Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F35 I0 R1
|
275 |
15706.7 |
10805118 |
98.3% |
10621430 |
134.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,440,334 |
A→C |
16.9% |
Q797H (CAA→CAC) |
ftsK → |
DNA translocase FtsK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,440,334 | 0 | A | C | 16.9%
| 205.9
/ 4.7
| 189 | Q797H (CAA→CAC) | ftsK | DNA translocase FtsK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (57/68); new base C (8/21); total (87/102) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.59e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
ACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGC > NZ_CP022686/4440199‑4440473
|
ccagcagCCGCAAGATCCGGTAGCTCCGCAGCAGCACTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAACCACCGGTGGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACa < 4:848197/137‑1 (MQ=18)
aCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCCGCCGCAGGAAAAGCGGCAGCAAGATCACCa > 3:104592/1‑138 (MQ=14)
cagcagCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTCCACCGCAGCCTCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAg > 1:22065/1‑138 (MQ=255)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAAACCGGTTGAACCGCAGCCGCAGGATCCGCAGCAGCATAATCAGCAGA‑CGcc > 7:40416/1‑139 (MQ=17)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGAACCTCAGCCGCAGTATCCGCAGCAGCAAAATCAGCAGA‑CGcc > 2:1222481/1‑137 (MQ=18)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTGAAACCAAAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAGAAGA‑CGcaac > 8:375686/1‑140 (MQ=18)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCCATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCCGC‑CGcaa > 5:418225/1‑138 (MQ=21)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGc‑ctgtcgg > 7:1235629/1‑134 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAACATCCGGTTTATCCACAGCCGCAGTATCCTCAGCAGCAAAATCAAAAGC‑CGccaca > 8:1286385/1‑140 (MQ=17)
cGCAACAACCGGTAGCACCTCAGCAGCAATATCACCAGCCTCAACCCCCGGTAGCACCGCAGACGCAGAATCAGCAGCCGCAACAACCGCTTCCACCCCATCCGCATTAACAGCAGCCGCAATATCAAAAGC‑CGcaac > 3:1133588/1‑138 (MQ=21)
cGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCTCCGCAGCCGCAGTATCCACAGCAGCAAAATCAGCAGC‑CGcaac > 2:225738/1‑138 (MQ=17)
caccaacCGGTAGCACCGCAGCAGCAATCTCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGC‑CGcaacaa < 1:338363/135‑1 (MQ=255)
aacaacCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTGCACCACAGCCGCAGTATAAGCAGCAGCAACATCCGGTTGGACATCATCCGCAGAGACAGCAGCGGCATAATCAGCAGC‑CGcaacata > 6:803875/1‑136 (MQ=9)
aacaacCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAACCGGTAGCACCGCCGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACACGGTTGCACCGCAGCCGCAGTAGCAGCAGCAGCAATATCCACAGC‑CGcaacatc > 4:1107550/1‑136 (MQ=21)
aacaacCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACACCCGGTTCAACCGCAGCCGCAGGCTCAGCAGCAGCATAATCAGCAGC‑CGccacagc > 2:667304/1‑136 (MQ=17)
aacaacCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGAACCTCAGCCGCAGGATCAGCAGCAGCAATATCACCAGC‑CGccacagc > 4:880765/1‑136 (MQ=18)
actaaaggTAGCTCCGCATCAGCAATATCAGCAGCAGCAACAACCTGTAGCACCGCATCCGCAGTATCTGAAGCCTCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCATCAGCAGCAATATCAACAGC‑CGCAACAAcc < 2:719773/132‑1 (MQ=21)
caacCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATTAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTAGCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCg < 5:1254795/138‑1 (MQ=255)
caacCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCg < 5:282378/138‑1 (MQ=255)
acCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGt < 1:10540/138‑1 (MQ=255)
aGCTCCGCCGGAGCATTATCAGCCGCCTCATCTACATGTATCTCCGCATCAGAAGTCTCAGCAGCAGCATCATCCGGTAGCACCGCAGCATCAGTCTCAGGAGCCTCATTATCATCAGC‑CGCAACAACCGGTTGCAcc < 2:132709/138‑1 (MQ=255)
ccACCGCAGCAGCAAAATCACCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCCGACGCAGTATCAGCAGCCGCAACATCCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCgca < 7:1287683/139‑1 (MQ=21)
cACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGCTTCCACACAAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGACCCACCgc > 1:27743/1‑138 (MQ=21)
cccGCAGCAGCAATCTCAGCAGCAGCATCAACCGGTAGCACCGCATCCGCAGTATCAGCAGCAGCAACCACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCgca < 2:901158/137‑1 (MQ=21)
cGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCACCCGCAACAACCGGTGAAACCGCATCCGCAGAATCATCCGCCGCAAAATCAACAGA‑CGCAACAACAGGATGAGCCtcagcag > 8:620677/1‑140 (MQ=18)
gcagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCgcagca < 5:1313732/138‑1 (MQ=255)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAGATCAGCAGC‑CGCAAAAGCCGGTAGCACCgccgcagca > 8:655782/1‑140 (MQ=18)
gcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCCGCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCCCCgcagcagca > 4:906983/1‑138 (MQ=255)
gcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCgcagcagca > 4:1148889/1‑138 (MQ=255)
gcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGACGCAGTATCCGCAGCCGCAATATCACCAGC‑CGCCACAACCGGTTGGACCgcagcagca > 2:496664/1‑138 (MQ=21)
gcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCCCAACAACCGGTTCAACCGCAGCCGCAGAAGCATCATCAGCAATATACCCAGCACGC‑ACAACCGGATTAACAgcagcggca > 6:679918/1‑138 (MQ=12)
gcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCCAAAGCACCAGC‑CGCAACAGCCGGTGGCGCCgccgcagcc > 5:563893/1‑137 (MQ=18)
tCAGCAGCAGCATCAACCGGTAGCACCGCATCAGCATTATCAGCAGCCTCAACAACATGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCTGCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATcagca < 6:501007/138‑1 (MQ=21)
tgcctccGCAACAAGCTGTAGCAACGCTGCAGCAGTCTAAGCAGGAGCATCATCCTGTTGCACCGCAGTCTCAGTATCAGCTGGCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACAGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCagcagc < 6:1116161/133‑1 (MQ=19)
agcagcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAAAATCAGCAGC‑CGCCACATCCGGATGCACCTCAGCAGCAATATCcgcagc > 4:780003/1‑138 (MQ=18)
cgcgggaacaaaCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACCACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCCGCAATCTCAACAGC‑CGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCcac < 4:737408/132‑1 (MQ=37)
cgcCGCATCAACCTGAAGCACCGCATCCGCAGTAGCAGCAGCCGCAACCACCGCTTGCACCGCAGCCGCAGTATCATCAGCCGCAATAACACCAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCcac < 2:1258663/137‑1 (MQ=25)
agcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCcac < 1:5487/138‑1 (MQ=255)
agcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCAGCAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAgccgcccc > 6:391718/1‑136 (MQ=255)
agcCGCAACAACCGGTAGAACCGCAGCCTCAGTATAAGCATCCGCAACAACCGGTTGAACCGCAGACGCAGTATCCGCGGAATCAAAATCAACATC‑AGCAAAACCAGGGAGCTCCACAGCAGCAAAAACCGCAGcccc > 4:31675/1‑136 (MQ=9)
ccGCAACAACCTGAAGCAGCGCAGCAGCAGTCTCAGCAGCCGCAACTACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCATCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 8:440217/140‑1 (MQ=25)
caggatcaacCGGAAGCACCGCAGCCGAATGATCAGCAGCAGCAACAACCTGAAGCACCGCAGCCTCAGTAACAGCAGCCTCAATATCACCAGC‑CGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa < 6:1169161/132‑1 (MQ=21)
cGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAAAATCAGAAGC‑CGCAACAACCGGATGCACCGCAGAAGCAATATCAGCCGCGGCAACAg > 8:540068/1‑140 (MQ=18)
acaacCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCCCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGA‑CGCAACACCCGGTAGCACCGCCGCAGCAATATCAGCAGCCACCACAGCCgg > 7:606317/1‑140 (MQ=25)
acaaaCGGAAGAACAGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCATCATCAACCGCTTGCACCGCAGAATAAGAATCATCAGCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCgg < 8:1026517/140‑1 (MQ=18)
gccgcagccgcagTATCAGGAGCCGCAACAACCTGTTGCACCTCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGC‑CGCATCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACTGCCGGTTACAcagca < 1:10239/137‑1 (MQ=38)
ccgcatccgcagGAGCAGCAGCCTCAACAACCTGTGGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAATATCACCAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagcag < 6:463714/138‑1 (MQ=37)
ccgcagccgcacTCTCAGCAGCCGCAACCACCGGATGAACCGCAGACGCAGTATCAGCAGCCTCAATATCACCAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagcag < 4:338580/138‑1 (MQ=37)
ccgcagcagcctGATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATAAGCAGCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagcag < 5:517905/138‑1 (MQ=37)
ccgcagcagcacTCTCAGCTGCAGCAACAACCGCAAGCACCGCAGCCTCAGCCTCAGCAGCCGCAATATCATCAGC‑CGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagcag < 2:900426/138‑1 (MQ=18)
cagcagcagaagTAGCAGCATCCTCAAATACAGGTTGCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAATATCAACAGC‑CTCAACAACCGGTTGCACCGCATCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGAAGcc < 8:1039128/138‑1 (MQ=25)
cgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 4:686466/138‑1 (MQ=255)
cgcaccagcagTAGCAGCAGCAGCAACTACCGCTTGCACCGCAGCCTCAGGCACAGCAGCAGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 4:143729/138‑1 (MQ=25)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTGGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACCGCCGGTTACCCAGCAGCCGcc > 6:227847/1‑137 (MQ=255)
tATCAGCAGCAGCAACAACCGGACGCACCGCAGCCTCAGTCTCAGCATCAGCATTATCATCAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATcag < 4:1023685/138‑1 (MQ=21)
aTCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGGCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATcagc > 2:10239/1‑138 (MQ=255)
ccGCACCATCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCCGCATTATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCACCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCaa < 1:863862/138‑1 (MQ=25)
ccGCAACAACCTGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCaa < 5:806707/138‑1 (MQ=255)
cccaccaacCCGTTGCACACCTCCCGCATTTTCAGCAGCAGCAAAATCTACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAc < 5:34754/133‑1 (MQ=17)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGC‑CGCAACAACCGGAGGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTACCCCGCAGCAGCAGTAGCAGCCGCCGCAAc > 4:1072499/1‑138 (MQ=18)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACCACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCCGCCGCAAc > 1:1224863/1‑138 (MQ=255)
gCAAGAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCCGCAATATCAACAGC‑CGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGc < 8:164606/140‑1 (MQ=255)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCATCAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGAAGCAGCAGAATCAGCCGCCGCAACAg > 1:513037/1‑138 (MQ=37)
caacaaCCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGC‑AGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATAACAGCAGCCACCACAGCCGGTTACGCATCAGCCGCAGAATCCGCAGCCCCAACAg > 6:739333/1‑138 (MQ=37)
caacCGGAAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGGCTCAATATCTACAGC‑CGCCACAACCTGTTGCAACTCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACATCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCg < 6:410561/138‑1 (MQ=21)
caacAGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATAAGCAGCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGt < 8:100323/140‑1 (MQ=255)
atGCACAGCAGCCTCATTATAAGCAGCAGCAAGATCATCAGC‑CGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCCTCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTAc < 2:565163/137‑1 (MQ=18)
aagaaCCGCAGCCTCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTAc < 1:1391417/134‑1 (MQ=255)
cgCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCCGCAATATCAACACC‑CGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTAcc < 5:97412/137‑1 (MQ=255)
agCACCGCAGCCGCAGCCTCAGCAGCCGCAAGATCACCAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTAcc < 2:377490/137‑1 (MQ=255)
ccgctgcagcagTATCAGCAGGAGCAAGATCACCAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTTCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 7:887969/140‑1 (MQ=18)
ccgcagccgcagTATCAGCTGCAGCAATATCACCAGC‑CGCAACACCAGCTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 6:1234316/138‑1 (MQ=21)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAAGATCAACACC‑AGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTTCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 1:1317421/138‑1 (MQ=21)
cgcagacgcagTCTCAGCAGGCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGCTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGc < 3:579681/138‑1 (MQ=255)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACGGCCGGTGACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAGAAGCCGGTTGTACCACAGCAGCAgg > 8:175483/1‑140 (MQ=21)
atgctCAGCAGCCGCAATTTCAACAGC‑CGCAACAACCGCTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATa < 3:95715/134‑1 (MQ=255)
gTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAc > 2:1170962/1‑138 (MQ=255)
cagcagCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACTACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCt < 7:1084086/140‑1 (MQ=255)
agcagcCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTgg > 3:34210/1‑137 (MQ=255)
gcagcCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCTGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTTAACCACCGCCGCAGGATACCCTGcg > 3:375198/1‑137 (MQ=21)
cagcCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCtt > 5:410963/1‑138 (MQ=255)
gcagCAATATCAACAGC‑CGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCa < 3:1311529/135‑1 (MQ=255)
gcCTCAATATCACCAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCa < 2:414928/138‑1 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCa < 5:381831/138‑1 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc > 7:1136201/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAAGATCATCAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc < 7:116449/140‑1 (MQ=255)
cagCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTTCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGATACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATcc < 8:295591/138‑1 (MQ=255)
cGCTATATCACCAGC‑CTCAACACCCGCTTGCACAGCATCATCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTTCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGACGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg < 8:888791/140‑1 (MQ=21)
cGCAATATCATCAGC‑AGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc < 6:572374/138‑1 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc > 5:1051462/1‑138 (MQ=255)
cAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACACCAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg > 6:153764/1‑138 (MQ=255)
cAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACcac > 2:321029/1‑112 (MQ=255)
cAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATAAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg > 4:477811/1‑138 (MQ=255)
atatCACCAGC‑CGCAACAACCTGTTGCACCGCCGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACACCCGGTAACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCAGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGt < 8:823322/140‑1 (MQ=18)
ttCAACAGC‑CTCATCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACTGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGt < 3:895700/137‑1 (MQ=255)
atcatcAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTg < 8:219570/140‑1 (MQ=255)
atCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCATCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTg < 7:189863/140‑1 (MQ=255)
atCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCATCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGt < 2:708176/138‑1 (MQ=255)
aaCAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATg > 7:669328/1‑140 (MQ=255)
aCAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCCGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGc > 7:941720/1‑140 (MQ=255)
|
ACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGC‑CGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGC > NZ_CP022686/4440199‑4440473
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
