Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F13 I0 R1
|
235 |
6960.4 |
9135780 |
98.4% |
8989607 |
135.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
3,252,190 |
T→G |
12.6% |
K221N (AAA→AAC) |
CIW80_RS16225 ← |
enoyl‑CoA hydratase/isomerase family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 3,252,190 | 0 | T | G | 12.6%
| 256.8
/ 7.9
| 141 | K221N (AAA→AAC) | CIW80_RS16225 | enoyl‑CoA hydratase/isomerase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/84); new base G (18/3); total (54/87) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.98e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
GATAACTTACGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAATTCGCCGCC > NZ_CP022686/3252053‑3252328
|
gATAACTTACGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCGGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGgtt > 2:1045067/1‑140 (MQ=255)
tACGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTcc < 1:32196/140‑1 (MQ=255)
aCGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTTTTTTGCa > 7:1068557/1‑140 (MQ=255)
aCGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCa < 7:961060/140‑1 (MQ=255)
aCGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCa < 8:513161/140‑1 (MQ=255)
aCGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGACTGTTGGCTATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGTAGTAATCTGCGTGTTTATTTTcaa > 7:822508/1‑138 (MQ=255)
gCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGAGATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTGTAttttgcc > 4:725655/1‑135 (MQ=255)
gCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACa > 4:1070181/1‑138 (MQ=255)
gCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTGTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGCCATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCTGCGTGGTTATTTTCCa > 4:695592/1‑138 (MQ=255)
cAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCacagcccg > 2:575353/1‑133 (MQ=255)
aaTTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACAGTAATCCAGCCAGAAACTGGGGGGAGTAATCGGCGTGTTTAGTTTACAGCGCCAgc > 6:575057/1‑139 (MQ=255)
tttCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTTTTTTCCAGCGCCAGCAt > 2:331877/1‑140 (MQ=255)
tttCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTTTTTTACAGCGCCAGa > 4:250904/1‑138 (MQ=255)
tttCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAAt < 1:171998/140‑1 (MQ=255)
tttCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAAt < 8:317050/140‑1 (MQ=255)
tttCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAAt < 7:161282/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAATCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCTTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGTAAATTAATCCATCCAGTAACTTGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 5:271278/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATc < 3:813101/138‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATc < 3:375278/138‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 8:783434/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 6:762789/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 1:219183/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTATTTTCCAGCGCCAGAATc < 3:66449/138‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGGGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 6:127331/140‑1 (MQ=255)
tATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGTCAAATGCGTGAGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACAGTTATCCAGCCAGTTACTGGTGGGAGTAAACGGCGTGTTTTTTTTCCAGCGACAGAATcctttt > 2:959110/1‑135 (MQ=255)
ttgattgTGGAATCTCACGCCGGCTATTTAGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGATGGCAATCCTGAGTGGCGCACATTAATCCAGCCAGAAACATGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGAGCCACAAtaatgtt > 3:468044/1‑132 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTg < 3:801189/138‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 1:553268/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 7:921676/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 1:358675/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 6:458537/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 2:341008/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCAGAATCAGttt > 4:537320/1‑137 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGGGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 8:10499/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTAGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 8:634227/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGACTGTTGGAAATCCTGAGTGGCGGGCATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTg < 4:213451/138‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGGCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 7:24098/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGAAAATTCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGCCATTAATCCAGCCAGTAACTGGTTGTAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCAGAATAAGTTgag > 8:508138/1‑138 (MQ=255)
gattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTa < 2:302084/140‑1 (MQ=255)
ttgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAat < 8:144776/140‑1 (MQ=255)
tgtgGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTTTTTTACCGCGCCCCAAAAAGATGCataata > 5:690507/1‑140 (MQ=255)
tgtgGAAGCTCACGCCGGCTTTTTAGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGATTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAata < 2:350369/140‑1 (MQ=255)
gtgGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGGGCGTCGCCAGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAat < 4:80792/138‑1 (MQ=255)
ggAAGCTCACGACGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGCCATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGAGTGGTGATTTTACACCGACACTATGCATTGCTTAatat > 3:896910/1‑138 (MQ=255)
gAAGCTCACGCCGGCGTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAAACCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGGTTTTTTACAGCGCCAAAATAAAATGCTTAatatatt > 2:430308/1‑137 (MQ=255)
aGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATgtgcc < 6:414094/140‑1 (MQ=255)
aGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCACCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATgtgcc < 6:903799/140‑1 (MQ=255)
cTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGTGAGTAATCGGCGTGTTTTTTTTACAGCGCCAGAATCATTTTGTTAATATtttccag > 7:704744/1‑140 (MQ=255)
cTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTTTTTTGCAGCGCCAGGATCAGTTTGGTAatattttgcac > 8:222118/1‑133 (MQ=255)
cTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTTTTTTACAACGCCAGAATAAGTTGATTAATATttgacac > 1:210764/1‑139 (MQ=255)
gcACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCGTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGACAGAATCAGTTGCTTAATATgtgccagt < 8:1003782/139‑1 (MQ=255)
cGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTGTATTTTGCAGCGCCCGAATCAGGTGGTTTATATttgcccgtg > 3:752004/1‑138 (MQ=255)
cGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTATTTTGAAGCGCCAGAATAAGGTTCTTAATATGTGCCAGTG‑CCAcc > 5:520379/1‑140 (MQ=255)
cTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCg < 4:471395/138‑1 (MQ=255)
tttttCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCgg < 4:311406/138‑1 (MQ=255)
tttttCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGAc < 5:50864/140‑1 (MQ=255)
tttttCGGCAAATGCGGGCGTCGCCTGATGGCAATCCTGAGTGGCCGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGAc < 5:585330/140‑1 (MQ=255)
tttCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCAGAATCAGGTGCTTAATATGTGCCAGGG‑GCACCGGcccc > 6:711832/1‑139 (MQ=255)
ttCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACcac < 5:83567/140‑1 (MQ=255)
cGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACAt < 2:758116/140‑1 (MQ=255)
gcgtgcgtCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTcc < 4:758224/138‑1 (MQ=255)
gcgtgcgtCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTcc < 3:315473/138‑1 (MQ=255)
gcgtgcgtCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAg < 7:787394/140‑1 (MQ=255)
gcgtgcgtCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAg < 8:320904/140‑1 (MQ=255)
gcgtgcgtCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAg < 1:1003036/140‑1 (MQ=255)
gCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTcc > 3:1125041/1‑129 (MQ=255)
ccTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTGCAGCGCCAGCATCAGTTGGGTAATATGTGGCCGGG‑GCCCCGGCCCACCTTTTTACAGCATCGCGAAc > 7:635900/1‑140 (MQ=255)
ccTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATTTGCCCGTG‑CCCCCGGACCACATTTTTACAGCTGGGCTAAc > 2:491154/1‑140 (MQ=255)
gctaaccTTAGTGTCGGAAATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTACCAGCGCCAGAATCAGTTTCTTAATATGTTCCAGTT‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCg < 8:622277/135‑1 (MQ=255)
gCAATCCTGAGTGGCGGACATTCATCCAGCCAGTAACTGGTGTGAGTAATCGGCGTGTTTATTTACCAGGGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCg < 6:444086/140‑1 (MQ=255)
gCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCATTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCg < 2:1121515/140‑1 (MQ=255)
gCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCg < 2:838774/140‑1 (MQ=255)
tCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTTTTTTACATCGCCACAATAATTTGCGTAATATGTTCCCGGG‑GCACCCGCACACCTTTTTCCACCAGAGCGAACTGGGTAGccca > 1:1040399/1‑138 (MQ=255)
ccTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATc < 1:676511/140‑1 (MQ=255)
tGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTATTTTTCAGGGCCCGAATAAGTTTCTTAATATGTTCCAGTGCCCACCGG‑CCCCAGTTTTACAGCTGCGGGTACTGGGTCGcccaccc > 8:580083/1‑135 (MQ=255)
gagacagcATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCtt < 2:74068/133‑1 (MQ=255)
ggCGGACATTAATCCAGCCAGTTACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCttt < 5:390305/140‑1 (MQ=255)
cGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCAGAATAAGTTGGTTAATATTTGGCCGTG‑CCACCCGACCCCATTTTTCAAGCAGCGCTAACTGTGTAGCCCTCCacggttcc > 8:583902/1‑133 (MQ=255)
gtcATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTGTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCAc < 5:269349/138‑1 (MQ=255)
gACATTAATCCCGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGCGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCTCCATCCAGCTTTCCAc < 1:251212/140‑1 (MQ=255)
gACATTAATCCAGGCAGTAACTGGTGGGTGTATTGGGCGTGTTTATTTTCCAGCGGCATAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCAc < 8:981359/140‑1 (MQ=255)
gACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTcc < 4:1127883/138‑1 (MQ=255)
gACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAAGCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCAc < 5:723437/140‑1 (MQ=255)
ttAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTGTCCACCTGt < 6:627769/140‑1 (MQ=255)
tAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTTTTTTGCAGCGCCAGAATCAGGTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCCCCGGACCCCATTTTTACAGCTGCGCTTACTGGGTAGCCATCCCGCGTTACACCAGtt > 5:119358/1‑140 (MQ=255)
tAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGtt < 1:1132856/140‑1 (MQ=255)
tAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGtt < 5:394086/140‑1 (MQ=255)
aTCCAGCCAGTAACTGGTGTGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCt < 7:801929/140‑1 (MQ=255)
aTCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCt < 7:910212/140‑1 (MQ=255)
ccagccagTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCttt < 6:980958/140‑1 (MQ=255)
gccagTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTGCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGGCAGTG‑CCACCGGCCCACATTTTTACAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATACACCTTTGCACCTGTGCtttttt > 6:1045392/1‑139 (MQ=255)
gccagTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCtttt < 3:1130638/138‑1 (MQ=255)
ccagTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCAGAATCACTTGCTTAATATTTTCCAGTG‑CCACCGGACCCCCTTTTTAAAGCAGCGCTAACAGGTTCGCCATCCAGCGTTACCCCGGTTGtttgtgt > 8:481059/1‑136 (MQ=255)
gggAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATAAGTTGATTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAAATGGTTCGCCATCCATCTTTCCACCGGTTATTTTTATACCAcatcat > 4:1053349/1‑138 (MQ=255)
gTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCTCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGAACACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATAAAt < 3:1033061/138‑1 (MQ=255)
aaTCGGCGTGTGTATTTTGCATCGCCATCATCAGTTGCTTAATATGTGCCCGTG‑CCACCGGGCCGCATGTTTCCATCGGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGATTTCGCCCTGTTCTTTTTGTACGACTTCAGCAATTtaa > 8:905448/1‑140 (MQ=255)
tCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAAtt < 5:839682/140‑1 (MQ=255)
ggCGTGGTTCTTTTCCAGCGCCAGAATCCGGTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACCGTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCAAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAAtt < 4:1131190/138‑1 (MQ=255)
cGTGGTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTTATATGTTCCAGTG‑CCCCCGGACCCCATTTTTACAGCTGGGCTAACAGGGTCGCCATCCCGCGTTCCCCCTGTGCTGTTTATACCACGTAATCAAATAAATTagcc > 8:785013/1‑140 (MQ=255)
gtTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGGCAGTG‑CCCCCGGACCACATTTTTCGAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAATTCgccgcc < 1:154388/140‑1 (MQ=255)
|
GATAACTTACGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTG‑CCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAATTCGCCGCC > NZ_CP022686/3252053‑3252328
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
