Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
773 |
79.9 |
4112934 |
92.2% |
3792125 |
104.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,268,487 |
(T)7→8 |
intergenic (+180/+322) |
tyrB → / ← yjbS |
tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent/uncharacterized protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,268,480 | 1 | . | T | 89.7%
| 112.3
/ 5.5
| 39 | intergenic (+173/+329) | tyrB/yjbS | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/3); new base T (17/18); total (18/21) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGAC > NC_000913/4268357‑4268606
|
cgtcgCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGa > 2:1708755/1‑139 (MQ=255)
gtcgCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAg > 1:1365025/1‑139 (MQ=255)
cTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGtaat < 2:356716/139‑1 (MQ=255)
cACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAAtt > 2:1471882/1‑139 (MQ=255)
ctttctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 2:774173/139‑1 (MQ=255)
ctttctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 2:1365025/139‑1 (MQ=255)
ctttctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTACTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 1:1471882/139‑1 (MQ=255)
ctttctttATAGATGATTTTTTTAATGCCATCCTTCTACGTCGGAAATTATAAATGATGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCACAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 1:1445407/139‑1 (MQ=255)
tctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 2:1658615/136‑1 (MQ=255)
tctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 1:1658615/1‑136 (MQ=255)
tctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑ttttttttggg > 1:1001348/1‑115 (MQ=255)
tctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑ttttttttggg < 2:1001348/119‑5 (MQ=255)
aGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTaa < 1:1621760/139‑1 (MQ=255)
gatTTTTTTGATGCCATTGTTATACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑TTTTTTTtggg < 1:863700/108‑2 (MQ=255)
gatTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑TTTTTTTtggg > 2:863700/1‑107 (MQ=255)
atTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCatta > 1:1949799/1‑139 (MQ=255)
ttttttGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCattatt < 1:1708755/139‑1 (MQ=255)
aTCGTTCTACGTGAGAGATTATAAATGTTGTTCGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCACCATTATCTGGACTTCCTTCCCCTGT‑TTTTTTTGGATGGAGTAATAATTTCTGCACATCTACCCATTATTAAATTtaataat < 1:108047/139‑1 (MQ=255)
agagaTAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGttt > 2:1657523/1‑139 (MQ=255)
gagaTAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTT‑‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGt < 2:1452344/139‑1 (MQ=255)
agaTAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca < 1:1084980/97‑1 (MQ=255)
agaTAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca > 2:1084980/1‑97 (MQ=255)
ttgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑ttttttttgggt > 1:589182/1‑62 (MQ=255)
ttgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑TTTTTTTtgggt < 2:589182/67‑3 (MQ=255)
tgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑ttttttttg > 1:2024381/1‑61 (MQ=255)
tgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑ttttttttg < 2:2024381/63‑3 (MQ=255)
gttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGaa < 2:1577945/135‑1 (MQ=255)
gttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGaa > 1:1577945/1‑135 (MQ=255)
gttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATAtt > 2:820627/1‑139 (MQ=255)
aGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCt < 2:1949799/139‑1 (MQ=255)
tttATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATcc > 1:725256/1‑139 (MQ=255)
aTCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTc > 2:1468061/1‑126 (MQ=255)
aTCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTc < 1:1468061/126‑1 (MQ=255)
aTCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCttt > 1:483855/1‑139 (MQ=255)
tCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGtaat > 1:173808/1‑48 (MQ=255)
tCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGtaat < 2:173808/48‑1 (MQ=255)
aTTATCTGGAATTCCTTATTTTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTGCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTa < 1:820627/139‑1 (MQ=255)
ttATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAatat > 1:29877/1‑127 (MQ=255)
ttATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAatat < 2:29877/127‑1 (MQ=255)
ttATCTGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTAt > 1:1816215/1‑139 (MQ=255)
tGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 2:638483/1‑45 (MQ=255)
tGGAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 1:638483/45‑1 (MQ=255)
gAATTCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCtgt < 2:1816215/139‑1 (MQ=255)
ttCCTTATCCTGT‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGAc > 1:1042888/1‑139 (MQ=255)
|
CGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGAC > NC_000913/4268357‑4268606
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
