Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F2 I0 R1
|
117 |
5184.3 |
6857682 |
98.3% |
6741101 |
135.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,764,877 |
T→G |
15.8% |
intergenic (‑57/‑204) |
ycfT ← / → lolC |
acyltransferase family protein/lipoprotein‑releasing ABC transporter permease subunit LolC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,764,877 | 0 | T | G | 15.8%
| 210.4
/ 19.0
| 146 | intergenic (‑57/‑204) | ycfT/lolC | acyltransferase family protein/lipoprotein‑releasing ABC transporter permease subunit LolC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/67); new base G (23/2); total (75/71) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.18e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
TAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTT > NZ_CP022686/4764742‑4765013
|
tAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑gtggtg < 3:456594/140‑1 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACTAATACATAACCCTTTGCTCTGGGTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑gtggtg < 1:340070/138‑1 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTa > 4:804681/1‑140 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGgtgtt > 5:54917/1‑139 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTTATTCGTa > 5:808241/1‑140 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGAGTa > 4:421828/1‑140 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGTGTGTAATGAGtt > 5:713779/1‑139 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGA‑GTTGTGTAATGCGTa > 4:688360/1‑140 (MQ=255)
ttGATAACTCACCACCAGAAAAATACATATCCCTTTGATCTTGTTACTCCATTGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACATCTCGCTCTTTTTATTTCACATGCGGTTGATCCTGAGGGGCGAGTCGC‑GTTGTGTAATGCGTAt < 4:670644/139‑1 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCAGACAAATACATCACCCTTTGATCTGGGTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGt < 1:62461/138‑1 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGt < 1:493880/138‑1 (MQ=255)
tGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTa > 7:188447/1‑138 (MQ=255)
tAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTAtctgt < 4:151282/140‑1 (MQ=255)
aaaTCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTAtctgtc < 5:377492/140‑1 (MQ=255)
aaaTCAACACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGTTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGAGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTAtctg < 1:150503/138‑1 (MQ=255)
caccacCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGTAATGCGTAtctggcgg > 8:573339/1‑134 (MQ=255)
ccaGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTAttt > 2:784330/1‑138 (MQ=255)
aCAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGGATAGCGTATCGGGCTGTATTTGGtgtt > 4:753137/1‑137 (MQ=255)
tAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGGGTTATTCGTATATGTCTGTTTTTGGTTATTTTTAAgta > 5:724236/1‑138 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTAtc > 3:73853/1‑113 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTAtc < 4:73853/113‑1 (MQ=255)
cccTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACCCGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGGGGAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATa > 2:492481/1‑138 (MQ=255)
cccTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTa < 8:169606/109‑1 (MQ=255)
cccTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGTTATGAGTATATGTCTGTTTTTGTGTTTTTTTCAtata > 7:38864/1‑138 (MQ=255)
cccTTTGATCTGGTTAATCAAGAGCTCTTTTAGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGTGGGTAATTCGTATGGTTGTGTAATTGGTTTTTTTAGAGATata > 6:581898/1‑138 (MQ=255)
cTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTTATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTGAGATaaa > 2:718768/1‑138 (MQ=255)
cTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTTGTTTTTTTTCAGATaaa > 1:691214/1‑138 (MQ=255)
cTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGGGTAATGAGGTTATGTCTGTATTTGGTTATTTTTAAGTTaaa > 1:285816/1‑138 (MQ=255)
cTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGGAAAGCGTATCTGTCTGTAATTGGTTATTTTTCATATaaa > 2:483266/1‑138 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAg < 8:371348/138‑1 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGAt < 3:293478/140‑1 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑gtggtg > 2:58312/1‑95 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCa > 6:621933/1‑140 (MQ=255)
gATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGTAATTGGTATCTGGCTGGATTTGGTTATTTTTAAGATAAAAAta > 1:551618/1‑137 (MQ=255)
aTCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGGGTAATGCGGATCTGTGTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCa > 2:42103/1‑138 (MQ=255)
tGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTTTTTTTCAGATAAAGATCAGGCca > 4:854804/1‑140 (MQ=255)
tGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCca > 3:789978/1‑140 (MQ=255)
ggTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑gtggtg < 3:289019/89‑1 (MQ=255)
ggTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTTGGTATTTTTCAGATAAATAACAGGccca > 4:558803/1‑138 (MQ=255)
cgTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGATGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGTGGGGAAAT‑CGTATAAGGCTGTTTTTGGTTATTTTTAATATAAAAAAAAGGCcac > 3:714263/2‑140 (MQ=255)
ttAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATAAGGCcac > 8:250680/1‑138 (MQ=255)
aaTCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTAt > 5:323745/1‑95 (MQ=255)
aTCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATg < 1:545343/138‑1 (MQ=255)
tCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATgg < 2:860532/138‑1 (MQ=255)
ccATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGc < 1:637776/138‑1 (MQ=255)
ccATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGGTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCg < 3:513224/140‑1 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTTATGCGGTTCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTAAGATAAATATAAGGCCACAAGGCCgatga > 6:94327/1‑140 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGGATATGTGTGTATTTGGTTTTTTTTGAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCgatgt > 6:97341/1‑139 (MQ=255)
ctctTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTa < 7:215200/78‑1 (MQ=255)
ctctTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGA‑GTGGGGTAATGCGTAAATGTGTGTATTTGGTTATTTTTAATATTAAGATCAGGGCAAATGGCCgaaga > 2:675396/1‑138 (MQ=255)
ctatttttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTa > 8:215200/4‑78 (MQ=255)
tctTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGGAATGCGTATCTGTCTGTATTTTGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCAAAAGGCCgatgat > 2:653543/1‑138 (MQ=255)
tttttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAAAGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTAATAAAAAAAAAATGCCACATGGCCGATGATaaaa > 6:683258/1‑140 (MQ=255)
tttttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGTAATGCGTATATGTCTGTATTTTGTTATTTTTAATATAAAGATAAGGCCACATGGCCGATGATaaaa > 6:761144/1‑140 (MQ=255)
tttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTTTCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTAAGATAAATATCATGCCACATGGCCGATGATaaaa > 2:614003/1‑138 (MQ=255)
tttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATATGTGTGTATTTGGTTATTTTTAAAAAAAAGATAAGGCCACAAGGCCGATGATaaaa > 7:403555/1‑138 (MQ=255)
ttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGa < 6:600113/140‑1 (MQ=255)
gTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAgg < 5:237429/140‑1 (MQ=255)
gTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGACCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GCGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGa < 7:635114/138‑1 (MQ=255)
acGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGGGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCgattga > 4:331690/1‑140 (MQ=255)
cGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGTAATGCGTTTATGGGTGTATTTTGTTATTTTTAAGATAAAAATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCgattt > 8:313274/1‑137 (MQ=255)
ctTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTTGTTTTTTTTCAGATAAAGATCAGGGCACATGGCCGTTGAAAAAATGAGGCACGTTAGCCGAGTGAttttg > 6:382747/1‑138 (MQ=255)
ctTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGAttt < 1:614003/138‑1 (MQ=255)
ctTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGAttt < 2:181283/138‑1 (MQ=255)
tttatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGcc < 2:755517/138‑1 (MQ=255)
tatttaACATGCGTTTGATCCTTCGGGGCGAGTAGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAACGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCgg < 8:625136/138‑1 (MQ=255)
tatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCgg < 1:206883/138‑1 (MQ=255)
tatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCgg < 1:379727/138‑1 (MQ=255)
tatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTa < 6:130922/140‑1 (MQ=255)
tatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTAGTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTa < 5:10832/140‑1 (MQ=255)
tatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGAAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCgg < 7:135321/138‑1 (MQ=255)
taACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGGGTAATGCGTATATGTATGTTTTTTGGTTTTTTTAAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTTATTTGCCGGTACttt > 3:134115/1‑140 (MQ=255)
tgagtttGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GAGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCTGGCCACATGGCAGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCa < 2:27764/133‑1 (MQ=255)
tGCGGTTGATCCTGCGGGTCGAGTCGC‑GTGGTTTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAATATCAGTCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCa < 2:23313/138‑1 (MQ=255)
gctgTTGATCCTGAGGGGCGAGGCGG‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTCTATTTGGTTATTTTTGAGATAAATATAAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTAGTTTTCAg < 2:444923/135‑1 (MQ=255)
gCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGAt < 6:531147/140‑1 (MQ=255)
gCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGGCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAg < 7:812083/138‑1 (MQ=255)
gCGGTTGATCCGGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAg < 7:718207/138‑1 (MQ=255)
gCGGTGGAGCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGACGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGAt < 6:625684/140‑1 (MQ=255)
gCGGGTGATCCTGCGGGGCGAGTCTC‑GGGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGGTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGAt < 5:473688/140‑1 (MQ=255)
ttGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGGGTATATGTCTGTATTTTGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGCTGCACGTTAGCCGATTTATTTTCCGGTACTTTTCAGAttt > 1:698083/1‑137 (MQ=255)
tGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGcc < 3:421828/140‑1 (MQ=255)
aTCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCt < 4:365194/140‑1 (MQ=255)
aTCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAAAGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCt > 4:342249/1‑140 (MQ=255)
ccTGCGGGGCGAGTGGC‑TTGGTGTAATGGGTATCTGTATGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGTCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGa < 5:493204/140‑1 (MQ=255)
ccTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCtta < 6:306521/140‑3 (MQ=255)
ccTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGa < 5:128857/140‑1 (MQ=255)
ccTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGa < 5:366868/140‑1 (MQ=255)
tGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGa < 7:468811/138‑1 (MQ=255)
tGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACg < 6:354962/140‑1 (MQ=255)
gCGGGGCGAGTCGC‑GGGGGGGAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGGCGATGATAAAATGCGGCACGTTAGCCGCTTGATTTGCCGGTACTTTTAAGATTAGCCCTGACGa > 6:226296/1‑140 (MQ=255)
cGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACg < 7:132729/138‑1 (MQ=255)
gAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACt < 7:69408/138‑1 (MQ=255)
gAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 3:854103/140‑1 (MQ=255)
gAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 3:700470/140‑1 (MQ=255)
gAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 4:586327/140‑1 (MQ=255)
gAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 4:745038/140‑1 (MQ=255)
aGTCGC‑GTGGTGTTATGCGTATCTGTCTTTATTTGGGTTTTTTTCATTTAAAGATCATGCCACAAGGCCGATGAAAAAATGAGGCACTTTAGCCGAATGATTTGCCGGTAATTTTAAGAATAGCCATGCCGATCACtt > 7:471464/1‑138 (MQ=255)
aGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATGTGTGTGTATTTTGTTATTTTTAAGATAAATATCAGGCCACATGGCCGAGGATAAAATGAGGCACTTTATCCGATTGATTTGCCGGTTCTTTTCAGATTATCCCTGAAGATCACta > 2:126742/1‑137 (MQ=255)
aGTCGC‑GGGGGGTAATGCGTTTGGGTCTGGATTTGGTTATTTTTGAGATAAAGATCCGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTATCCGATTGTTTTTGCGGTACTTTTCAGATTAGCCCGGACGATcccgt > 8:470059/1‑134 (MQ=255)
|
TAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTT > NZ_CP022686/4764742‑4765013
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
