Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F2 I0 R1
|
252 |
7301.5 |
9636800 |
98.5% |
9492248 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,712,763 |
A→C |
12.8% |
A52A (GCT→GCG) |
yceB ← |
lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,712,763 | 0 | A | C | 12.8%
| 230.6
/ 2.1
| 126 | A52A (GCT→GCG) | yceB | lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (89/17); new base C (2/18); total (91/35) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-10 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
TCAGCTTCAGTTTCATGGTCGCTTTCTGGCTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGC‑GTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAA > NZ_CP022686/4712624‑4712902
|
tCAGCTTCAGTTTCATGGTCGCTTTCTGGCTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGC‑GTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATTGGCGTCa > 5:717004/1‑140 (MQ=255)
tCAGTTTCATGGGCGCTTTCTGGCTACCTAACCGGTAGTTCATGCCCAGATTGGC‑GTCTCCGGTTTGGTAAACCTTATTCGGCTCTTCGCCCCAAATTTGGCTGGTCTGGTTTGT‑CACAAAAATATGGGCGTCAGCCACg < 6:717004/140‑1 (MQ=255)
cAGTTTCATGGTCGCTTTCTGGCTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGC‑GTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑ACGAACAATATGGGCGTCCGCCACGc > 4:499421/1‑140 (MQ=255)
cAGTTTCATGGTCGCTTTCTGGCTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGC‑GTCTACGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCAAGc > 5:902673/1‑140 (MQ=255)
aTGGTCGCTTTCTGGCTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGC‑GTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTaa > 7:1009338/1‑140 (MQ=255)
aTGGTCGCTTTCTGGCTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGC‑GTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTAGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTaa > 6:917012/1‑140 (MQ=255)
gCTTTCTGGCTACCCAACAGGGAGTTCATGTCCAGAATGGC‑GTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGCCCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGAGTCAGCCACGCCCGGTAAACGGag > 4:827970/1‑139 (MQ=255)
gCTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGC‑GTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCGCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CATAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGCTATCttttt > 6:648343/1‑139 (MQ=255)
gAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGC‑GTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTTGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGAATTCTTTTGAGaa > 2:767949/1‑138 (MQ=255)
gAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGC‑GTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGaa > 2:47341/1‑138 (MQ=255)
ggAGTTCATGTCCAGATTGGC‑GTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTGTGAGAAattatttt > 6:694889/1‑138 (MQ=255)
ggAGTTCATGTCCAGATTGGC‑GTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCGTTTGAGAAATtattat > 8:891484/1‑140 (MQ=255)
aGTTCATGTCCAGATTGGC‑GTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACAAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGt > 7:441185/1‑140 (MQ=255)
gTTCATGTCAAG‑TTGGCTGGCTCCGGTTCGGTTAACATTATGCGGCTATTCGCCACAAATTTGCCTGGTCAGGTTTTC‑CACAAAAATTTGGGCGTCCCCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATg < 2:1081929/138‑1 (MQ=255)
tCATGTACAGATTGGC‑GTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACGAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑AAGAACAATATGGGCGGCAGCCCCGCCGGGTAATCCGATTTCTGTTGAGAAATTTTTATGtttg > 7:1138778/1‑139 (MQ=255)
cATGTCCAGATTGGC‑GTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAAACGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCg > 3:713568/1‑140 (MQ=255)
tgaccAGTTTGGC‑GTCTCGGGTTAGTTTAACATTTTTCGGCTATTCGCGACAATTTTGGGTGTTCTTGTTTGT‑AATAAAATTTTGGGGGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCg < 2:354839/135‑1 (MQ=255)
tGTCCAGATTGGC‑GTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCg > 2:583061/1‑138 (MQ=255)
tGTACAGATTGGC‑TTAACATGTTAGGGTAACCTTATTCGTCTATTCGCTACCAATTTTGCATGTCAGGTTTGG‑CAGAACAATATTGGAGACAGCCACGCCGGGTCAACCGATATCTTTTGATAAATTATTATGTTTAGCa > 6:121789/1‑140 (MQ=255)
cAGATTGGC‑GTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTAGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATTTTTCGAAAg > 1:411715/1‑138 (MQ=255)
cAGATTGGC‑GTCTCCGGTTACGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGATTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAACCCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCg > 7:819036/1‑140 (MQ=255)
gATTGGC‑GTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGTCGGGACAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCTAGCCGGGGAAACCGATATATTTTGATAAATTATTATTTTTCGCAAGCGaa > 5:7355/1‑139 (MQ=255)
gATTGGC‑GTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGAc > 5:147312/1‑140 (MQ=255)
gATTGGC‑GTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGGCAGCCACGCCGGGTAAACCTATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGAAAGCGAc > 3:323911/1‑140 (MQ=255)
gATTGGC‑GACACCGGTAACGGTAACCTTATTCGGATCTTCGCGAACAAGTTGTCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCCGCACCGCCGGGAAATCCGCTAACTATAGAGAAATGATTATGTTTCGCAAGCGAc > 6:1092455/1‑140 (MQ=255)
gggC‑GTCTCCGGTTCGGTTAACCTTTTTCGGCTGTTCGCCACAAATTGGCCTGGGCCGGTTTGA‑CCGAACAATTTGGGCGTCACCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTgg < 8:508965/139‑1 (MQ=255)
c‑GTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTa > 6:54144/1‑140 (MQ=255)
tcCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAAGTATTATGTTTCGCAAGCGCCTGGTTAAtta > 4:1114455/1‑139 (MQ=255)
ccGGTTAGGGTAACCTTATTCGACTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTc > 3:781869/1‑140 (MQ=255)
ttAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATAATTATGTTTCGCAAGCGACGGGTTAATTTCTTGt > 3:178289/1‑140 (MQ=255)
tcggtaaaCTTTATTGGGCTCTTCTCTACATTTTTGGCTGGCCTGGTTTTC‑AATAAAAATAGGGGCGCCCCCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGtt < 5:173143/134‑1 (MQ=255)
ccggggAACGTTATGCGGCTCTGCGCTCCCATTTTGGGGGGTCTGTTTGGT‑CACAACAATATGGGGCTCCGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTATGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGtt < 6:393192/138‑1 (MQ=255)
gtaaaCATTATTCGGCGCTTCGCGACCAATTGGGGTGGTC‑TGTTTGTCCAGAAAAATCGGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCgg < 6:429197/137‑1 (MQ=255)
ggTAACTTTATTCGGCTCTCCGCGACCAATTTGGCGGGGCTGGTTTGT‑AAGAAAAATATGGGCGTCCCCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTTTTc < 2:878194/138‑1 (MQ=255)
ggTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCgg > 3:395064/1‑140 (MQ=255)
tAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCgg > 2:588562/1‑138 (MQ=255)
tAACCTTATTCGGCTCTTCGCCACAATTTTGTTTGGTCTGGTTTTT‑CAGAAAAATATGTGCTTCACCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTg < 4:1100188/140‑1 (MQ=255)
actttATTGGTCTCTTCGCCAACATTTTGGGTGGTCTGTTTTTT‑CATAAAAATATGGGCGTCACCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGAt < 3:16066/137‑1 (MQ=255)
aCCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGAAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGAt > 6:1074848/1‑140 (MQ=255)
aCCTTATTCGCCTGTTCCCCACAATTTTGGGTGGTCTGTTTTGT‑AATAAAAATATGGGCGCCCGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTg < 2:1230755/138‑1 (MQ=255)
ccTTTTTCGGCTCTTCGCTACATTTTGGGCGGGTCTGGTTTGT‑CCTAAAATTTTGGGCGGCCGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATg < 8:174892/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGGGCTCTTCGCGACCAATTGGGGTGTTCTGGTTTGT‑CAGAAAAATTTGGGCGTCCCCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATg < 6:147312/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATg > 8:498562/1‑140 (MQ=255)
ccTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGACGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTATTGTTAGGTGATg > 4:563366/1‑140 (MQ=255)
ccTTATGCGGCTCTTCGCGACCAATTGGGCTGTTCAGGTTTGT‑CATAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGa < 2:78614/138‑1 (MQ=255)
cattATGCGTCTCTCCGCGACATATTTGTCTGGTCAGGTTTTA‑CAAAAAAATATGGGCGCCCGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATg < 4:199010/138‑1 (MQ=255)
ttttttCGGCTCTTCGCCACATATTTGGGTGGTATTTTTTTT‑AACAAAAAATGGGGCGTCACCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATgg < 6:172218/136‑1 (MQ=255)
cTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCTATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGAATGGTTATTTTCTTGTTCGGTGag > 2:515577/1‑137 (MQ=255)
ttCGGCTCTTCGCTACAAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑AAGAACAATATGTGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTGAATTTATTGTTCGGTGATGgtgtt > 4:646478/1‑139 (MQ=255)
ttCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTa > 8:141291/1‑140 (MQ=255)
ttCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTa > 8:439146/1‑140 (MQ=255)
ttCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGGAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGAATGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGgtgtt > 4:540548/1‑139 (MQ=255)
ttCAGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGAtgttgtt > 5:760723/1‑139 (MQ=255)
tacGGCTCTTCGCGACCATTTTGGCTGGTCTGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCCGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTa < 4:145662/138‑1 (MQ=255)
cGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGgtgtt > 2:82161/1‑137 (MQ=255)
gCTCTTCGCGACAATTTTGGGGGGTCTGGTTTTT‑CACAACAATTGGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTgg < 4:180679/140‑1 (MQ=255)
ctctTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGATCAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATAACTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTggg > 3:582826/1‑140 (MQ=255)
ctctTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAATCCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGGGATGGTGTATTggg > 4:998780/1‑140 (MQ=255)
ctctTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGA‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGGTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTggg > 4:1190550/1‑140 (MQ=255)
tctTCGCTCCCAATTTGGGTGGTCTGGTTTGT‑CACAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTgg < 2:1005320/138‑1 (MQ=255)
tctTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGGGTATTGGGt > 4:319759/1‑140 (MQ=255)
tctTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATAACTTTTGAGAAAGTATTATGTTTCGAAAGCGACTGGGTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTAGTGGGt > 6:443249/1‑140 (MQ=255)
gctTCCCGACAATTTTGGGTGTGCTGGTTTGA‑AATAAAAATCGGGGCGGCCCCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGt < 7:543571/139‑1 (MQ=255)
ctTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGCCTGGTTAATTTCTTGTTCGGGGATGGTGTATTggg > 1:1194257/1‑138 (MQ=255)
ctTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTg > 8:595308/1‑140 (MQ=255)
ctTCGCGACCAATATGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGTCGGCAGCCAAGCCTGGAAAACAGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCACGCGACTGGTTAATTTCTTGTTAGGTGATGGTCTATTggg > 1:322162/1‑138 (MQ=255)
ttCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGt > 1:540829/1‑138 (MQ=255)
ccccgACAAATTGGGCGGGTCTGGTTTGT‑AAGAACAATTTGGGCGCCCCCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAg < 4:509686/137‑1 (MQ=255)
cgcgACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCTCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGATAGGTGATGGTGTATTGGGTGAGt > 6:1072720/1‑140 (MQ=255)
cgACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAAAATGGGCGACAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGAGATGGTGTATTGGGTGAGt > 1:504011/1‑138 (MQ=255)
attttGTCTGTTCTGTTTGGT‑CATAATATTCTGGGCGTCCGCCACGCCGGGTAAACCGTTATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGAtt < 2:407871/136‑1 (MQ=255)
aTTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACa > 8:135807/1‑140 (MQ=255)
aTTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACa > 5:364413/1‑140 (MQ=255)
ggCTGGTGTGGTTTGT‑AATAAAAATATGGGGGGCAGCCACGCCGGGTATACCGATATCTTTTGAGAAATTTTTATGTTTCTCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCa < 4:645239/140‑1 (MQ=255)
ggCGGGTCTGGTTTGT‑CACAACAATTTGGGGGTCACCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGc < 2:456626/138‑1 (MQ=255)
gcgtGGTCTGGTTTGT‑CATAAAAATAGGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCa < 8:92585/137‑1 (MQ=255)
tGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCAAACg > 4:221886/1‑140 (MQ=255)
gTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATTGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAg > 6:468267/1‑140 (MQ=255)
gTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAg > 5:222524/1‑140 (MQ=255)
gTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATCGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCTGTCATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGac > 7:175902/1‑139 (MQ=255)
gTCAGGTTTGC‑CATACAAAATTGGGCGCCCCCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGGAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTTATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAg < 7:905366/140‑1 (MQ=255)
gTCAGGTTAGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACCCCGGGTAAACCGATATCTATTGAGAAATTAATAAGTTTCGCAAGCGACTGGGTAATATCTAGTTCGGTCATGGTGAATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAg > 3:351142/1‑140 (MQ=255)
t‑CAGAACAATTGGGGCGCCCGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTg < 4:699098/140‑1 (MQ=255)
aaCAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGa > 5:847972/1‑140 (MQ=255)
aaCAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGAGATCGTTTGAGAAATTATTATGTGTCGCAAGCGACTGGTTAATGTCTGGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATGACAGCCAACGCGCAGGCCCCTGACGa > 6:93691/1‑140 (MQ=255)
tatGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGGTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAAt > 4:389414/1‑140 (MQ=255)
tatGGGAGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTGTAGAGAAATTATTATTTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGCTGGTGTATTGGGTGAGTTCATAACAGCCAACGAGCAGGCAACTGACGATCaaa > 7:791796/1‑139 (MQ=255)
tGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCGGGCCACTGACGATCAAt > 2:637360/1‑138 (MQ=255)
tGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAAt > 2:377101/1‑138 (MQ=255)
tGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGAAATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTAGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAAt > 1:1015115/1‑138 (MQ=255)
gCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACTAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGc > 3:501999/1‑140 (MQ=255)
gCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGc > 3:547023/1‑140 (MQ=255)
gCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGAGGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGc > 5:90191/1‑140 (MQ=255)
tCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGGATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGc > 8:1020129/1‑140 (MQ=255)
tCACCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGc < 7:595308/140‑1 (MQ=255)
aGCCACGCCGGGTAAACCGCTATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCaa > 4:330176/1‑140 (MQ=255)
aGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCATGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTTAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCATTGCCGCGGCaa > 5:282737/1‑140 (MQ=255)
aGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGc > 1:1083601/1‑138 (MQ=255)
aGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCaa > 6:462226/1‑140 (MQ=255)
aGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCaa > 4:813859/1‑140 (MQ=255)
|
TCAGCTTCAGTTTCATGGTCGCTTTCTGGCTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGC‑GTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGT‑CAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAA > NZ_CP022686/4712624‑4712902
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
