Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F36 I0 R1
|
151 |
8012.5 |
7490824 |
98.1% |
7348498 |
134.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,440,334 |
A→C |
19.3% |
Q797H (CAA→CAC) |
ftsK → |
DNA translocase FtsK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,440,334 | 0 | A | C | 19.3%
| 112.8
/ 3.5
| 112 | Q797H (CAA→CAC) | ftsK | DNA translocase FtsK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/44); new base C (8/8); total (52/60) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.85e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
ACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGT > NZ_CP022686/4440199‑4440467
|
ccagcagCCGCAACAACCGTTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCTGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACAGGTTGCACCTCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGc < 8:561593/139‑1 (MQ=255)
aCAGCAGCCGCAACAAGCGGTAGCAGCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACTACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACa < 6:475121/138‑1 (MQ=255)
aCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACa < 2:155897/138‑1 (MQ=255)
aCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGc < 8:430891/140‑1 (MQ=255)
gcagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAACCTGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGcc < 4:14653/138‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCTCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCAGCAAAATC‑AGCAGCCGcaaca > 7:531256/1‑140 (MQ=21)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGcaa < 6:237147/138‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGAAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGcaa < 2:222220/138‑1 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGcaa > 5:578830/1‑137 (MQ=255)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATC‑AGCAGCCGcaaca > 3:145604/1‑138 (MQ=255)
caacaaCGGGTAGCCACGCAGCAGAATTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCGGCAACAAcc < 7:17802/140‑1 (MQ=18)
aacaacCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACATCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATC‑ATCAGCCGcaacagc > 6:281042/1‑136 (MQ=255)
aacaacCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTAGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTGCCTCATCCGCAGATGCATCAGCGGCATAATC‑CGCAGCCGcaacagc > 2:47295/1‑136 (MQ=14)
acaacCGGTAGCACCGCAGCAGAAATATCAGCATCCGCGACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAATATC‑AACAGCCGCAACAAcc < 2:172480/138‑1 (MQ=21)
ggTAGCAGCGCAGCAGCAATAGCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGACGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCCGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGc < 3:386089/138‑1 (MQ=255)
aGCACCGCAGCAGCAATTTCAGCAGCCGCCACTACCGGGAGCACCGCAGCCGCAGCATCAGCAGCCGCAACTACCGGTCGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCAcc < 3:261046/138‑1 (MQ=21)
cACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCACCAGCAGCAAAATC‑AGCAGCCGCATCATCCGGAAGCCCCgccg > 8:367036/1‑138 (MQ=18)
cACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCTCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATC‑AGCAGCCGCAACAACAGGAAGCACCgc > 3:197629/1‑138 (MQ=18)
ccGCAGCAGCATTATCAGCAGCCGCATCACCCGGAAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCTGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcag < 6:589730/138‑1 (MQ=25)
cagcagcaCTATCAGCAGCCGCATCATCAGGTAGCACCGCATCAGCAGGATCAGCAGCCGCAACAACCGGTGGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑ACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagcag < 3:204888/138‑1 (MQ=18)
agcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagcagc < 4:934687/138‑1 (MQ=255)
gcagctATATCAGCAGCCGCAACAAACGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGTTCAGCTGCAGCATTATC‑AGTCGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagcagct > 2:640441/1‑137 (MQ=18)
gcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCCACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCTCAGCCTCAATATC‑ACCAGCCGCAACCACCGCTTACACCtcagcagca > 3:911622/1‑138 (MQ=18)
gcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAAAATC‑AGCTGAAGCAACATCCCGTGGCACAgcagcagca > 2:104784/1‑138 (MQ=17)
gcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCTCCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAAGATC‑CCCCGCAGCAACAACCGGTAGCACCgcagcagca > 4:169869/1‑138 (MQ=18)
agcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATCTC‑AGCAGCCGCAACAACCGGTTGACCCGCAGCAGCaaa > 1:520152/1‑137 (MQ=255)
caATATCAGCAGCCGCAACTACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑ATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAatat < 5:880539/138‑1 (MQ=255)
caATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGAAGCATTATC‑AGCAGCCGCAACAACCGGTACAACATAAGCAGCAATATcc > 7:516229/1‑139 (MQ=18)
caATATCACCAGCCGCAACAACAGGTAGCCCCGCAGACGCAGCATCAGCAGCCGCAACCACCGGACTCACCGCAGCCTCAGAATCAGCAGCCGCAATTGC‑ACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATca < 7:175284/140‑1 (MQ=21)
aaTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATC‑AGCAGAAGCAACATCCGGATGCACCGCAGCAGCAATATc > 3:802018/1‑138 (MQ=18)
atatCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCATCCGCAGTAGCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATca < 1:875967/138‑1 (MQ=255)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGCACCTCAGCCGCAGTATCACCAGCAGCATAATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGGACCGCCGGAGCATAATCCgccgccg > 2:978957/1‑137 (MQ=18)
cgcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCcac < 6:717177/137‑1 (MQ=255)
ccGCATCAACAGGTAGCACCGCAGCCGAAGTAGCAGCAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATAAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 7:43907/140‑1 (MQ=37)
ccGCAACCACATGTAGCACCGCATCCGCATGATCAGCAGCAGCAAGAACCGGTCGAACCGCATCCGAAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa < 4:215958/138‑1 (MQ=25)
ccGCAACAACCTGTAGCACCGCAGCCGCACGATCAGCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCATCCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 8:642469/140‑1 (MQ=25)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAAGATC‑ACCAGCCGCCACAACCGGTTCCACCGCAGCAGCATAATCAGCAGCCccaa > 3:890067/1‑138 (MQ=18)
cagCAACAAACTGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCTGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa < 1:133361/136‑1 (MQ=25)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCTGTTGCACCGCAGCCGCCGTATCACCAGCCGCAATATC‑ATCAGCCGCATCGACCGGTGGCCCCGCAGCAGCAAAATCAGCAACCacaaca > 5:758503/1‑138 (MQ=21)
ggTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACTACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGGCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTacac < 7:147511/140‑1 (MQ=255)
gTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAATATC‑ACCAGCCGCAACCTCCGGTTGCACCTCAGCGGCTAGATCAGCCGCCACACCGGCCGGTGAccca > 8:289224/1‑140 (MQ=18)
tatcACCGCATCCTCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCTCTTGCACCGCAGCCGCAGAATCAGCAGCATCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGAAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTaaac < 5:536654/135‑1 (MQ=37)
tAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGGAGCAAGAACCGGATGCACCGCAGACGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcag < 7:534061/140‑1 (MQ=38)
aaGCTCCGCAGCCGCAGTAGCAGCAGCCTCAACATCCCGATGCACCGCAGCAGAAGTATCAGCAGGATCAATATC‑ATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTacac < 6:602821/137‑1 (MQ=25)
agcagcGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTAcaca < 3:125453/138‑1 (MQ=255)
cACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCAAAGCCGCAGTATAAGAAGCATCAAAATC‑AACATCCTCCTCAACCGGTTAAAAAGCAGAAGCAAAATCCGCAGCCACAACAGCCGGATACAcaga > 4:717898/1‑137 (MQ=16)
aCCGCATCCGCAGTATCTGCAGCAGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACCGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagca < 3:81748/138‑1 (MQ=38)
ccgcagccgcagTATCTGCAGCAGCAACCACCGCTTGCACCGCAGCCGAAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑ACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagcag < 4:347757/138‑1 (MQ=37)
cgcatctgcatTATCAGCAGCAGCATCAACCTGATGCACCGCAGCCTCAGTATCAGCAGCCTCATTATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACTCagcagc < 6:625147/138‑1 (MQ=25)
cgcatccgaagTAGCAGCAGCCTCATCACCCGCTTGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCCATATC‑ACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACATCCGGTTACACagcagc < 6:679394/138‑1 (MQ=25)
cgcaggcggagTAACAGCATCCGCAACTACCGGTTGCTCCGCTTGAGCTGTATCAGCATCCGCAATTTC‑AGCTGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 7:422198/140‑1 (MQ=21)
cgcagccgcatTCTCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 7:149425/140‑1 (MQ=255)
cgcagccgcagTATCAGCCGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGCTCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 7:289224/140‑1 (MQ=255)
cgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATACGCAGCCGCATTATC‑AACAGCCGCAACAACCCGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 3:159039/138‑1 (MQ=37)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑ACCAGCCGCCTAAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCCGCCACAACTGCCGGTTACCCAGCAGCCGcc > 2:731337/1‑137 (MQ=37)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAACTC‑AACTGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAAAATCAGAAGCCTCAACATCCGGTTACACAGCAGACGCa > 1:58066/1‑138 (MQ=25)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCCGCCCCAACAGCCGGGTACACAgcagcagca > 6:153116/1‑138 (MQ=37)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAAAATC‑ACGAGCAGCCAAAACCGGTTGCACCGCAGCTGCATAATCAGAAGCCCCAACAGCCTGATAGACAGAAGCCgac > 6:23244/1‑136 (MQ=18)
cgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACCCCAGCCGGTTAAACAGCAGCCGCAGt > 3:687208/1‑138 (MQ=255)
gTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAAAATC‑AACAGCCGCAAAAGCCGGTTGCCCCGCAGCAGCAATAACCGCAGCCGCCACAGCCGGATAGACATCAGCCGCAGAATca > 1:327365/1‑138 (MQ=21)
gTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAAGATC‑AACAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGGTACACAGAAGCCGCATGATca > 6:909136/1‑138 (MQ=25)
gTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGAAGTATCAGCAGCCGCAAAAAC‑AACAGCCGAAACAACCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGACACACCAGCCGGGTACACAGCAGCCGCAgaagcc > 5:779949/1‑133 (MQ=25)
ctCAGCAGCAGCAACAACCGCATGAACCGCATCAGAAGTATCAGCAGCATCATTTTC‑AACAGCCTCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACATCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATcagc < 2:483866/137‑1 (MQ=18)
aTCAGCAGACGCAACAACCGGTTCAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AAGAGCCGCATCAACCGGAAGCACCGCAGCAGCAAGATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTCGACAGCAGCCGCACGATcagc > 1:829622/1‑138 (MQ=25)
cagcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGcc > 7:503763/1‑139 (MQ=255)
gcCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCAGCCATCTC‑AGCAGCCGCAACAACCGGTACAACCACCGCACCATAATCAGCAGCCACAACAGCCCGATCCCCAGCAGCAGCAAGATCAGCAGCCCCAAc > 8:423862/1‑140 (MQ=16)
cGCAACAACCGGTTGCCCCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAc > 5:763055/1‑138 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg > 7:25425/1‑140 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTGACCCCGCAGGCGCAGTATCCGCAGCCGCAAc > 6:757096/1‑138 (MQ=25)
cGCAACAACCGGTTGCAACGCCGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATC‑CACAGCCGCAACAACCGGGTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCTCAGTATCCGCAGCCGCAAc < 1:410187/138‑1 (MQ=25)
gCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACa > 1:1596/1‑138 (MQ=255)
caagaaCCCGATGCACCGCAGACGCATGCACAGCAGCCGCAATATC‑ACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACATCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg < 4:17772/138‑1 (MQ=17)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAGATCAAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCCGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTAGCAGCAGCCGCaccc > 4:450606/1‑135 (MQ=25)
cctcacgCACCGCAGCCTCAGCAACAGCAGCCCCATATTC‑ACCAGCCGCAACACCCGGCTGCACCGCAGCACCAATCTCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTAGCAGCAGCCGCAACAGCCGGtt < 6:866726/132‑1 (MQ=255)
ggTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGAACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAGCCGGTTGt > 4:846568/1‑138 (MQ=255)
gCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑ACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTAccc > 3:541208/1‑137 (MQ=255)
cACCGCTGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAATATC‑ATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACcac < 6:501179/138‑1 (MQ=255)
cACCGCAGCCGCAGGCTCAGCAGCCGCATTATC‑ATCAGCCGCACCACCCGGTTGCACCGCAGCACCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGGTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 8:289651/140‑1 (MQ=21)
cgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCCCAGc > 1:395535/1‑138 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATC‑ACCTGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACGCAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCCACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa > 7:489724/1‑140 (MQ=255)
gccgcagTATCAGCAGCCTCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCTGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCATTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCgta < 6:467356/138‑3 (MQ=21)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAATATC‑CACAGCCGCCACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCCGCAGCCACAACAGCCGGTTAACCAACAGCCGCAGGATCCGCAGCAGCATCAGCCGTGTCTTCCACAGCCGcc > 2:539348/1‑137 (MQ=25)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGCCACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa > 6:587357/1‑138 (MQ=255)
gccgcagGCTCAGCAGCAGCATTATC‑AACAGCCGCACCAACCGGATGCACCGCAGCAGCATTATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa < 4:370388/138‑1 (MQ=18)
ctcgctgTATAATCAGCATCAATATC‑ATCAGGCTCAACAATCTGTTTCACCGCAGCAGCAAGATCAGCAGCCACAACAGCCTGTTACACAGCAGCCTCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa < 2:778014/136‑1 (MQ=18)
cccgcagGAGCAGCAGCCGGAATATC‑CACAGCCGCACCAACCGGTGGCAACGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACATCCGGGTACACAGCAGCCGCATTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGGTGTACCACAGCCGCa < 2:631713/137‑1 (MQ=18)
gcatTATCAGCAGCAGCAATATC‑AACAGCCTCAACACCCGCTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACATCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATa < 7:377419/140‑1 (MQ=21)
cagCATCAGCAGCCTCATTATC‑ACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAAGATCAGCAGCCCCAACAGCCGGGAACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGAt < 6:716099/138‑1 (MQ=18)
agcctCAGCAGCCGCAATTTC‑AACAGGCGCAACATACGGTAGCACCGCAGGAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATa < 5:339292/134‑1 (MQ=18)
agTCTCTGCAGCAGCATTATC‑ACCACCCGCACCAACCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGCTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATa < 2:25558/138‑1 (MQ=18)
tCAGCAGCCGCAATTTC‑AACAGACGCAACAAACGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACATCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCt < 3:777278/138‑1 (MQ=21)
cagcagCCGCATGAGC‑AACAGCCGCAACAACCGGTCGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTg < 2:748949/138‑1 (MQ=18)
cagcagCCGCAATATC‑AACAGCCGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCATCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCt < 7:85792/140‑1 (MQ=255)
gcCGCATTATA‑GTCAGCCGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCa < 3:434842/138‑1 (MQ=18)
cGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAAAATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCAGCAGGATACCCTGCTTCATc > 4:170702/1‑138 (MQ=255)
cAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATCCCCTGCTTCATCCg > 6:739234/1‑138 (MQ=255)
cAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTAACAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg > 3:370381/1‑138 (MQ=255)
atatC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCTCAGGATACCCTGCTTCATCCGCt > 2:730349/1‑138 (MQ=255)
ttC‑AGCAGCAGCAACTAGCGGTTGCACCGCAGCAGCTTTTTCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGATTCATCCGCTGt < 3:70208/137‑1 (MQ=18)
atC‑AACAGCCTCAACAACCGGATGCACAGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGt < 3:894597/138‑1 (MQ=255)
|
ACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATC‑AACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGT > NZ_CP022686/4440199‑4440467
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
