Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F13 I0 R1
|
230 |
5035.0 |
9125430 |
98.4% |
8979423 |
135.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
3,252,190 |
T→G |
13.3% |
K221N (AAA→AAC) |
CIW80_RS16225 ← |
enoyl‑CoA hydratase/isomerase family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 3,252,190 | 0 | T | G | 13.3%
| 261.4
/ 11.5
| 144 | K221N (AAA→AAC) | CIW80_RS16225 | enoyl‑CoA hydratase/isomerase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/88); new base G (20/2); total (53/91) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.46e-08 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
TTGATAACTTACGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAATTCGC > NZ_CP022686/3252051‑3252324
|
ttGATAACTTACGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCgtgt < 4:160563/140‑1 (MQ=255)
tGATAACTTACGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGACGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGCCATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCgggtg > 2:1079727/1‑139 (MQ=255)
gATAACTTACGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGttt > 3:483204/1‑140 (MQ=255)
aTAACTTACGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTa > 2:816629/1‑140 (MQ=255)
aCGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTTTTTTACa > 5:202729/1‑140 (MQ=255)
aCGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTc < 8:731265/138‑1 (MQ=255)
aCGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCa < 3:747457/140‑1 (MQ=255)
aCGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCa < 2:789366/140‑1 (MQ=255)
aCGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATACAGCAAGTAACTGGGTGGAGTAATCGGCGTTGTTATTTTGCa > 1:961223/1‑140 (MQ=255)
aaTTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTCATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCa < 8:808402/138‑1 (MQ=255)
aaTTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCAgc > 2:872047/1‑139 (MQ=255)
aaTTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAACGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGa < 6:786557/140‑1 (MQ=255)
tttCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCaca > 7:299504/1‑136 (MQ=255)
tttCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCAGAAt > 2:908118/1‑140 (MQ=255)
ttCCTTAGTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTGCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATc < 3:1077727/140‑1 (MQ=255)
ttCCGTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATc < 5:161240/140‑1 (MQ=255)
tCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTTATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTTTTTTGAAGCGCCAGAAt > 8:49271/1‑138 (MQ=255)
tCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCa < 6:788946/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGCAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGGTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 4:1060690/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 3:314524/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 2:541522/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 1:126240/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 1:192860/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCGCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 2:337557/140‑1 (MQ=255)
cTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCa < 8:949057/138‑1 (MQ=255)
tATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCAGAATCAGTTg > 4:513642/1‑140 (MQ=255)
tATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTATTTTCCAGCGGCAGAATCAGTTg > 4:513640/1‑140 (MQ=255)
ttgattgTGGAATCTCACGCAGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGACTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 2:866378/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCTGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 1:417275/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 4:714340/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 1:1160913/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 3:1144340/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 4:1042203/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 1:421424/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 1:47844/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 6:895039/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCGGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 3:932609/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGGCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 1:1166435/140‑1 (MQ=255)
gattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGTCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTa < 4:247061/140‑1 (MQ=255)
gattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCCGACACAGATGGTTa > 5:285058/1‑140 (MQ=255)
attgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTATTTTACAGCGCCAGAAACATTTGCTTaa > 6:465863/1‑140 (MQ=255)
ttgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAat < 2:372603/140‑1 (MQ=255)
tgtgGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTaa < 8:103623/138‑1 (MQ=255)
tgtgGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCACAATCAGTTGCTTAata > 4:861193/1‑140 (MQ=255)
tgtgGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTTTTTTACAGCGCCAGAAACAGTTGCTTAata > 6:432158/1‑140 (MQ=255)
tgtgGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTAATTTACAGGCACACAATCAGTTGCataata > 1:990578/1‑140 (MQ=255)
tgtcGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGATAATGCGTGCTTCGCCTGTTGTCAATACTGAGTGGCTGACATTATTCCAGCCAGTAACTGGGGGGAGTTTTCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCTGTTGCTTAatt < 4:414045/140‑2 (MQ=255)
gtgGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTTTTTTACAGCGCCAGAATCAGTTGGTTAatat > 2:791451/1‑140 (MQ=255)
tgGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 6:820701/128‑1 (MQ=255)
tgGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg > 5:820701/1‑128 (MQ=255)
aGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATgtgcc < 4:633209/140‑1 (MQ=255)
cTCCCGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGGGGGAGTATACGGCGTGGTTATTTTACAGCGCCACAAACAGATGTTTTATATttggcag > 2:417534/1‑140 (MQ=255)
cACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTAAAGCGCCACAAACACTTGGTTTATAAttgacagtg > 1:254447/1‑140 (MQ=255)
cGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGTCATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTTCAGCGCCCGAATAAGGTGATGTATATttgacagtggc > 5:497972/1‑138 (MQ=255)
cGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTTATTTAAAACGCCAGAATAAGTTGGTTAATATgttgccgtgcc > 5:735905/1‑140 (MQ=255)
cGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTATTTTGCAGCGCCAGCATCAGTTGCTTAATATtttccaatgcc > 2:700078/1‑140 (MQ=255)
cGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTATTTTACAGCGCCCGAATCAGGTGCTTAATATgtgccagtgcc > 4:806438/1‑140 (MQ=255)
ccGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTTTTTTACAGGGCCAGAAACAGTTGCGTAATATgtggcagggcc > 8:299190/1‑138 (MQ=255)
tttttCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGAc < 5:465863/140‑1 (MQ=255)
cGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGATTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACAt < 3:84780/140‑1 (MQ=255)
gcgtgcgtCGCCTGTTGGCAATCCTGACTGGAGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCCCCGGACCACATTTTTCCAg < 4:272879/140‑1 (MQ=255)
gcgggcgtCGCCTGTTGGCAATCCAGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTcc < 7:514756/138‑1 (MQ=255)
tgcgtCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTTTTTTACAGCGGAAGAATAATGAGCATTATATTTGCCAGAGGCCCCGGCCCCCCTTTTTCAATCTg > 1:369913/1‑140 (MQ=255)
cgtCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTgcg < 5:863771/140‑1 (MQ=255)
cgtCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTgcg < 5:604523/140‑1 (MQ=255)
gCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCCGAATCAGTTGCTTAATATTTGGCAGTGCCCCCCGGCCCCATTTTTACAGCGGCGCGaa > 2:287763/1‑140 (MQ=255)
ttGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGt < 4:366847/140‑1 (MQ=255)
tGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTTACTGGTGGGAGTAATCTGCGTGTTTATTTTCCAGCGGCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCATCTTCGCTAACTGGtt < 1:536884/140‑1 (MQ=255)
ggCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTTTTTTACAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATTTGCCAGGGCCACCCGACCACAATTTTACAGCATCGCTAAATGGttt > 5:1055826/1‑139 (MQ=255)
gCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCg < 6:117539/140‑1 (MQ=255)
tCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTATTTTACCGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATTTTGCAGTGGCCACGGCCCACATTTTTACATCGGCGGAAACAGGTTCGcccg > 1:754302/1‑138 (MQ=255)
ccTGAGTGGCTGACATTAATCCAGCCAGGAACTGGTGGGAGTAATCGGCGAGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATc < 3:30966/140‑1 (MQ=255)
ccTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATc < 1:22143/140‑1 (MQ=255)
ctgtctGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCTTCGTCTTTAATTTACAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATTTTTGCCAGTGCCACCGGACCTCATTTTTCCAGCTGCGCTTACTGGTTCGCCATcc < 2:38826/135‑1 (MQ=255)
cTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTTCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCAt < 8:272908/138‑1 (MQ=255)
cTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATcc < 5:942080/140‑1 (MQ=255)
cTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATcc < 2:213091/140‑1 (MQ=255)
tGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCAGAATCAGTTTCTTAATATGTGCCCGTGCCACCGGACCACAATTTTCCAGCGGCGCTAACTGGTTCGCCATccc > 4:604724/1‑139 (MQ=255)
aGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCAGAATGAGTTGGGTACTATTGGCCAGTGGCGCCGGACCGCCTTTTTGCAGCTGCGCTAACTGTGTCGcccgaccgg > 6:553645/1‑133 (MQ=255)
tGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCACTGCCACCGGCCCACAATTTTAAAGCAGCGCTAACTGGTTCGCCATCCacc > 7:81824/1‑136 (MQ=255)
gggCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGc < 8:405504/137‑1 (MQ=255)
gACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTTTTTTACAGCGCCAGAATAAGTTGCTTAATATGTTCCAGTGCCACCGGCCCACATTTTTAAAGCAGGGCTAACTGGGTAGCCAACCCCCtttgc > 7:943032/1‑136 (MQ=255)
gACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTTTTTTACAGCGCCAGAATAAGTTGCTTAATATTTGACAGTGCCCCCCGACCACAATTTTACACCTGCCGTAACATGTTCGCCCTCCACCGTTcc > 7:601485/1‑138 (MQ=255)
gACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGATTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCAc < 3:525627/140‑1 (MQ=255)
aTTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCAcc < 7:858084/138‑1 (MQ=255)
atAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGt < 2:902806/139‑1 (MQ=255)
tAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGtt < 3:801080/140‑1 (MQ=255)
aTCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCt < 3:801335/140‑1 (MQ=255)
aTCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCt < 2:632826/140‑1 (MQ=255)
aTCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTTTTTTACAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCCCCGGACCACATTTTTACAGCTGGGCTAACAGGTTAGCCAAACAGCATTACACCTGtt > 8:181980/1‑138 (MQ=255)
aTCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTATTTTCCAGCGCAAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCt < 6:506552/140‑1 (MQ=255)
ccagccagTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGGGTTTATTTTACAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCt < 7:137187/138‑1 (MQ=255)
gtggGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTtcat < 3:66364/140‑1 (MQ=255)
gtggGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTtc < 7:991416/138‑1 (MQ=255)
ggAGTAATCGGCGTGTTTATTTTAAAGCGCCAGAATAAGTTTCATAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTAAAGCATCGCAAACTGGGTAGCCAAAAACAGTTACACCAGTTCTTTTTATTCAACTTAATaaa > 2:981139/1‑140 (MQ=255)
tCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAAtt < 4:840820/140‑1 (MQ=255)
tCGGCGTGTGTTTTTACCAGCGCCCGAATCAGTTGCTTAATATGTGGCGGTGACCCCCGACCACAGTTTTACAGGGTCGCTAACTGGTTAGCCATCCAGCAGTCCACCGTTGGGTTTTATTACACTTGATCAAATaaa > 8:890083/1‑138 (MQ=255)
ggCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAATTcg < 3:207061/140‑1 (MQ=255)
gCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAATTcgc < 2:831545/140‑1 (MQ=255)
gCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAATTcgc < 1:8088/140‑1 (MQ=255)
|
TTGATAACTTACGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAATTCGC > NZ_CP022686/3252051‑3252324
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
