Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A12 F2 I0 R1
|
184 |
7301.6 |
8720326 |
98.4% |
8580800 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
RA |
NZ_CP022686 |
4,440,334 |
A→C |
13.5% |
Q797H (CAA→CAC) |
ftsK → |
DNA translocase FtsK |
|
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
* | NZ_CP022686 | 4,440,334 | 0 | A | C | 13.5%
| 175.5
/ 3.7
| 151 | Q797H (CAA→CAC) | ftsK | DNA translocase FtsK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/60); new base C (4/16); total (66/85) |
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-02 |
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
TACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGC > NZ_CP022686/4440198‑4440473
|
tACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCGGCAAAATcagcag > 1:25184/1‑140 (MQ=18)
aCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGc < 3:426503/140‑1 (MQ=255)
agcCGCAACAACCGCTAGCTCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaa < 7:430433/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTAACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACCGCCGcatcc > 4:738155/1‑137 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAACAACCGGTTGAACCTCAGCCGCAGAATCAGCAGCATCAATATCAAACGCAGcaac > 5:645882/1‑138 (MQ=18)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTAGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAACAACCGGGTACGCCACAGCCGAAGAAACAGCAGCAGCCAACTCCGCAGCCGCaacaac > 2:276770/1‑140 (MQ=17)
ggTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGAAGCCGCAGTATCAGCATCCTCAAAATCAGCAGCCGCAAAATCCggaggccc > 4:630821/1‑134 (MQ=18)
ccACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCAGCAACAACCGGTAGAACCGCATCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCCCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCg < 6:221148/137‑1 (MQ=255)
ccGCAGGAGAAATATCATCAGCGGCAACAAGAGGTATCAGCGCATCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACTACCGTTTGCACCGCAGCCTCAGTCACAGCAGGAGCAATTTCATCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCgcag < 6:28072/138‑1 (MQ=16)
cGCAGCAGCAATAGCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCTCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGGAGTATCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagc < 5:169822/138‑1 (MQ=255)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAACATCCGGTTGCCCCCCAGCCGCAGGATAACCAGCATCAGTATCATAATCCGCACCACCCGGAGGCACCactgcagga > 7:241800/1‑138 (MQ=9)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCTCAGCCGCAGGATCAGCAGCATCAATATCAGCAGCAGCCACAACCCGATGCACCtcagcgg > 6:589789/1‑136 (MQ=18)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGCTTGCACAgcagcagca > 1:1131051/1‑140 (MQ=255)
cattatCTGCAGCAGCATCAACCGGTAGCTGCGCAGCCGCATGCTCAGCAGCAGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTCTCTGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCTGCAGCAATATca < 4:1019982/137‑1 (MQ=21)
tctgccgcCGCATCAAGCGGTAGCACCGCAGACGCAGTATCAGCAGCCTGATCTACCGGTTGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCagcagc < 3:385043/134‑1 (MQ=25)
ccGCATCAACCGGTAGCACCGCAGCCTCAGTATCAGCAGCCGCAACTACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 3:917731/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa < 5:846061/138‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCAACAGCCGCCACAACCGGATCCCCGTCAGCAGCAAAATCAGCCGCCaccaca > 3:852426/1‑140 (MQ=18)
ccGCAACAACAGGTAGCACCGCAGCCGAAGGAGCAGCAGCCGCAAGAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa < 6:936063/138‑1 (MQ=25)
cGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCAGCATAATCAGCAGCAGCAACAGCCGGATGGACCGCAGCAGCAAAATCCGCCGCCCCAACAg > 3:938513/1‑140 (MQ=18)
caacaaCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGAAGCAGTATCAGCAGCCGCTAAATCAACAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCCGACACAACAgac > 2:413448/1‑138 (MQ=25)
cGGTAGCACCGCAGCCCCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCCGTTGCCCCGCAGCCTCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCAGCACCAACCGCTTGCAACGCAGATTCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGATaac > 8:270374/1‑138 (MQ=21)
tgTAGCACCGCAGCCGCATTATCAGCAGCCTCAACAACCTGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTacac < 7:991688/139‑1 (MQ=37)
ggTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTacac < 8:745674/140‑1 (MQ=255)
tcgatccgcagcagcctTATAAGCAGCAGACACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCATCTGCCCCATTATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcag < 8:358771/135‑1 (MQ=21)
tAGAACCGCAGCCGAAGTATCAGCAGCCGCATCAACCCGATGCACCGCAGCCGCCGTCTCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTacac < 6:71133/138‑1 (MQ=37)
atcACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACTACCGGTTGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagc < 7:404393/138‑1 (MQ=255)
aCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTCAACcgcagc > 3:486567/1‑140 (MQ=37)
aCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACCGCCGGTTACACagcagc > 1:32881/1‑140 (MQ=255)
aCCGCAGCCGAATGATCAGCAGCCGCATCATCCTGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagca < 6:47767/138‑1 (MQ=25)
ccgcatccgcatTATAAGCAGCCGCAATCACCTGATGCACCGCAGCCTCAGTATCAGCATCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 2:796965/140‑1 (MQ=25)
ccgcagccgcagTCTCAGCAGCCTCAACAACCACTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCATTATCATCAGCCGCAACAACCGGTAGCACAGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 1:885603/140‑1 (MQ=25)
ccgcagcagcagTATCAGCAGCAGCAACAACCGGAAGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagcag < 5:1028906/138‑1 (MQ=37)
cgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 7:574657/140‑1 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACCGCAGCCGCa > 4:1090137/1‑140 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGACGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCAGGTTACACAGCAGCCGCa > 7:178504/1‑140 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCATAAGCATCAACAACCGGTTTCACCGCAGCTGCAAGAACAGCAGCCCCAACAGCCGGTAACACAGCAGCCGCa > 3:384529/1‑140 (MQ=25)
cagccgcagGAGAAGCTGCCGGATGAACCGGATGCACCGCTGCCGCAGTCTCAGCAGCCTCAATATCACAAGCCTCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCAGGTTACACAGCAGCCGCa < 4:503484/140‑1 (MQ=21)
aagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAAAATCAACTGCAGCAAAAACCGCTGTCACCGCATCATCAATATCCGACTCCTCAACAGCCGGTTAAAcagcagaagca > 2:669488/2‑135 (MQ=16)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCa > 5:478746/1‑138 (MQ=255)
gcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAAAATCCGCAGCCACAACAGCCGGTTACACCGCAGCCGCAGTATc > 7:254508/1‑140 (MQ=255)
tgcagcagcaTGATCCGGTAGCTCAGCAGCCGAAGGATCAGCAGCAGGAATATCAACAGCCGCAACAACCGTTTGCACCGCTGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCg < 4:791246/139‑1 (MQ=18)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCCCCGCAGCAGCAATATCACCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGAAGCCGCAGTATCAGCCGCCGCAAc > 1:845995/1‑140 (MQ=38)
cGCAAGAACCTCCTGCACCGCAGCCGCAGGCTCAGCAGCCGCAATATCAACAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAc < 6:587328/138‑1 (MQ=21)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAATATCACGAGCAGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCAGCAAAATCAGAAGACACAACAGCCGGTTCCACAGCAGCCGGAGAATAAGCAGCCGCAAAAg > 4:874244/1‑140 (MQ=25)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCCGCCACAACAGCCGGTTACACATCAGCCGCAGAATCAGCAGCCGCAACAg > 2:342752/1‑140 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAAGATCAGCAACAACCGGATGCACCGCAGCAGCAAAATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTAAACAGCAGCAGCAGAATCAGCAGCCGccaa > 5:289311/1‑135 (MQ=25)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca > 7:630545/1‑100 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 8:630545/100‑1 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAACAg > 1:175924/1‑140 (MQ=255)
gCAACAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACGGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGc < 7:716504/140‑1 (MQ=255)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGcc < 8:53921/140‑1 (MQ=255)
aaacttccGCTTGCTCCGCTGGCGCTTTCTCAGCAGGAGCAATATCAACAGCCGCAACTACCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg < 6:932939/132‑1 (MQ=17)
gctccGGATGCACCGCAGAAGCATGATTAGCAGCAGCAATATCAACATCCGCAACAACCGGCTGCACCGCAGCAGCATTATCAGCAGCCTCAACATCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGt < 8:372541/137‑1 (MQ=17)
caacCGTTTGCACCGCAGACGCATGATCATCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTTCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCg < 6:140069/138‑1 (MQ=21)
ggTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAAAAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGAAGCAATATCAGCATCCACAACAGCAGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGAAGCCGCAACAGCCGGTTGTAc > 7:330770/1‑140 (MQ=39)
gatGCACCGCAGCCGCAGGCTCAGCAGCAGCAAGCTCATCAGCCGCAACCACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACACCAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTa < 5:444515/136‑1 (MQ=18)
ctcaaCCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCAGCAATAACACCAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCAGCAATAGCAGCAGCCACAACATCCGGATACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGGTGTACca < 3:992946/136‑1 (MQ=18)
tGCACCGCTGTGTCATTATCTGCAGCCTCATTATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACcac < 2:705994/140‑1 (MQ=18)
ctccgcagccgcagTATCTGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTAcctc > 5:446120/3‑136 (MQ=255)
cACCGCAGCCGCAGTATCATCAGCAGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 7:84417/140‑1 (MQ=255)
cACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGcc < 6:338088/40‑1 (MQ=255)
cACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGcc > 5:338088/1‑40 (MQ=255)
cACCGCAGCCGCAGGCTCAGCATCAGCAATATCAACAGGCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 8:240150/140‑1 (MQ=21)
cACCGCAGCCGCAGGAGCAGCAGCATCAATATCACCAGCCGCCACAACCGGTGGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 4:1082518/140‑1 (MQ=18)
ccgcagcagcagTCTAAGCATGCGCCATATCACCAGCCGCCACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 1:621682/140‑1 (MQ=18)
cgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGTTTGTACCACAGCCg > 1:291463/1‑140 (MQ=255)
gcagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGGTGTACCACAGcc > 6:203386/1‑138 (MQ=255)
cagccgcagTCTCAGCCGCAGCAATATCAACAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa < 7:323773/140‑1 (MQ=255)
cagccgcagTATCTGCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAAGCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa < 1:474891/140‑1 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGcc > 4:525894/1‑139 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTCTACCACAGCCGcc > 4:855697/1‑139 (MQ=255)
cagccgcagCATCAGCAGCCGCAATATCAACATCCGCATCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCATTATCAGCAGCCTCATCAGCCGTTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCg < 5:353065/138‑1 (MQ=21)
cagcagcagTATCAGCAGCCGCAAGATCAACAGCCGCAACAACCGGCTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACACCCGGCTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCg < 5:452688/138‑1 (MQ=21)
gccgcagTATCATCATCCTCAATTTCCACCGCCGCATCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCCGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 1:1016677/140‑1 (MQ=18)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 7:21613/140‑1 (MQ=255)
cactcagTATCATCAGCAGCTAATTCAACAGCCGCCTCAACAGGTTGCACCGCAGCATCATTATCATCAGCCACAACAGCCTGGTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCATCCGCAACAGACGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 8:80973/136‑1 (MQ=255)
ccgcacTCTCTGCAGCAGCAAGATCCACACCCGCCACAACAGCCTGCACAGCAGCATCAATATCAGCAGCCACAACATCCGGTAACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGa < 3:694533/140‑1 (MQ=17)
cgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCTGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCCgg > 5:177060/1‑138 (MQ=255)
cgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGAAACAACCGGTTGAACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTAAACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCACCAGCCGGTAGTACCACAGCCGCAgg > 6:367218/1‑138 (MQ=25)
atgctCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 7:948412/136‑1 (MQ=255)
agTATCATCAGCATCAATATCAACAGCCGCAACAACAGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATa < 5:1042341/138‑1 (MQ=255)
agTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATa < 6:303370/138‑1 (MQ=255)
tCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCATCATTATCAGCAGCAACGACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGAATCAGCAGCCGCAACAGCCGGATCTAGCACAGCCGCAGGATACCATGc > 8:760782/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATCTCCGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGATGTACCACAGCCGCAGGCTACCCTGCtgcctc > 4:683826/1‑135 (MQ=21)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc > 3:1044079/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc > 1:31146/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAAAATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACATCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGACGGTTGTACCACAGCCGCAGTATACCCTGCTTCATc > 1:664001/1‑140 (MQ=255)
ccGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATcc < 7:381188/140‑1 (MQ=255)
ctcAATATCACCAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg < 3:653968/138‑1 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACACCCGGTTGCACAGCAGCAGCAATATCATCAGCCACAACCTCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg < 2:853348/140‑1 (MQ=25)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTAcaca < 5:990431/73‑1 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTAcaca > 6:990431/1‑73 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGcc > 2:75821/1‑103 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGcc < 1:75821/103‑1 (MQ=255)
gCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACATCCGCAGGATa > 6:642873/1‑125 (MQ=255)
gCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATa < 5:642873/125‑1 (MQ=255)
cAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACCCAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg > 6:15475/1‑138 (MQ=255)
atCAACAGCCGCAACAACAGGTTGCAACGCAGCAGCAATATCAGCATCCACAACATCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGt < 5:1022059/138‑1 (MQ=255)
aCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACACTCCTTCATCCGCTGATGATGc > 2:1130220/1‑140 (MQ=255)
|
TACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGC > NZ_CP022686/4440198‑4440473
|
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A