ=255)
gcgcAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTATTTCg < 1:940206/71‑1 (MQ=255)
gcgcAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTATTTCg < 1:972790/71‑1 (MQ=255)
gcgcAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTATTTCg < 1:961559/71‑1 (MQ=255)
gcgcAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTATTTCg < 1:122021/71‑1 (MQ=255)
gcgcAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTATTTCg < 1:4268957/71‑1 (MQ=255)
gcgcAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTATTTCg < 1:4205572/71‑1 (MQ=255)
gcgcAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTATTTCg < 1:3843114/71‑1 (MQ=255)
gcgcAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTATTTCg < 1:3839865/71‑1 (MQ=255)
gcgcAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTATTTCg < 1:3735446/71‑1 (MQ=255)
gcgcAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTATTTCg < 1:3647827/71‑1 (MQ=255)
gcgcAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTATTTCg < 1:2375379/71‑1 (MQ=255)
gcgcAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTATTTCg < 1:2929163/71‑1 (MQ=255)
gcgcAGTGTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTATTTCg < 1:3254683/71‑1 (MQ=255)
|
AGCGCCTGCCAGGTATTTTTACGATGAATGCCGCGCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTAACCAGCGGGTTCTGGCAGCAAGGTTGTATTTCG > minE/1325459‑1325585
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
