Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F2 I0 R1
|
166 |
6951.0 |
8192394 |
98.4% |
8061315 |
136.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,440,334 |
A→C |
20.0% |
Q797H (CAA→CAC) |
ftsK → |
DNA translocase FtsK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,440,334 | 0 | A | C | 20.0%
| 157.2
/ 6.4
| 159 | Q797H (CAA→CAC) | ftsK | DNA translocase FtsK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/60); new base C (11/14); total (77/82) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.24e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
GTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGC > NZ_CP022686/4440197‑4440473
|
gaaCAGCATCCGCATCAACCGGTAGCACCGCAGCATCAATATCATCAGACGCACCATCCTGTAGCCCCTGATCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACAGCAGGCGCATTATCAGCAGCCGCAATATCAACa < 7:953816/138‑1 (MQ=21)
gTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTGGAACCGCAGCCGCAGTAACAGCAGCCGCAATATCACCa > 5:147586/1‑140 (MQ=21)
gTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAAAATCAGCa > 1:587603/1‑140 (MQ=255)
gTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATAAGCAGCCGCAACATCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAGCa > 7:899006/1‑140 (MQ=21)
aCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCATCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACAGGTAGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGc < 1:1044262/140‑1 (MQ=255)
aCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGACGCAACTACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGc < 3:128791/140‑1 (MQ=255)
ccgcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCCCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCTCAGCCGCAGTATCCGCAGCAGCATAATCAGCAGACGca > 1:802332/3‑140 (MQ=18)
cagcCGCACCCCCCCGAAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGAAGCACCGCATCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGca < 8:492683/140‑1 (MQ=18)
gctgCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCATCCGCAGTAACAGCAGCCGAAAAATCAGCAGCCGcaac > 3:485273/4‑140 (MQ=21)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCACCCGCAACAACCGGTAGCCCCGCAGCCGCAGTATCAGCCGCCGCAACAACCGGTTCCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAAAATAATCAGCCGcaac > 3:200451/1‑140 (MQ=21)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCGGCATAATCCGCAGCCGcaaca > 8:577750/1‑140 (MQ=18)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaaca < 6:309705/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTCCACCTCAGCCGCAGTATCAGAAGCCGCAAAATCCTCAGCCGcacaa > 8:720535/1‑137 (MQ=18)
ccGCAACAACCGGACGCACCGCAGCAGCTATATCACCAGCCGCAACAACCGGTAGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCACTAACAGCAGCCGCATTATCAACAGCCGcaaca > 7:848483/1‑140 (MQ=21)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAACATCCGGTGGCACCGCAGCCGCAGTATCATCCGCCGCAAAATCAGCAGCCGCcacaac > 2:613323/1‑140 (MQ=18)
acCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTg < 3:27227/140‑1 (MQ=255)
ctgTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCa < 2:571592/138‑1 (MQ=255)
ccGCAGCAGCAACATCCCCAGCAGCAACAACCTGTAGCACCGCCGCCGCATTATCAGCAGCCGCAACCACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagca < 4:446546/140‑1 (MQ=21)
cGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCATTAGCACCAGCCGCCTCAACCCGTTGCACCgcagctg > 3:739914/1‑138 (MQ=18)
cGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCATTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagcag > 1:222900/1‑140 (MQ=255)
cGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagcag > 1:229653/1‑140 (MQ=255)
gccgcagcaATAGCAGCAGCCGCAACAACCGGAAGCACCGCAGCCGAAGTATCAGCAGCCGCAACAACTGGATGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAATCTCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagcagc < 4:798378/137‑1 (MQ=21)
cagcagcaATATCCGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACCACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAAGATCAACCGCCGCCACAACCGGATGCACCgcagcagca > 1:65771/1‑140 (MQ=21)
cagcagcaATATCAGCATCCCCACCACCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCCGCCATATCACCCGCCGCAACAACCGGTTGCAGCgccgcagcg > 7:553936/1‑139 (MQ=21)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagcagca > 6:451402/1‑140 (MQ=255)
caATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTCTCCGCAGCCGCAAACTCAGCCGCCGCCACCACCGGATGCCCCGCAGCAGCAAtctcc > 2:829475/1‑139 (MQ=17)
caATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGACCCGCAGCCGCAGTATCAGCTGCCGCAATATCAGAAGCAGCCTCATCCGGTTCCACCgcagcagcataatcc > 7:806297/1‑134 (MQ=18)
tatCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATcagca < 3:299907/140‑1 (MQ=255)
agcCGCAACCTGCGGGAGGACCGCAGCCGCAGTAGCAGCAGCCGGAAGAACCGCAGGCACCGCTGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATTTCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa < 3:113989/140‑1 (MQ=25)
agcCGCAACACCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACAGGTTGCCCCGCAGCCCCAGGATCAGCAGCCGCAAACTCAACCGCCGCAACAGCCGGGTGCGCCGCGGCTGCAAGATCAGCCGCcagga > 8:78799/1‑137 (MQ=17)
agcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCACCACCCGGTGGCACCGCCGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACATCCGGATGCCCCGCAGCAGCAATATCCgccgccgcca > 8:223761/1‑136 (MQ=18)
ccGCATCATCCGGAAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCCTCAGTATAAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 4:886095/140‑1 (MQ=25)
ccGCAACAACCTGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 5:903918/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCCACAACCGGTTGCACAGCAGATGCAATATCAGCAGCCacaaca > 5:431691/1‑140 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 5:784283/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAAAAGACTCAACAGCCGGATGCCCAGCAGCAGCAAAATCAGACGACacaaca > 2:46680/1‑140 (MQ=18)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 3:405704/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAAACGGTATCACCGCAGACGCAGTATCAGCAGGCGCAACAACCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 1:994156/140‑1 (MQ=37)
cagCAACAACCGGTAGATCCGCAGCAGCAGGCTGAGCAGCAGCAAGATCCGGTTGCACCGCTGCCGCAGTATCATCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 1:112193/138‑1 (MQ=25)
cGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCAGCCACAACCGGTTGACCCGCAGCAGCATTATCAGCCGACGCAACAg > 8:161617/1‑140 (MQ=18)
cGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATcagcag < 7:508699/131‑1 (MQ=255)
gCAACATACGGTCTCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCTGTTGCACCGCAGCCGAAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGc < 3:551778/140‑1 (MQ=37)
gCAACAACGGGTAGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGc < 5:522769/140‑1 (MQ=255)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGc < 1:731558/140‑1 (MQ=255)
caacCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGt < 8:542090/140‑1 (MQ=255)
ccctgTACCACCGCATCCTCAGGATCAGCAGCCGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTa < 1:105968/136‑1 (MQ=37)
acctgaaGCACCGCAGCCGCAGTATAAGCAGCAGCAAGATCCGGATGCACCGCAGTCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTa < 4:17667/134‑1 (MQ=37)
gctAGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCTGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCAGCATTATCAACAGCCGCAACCACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATTTCAGCAGCCACAACAGCCGGTTacac < 7:632210/138‑1 (MQ=37)
aGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCATTATCCCCAGCCGCAACAACCGGTTGACCCGCAGCAGCAACATCAGCAGCCGCAACAGCCGGGTACAcagc > 3:188346/1‑140 (MQ=25)
cACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACTTCCGGATACCcagcag > 7:232542/1‑140 (MQ=37)
cACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTACCcagcag > 1:412664/1‑140 (MQ=255)
ttcgcatcctcagTATCAGCAGCCGCAACTACCTGATGCACCTCAGCCGCAGTATCAGGAGGAGCATTATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 2:479809/138‑1 (MQ=25)
tccgcagcagcatTATCAGCAGCAGCAACATCCGGTCGCAGCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAGATCAGCAGCCGCCACACCCGGTTTCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 7:482075/139‑1 (MQ=21)
ccgcagccgctgTATCAGCAGCCGCAACTACCGGAAGCACCGCATCCGCAGGATCTGCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACTCCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 5:411180/140‑1 (MQ=37)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 4:349319/140‑1 (MQ=255)
ccgcagccgcagGATCAGCAGCCGCAACCTCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 2:961183/140‑1 (MQ=38)
cgcagccgcagTCTCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 2:578696/140‑1 (MQ=255)
cgcagccgcagTATCAGCTGCCGGAACACCCGGTTGCACCGCAGCCTCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 1:454869/140‑1 (MQ=255)
cgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 2:714783/140‑1 (MQ=255)
cgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCCCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCCCCAGCCGCAACAACCGGTTCCACAGCAGCAGCAAAAACAGCAGACACCACAGCCGGTTACAcagcctcag > 7:647934/1‑135 (MQ=25)
cagccgcatTAGCTGCAGCATCATCAACCTGATGCACCTCATCTGCATCATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACAGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCa < 6:768134/140‑1 (MQ=21)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAgcagcagca > 2:852225/1‑140 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGAAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACCACAGCCGGTGACACAGCAGCCGCa > 7:124668/1‑140 (MQ=255)
cagccgcagGATGAGCAGGCGGAACCACCGGAAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCa < 6:992743/140‑1 (MQ=37)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGt < 5:461975/140‑1 (MQ=255)
tCAGCAGCCGCAACAACCTGTTGCACCTCAGCCGCAGTATCAGCCGCCGCAATATCCACAGCCGCAACAACCTGTTGCACAGCAGCAGAAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTAACACAGCAGCCGCTGGAACagcagc > 7:445259/1‑140 (MQ=37)
cagcCGCAACACGCGGTTGCACCGCAGCTGTAGTAGAAGCAGGCGCAATATCAACAGCCGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCa < 6:813086/140‑1 (MQ=21)
gcCGCAACAACCGGTTGCCCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACCACAGCCGGTTACACAGCCGCCGCAGTATCAGCAGACGCAAc > 3:1015246/1‑140 (MQ=37)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCCGCCCCCACTGCCGGTTAGCCAGCAGCCGCAGGAGCCGCCGCCGCAAc > 4:145880/1‑140 (MQ=25)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCCACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCCGCCACAACAGCCGGTTACGCAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCCAc > 2:152357/1‑140 (MQ=25)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGAAGTATCATCACCCGCAATATAAAAAGCCGCCACATCCATTTGCACCACAGCAGCAAAATCAGCCGCCGCTAAAGCCGGTGACACAGCTGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAc > 4:617428/1‑140 (MQ=21)
ccGCAACAACCGGGTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACa < 3:510620/140‑1 (MQ=255)
caaccaCCGGACGCACCGCAGCAGCATCATCAGCATCCCCAAGATCAACATCCGCACCAACCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGcc < 6:408517/140‑1 (MQ=18)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAAACGGTAGCACCGCAGCAGCAAGATCAGCAGCCACAACAGCCGGGTACACAGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCCGCACCAGcc > 3:791824/1‑140 (MQ=25)
cACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 4:805164/140‑1 (MQ=255)
cACCGCAGCAGAAGCCTCAGCAGCCGCAAGATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCACCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 6:444364/140‑1 (MQ=21)
cccgccgcagcagTATCAGCAGGCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGc < 3:305305/139‑1 (MQ=255)
cctcagccgaatTCTCAGCAGCCGCAAGATCCACAGCCTCACCCACCGTTTGCACCGCAGGAGCAATCTCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 1:285871/137‑1 (MQ=18)
ccgcagcagcagTCTCAGCAGCAGCACGATCACCAGCCGCATCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGATACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 2:624653/140‑1 (MQ=18)
ctcagccgaagTATAAGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTTCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCg < 2:53979/138‑1 (MQ=17)
cgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGc > 6:199075/1‑84 (MQ=255)
cgcagcagaagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCATCAGCAATATCAGCAGCCACAACACCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCg < 1:845024/140‑1 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACTCCCGGTTGCCCCGCAGCAGCAATATCAGCCGCCACCACCGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTGGGACCACAGCCGcc > 5:351771/1‑139 (MQ=25)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACCACAGCCGGTTACCCAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCCCcgccgcc > 8:237539/1‑139 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGcc > 4:412376/1‑139 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa < 8:538401/140‑1 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa > 7:381349/1‑140 (MQ=255)
cagccgcagGATCAGCAGCCTCAAGATCAACAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACACCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa < 8:226452/140‑1 (MQ=18)
cagcagcagTCTCTGCAGCAGCAATATCACCACCCGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa < 6:58519/140‑1 (MQ=18)
gccgcagTATCAGCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 1:319397/140‑1 (MQ=255)
gcagcagTATCTGCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 2:30936/137‑1 (MQ=255)
cagcagCCTCAATATCATCAGCCGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCt < 4:994402/140‑1 (MQ=255)
gcaggagCAAGATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTc < 5:253204/134‑1 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACGCTGCGTCATc > 8:313576/1‑140 (MQ=255)
cggaaTTTCATCAGCCGCAACAACCGTTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCTGTTACACAGCAGCCGCAGTTTCAGCAGCCTCAACTGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg < 7:138506/137‑1 (MQ=21)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGATCCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGATACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACATCCGCAGGAGACCCTGCTTCATCCg > 6:945693/1‑140 (MQ=25)
agCATTATCACCAGCCCCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg < 6:178740/139‑1 (MQ=255)
tcattatCACCATCCTCATAAACCTGTTGCACTGCATCAGCAATATCAGCAGCAACAACAGCCGGGAACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGc < 8:949728/136‑1 (MQ=18)
aCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCg < 8:133422/109‑1 (MQ=255)
aCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGc > 8:311515/1‑140 (MQ=255)
|
GTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGC > NZ_CP022686/4440197‑4440473
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
