Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F2 I0 R1
|
130 |
6907.4 |
7549744 |
98.4% |
7428948 |
136.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,440,334 |
A→C |
17.2% |
Q797H (CAA→CAC) |
ftsK → |
DNA translocase FtsK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,440,334 | 0 | A | C | 17.2%
| 129.2
/ 4.0
| 123 | Q797H (CAA→CAC) | ftsK | DNA translocase FtsK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/50); new base C (11/9); total (58/65) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTG > NZ_CP022686/4440196‑4440469
|
tGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAAc < 8:10915/140‑1 (MQ=255)
gTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCTCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACa < 3:905198/140‑1 (MQ=255)
gTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTACACCGCAGCCGCAGAAACCGCAGCAGCAAAATCAGCa > 5:629274/1‑140 (MQ=18)
gTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCTGTAACAGCAGCCGCAACAACCGCGTCCCCCGCAGCCGCCGTATCAGCAGACGCACTATCAACa > 1:116702/1‑140 (MQ=18)
gTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGAAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCa > 6:726596/1‑140 (MQ=255)
gTACAGCAGCCGCAACAACAGGTATCACCGCAGCAGCAATATCAGCATCCGCAACAACCGGTAGCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACCACCGGTTCAACCGCAGCCGCAGGATCACGCGCCGCAATATCCAcg > 7:852518/1‑139 (MQ=17)
aCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGCTCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGc < 5:554872/140‑1 (MQ=255)
agcagcCTCATCATCCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCATCTTCCTGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCg < 6:623703/140‑1 (MQ=21)
gctgacGCAACAAACGGTAGCTCCGGAGGAGCAATATCTGCAGCCGCAAGATCCGGTAGAACCGCAGCCGCATTATCAGCAGCCGCAAGAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGc < 4:502477/135‑1 (MQ=18)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAGAATCAGCAGCCGCAAAAGCCGGATGAACCTCATCCGCAGTAGCAGCAGCAGCAAAAACAACAGCCGca > 1:531082/1‑140 (MQ=17)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaaca < 2:121400/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCATCAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaaca < 2:22488/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACAGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGACGCAACAACCTGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaaca < 3:299088/140‑1 (MQ=255)
cGCACCAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAACAGCCGCAAGATCAGCAGCCGcctcac > 7:490799/1‑135 (MQ=21)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACATCCGGTATCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCAGCAACAGCAGGTGGCTCCGCAGCCGCATTATCCGCCGCATCAAGAGCAACAGACGcaaacgc > 4:683813/1‑136 (MQ=17)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCCGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCACTATCAACAGCCgggacacc > 7:787879/1‑133 (MQ=255)
acaacCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCACTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCgg > 5:879274/1‑140 (MQ=255)
acCGGTAGCCCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTg < 1:31433/140‑1 (MQ=255)
aGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgc > 5:727645/1‑140 (MQ=255)
cccGCAGCAGAAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAACAACCTCTTGCACCGCAGCCGCAGTCTCTGCAGCCTCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagc < 1:91981/139‑1 (MQ=21)
ccGCAGCAGCTTTATCAGCAGCCGCAACAACATGTATCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTGATCAACCGGTTGCACCGCAGGTTGAGTATCAGGAGCCGCATTATCTACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagca < 8:627515/140‑1 (MQ=21)
gcagcagcaCTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTAGCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCTCAGTATCAGCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagcagc < 5:407985/140‑1 (MQ=21)
gcagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCCGCCGCAGTATCAGCCGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGACGCAATATCAGCAGCCGCAAAACCCGGTTCGACCgcagcagc > 7:490643/1‑140 (MQ=21)
gcagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCTCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACCGCCGCAACAACCGGTTGAACCgcagcagc > 3:470483/1‑140 (MQ=255)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCCGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGACGCAACAACCGGTTGCACCgcagcagca > 2:179153/1‑140 (MQ=255)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGAACCGCAGCCGCAGGATCACCAGCCGCAAAATCACCAGACGCAACATCCGGTTGCGCCgcagcagca > 2:631551/1‑140 (MQ=21)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGTACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCGGCAAAATCACCAGCAGCCAAACCCCGATGCACCgcagaagca > 1:871655/1‑140 (MQ=18)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagcagca > 4:469097/1‑140 (MQ=255)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAACCGCAGCATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCAGCAACAACCGGAGGCCCCtcagcagca > 2:575941/1‑140 (MQ=18)
tgcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCaa < 8:613070/139‑1 (MQ=255)
tctCAGCAGCCGCAACAACCGGAAGCACCGCAGACGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATcagca < 5:911666/138‑1 (MQ=255)
gatCACCAGCCGCAACAACCGGAAGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATcagca < 4:599716/139‑1 (MQ=255)
tCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCTGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCCGCGGCATGATCACCAGCCGCCCCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCcgcagc > 3:299497/1‑140 (MQ=18)
tCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCATTATCTGCAGCCGAAACAACCGGTTGCTCCGCAGCCTCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGTTTGCACCGCAGCAGCAATATCagcagc < 7:261326/140‑1 (MQ=25)
agcagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAAAATCAACAGCCGCAACAACCGGTGGCACCGCAGCAGAAAGAGCAGAAGccc > 1:611682/1‑139 (MQ=18)
cagcCGCACCAACCGGTAGCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACCACCGGTTGCACCGCATCAGCACGATCAGCAGCAGCATTATCACCAGAAGCCACGACCGGAGGCTCCGCAGCAGCAATCGcagccggcgca > 8:720986/1‑133 (MQ=16)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCAGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCACAATCAGCAACAGCCGGATGCACCTCAGCAGCAAAATCAGAAGCccca > 6:830033/1‑140 (MQ=17)
ccGGAACAACCTGTAGCTCCGCTGACGCAGTATCTGCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCATTATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 2:741503/140‑1 (MQ=25)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 1:118008/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGATACGCAGCCTCATGATCAGCAGCCTCAACAACCTGTTGCACCGCAGCATCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 8:458419/140‑1 (MQ=25)
cGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCGGCAGCAGCAAAATCAACAGCCGCAACAACCGGTGGCACAGCAGCAGCAATATCCGCAGCCACCACAg > 7:208707/1‑140 (MQ=21)
cGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCAGCCACAGCCGGTAGCGCCGCAGAAGCAATATCAGCAGCCGCCACAg > 6:250265/1‑140 (MQ=18)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGc < 1:181417/140‑1 (MQ=255)
acCGGAAGAACCGCAGCCGCATGATCAGCAGCCGCAACCTCCGCATGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCAGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTa < 2:929324/140‑1 (MQ=25)
gTAGCTCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 5:128557/128‑1 (MQ=255)
gTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca > 6:128557/1‑128 (MQ=255)
aGCACCGCAGACGCACTCTCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagc < 4:504212/140‑1 (MQ=255)
cctcagcagcagTATCAGCAGCCTCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 7:156610/137‑1 (MQ=255)
ccgcatccgcagTATCAGCAGCCTGAACAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 6:369795/140‑1 (MQ=255)
ccgcatcagcagTCTCAGCAGCCGCAACAACCTGTTGCACCGCAGACGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 4:884373/140‑1 (MQ=37)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCCACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCATCAACAGCCGGTTCACCAGCAGcc > 7:884877/1‑140 (MQ=37)
gcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATCTCAGCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCCGCAGCAATATCCGCCGCCACCACAGCCGGTTCCACAGCAGCCGc > 2:592163/1‑140 (MQ=25)
ccgccgcagTATCAGCAGCCGCAACCACCGCTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCa < 1:832331/138‑1 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCATCAACAGGTAGCACCTCAGCCGCAGTATCAGCATCCGCTATATAATCACACGCAGCAACCGGTTTAACCGAAGAAGCAATATCAGCAGTCAACACAGACTGTTAATCAGAAGCCTCa > 6:73527/1‑140 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCCGCAGCAATAGCGGCTGCCCCAACAGCCGGTTAGACAGCAGCCGcc > 3:847002/1‑139 (MQ=37)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCa > 1:665624/1‑140 (MQ=255)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTATAAGCAGCCGCAAGATCATCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCTCCGCTGCAAAATCAGCAGCCCCAACAGCCTGATAGCCAGCAGCCGCata > 5:830934/1‑138 (MQ=21)
cagTATCAGCAGCCTCAACATCCGGTTTCACCTCAGCCTCATTATCAGCATCCGCAATATCAACAGCCGCTACATCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATca < 8:787879/140‑1 (MQ=25)
cagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATAAGCAGCCGCAAAATCAAAAGCAGCAACAACCGGAAGCACCGCAGAAGCAAAAACCGCAGCCACAACAGCCGTATAAAAAGAAGCAGCAGAATca > 4:590955/1‑140 (MQ=18)
ttagaagcagcagcAACAACCTGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATTTCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATcagc < 3:509721/135‑1 (MQ=25)
tCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAAAATCAACAGCCGCAACCGCCGGTTGCACAGCAGCAGCATTATCAGCCGCACCAACAGCCGGGTACTCAGCAGCGGCAGGagcagcctc > 4:112541/1‑137 (MQ=21)
agcagcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCATTATCAACAGCCGCCACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCg > 1:423967/1‑140 (MQ=255)
gcagcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCCCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTAAACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGc > 1:621647/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACCACCGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAAc > 7:557365/1‑140 (MQ=255)
ccacaacaaCCCGTAGAACCGCTCCAGAAGTCTCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACACCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACa < 8:119478/137‑1 (MQ=18)
ccGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCCACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACCCAGCAGCCGCAGGATCAGCCGCCGCAACa > 7:111464/1‑140 (MQ=37)
cGCAACAACCGGTTGCCCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCATCAGCCGTGTACCCATCAGACGCTGGAGCCGCCGCCGCAAcgg > 6:517934/1‑138 (MQ=21)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg > 1:201195/1‑140 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCCGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGAATCAGCAGCCGCAACAg > 7:255189/1‑140 (MQ=255)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAACAGcc > 3:71989/1‑140 (MQ=255)
caacCGGTTGCACCGCATCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGTTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCATCAGCAGAATCAGCAGCCGCAACAGCCGGt < 7:489463/140‑1 (MQ=25)
cACCGCAGCAGCCGTATCAGCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACAGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 4:426038/140‑1 (MQ=255)
ccgcatccgcagTCTCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 8:77011/140‑1 (MQ=255)
ccgcagccgcagGATCAGGAGCCTCAAGATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGGTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 1:702593/140‑1 (MQ=21)
ccgcagccgcagGATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 3:237253/140‑1 (MQ=255)
ccgcagccgaagGATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 2:799997/140‑1 (MQ=255)
cgcagccgacgCATCTGCATGCACAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCg < 5:733240/140‑1 (MQ=18)
catccgcagTATCAGCAGCAGCAAGATCAACAGCCTCAACAAACGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa < 2:850855/137‑1 (MQ=21)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg > 6:64847/1‑99 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 5:64847/99‑1 (MQ=255)
cagccgcagAATCCCCAGACGCAATATGAAAAGACGCCACGACCGCTGGCACCTCAGGCGCATTATCCGCAGCCACAAACGACGGTTACACAGACGCCGCAGTAGCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa < 5:526278/140‑1 (MQ=255)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTAGCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGTCCAACAGCCGCAgg > 5:432462/1‑140 (MQ=255)
cagTATCTGCAGCAGCAATATCAACACCCGCAACAACCGGCTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAc < 5:913449/140‑1 (MQ=255)
aggatcatcAGCAGCAATATCACCAGCCGCCACACCCGGTTGCACCTCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 3:64946/137‑1 (MQ=21)
agTCTCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 6:867800/140‑1 (MQ=255)
gTATCAGCAGCAGCAATATCAACAGCAGCAACAACCGGTTGCACAGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCTGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAccc < 1:290921/140‑1 (MQ=255)
cagcagCCGCAATTTCATCAGCCGCAACTCCCGGTTGCACCGCAGCATCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACCGCTGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCt < 7:262965/140‑1 (MQ=21)
gcagCAATCTCAACAGCCGCAACAACCTGTTGCACCTCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTAGAAGCAGACGCAACAGCAGGTTGTACAACAGCCGACTGATACCCTGCTTCATc > 8:735861/4‑140 (MQ=21)
cGCATTATCAAGAGCCGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATAAGCAGCCACAACAGCCGGGTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg < 8:571238/140‑1 (MQ=21)
cGCAATATCAGCATCCGCAACAACCGGTGTCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACATCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg < 3:683813/140‑1 (MQ=18)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 2:523597/79‑1 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGc < 1:789279/102‑1 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg > 1:251639/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg > 4:667225/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCAGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACACTGCTTCATCCg > 6:351421/1‑140 (MQ=255)
cAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGcg > 4:803792/1‑139 (MQ=255)
cAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCt > 1:198257/1‑140 (MQ=255)
atatCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGt > 6:658127/1‑140 (MQ=255)
tatCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGtt > 2:154404/1‑140 (MQ=255)
atCAACAGCCTCCACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACCACATCCGGTTACACAGCAGCCGCATTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTg < 4:357764/140‑1 (MQ=25)
|
TGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTG > NZ_CP022686/4440196‑4440469
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
