Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F2 I0 R1
|
130 |
5456.6 |
6845820 |
98.4% |
6736286 |
136.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,440,334 |
A→C |
15.9% |
Q797H (CAA→CAC) |
ftsK → |
DNA translocase FtsK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,440,334 | 0 | A | C | 15.9%
| 129.8
/ 2.0
| 120 | Q797H (CAA→CAC) | ftsK | DNA translocase FtsK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/50); new base C (7/11); total (51/69) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
CTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTG > NZ_CP022686/4440195‑4440469
|
cTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCaa < 2:736259/140‑1 (MQ=255)
tACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTCAACCTCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAAAATcagcag > 1:481261/1‑140 (MQ=18)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAACAACCGGTTGAACCACAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAAGCTAGAGCAGcaaa > 3:329923/1‑139 (MQ=18)
ccGCATCAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCATCTACCGGAAGGACCGCAGGCGCAGTATCAGCTGCCGCTACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCTATATCAACAGCCGcaact < 8:444526/140‑2 (MQ=25)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTAGAACCTCAGCCTCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGATCATCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCACAAGACGccaca > 3:176794/1‑140 (MQ=18)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCTCAGCCGCAGGAGCAGCAGCAGCAATCTCCGAAGACGCcacaac > 6:543170/1‑140 (MQ=14)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTCCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCCCCAGCAGCAAAAGCAGCAGCCGCaacaac > 2:47985/1‑140 (MQ=14)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCATCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAACAGACGCaacaac > 1:361966/1‑140 (MQ=255)
acCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTg < 1:563895/140‑1 (MQ=255)
gTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAAAATCAGCAGACGCAACATCCGGTTGCAcc > 8:353745/1‑140 (MQ=21)
gCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgca < 5:670063/140‑1 (MQ=255)
ccACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCAGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgca < 3:44178/139‑1 (MQ=255)
cgcGCAGCAGCAATATCAGCAGCAGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCTGCAGCCGCAACAACCTGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagc < 7:770058/138‑1 (MQ=21)
aCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagc < 8:319355/140‑1 (MQ=255)
ccGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTAGCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCTCAGTCTCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagca < 6:408719/140‑1 (MQ=255)
cGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTAACCGCAGCCGCAAAATCAGAAGCAGCCACAGCCGGATACACCgaagcag > 4:219329/1‑140 (MQ=18)
gcagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACAGGTTGCACCGCAGCCGAAGTATCAGCAGCCGCAAAATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagcagc > 4:581355/1‑140 (MQ=255)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATAAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCATTATCAGCAGCCGCAATATCAACTGCCGCAACAACCGGTTGCCCCtcagcagcc > 7:488064/1‑139 (MQ=21)
ttatCAGCAGCAGCAACAAACGTTAGAACCGCATCCGCATTATCATCAGCATCAACACCCTGTTGCACCGCAGGCGCAGTATCAGGAGCCGCATTATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATcagc < 8:788299/139‑1 (MQ=25)
atatCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGAAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTTCACCGCAGCAGCAATATcagc > 7:11454/1‑140 (MQ=255)
tatCAGCAGCCGCAACAACAGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGAATCATCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATcagca < 3:43667/140‑1 (MQ=255)
cctCAGCAGCCGCATGAACCTGTATCACCGCATCAGCAGGCTCAGCAGCAGCATCAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCATCAGCAGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATcagca < 2:545573/138‑1 (MQ=21)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCcaca > 7:172624/1‑140 (MQ=255)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCcaca < 2:725252/140‑1 (MQ=255)
agcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAAAATCAACTGCCGCAACACCCGGTTGCCCCGCAGCAGCAAAATCAGCAGCCccaa > 3:221096/1‑140 (MQ=21)
gcCGCAACACCCGGTAGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGACCCGCAGCCGCAGTAGCAGCAGCCGCAATATCAGAAGCCGCAACAACCGGGTGCACCTCAGCAGCAAAATCAGCAGCCccaac > 6:230262/1‑140 (MQ=37)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCCGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCCGCGGCAAAATCAGCCGCCGCCACAGCCGGGTGCCCCGCAGCAGCATAATCAGCAGcccccac > 8:423958/1‑135 (MQ=18)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACCGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTAGCCGCCGCAGCAAAATCCGCAGCCGCCACAGCCGGATCGCCCGCAGGCGCATAATCAGAAGCcacccc > 4:652420/1‑137 (MQ=9)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATACGCAGCCGCATGAGCAAGAGCAGCAACGGCAGGTTGACCCGCAGCAGCAATAAAAGCAGcaacaaa > 4:63153/1‑139 (MQ=17)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCGGCAAAATCAACAGCCGCCACAACCGGTGGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCccaac > 5:87418/1‑140 (MQ=21)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGACGAAACAACCGGATACACAGCCGCAGCATTATCAGCAGCAccaac > 1:372358/1‑140 (MQ=18)
ccGCAACAACCTGTAGCACCGCAGCAGAATTATCTGCAGCCGCAACATCCTGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCATCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 4:848129/140‑1 (MQ=21)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACACCCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGACacaaca > 7:480253/1‑140 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGACGCATGATCAGCAGCCGGAACCTCCGGTTGCACCGCAGCATAAGGATCAGGAGCCGCAATATCCACAGCCGCAACAACCGTTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 8:374618/140‑1 (MQ=25)
cagCAACAACATGTAGCTCCGCATCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACATCCTGTTGCACCGCAGCCGAAGTATCAGCAGCATCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 8:686835/138‑1 (MQ=37)
cGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCTCAGCCGCAGTATCCGCAGCAGCAAAATCAGCAGCCGCAACATCCGGATGCACCTCAGCAGCATAATCAGCAGACGCAACAg > 8:341425/1‑140 (MQ=18)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCATCAGCCGCAACACCCGGATGCACCGCAGCAGCAAAATCCGCAGCCCCAACAGc > 8:651006/1‑140 (MQ=21)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTAGCAGCAGCCGCAACCCCCGGGGGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGc < 1:791055/140‑1 (MQ=37)
ctgTAGAACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCATCAACCGCATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTaca < 4:268804/138‑1 (MQ=37)
aggTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTaca < 7:58318/139‑1 (MQ=255)
ggTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCTCAGTATCAGCTGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTacac < 7:262577/140‑1 (MQ=255)
gTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCACCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCAGCATTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTAcaca > 2:800295/1‑140 (MQ=25)
aaGCACCGCAGCCGCATTATCAGCAGCCGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAACCGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcag < 6:554543/139‑1 (MQ=255)
agcgctgcagcagTATATGCATCATCTACAACCGGTTGCACCGCAGCCTCAGTCTCTTGAGGATCAATATCACCCGCGGCAACAACCGGTTGAACGGCATCAGCATTATCAGCAGCCACTACAGCCGGTTACACagcagc < 6:620469/138‑1 (MQ=255)
aCCGCATCCGAATGATCAGCAGGATCAACTACCTGCTGCACCGCAGGAGCCGGATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 8:478307/140‑1 (MQ=21)
aCCGCAGCAGCAGTCTCAGCAGCCGGATCAACCTGATTCACCGCTGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATTTCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 2:375977/140‑1 (MQ=25)
aCCGCAGACGCATGAGAAGCAGGCGCAACAACCTCATGCACCGCAGCAGCAGTCTCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 2:375975/140‑1 (MQ=18)
ccgcagccgccgTAGCAGCAGCAGAAACAACCGCTTGCACCGCAGCCTCAGTCTCTGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTTCACAGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 8:474965/140‑1 (MQ=37)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 4:425335/140‑1 (MQ=255)
ccgcagccgcagGATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCATCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 8:563477/140‑1 (MQ=255)
ccgcagcagcagGAGCATCAGCCTGAACAACAGGACGCACCGCAGAAGCAGTATCAGCAGCATCATTATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 2:112264/140‑1 (MQ=21)
cgcagccgcagTCTCTGCAGCCGCATCAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCATCAAGATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 7:378048/140‑1 (MQ=37)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCa < 1:616137/140‑1 (MQ=255)
aagccgcagTCTCTGCAGCAGCAACAACATCTTGAAGAGAATACTCAGTATCAGCAGGATCAATATCAACAGCATCAACAACCTGTTTCACAGGAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACATCAGCCGCa < 4:308473/139‑1 (MQ=255)
gTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaa < 1:545512/70‑1 (MQ=255)
gTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaa > 2:545512/1‑70 (MQ=255)
ctCAGCAGCAGCAACATCCTGATGCACCGCAGCCGAAGGATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAAGAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATcagcag < 1:171446/139‑1 (MQ=21)
tCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCCACAACCGGTTGCCCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCagcagc > 3:364725/1‑140 (MQ=255)
agcagcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTAAACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGccc > 6:791194/1‑139 (MQ=255)
cgcagCAACCACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCaa < 1:246543/136‑1 (MQ=255)
agcTGCAACATCCGGTTGCTCCGCAGCCTCATTATCAGCAGCAGCAATAGCAAGAGCCGCATCATCCTTTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGACACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCaa < 7:676769/140‑1 (MQ=18)
ccGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAAAATCAGCAGCCACCACAGCCGGATCCGCAGCAGCCGCAGGCTCCGCCGCCGCAACa > 4:188921/1‑140 (MQ=37)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGACGCCGCCACAGCCGGTTACACATCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAg > 2:606471/1‑140 (MQ=25)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc > 6:454233/1‑118 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTGACACAGCAGCCGCAGTATCAGCCGCCGCAACAg > 3:46983/1‑140 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 5:454233/118‑1 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGACGCAGTATCAGTAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAAGATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg > 7:465228/1‑140 (MQ=255)
catgaacCCGATGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCAGCATTATCAACAGCCGCATCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGcc < 4:536720/136‑1 (MQ=18)
cacgacccGGATGCCCCGCAGCCGCAGCCTCAGCAGCCGCAAGATCAACAGCCGCCACAACCTGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACACCAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGcc < 4:474666/134‑1 (MQ=21)
caacCGGATGCACCGCAGCCGCAGAATACGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCCGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGt < 6:276362/140‑1 (MQ=21)
ggTTGCACCGCAGCCGCAGTCTAAGCAGCCGCAAGATCAACATCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTAc < 3:10371/140‑1 (MQ=21)
ccgcagccgcatTCTCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 7:169566/140‑1 (MQ=255)
ccgcagccgcagTCTCAGCAGCATCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 1:849653/140‑1 (MQ=255)
ccgcagcagtagTATCTGCCGCCGGAATTACATCAGGCGGAACATCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGGCAAAACAGCAGGTTTCACAGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 3:229382/140‑1 (MQ=17)
cgcagccgaagGATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCg < 3:525116/140‑1 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa > 1:55792/1‑140 (MQ=255)
agccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGGTGTACCACAGCCGCAg > 2:305232/1‑140 (MQ=255)
agccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACATCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAg > 6:81718/1‑140 (MQ=255)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTAACAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg > 3:177797/1‑140 (MQ=255)
aagTATCAGCATCCGCATTATCATCAGCCGCAACAACCTGTTGCAGCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAGAGCAGCCTCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACAACAGCCGCAGGATAc < 3:581585/139‑1 (MQ=21)
agTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 5:1746/140‑1 (MQ=255)
agTATCACCACCAGCAATTTCAACAGCCGCATCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 7:513135/140‑1 (MQ=21)
agTATAAGCAGTCGGAATTTCATCAGCCGCAACAACAGTTTGCACCGCATCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGTACCTCAGCCGCAGGATAcc < 5:1744/140‑1 (MQ=18)
tCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCTCACCAACCGGCTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTAACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCTCAGGATACCCTGc < 6:546105/140‑1 (MQ=21)
agcagcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCATTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGCTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCtt > 5:71778/1‑140 (MQ=255)
ggcGCAAGATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCACTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc < 2:371378/138‑1 (MQ=18)
gcctgattatCTACAGCCTCCACAACCGGCTGCACCGCAGCAGCATTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc < 6:683185/133‑1 (MQ=21)
gcagCAATCTCACCAGCCGCAACAACTGGTTGCACCGCATCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACTGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc < 5:157703/137‑1 (MQ=21)
gcCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCATCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc < 7:236923/140‑1 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCg > 1:185058/1‑35 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg > 3:529832/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg > 5:731829/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATACg > 4:232226/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGATTCCTCCg > 3:830968/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGAACCACAGCCGCAGGATCCCCAGCTTCCTCCg > 2:78965/1‑140 (MQ=255)
agCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTTCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg < 3:63153/139‑1 (MQ=255)
gCATTATCAACAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCATCAGCAATATCAGCAGCCACAACACCCGGTTTCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGc < 2:112647/140‑1 (MQ=21)
gCAAGATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGAATCAATATCACCAGCCTCAACAGCCGGTTTCACAGCAGCCGCATTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGc < 8:665170/140‑1 (MQ=37)
cAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGcg > 7:81441/1‑139 (MQ=255)
atcatcAGCCGCAACAACCGGTTTCACAGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACACCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTg < 4:329923/140‑1 (MQ=255)
|
CTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTG > NZ_CP022686/4440195‑4440469
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
