Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F1 I2 R1
|
780 |
68.3 |
3343050 |
93.5% |
3125751 |
102.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,268,487 |
(T)7→8 |
intergenic (+180/+322) |
tyrB → / ← yjbS |
tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent/uncharacterized protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,268,480 | 1 | . | T | 98.0%
| 151.6
/ ‑3.6
| 49 | intergenic (+173/+329) | tyrB/yjbS | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base T (22/26); total (23/26) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.26e-01 |
GTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTT > NC_000913/4268355‑4268589
|
gtcgtcGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTg < 1:1460061/139‑1 (MQ=255)
cgtcgCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTg > 1:1421345/1‑137 (MQ=255)
cgtcgCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTg < 2:1421345/137‑1 (MQ=255)
cTTTTACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGtaat < 1:914960/139‑1 (MQ=255)
ctttctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 1:946229/139‑1 (MQ=255)
ctttctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 2:1212343/139‑1 (MQ=255)
tctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGcac > 1:319563/1‑139 (MQ=255)
tataGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑ttttttttggg < 2:158842/115‑5 (MQ=255)
tataGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑TTTTTTTtggg > 1:158842/1‑114 (MQ=255)
gatTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑tttttt > 1:517422/1‑103 (MQ=255)
gatTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑tttttt < 2:517422/103‑1 (MQ=255)
tACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATc < 2:607623/139‑1 (MQ=255)
tGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 1:1042329/1‑99 (MQ=255)
tGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTACTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 2:1042329/99‑1 (MQ=255)
gagaTAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTg > 1:1212411/1‑139 (MQ=255)
agaTAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTg < 2:1173699/80‑1 (MQ=255)
agaTAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTg > 1:1173699/1‑80 (MQ=255)
agaTAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 2:1449689/1‑95 (MQ=255)
agaTAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 1:1449689/95‑1 (MQ=255)
tgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca < 2:707405/84‑1 (MQ=255)
tgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGt < 2:1082782/126‑1 (MQ=255)
tgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCACAATTATCTGGAATTCCTTAGCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGt > 1:1082782/1‑126 (MQ=255)
ggttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca > 1:707405/2‑84 (MQ=255)
gttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGc > 2:1606426/1‑82 (MQ=255)
gttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGc < 1:1606426/82‑1 (MQ=255)
ttCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCtat < 1:1638087/139‑1 (MQ=255)
tttATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 1:1481275/72‑1 (MQ=255)
tttATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 2:1481275/1‑72 (MQ=255)
ttATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTg < 2:701187/56‑1 (MQ=255)
ttATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTg > 1:701187/1‑56 (MQ=255)
ttATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCt > 2:1409397/1‑139 (MQ=255)
aaGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCt < 1:1204658/70‑1 (MQ=255)
aaGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCt > 2:1204658/1‑70 (MQ=255)
ttATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCt < 2:319563/139‑1 (MQ=255)
aTCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca > 1:219420/1‑59 (MQ=255)
aTCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca < 2:219420/59‑1 (MQ=255)
aTCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAAc > 2:484793/1‑67 (MQ=255)
aTCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAAc < 1:484793/67‑1 (MQ=255)
aTCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCttt < 2:1212411/139‑1 (MQ=255)
aTCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑ttttttttggg > 2:121999/1‑36 (MQ=255)
aTCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑ttttttttggg < 1:121999/40‑5 (MQ=255)
aTCCCAATTATCTGGAATTCCTCATCCTGTTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCtt > 2:257997/1‑139 (MQ=255)
tCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 2:1100502/1‑56 (MQ=255)
tCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 1:1100502/56‑1 (MQ=255)
tCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 2:210854/56‑1 (MQ=255)
tCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 1:210854/1‑56 (MQ=255)
ttATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 1:93395/50‑1 (MQ=255)
ttATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 2:93395/1‑50 (MQ=255)
tGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCt > 2:197132/1‑125 (MQ=255)
tGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCt < 1:197132/125‑1 (MQ=255)
cTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTAt > 2:365789/1‑72 (MQ=255)
cTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTAt < 1:365789/72‑1 (MQ=255)
cTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAatat < 2:1203132/94‑1 (MQ=255)
cTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAatat > 1:1203132/1‑94 (MQ=255)
|
GTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTT > NC_000913/4268355‑4268589
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
