Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate | Predicted Mutations | Mean Coverage | Total Reads | Percent Mapped | Mapped Reads | Average Read Length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A5 F1 I2 R1 | 772 | 77.0 | 3769570 | 91.6% | 3452926 | 105.3 |
Breseq alignment
| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,268,487 | (T)7→8 | intergenic (+180/+322) | tyrB → / ← yjbS | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,268,480 | 1 | . | T | 86.8% | 107.7 / 8.8 | 38 | intergenic (+173/+329) | tyrB/yjbS | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/4); new base T (17/16); total (18/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
GTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTT‑TTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTG > NC_000913/4268342‑4268602 | gTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTg < 2:1017997/139‑1 (MQ=255) cTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTT‑TTTtggg < 2:1159177/139‑2 (MQ=255) ctttctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 1:776910/139‑1 (MQ=255) ctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TTTGGGTGGAGtaat < 1:284609/127‑1 (MQ=255) 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2:650256/139‑1 (MQ=255) ttAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTT‑TTTtggg > 2:1351987/1‑47 (MQ=255) ttAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTT‑TTTtggg < 1:1351987/48‑2 (MQ=255) aaGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCattatt > 2:163588/1‑80 (MQ=255) aaGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCattatt < 1:163588/80‑1 (MQ=255) aaGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑tttt‑ttttggg > 2:187102/1‑42 (MQ=255) aaGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTT‑TTTtggg < 1:187102/46‑2 (MQ=255) aTCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGa < 2:203121/106‑1 (MQ=255) aTCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGa > 1:203121/1‑106 (MQ=255) aTTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TTTGGGTGGAGTAATAAtttatg > 2:1563927/1‑48 (MQ=255) aTTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTT‑TTTGGGTGGAGTAATAAtttatg < 1:1563927/51‑4 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |