Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F2 I0 R1
|
193 |
6708.0 |
8620653 |
98.5% |
8491343 |
136.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,764,877 |
T→G |
12.8% |
intergenic (‑57/‑204) |
ycfT ← / → lolC |
acyltransferase family protein/lipoprotein‑releasing ABC transporter permease subunit LolC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,764,877 | 0 | T | G | 12.8%
| 257.3
/ 12.2
| 167 | intergenic (‑57/‑204) | ycfT/lolC | acyltransferase family protein/lipoprotein‑releasing ABC transporter permease subunit LolC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (71/69); new base G (22/3); total (94/73) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.90e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
TAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCA > NZ_CP022686/4764742‑4765015
|
tAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑gtggtg < 4:227110/140‑1 (MQ=255)
tAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑gtggtg < 3:887683/140‑1 (MQ=255)
tAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑gtggtg < 6:932804/140‑1 (MQ=255)
aaTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGgtgt > 1:957653/1‑140 (MQ=255)
aaTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGgggt > 6:340227/1‑140 (MQ=255)
ttGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAGCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACAGGCTCTTTTTAGTTAACATTCGGTTGATACTGCGGGGAGAGTCGC‑gggggggt > 5:799302/2‑136 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAATTCACCACCAGACAAATACATAACCCGTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCGTTTTGTTTCTTCAGGACAACCCGCTCTTTTTATTTGACATGCGTTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGgggtt > 7:61183/1‑139 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGgtgtt > 8:549038/1‑139 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑a < 1:349786/140‑1 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑a < 2:263746/140‑1 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑a < 2:221308/140‑1 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGgggtt > 6:644431/1‑139 (MQ=255)
gACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AAt < 1:126646/140‑1 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑TATGCGtt > 3:343497/1‑139 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGtt > 6:176037/1‑139 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTa < 4:644470/140‑1 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGT‑AATGCGtt > 2:859812/1‑139 (MQ=255)
gttaTAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTTGTTAATACATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTAt < 7:584664/137‑1 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCATACAATTACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTAt < 7:784922/140‑1 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTTATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTAt < 3:576115/140‑1 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTCTTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTAt < 2:126103/140‑1 (MQ=255)
tGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTAtc < 7:431146/140‑1 (MQ=255)
tAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTAtctgt < 3:484272/140‑1 (MQ=255)
aaTCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTAtctgtct < 5:484748/140‑1 (MQ=255)
caccaGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGAGTATCTGTCTGTAttt > 2:741874/1‑140 (MQ=255)
aTACATAACCCTTTTATCTGGTTAATCCATAGCTATTATTGTTTAATTAGGACAACAATCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCTGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGGCTGTATTTGGtttttttt < 5:706547/140‑1 (MQ=255)
aTACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTAttttt < 1:772828/140‑1 (MQ=255)
aTACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTAttttt < 5:254757/140‑1 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑TATGCGTTTCTTTGGGTATTTTGTTATTTTTAAtata > 8:214159/1‑140 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTGTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATCCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGGTAT‑GAT‑CGTATGTTGAGGTATTTGGTTATTTTTCAGCTa > 7:320167/1‑140 (MQ=255)
aaCACTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATa < 5:535168/140‑1 (MQ=255)
cccTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATaaa > 2:497353/1‑140 (MQ=255)
cccTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGG‑AATGGCTAAGAGTGTGTTTTTTGTTTTTTTTAATATaaa > 1:936570/1‑140 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑TATTGGTTTATGTCTGTATTTTGTTTTTTTTCAGATAAAGAt > 4:191380/1‑140 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTTTTTGGTTTTTTTTAAGATAAAGAt > 4:186241/1‑140 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AAAGAGTATCAGTCTGTATTTTGTTATTTTTAAGATAAAGAt > 8:137063/1‑140 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGGGT‑AATGCGTATCGGTCTGTATTTGGTTATTTTTAAGATAAAGAt > 6:1018037/1‑140 (MQ=255)
ttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTGTGTATTTGGTTTTTTTTAAGATAAAGAta > 2:464051/1‑139 (MQ=255)
ttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTGAGATAAAGAta > 2:286198/1‑139 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGTACAACACGCTCTATTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGAGGGGCGAGTCGC‑GTTGTGT‑AATTCATATATTTATGTATTTTTTTATTTTTAAGAAAAatataa > 8:292024/1‑138 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCa < 4:841795/140‑1 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTAAGATAAAGATCa > 4:965659/1‑140 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATAGGTCTGTATTTGGTTATTTTTAAGATTAAAATCa > 6:123863/1‑140 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGAGTATCTTTCTTTATTTTGTTATTTTTGAGATAAatataa > 7:223476/1‑138 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGT‑AATGCGTATATGTATGTATTTGGTTATTTTTCAGAaaaacctaa > 3:146735/1‑135 (MQ=255)
tGAACTGGTTAATCCATAGCTCTATTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATACTGCGGGGCGAGTCGC‑GATGTGT‑AATTGGTATATGTATTGATTTGTTTTTTTTTTAGATaaatctca > 4:361840/1‑135 (MQ=255)
tGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACTCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTTGTGTAAATCGGTAAAT‑TGTTTATTTGGTTATTTTTCAGATAAATATcctgcgc > 6:352446/1‑134 (MQ=255)
tGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATTCGGATATGTCTGTATTTGGTTATTTTTAATATAAATATAAGGCca > 4:854654/1‑140 (MQ=255)
ggTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATTCTTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGcccc > 4:834654/1‑138 (MQ=255)
ggtAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCcaca < 6:878650/138‑1 (MQ=255)
gTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGCTCCTGCGGGGCGCGTCGC‑GTGGTGT‑TATGGGTAGCTGTCTGGTTTTTGTTTTTTTTATGATAAATATGAGGccccc > 7:506666/1‑137 (MQ=255)
aTCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGc < 5:277240/140‑1 (MQ=255)
aTCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCGTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGc < 7:771000/140‑1 (MQ=255)
tCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTTTCAGTATTTGGTTAATTTTCAGATAAATAAAAGGCCCCATGGcc > 4:569562/1‑140 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATTCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGT‑TATTCGTTTCTGTCTGGATTTGGTTATTTTTCAGATTAATATCAGGCCACATGGCCgatgt > 5:141536/1‑139 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTTACTGTATGTATTTTGTTATTTTTAAGATAAATATAAGGCCACAAGGCCgagta > 3:683088/1‑137 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATGTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCgatga > 7:444635/1‑140 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCgatga < 6:524113/140‑1 (MQ=255)
ctTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGGGTATCTGTGTTTTTTTTGTTATTTTTTAGATAAAAATAAGGCCAAATGGCCGAATATaaa > 1:815340/1‑140 (MQ=255)
tttttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑TATGCGTTGATGTATGTTTTTGTTTTTTTTTAAGAATAAGATCAGGCCACATGGGCGATGATaaaa > 8:798954/1‑140 (MQ=255)
tttttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTTGATTTTGTTATTTTTAAGATAAAGATCAGGCCACAAGGCCGAAGATaaaa > 5:32957/1‑140 (MQ=255)
tttttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTTGTTATTTTTAAGATAAAGATAAGGCCACATGGCCGATGATaaaa > 6:715637/1‑140 (MQ=255)
ttGTTTCATCAGGACACCACGCTCTTATTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTATCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGa < 3:949198/140‑1 (MQ=255)
tcatcaGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTATGTATTTGGTTATTTTTAAGTTAAAGATCAAGCCCCATGGCCGATGATAAAATGAGGCAc > 8:824733/1‑140 (MQ=255)
caacaCGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCga < 2:364237/140‑1 (MQ=255)
aacaCGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGCTAACGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCgat < 3:220982/140‑1 (MQ=255)
cacGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGTGGAGATTCGC‑GTGGTGT‑AATTAGTATAATTCAGTATTTTGTTATTTTTAAAATAAATATCAGGCCACATGGACGAAGAAAAAATGATGAACTTTAGACgaatt > 2:676125/1‑137 (MQ=255)
acGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCgattga < 5:301538/140‑1 (MQ=255)
acGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCgattga < 2:501415/140‑1 (MQ=255)
tctTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGGGTATCTTTGTGTATTTGGTTTTTTTTAAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTATCCGattta‑tttt > 1:272383/1‑139 (MQ=255)
tctTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTAt < 2:866010/58‑1 (MQ=255)
ttttttATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TTTGc < 1:497353/139‑1 (MQ=255)
tttatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTTGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TTTGCCgg < 3:720313/140‑1 (MQ=255)
ttatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGT‑TATGCGTATCTGTCTGTATTTTGTTTTTTTTCAGATAAAGAACACGCCACATGGCCGCTGATATAAAGACTGACGTTAGACGATTGA‑TTTTCCggg > 7:105734/1‑139 (MQ=255)
taACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATTCGTATCTGTCTGTATTTTGTTATTTTTCAGATAAACAAAAGGCCACAAGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGACGATTGA‑TTTGACTGTACttt > 4:330789/1‑140 (MQ=255)
taACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATATGTCTGTATTTGGGTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTATCCGATTGA‑TTTGCCGGTACttt > 4:966063/1‑140 (MQ=255)
aaCATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTTGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TTTGCCGGTACtttt < 6:52322/140‑1 (MQ=255)
aaCATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TTTGCCGGTACtttt < 6:297631/140‑1 (MQ=255)
aCATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGAGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCCCATGGCCGATGATAAAAAGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TTTTCGGGTACtttta > 6:47104/1‑139 (MQ=255)
aCATGCGGTTGATCCTGCGCGGCGAGTCGC‑GGGGTGT‑AATTCCTATCTGTCAGGATTTGTTTAATTTTCAGATAAAGCTAACGCCACAAGGCCCATGTGAAAATTAGGCCCTTAAACCGCTAGATTTTGCCggaatgata > 8:591634/1‑133 (MQ=255)
aTGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATTCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGAAAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGACGATTGA‑TTTGACGGTACTTTTCAg > 8:429101/1‑140 (MQ=255)
gCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TTTGCCGGTACTTTTCAGAt < 8:491905/140‑1 (MQ=255)
gCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGA‑GTTGTGT‑AATGCTTATCTGTCTGTTTTTTGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TTTGCCGGTTCTTTTCAGAt < 1:676125/140‑1 (MQ=255)
tgttCCTGAGGGGCTAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGTTTATTTTTCATATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAAAGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TTTGCCGGTACTTTTCAGATTAgac < 3:55416/137‑3 (MQ=255)
cTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGAc < 1:83565/140‑1 (MQ=255)
tGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACg < 2:1046467/140‑1 (MQ=255)
tGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCACTGACg < 8:880530/140‑1 (MQ=255)
tGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACg < 1:859812/140‑1 (MQ=255)
gCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTTTTTTTCAGATAAAGATAAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACGTTAGCCGATTGA‑TTTGCCGGGACTTTTCAGATTAGCCCAGACGa > 6:317523/1‑140 (MQ=255)
ggggCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATTCGTATCTTTATGTATTTGGTTATTTTTGAGATAAACATCAGGACACATGGCCGATGAAAAAATGAGGCACTATAGCCCAATGA‑TTTGCAGGTACTTTTCATATTAGCACTGACGATc > 6:952328/1‑140 (MQ=255)
ggggCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATc < 1:443977/140‑1 (MQ=255)
ggggCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTATGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATc < 6:1054381/140‑1 (MQ=255)
gAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATTGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 6:416940/140‑1 (MQ=255)
gAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 1:577597/140‑1 (MQ=255)
gAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 5:607705/140‑1 (MQ=255)
gAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 7:178838/140‑1 (MQ=255)
gAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 1:1105955/140‑1 (MQ=255)
gAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TCTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 3:411036/140‑1 (MQ=255)
gAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTATGTATTTGGGTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAAAGAGGCACTTTAGCCGTATGA‑TTTGCCGGGACATTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 2:660449/140‑1 (MQ=255)
gtggtgT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCa < 1:741874/140‑1 (MQ=255)
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TAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGT‑AATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGA‑TTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCA > NZ_CP022686/4764742‑4765015
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
