Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F35 I0 R1
|
157 |
6985.9 |
8006972 |
98.3% |
7870853 |
134.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
3,252,190 |
T→G |
9.5% |
K221N (AAA→AAC) |
CIW80_RS16225 ← |
enoyl‑CoA hydratase/isomerase family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 3,252,190 | 0 | T | G | 9.5%
| 197.2
/ 3.0
| 100 | K221N (AAA→AAC) | CIW80_RS16225 | enoyl‑CoA hydratase/isomerase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/64); new base G (9/2); total (34/66) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.58e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TAACTTACGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAATTCGCCGCCT > NZ_CP022686/3252055‑3252329
|
tAACTTACGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGttt > 2:675582/1‑138 (MQ=255)
ttACGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTAttt < 5:390577/138‑1 (MQ=255)
aCGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCa < 8:178432/140‑1 (MQ=255)
gCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGttttttttacc > 3:542436/1‑135 (MQ=255)
gCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTcaa > 3:546949/1‑136 (MQ=255)
gCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTAGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGAGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTGttttttgcc > 5:731277/1‑135 (MQ=255)
tttCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTTTTTTACAGCGGCAGa > 6:61070/1‑138 (MQ=255)
tttCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGGGGTTATTTTCCAGCGGCAgc > 2:683352/1‑137 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATc < 3:46622/138‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATc < 5:31618/138‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATc < 1:808765/138‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATc < 6:955960/138‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATc < 6:813831/138‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATc < 2:443499/138‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATc < 5:524301/138‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 8:633741/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 8:35828/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 8:638139/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 7:350423/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGAGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATc < 1:959724/138‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGAGTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATc < 2:966103/138‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCGCACGCCGGCGTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATc < 3:763737/138‑1 (MQ=255)
cTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCa < 5:13927/138‑1 (MQ=255)
cTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCa < 3:303839/138‑1 (MQ=255)
cTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGt < 7:505073/140‑1 (MQ=255)
cTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACAGTAATACAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTTTTTTACAGCGCCAGAATCa > 5:59589/1‑138 (MQ=255)
tATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGCCATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGAGCCAGAATAAGGTg > 7:319200/1‑140 (MQ=255)
tATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCAGAATCAGt > 4:308407/1‑138 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTg < 1:135299/138‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTg < 3:284027/138‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTg < 3:646856/138‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTg < 4:11469/138‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTg < 4:158897/138‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGGCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTg < 1:180887/138‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTAGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGGGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTg < 4:939432/138‑1 (MQ=255)
ttgaatgGGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTg < 6:557942/138‑1 (MQ=255)
gattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATAGGCGTGTGTATTTTACAGCGCCAGAATAAGTTGCt > 6:544263/1‑138 (MQ=255)
tggtgGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTa < 4:26500/136‑1 (MQ=255)
tgtgGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTat > 6:401254/1‑137 (MQ=255)
tgtgGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTaa < 2:409930/138‑1 (MQ=255)
tgtgGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTaa < 4:426562/138‑1 (MQ=255)
tgGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGCCATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTGCAGCGCCAGAATCCGTTGCTTtata > 6:542509/1‑138 (MQ=255)
cTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATgtgcc < 2:192763/138‑1 (MQ=255)
cACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTATTTTCCAGCGCCAGAATAAGTTGCGTAATATttggcag > 2:326967/1‑138 (MQ=255)
cGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTTTTTTCCAGCGCCAGAAACAGTTGCGTAAAATgtgccagtgcc > 8:290631/1‑140 (MQ=255)
gCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATgtgccagtgcca < 7:810037/140‑1 (MQ=255)
gCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATgtgccagtgc < 1:873257/138‑1 (MQ=255)
ccGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTTTTTTACAGAGCCCGAAAAAGTTGAGTAATATttgccagtggc > 1:390868/1‑136 (MQ=255)
ccGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATgtgccagtgcc < 3:1003794/138‑1 (MQ=255)
tttttCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCgg < 2:722934/138‑1 (MQ=255)
tttttCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGAc < 8:815142/140‑1 (MQ=255)
ttttCGGCAAATGCGTGCGTCGCCGGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTTGTTATTTTTCCACGGCAGAATAAGGTGCTTAATATATTCCCGTGCCACCggc > 2:846036/1‑137 (MQ=255)
cGGCAATTGCGTGCGGCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGAGCCAGTGCCACCGGACCACAt < 7:882535/140‑1 (MQ=255)
ggCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCAGAATAACTTGCTTAATATGTTCCAGTGGCACCCGACcaca > 4:113586/1‑138 (MQ=255)
gcgtgcgtCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAg < 8:39008/140‑1 (MQ=255)
gcgtgcggCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTATCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTcc < 6:547303/138‑1 (MQ=255)
cgtgcgtCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATc < 1:295325/95‑1 (MQ=255)
cgtgcgtCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATc > 2:295325/1‑95 (MQ=255)
gtgcgtCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCt < 7:251957/140‑1 (MQ=255)
cgtCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTgcg < 7:190294/140‑1 (MQ=255)
cgtCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTgcg < 7:238470/140‑1 (MQ=255)
tCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGCCATGAATCCAGCCAGTAACTGGGGGGAGTAATCGGCGTGGTTTATTTGCACCGCCAGAATCAGGTGCGTAAAATGTGGCAGTTGCACCGCCCCACAATTTTACacgggag > 6:983980/1‑132 (MQ=255)
gcgacTGTTGGCAATGCTGAGTGGCGGAAATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATTTTCAAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCt < 7:904083/136‑1 (MQ=255)
tGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACAGTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTg < 8:833491/140‑1 (MQ=255)
ggTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTACTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAAc < 3:962014/137‑1 (MQ=255)
gTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGa > 4:685421/1‑80 (MQ=255)
gTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGa < 3:685421/80‑1 (MQ=255)
tGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTgg < 5:383096/138‑1 (MQ=255)
tGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTgg < 4:249009/138‑1 (MQ=255)
gggCAATCCTGAGTGGCGGACATTAAGACTGCCAGTACCTGGTGGGAGTAATCGGCGGGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGTACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTgg < 5:98278/137‑1 (MQ=255)
cAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCgg < 1:741266/107‑1 (MQ=255)
cAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCgg > 2:741266/1‑107 (MQ=255)
ccTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCa < 5:586133/138‑1 (MQ=255)
cTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTTTTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATTTTCCAGTGCCACCGGCCCCCATTTTTACAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCaa > 2:758004/1‑137 (MQ=255)
cTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCAt < 3:543706/138‑1 (MQ=255)
cTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTATTTTACCGCGCCAGAAAAAGTTGGTTAATATTTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTAAAGCTGAGCTAACTGGTTAGCCaa > 6:604933/1‑137 (MQ=255)
cTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTATTTTACAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATTTTGCAGTTCCACCCGACCCCAATTTTAAAGCTGCCCTAACTGGTTCGCCaa > 1:326118/1‑137 (MQ=255)
gAGTGGGGGACATTAATCCAGCCAGTATCTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTTTTTTCCAGCGCCAGAATCAGATGCTTAATATGTGGCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAg < 8:108489/140‑1 (MQ=255)
tGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGc < 4:798708/138‑1 (MQ=255)
tGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCACCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACAATTTTCCAGATGCGCTAACAGGTTAGCCATCAAGc > 2:910000/1‑138 (MQ=255)
tGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTGTATTTTACCGCGCCCGAAAAAGTTGCTTAAAATTTGCCAGTGCCCCCGGACCACAATTTTAAAGAGGCGCTAACTGGTTCGCCCTCCCGc > 6:872033/1‑138 (MQ=255)
cGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTGCAGCGCCAGAATCAGGTTCTTAATATTTGCCAGTTGCCCCCGCCCACAATTTTACAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCGTTca > 8:250150/1‑139 (MQ=255)
gACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTcc < 5:201261/138‑1 (MQ=255)
gACATTAATCCAGCCACTAACTGGGGGGAGGAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGGTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCAc < 8:847043/140‑1 (MQ=255)
tcATTAATCGAGGCAGTAAATGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGTATCAGTTGGTTAATATGTGCCTGTGCCTCCGGACAACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTATCCa < 6:950957/137‑1 (MQ=255)
tAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTg < 1:916345/138‑1 (MQ=255)
aTCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCTCCtttt < 1:701381/138‑1 (MQ=255)
ccagccagTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCCGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCCGTGCCACCGGCCCCCATTTTTAAAGCTGCGCTAACGGGTTAGCCATCCAGCTTTCCAccgggtcg > 2:791954/1‑132 (MQ=255)
gacagTAACTGGTGGGAGTAATCGTAGTGGTTATTTTCCATCGCCAGAATAAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGAAACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTc < 7:949432/138‑1 (MQ=255)
ccagTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTTTTTTCCAGCGCCCGAATAAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGCCCACATTTTTCCACCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCgttttgt > 8:655057/1‑138 (MQ=255)
ccagTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCttttt < 2:291925/138‑1 (MQ=255)
ccagTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACCGCGCCAGATTAAGTTGCTTAATATGTGCCCGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCGGCGCGAACTCGTTCGCCATCCAGCTTTGAACCGGGTCttattgt > 8:377949/1‑138 (MQ=255)
ccagTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCAGAATCAGTTGCTTTATATGTTCCAGTGGCCCCGGCCCACATTTTTACAGCTGCGCTAACAGGTTCGCCATACAGCTTTACACCTGTTAgttttat > 8:22113/1‑138 (MQ=255)
agTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTGCAGCACCAAAATCAGTTGCATAAAAAATTCCAAATCCGCCGCACCACATTTTAACAGCTGCCGTAACTGGTTGCCCAACCAACTTTCCACCAGGTCTATTACt > 6:554469/1‑138 (MQ=255)
agTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAat < 1:828713/59‑1 (MQ=255)
tggtggGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACt < 3:402453/138‑1 (MQ=255)
tggGAGTAATCGGCGTGTTTTTTTTACAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGTCCCACATTTTTAAAACTGCGATAAAAGGTTCTCCATCCAGCTTTCCCACTGTTATTTTTCTACCAcataa > 6:762608/1‑134 (MQ=255)
cGTGGTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGGTTAATATGTGCCAGTGCCCCCCGACCACAATTTTACAGCAGCGCTAACTGGTTAGCCATCCCGCGTTCCACCGGTTCGTTTTGTACCAATACATCAATTAAAATagcc > 8:835503/1‑140 (MQ=255)
tttATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTTATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAATTcgccgc < 1:603376/138‑1 (MQ=255)
tttATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTAGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAATTCGCCGCCt < 8:465921/140‑1 (MQ=255)
|
TAACTTACGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAATTCGCCGCCT > NZ_CP022686/3252055‑3252329
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
