Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F35 I0 R1
|
271 |
8871.0 |
10354886 |
98.4% |
10189207 |
136.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,440,334 |
A→C |
23.5% |
Q797H (CAA→CAC) |
ftsK → |
DNA translocase FtsK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,440,334 | 0 | A | C | 23.5%
| 103.1
/ 8.9
| 131 | Q797H (CAA→CAC) | ftsK | DNA translocase FtsK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/33); new base C (9/15); total (70/61) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.02e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
ACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGC > NZ_CP022686/4440199‑4440473
|
aCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTCAGCCTCAGCCGCAGGATCCGCAGCAGCAAAagcagcagc > 4:159514/1‑140 (MQ=14)
aCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCAGCAAGATCAACAGc > 1:331173/1‑140 (MQ=18)
cagcagAAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCTCAGCCGCAGTCTCAGCAGCAGCACAACCCGGTTTAACCGCAGCCGCAGGATAAGCAGCCGCCAACGCATCAGCCGcc > 6:410398/1‑139 (MQ=17)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCTCATCCGCAGTATCAGCAGCAGCAACAGCAGCAGACGcc > 4:1188119/1‑139 (MQ=14)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCATCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAAACCGGTTGCTCCGCAGCCGCAGTATCCTCAGCAGCAATATCAGCAGcctcc > 7:397749/1‑137 (MQ=18)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGCTTTCACCGCAGCCGGAGTAACTGCAGCCGCAATCTCAACcgccgcc > 7:747047/1‑139 (MQ=18)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTAACCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAAAATCACCagcagccccc > 5:901958/1‑136 (MQ=18)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGAACCGCAGCCGCAGGATCCGCAGCCGCAAAATCAAGAGCCGcaaca > 1:143030/1‑140 (MQ=18)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaaca < 2:1287333/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAAAATCAAAGGCCGcaaaa > 7:1028234/1‑138 (MQ=21)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCCGCCGCAACAACCGGTAGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGACGCAACAACCGGTTTCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCGGCAAGATCAACAGCCGCaacaac > 4:236705/1‑140 (MQ=25)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGAACCTCAGCCGCAGTAGCCGCAGCAGCATAATCAGCAGCAGccacagc > 4:976676/1‑138 (MQ=14)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAACAACCGGTTTCCCCTCAGCCGCAGTATCATCAGCATCAAAAACAGCAGACGcaacagc > 6:250244/1‑138 (MQ=17)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTATCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAAACGGAGGAACCTCAGCCGCAGTATCAGCCGCCGCAATATCCCCAGACGCcaccac > 7:339773/1‑140 (MQ=18)
gCAACAACCGGTAGCACATCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTAGCACAGCAGCCGCAGTATCAGCTGCAGCAACAACCGGTTGCACCTCAGCCGAAGTATCAGCAGCAGCACAATCACCAGCCGcaacatc > 2:594932/1‑138 (MQ=18)
ccACCGCAGCAGAAATATCAGCAGCCGCAACAACCTGAAGCACCGCATCCGCACGAGCAGCAGCCGCAACAACCTGTAGCACCGCAGCCGCCGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgca < 1:406931/139‑1 (MQ=21)
cACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCAGCAAAATCATCTGCCGCTACAACCGGAAGCACCgcag > 3:50195/1‑140 (MQ=18)
ccGGAGGAGCAAGATGAGCAGCCGCATCAAGCTGTAGCACCGCAGCGGAAGTCTCTTCAGCCGCAACTTCCTCTTGCACCGCATCCGCAGTATCAGCAGGCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgcagca < 8:310766/140‑1 (MQ=16)
cGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGAACCTCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCCACAACCGGTAGCAcagcagcag > 1:549439/1‑140 (MQ=21)
gcagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCgcagcagc > 3:649928/1‑140 (MQ=255)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTAGCACCgcagcacca > 8:885156/1‑140 (MQ=255)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGACGCAACATCCGGTTGCCCCgcagcagca > 8:881209/1‑140 (MQ=255)
agagctgcagcCGCATCATCCTGTAGCTCCGCATCCGCAGTATCAGCAGCCGCATGTTCCGGAGGCACCGCAGCCGCAGTCTCTGCTGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATcagc < 7:1068244/134‑1 (MQ=21)
tCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCagcagc < 8:39942/140‑1 (MQ=255)
agcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTGCCACCGCAGCAGCAAAATCCGCAGccccca > 3:323920/1‑136 (MQ=18)
agcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa > 6:361864/1‑140 (MQ=255)
agcCGCAACAAACTGTAGCTACGCATCAGCATTATCAGCAGCCGCATCTACCGGTTGCACCGCAGCCTCAGTATCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa < 7:1010346/140‑1 (MQ=21)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 4:1092758/140‑1 (MQ=255)
caacaaCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCTGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCCCAGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACCGcc > 5:557819/1‑140 (MQ=25)
caacaaCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGcc < 7:1089401/140‑1 (MQ=255)
agaacTGGTAGGACCGCATCCGAACTATCTGCAGCAGCATGTACCGGATGAACCGCAGCCGAAGTATCTGCAGGAGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCgg < 3:320558/138‑1 (MQ=12)
ggaaGCACCGCATCCGCAGTATCAGCAGCCGCATCAACCGCATGCACCGCAGCCGCAGTATCATCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTacac < 5:901756/137‑1 (MQ=37)
gTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATAAGCAGCCGCATAAACACCAGCCGCACCATCCGGTTTCACCGCAGCAGCAATATCAGAAGACCCAACAGCCGGATTcaca > 6:1071027/1‑140 (MQ=18)
tAGCAGCGCAGCCGAATTCTCTGCAGCAGCATCTACCGGTTGCACCGCAGACGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcag < 2:510573/140‑1 (MQ=25)
aGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGAAACGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCTGTTGAACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCGACAACAGCCGGTTACAcagc > 3:603778/1‑140 (MQ=37)
ccACCGCACCCGCAGGATCAGCAGCCGCAACAACCGGCAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCCCATTATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCATCAATATCAGCCGCCACAACAGCCGGTTACAcagca < 3:572554/139‑1 (MQ=37)
ccgccgccgaatGATCTGCAGCAGCAACCACCGCAGGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCATCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 2:1002901/140‑1 (MQ=21)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc > 1:258798/1‑140 (MQ=255)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCACCAACCGGAAGCACCGCCGCAGCAATATCAGCGGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc > 3:261525/1‑140 (MQ=37)
ccgcagcagcatGATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGAATCAGCATCATCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 2:955135/140‑1 (MQ=25)
ccgcacccgaagTCTAAGCAGCCTCAACTACCTGACGAACCGCAGCCTACGTCTAAGCATCCTCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc < 6:241034/140‑1 (MQ=12)
cgcctcagcagGATCAGCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 1:786152/133‑1 (MQ=37)
cgcagctgcagGCTCAGCAGGCGGAAGATCCGCTAGCACCGCAGCCGCAGCATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 3:249521/140‑1 (MQ=25)
cgcagccgaagTATCATCAGCAGCAACAACCGGTTCCACCGGATCCGCAGAATCAGCAGCAGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 6:624791/140‑1 (MQ=25)
ccgccgcagTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCGGCAATAGCAGGTGCCGCCCCATCCGGGGGCCCGGCAGGGGCAACATCAGCCGCCACCACAGCCGGATAGCCATCagcagcc > 8:1159071/3‑139 (MQ=12)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCCGCAGACGCAACAGCCGGATACACAGCAGCCGCa > 3:1258069/1‑140 (MQ=37)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGATACACAGCAGCCGCa > 1:1267641/1‑140 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCCGCAGCCGCAACAGCACGAGCCGCCTCATCCGGAGCCACCGCAGCAGCAAAATCAGAAGCCACCCCAGCCGGATAACCatcagcgtaa > 6:1026550/1‑136 (MQ=12)
gagcagcagCCGCAAAAACCGTTTGCAGCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATcagca < 2:769618/137‑1 (MQ=25)
agcagcCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCAACAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTGTCACAGCAGCCGCAGGATCAGCAGccc > 3:331322/1‑139 (MQ=25)
agcagcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCCCCGCCGCAGCAATATCCGCAGCCACCACAGCCGGTTACCCAGCAGCCGCAGAATCAGccgccg > 2:752473/1‑140 (MQ=37)
agcagcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATAGCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACCCAGCAGCCGCAGAATCAGCAGCCg > 7:1228888/1‑140 (MQ=255)
cagcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACATCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCa < 6:593483/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACCACCGGATGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACa < 1:550723/140‑1 (MQ=255)
cGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCATAATCAACATCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCACGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCATCCGCAACAg > 3:280913/1‑140 (MQ=25)
cGCAACAACCTGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAATATCACCTGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCTGCCACAGCGGCCGGGTACGCAGCCGACGCGGTGTCAGCAGCCGCAAcgg > 1:1003147/1‑138 (MQ=25)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTGGCACCGCAGCAGCAAAATCCGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAg > 2:1125218/1‑140 (MQ=25)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGTTTACACAGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAg > 2:1320813/1‑140 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTCCCCAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg > 7:525602/1‑140 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCCGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg > 4:641648/1‑140 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACAGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCCGCAGCCGCAACAGCCGGTTAAACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGACACAg > 4:517118/1‑140 (MQ=21)
gCAACACCCTCTTGCACCGCAGCCGCAGGCTCTGCAGCCGCAAGCTCAACAGCCGCCACACCCGGTTTCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTCTCACTGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGc < 7:77672/140‑1 (MQ=18)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca > 8:718937/1‑98 (MQ=255)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAGcc > 1:769618/1‑140 (MQ=255)
ttGCACCGCAGCTTCAGTATCAGCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACca < 5:199587/140‑1 (MQ=255)
ttGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACca < 4:624620/140‑1 (MQ=255)
tGCACCGCATCCGCAGTATAAGCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACGGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACcac < 5:321137/140‑1 (MQ=21)
tGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACTCTGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCACCAGCCGGTTGTACcac > 5:517679/1‑140 (MQ=255)
tGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACcac < 5:621590/140‑1 (MQ=255)
acccgcagccgcagTCTCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACCACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATCTCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTCCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 3:1165677/138‑1 (MQ=21)
ccgcatccgcatGATCTGCAGCCGCAAGATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 6:1161464/140‑1 (MQ=21)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc > 3:561912/1‑140 (MQ=255)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc > 1:929748/1‑140 (MQ=255)
cccagcctcagGCTCAGAAGCCCCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCg < 8:339773/138‑1 (MQ=18)
gcatccgcatTCTCAGCATCATCAATATCAACAGACGCATCAACCGGTTGCACCGCAGCATCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGc < 5:1144182/140‑1 (MQ=18)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCTATATCAGCAGCCACAACCGCCGGTTACGCAGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCCGCAACAGCCGGTGGTACCACAGCCGcc > 8:192086/1‑139 (MQ=38)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGGACCACAGCCGCa > 6:182229/1‑140 (MQ=255)
aggaTCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACATCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 8:1090593/137‑1 (MQ=255)
agaaTCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCTGTTGCTCCGCAGGAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 1:1298544/137‑1 (MQ=255)
agTCTCTGCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCATCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCTCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 4:223546/140‑1 (MQ=21)
agTCTCAGCAGCCGCATTCTCACCAGCCGCACCATCCGGTTGCAACGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACACCAGGGGGGTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCCGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACCGCCGCAGGATAcc < 7:1008112/140‑1 (MQ=21)
agTCTCAGCAGCATCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 1:1174445/140‑1 (MQ=255)
agTATCAGCAGACGCATTATCATCAGCCGCAACACCCTGTTGCACAGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTTCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 1:563110/140‑1 (MQ=21)
tCAGCAGCCGCAATATCAACCGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGc > 3:469052/1‑140 (MQ=255)
cagcagcagCAATATCACCAGCCGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCt < 1:1180035/140‑1 (MQ=255)
agcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAAGATCAGCAGCCACCACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTcct > 5:1126136/1‑138 (MQ=255)
ggagaaaTATCAACAGCCGAATCTTCCTGTTGCACCGCATCAGCAATATCAGCAGCCACAACATCCTGTTTCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGACGCAGGATACCCTGCTTCATc < 8:737941/135‑1 (MQ=21)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCATCCTCAACACCCGATTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGATCTTCAACAGCCGCAGGATACCCAGCTTAAta > 4:236844/1‑139 (MQ=18)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc > 5:478007/1‑140 (MQ=255)
cacGCAATATCAACAGCCGCAACAAACTTTTTCACCGCATCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGTTTACACAGCAGCCCCACAAAAAAAAGCCGCAACAGCCCGAGGAACCAAAGCCACACAAAACCAAGCTTCaaa > 4:590828/3‑138 (MQ=255)
ctcAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGAAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGTTTACCCAGCAGCCGAAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACACTCCTTCATCCg > 7:539393/3‑140 (MQ=18)
cGCATTATCCTCAGCCGCCACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGAAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg < 2:1252018/140‑1 (MQ=21)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg > 3:392618/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg < 8:478066/140‑1 (MQ=255)
agCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAAAATCAGCAGCCACAACAGCAGGTTTCACAGCAGCCGCACTATCAGAAGACTCAACACCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGAAACCCTGCTtcctccc > 4:519970/2‑139 (MQ=37)
cAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCCCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATCCCCTGCTTCATCCGcg > 3:752785/1‑139 (MQ=255)
ttCACCAGGCGCATCAACAGTTTGCACAGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTTCACTGCAGCAGCATTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTg < 7:1212486/139‑1 (MQ=21)
atCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTg < 2:270960/140‑1 (MQ=255)
aaCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCCGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATg > 6:489850/1‑140 (MQ=255)
aCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCAGCTTCATCCGCTGTTGATGc > 6:928639/1‑140 (MQ=255)
|
ACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGC > NZ_CP022686/4440199‑4440473
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
