Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I1 R1
|
748 |
32.0 |
1685426 |
92.6% |
1560704 |
103.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,268,487 |
(T)7→8 |
intergenic (+180/+322) |
tyrB → / ← yjbS |
tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent/uncharacterized protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,268,480 | 1 | . | T | 100.0%
| 68.6
/ NA
| 23 | intergenic (+173/+329) | tyrB/yjbS | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base T (8/15); total (8/15) |
TTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACG‑TTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCT > NC_000913/4268348‑4268601
|
ttAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACG‑TTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑tttttt < 2:668270/139‑1 (MQ=255)
tGTCGTCGCTTTTACTTTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACG‑TTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑ttttttttgggt < 2:224067/139‑6 (MQ=255)
ctttctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACG‑TTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 1:600116/139‑1 (MQ=255)
ttttttttTAGTTGTTTTTTTTATTGCCATCGTTTTCGGTAAG‑GATTATTAACGTTTTTTATTTCTTTAATTGTT‑AGGTTTTCCCAATTTTTTTGGAATTCTTTTTCTTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGc < 1:473541/139‑1 (MQ=255)
ttctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACG‑TTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca < 2:805127/139‑1 (MQ=255)
tataGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACG‑TTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCt < 1:691175/139‑1 (MQ=255)
aGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACG‑TTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAAc < 1:198216/139‑1 (MQ=255)
gatgatTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACG‑TTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAAc < 2:815403/138‑1 (MQ=255)
gatgatTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACG‑TTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAAc > 1:815403/1‑138 (MQ=255)
tCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACG‑TTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTtaataata < 1:305060/139‑1 (MQ=255)
tttcggtagagaTTATAAATC‑TTTTTAATTCGTTTTTTTTTAAGCCTTACCCAA‑TTATCTGGAATTCCCTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTAt < 2:6500/132‑1 (MQ=255)
cGTGAGAGATAATAAACG‑TTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCgg > 1:165718/1‑139 (MQ=255)
agagaTAATAAACG‑TTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAAttt > 1:84049/1‑94 (MQ=255)
agagaTAATAAACG‑TTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAAttt < 2:84049/94‑1 (MQ=255)
agaTAATAAACG‑TTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGtaat < 1:472034/87‑1 (MQ=255)
agaTAATAAACG‑TTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGtaat > 2:472034/1‑87 (MQ=255)
agaTAATAAACG‑TTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTaataat < 2:715398/90‑1 (MQ=255)
agaTAATAAACG‑TTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTaataat > 1:715398/1‑90 (MQ=255)
aCG‑TTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca < 1:184689/88‑1 (MQ=255)
aCG‑TTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca > 2:184689/1‑88 (MQ=255)
tgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAatat > 1:345121/1‑139 (MQ=255)
ttCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCtat < 1:502079/139‑1 (MQ=255)
ttCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCtat < 1:232778/139‑1 (MQ=255)
tGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCt < 2:203748/139‑1 (MQ=255)
tGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCt > 1:796138/1‑139 (MQ=255)
|
TTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACG‑TTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAA‑TTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCT > NC_000913/4268348‑4268601
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
