Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F2 I0 R1
|
252 |
7301.5 |
9636800 |
98.5% |
9492248 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,764,877 |
T→G |
11.7% |
intergenic (‑57/‑204) |
ycfT ← / → lolC |
acyltransferase family protein/lipoprotein‑releasing ABC transporter permease subunit LolC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,764,877 | 0 | T | G | 11.7%
| 398.9
/ 11.2
| 226 | intergenic (‑57/‑204) | ycfT/lolC | acyltransferase family protein/lipoprotein‑releasing ABC transporter permease subunit LolC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (95/99); new base G (28/4); total (123/103) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.42e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
AAGGTAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCA > NZ_CP022686/4764738‑4765015
|
aGGTAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCgtg < 8:371319/140‑1 (MQ=255)
aGGTAATGAACGAGTGATAAATCACCAACAGACAAATACATAACCCTTTGCTCTTGTTAATCCATAGATCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCgtg < 4:51026/140‑1 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATCAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTTATCTGGTTAATCCATAGCTATTTTTTTTTCTTCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGTGTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCgtggtg < 2:619371/138‑1 (MQ=255)
gACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCggggtgga > 1:587349/1‑136 (MQ=255)
tgTGATAAATCTCCACCAGCCAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTa < 6:1050148/139‑1 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTGTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTGTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGGAATTCGTa > 5:917738/1‑140 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTTATGCGtt > 8:556088/1‑139 (MQ=255)
ttGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTATGATCTTGTTTATCCATATCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTTGTGTAATGCGt < 1:1216595/137‑1 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGt < 2:1213554/138‑1 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGt < 2:1154235/138‑1 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAt < 4:121629/140‑1 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAt > 8:4991/1‑140 (MQ=255)
tGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTa > 1:1030326/1‑138 (MQ=255)
aaaaTCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAtctgt < 5:1002739/139‑1 (MQ=255)
caccacCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATGCATTGCTCTTTTTGATTCATCAGGACATCACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTa < 7:119605/140‑1 (MQ=255)
caccacCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAtctgtc‑tg > 1:926807/1‑138 (MQ=255)
accaccAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGAGAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGGAATGCGTATCGGTC‑TGTAt > 4:1128031/1‑140 (MQ=255)
caccaGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTATTGCGTAGATGTG‑TGTAttt > 8:713497/1‑140 (MQ=255)
aTACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTTATGCGTATCTGTC‑TGTATTTTGTTAttttt > 6:130643/1‑140 (MQ=255)
aTACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTTTTTGGTTAttt > 2:995717/1‑138 (MQ=255)
aTACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTAttttt < 7:835718/140‑1 (MQ=255)
aTACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTA‑TTTATTTGGTTAttttt > 4:293912/1‑140 (MQ=255)
aTACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTCTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTAttttt < 3:13824/140‑1 (MQ=255)
tACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTc < 3:703065/140‑1 (MQ=255)
tAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAg < 2:428250/138‑1 (MQ=255)
tAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCAACAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATCCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGAt < 4:1106594/140‑1 (MQ=255)
accccTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATa < 7:960699/138‑1 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATa < 3:1165871/140‑1 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTAAAGCGTATCTTTG‑TGTATTTTGTTTTTTTTCAGATa > 3:997636/1‑140 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACAAGCTCTTTTTATTTAACATGCGGGTGATCCGGCGTGGCGATTCGCGTGGTGTTAAGAGTATGTGGC‑TGTAGTTGGTTATTATTGAGATa > 4:745944/1‑140 (MQ=255)
aaCACTTTGATATGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCATGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGGTGATCCTGCGGGGCGAGTCGAGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATa < 4:731565/140‑1 (MQ=255)
cccTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGGGTAATGCGGATGTGGC‑TGTTTTTGGGTTTTTTTCAGATa > 2:183134/1‑138 (MQ=255)
cTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGAATAATTC‑AGTATTTGGTTATTTTTGAGATaaa > 1:70788/1‑138 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAt < 6:256806/107‑1 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAAAGCGTATATGTC‑TGTTATTGGTTATTTTTCATATAAAGaa > 3:931988/1‑139 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTTATGAGTATCTGTC‑TTTATTTTGTTATTTTTCAGATAAatataa > 7:408118/1‑138 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TTTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCa > 3:875034/1‑140 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCa < 8:391429/140‑1 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTA‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCa < 5:590610/140‑1 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGGC‑GGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATcc > 6:408542/1‑139 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTAATGCGTATCAGTC‑TGTATTTTGTTATTTTTCAGATAAAGAtaa > 5:531050/1‑138 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGGTTAGTTG‑TGTATTTGGTTTTTTTTAATATaaacaaca > 7:1006817/1‑135 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTATTATTTAACATGCGGTTGATCCTTCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAAAGCGTTTATTTG‑GTTTTTTTGTTATTTTTAATAAAAAGATCa > 7:366883/1‑140 (MQ=255)
aTCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATTCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGAtaa > 1:823417/1‑136 (MQ=255)
ggTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTG‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCcac > 7:701039/1‑140 (MQ=255)
ggTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTAGATCCAGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGGAATGCTGATCTGTA‑TGTAATAGTTTATTTTTGAGATATAGATCAAGCcac > 6:667240/1‑140 (MQ=255)
gTTAATCCATATCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCca < 1:614135/138‑1 (MQ=255)
gTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCca < 1:875460/138‑1 (MQ=255)
gTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGGATCGGGA‑TGTATTTGGTTATTTTTAAGATAAATATCAGGCcaca > 6:848327/1‑140 (MQ=255)
gTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGGAATTCGGATCTGTC‑TGTATTTTGTTATTTTTAAGTTAAAGAACAGGCcaca > 4:6532/1‑140 (MQ=255)
ttAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTATCATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAAAGGGTTTATGTCTTGTATTT‑GTTTTTTTTAATATAAATAACAGGCcac > 1:342867/1‑138 (MQ=255)
aTCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGGCGCGTGGTGTAAAGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGGTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGc < 5:404333/140‑1 (MQ=255)
aTCCATAGCTCTTTTTGTATCATCAGGACACCACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGGC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGc < 4:1079308/140‑1 (MQ=255)
tCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTTTTTGGTTATTTTTGAGATAAAGATCAGGCCACATTGcc > 4:165033/1‑140 (MQ=255)
tCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATgg < 2:1185520/138‑1 (MQ=255)
tCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTAATGCGTATCTGTC‑GGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGCTCAGGCCCCATGGcc > 4:1147312/1‑140 (MQ=255)
tCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTTATTGGTATCTGTG‑TGTTTTTTGTTATTTTTAAGATAAAGATAAGGCCACATGGcc > 3:1030315/1‑140 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCTGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGAGTGTAATGGCTATCTGTA‑TGTTTTTTTTTATTTTTAAGTTAAAGATAAGTCCAAAAGGCCgatgt > 7:78056/1‑139 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATTCGTATATGTC‑TTGATTTGGTTATTTTTCAGATAAATATCAGGCCACCTGGGCgaggt > 4:834248/1‑137 (MQ=255)
ctctTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGCGTCGCGTGCTGTAATTCGTTTCTGTG‑TGGATTTGGTGATTTTTAAGATATATATAAGGCCACATCGCCgatga > 1:216148/1‑138 (MQ=255)
ctctTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGGAAATAGGATATGTC‑TGTATTTGTTTATTTTTAAGATAAATATCAGGCCACAAGGCCgatga > 1:164734/1‑138 (MQ=255)
tttttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATATGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTAAGATAAAGATAAGGCCACATGGCCGATGATaaaa > 8:13254/1‑140 (MQ=255)
tttttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGGGTTATTGGTATGTGTC‑TGTATTTTGGTATTTTTAAGTTAAAGAACAGGCCACAAAGCCGATGATaaaa > 5:23790/1‑140 (MQ=255)
tttttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGGGTAATTGGGATCTGTC‑TGTTTTTGGTTTTTTTTAAGATTAATATCATGCCACAAGGCCgctgcgataa > 7:206662/1‑134 (MQ=255)
ttGTTTCATCAGGAGAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCGTGCGGGGCGAGGCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATTAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAAt < 1:1143987/138‑1 (MQ=255)
ttGTTTCATCAGGACAACTCGCTCTTTTTATTTAAGATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAAt < 1:90891/138‑1 (MQ=255)
gTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGa < 1:478968/138‑1 (MQ=255)
gTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGa < 1:76202/138‑1 (MQ=255)
catcaGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCa < 2:926807/138‑1 (MQ=255)
cacGCTCTTTTTATTTAACATGCGGGTGATCCTGCGGGGAGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATATGTC‑TGTTTTTTGTTATTTTTCACATTAAGAACAGGCCCCATGGCCGCAGATAAAATGAGGCAATATAGACgcttt > 4:687822/1‑139 (MQ=255)
acGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCgattga < 4:137926/140‑1 (MQ=255)
tctTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTTATGAGGTTATGTG‑TGTTTTTGGTTTTTTTTAATATAAAGATAAGGCCACATGGCCCATGATAAAATTAGGGACTTTTGCCgatttttttt > 5:33267/1‑134 (MQ=255)
tctTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGGGTTATGCGTATATGTG‑TGTTTTTGGGTATTTTTATCATAAAGATAAGGCCACATGGCCGCTGAGAAAATGAGGGACATTTGCCGAGTGAtttt > 7:591393/1‑139 (MQ=255)
tttatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGATTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCATGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCgg < 8:186713/140‑1 (MQ=255)
tttatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCgg < 7:636783/140‑1 (MQ=255)
tatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCTTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTa < 3:751266/140‑1 (MQ=255)
tatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCgg < 2:888208/138‑1 (MQ=255)
tatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTa < 5:1184229/140‑1 (MQ=255)
tttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATATGGC‑TTTATTTTGTTTTTTTTAATATAAAGATAAGGCCCAATGGCCGATGATAAAATGATGCACTTTTGCCGATTTATTTGCCGGTACt > 8:1057964/1‑140 (MQ=255)
taACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTAAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACttt > 3:493269/1‑140 (MQ=255)
taACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGGATCTGTC‑TGTTTTTTGTTTTTTTTAAGATAAAGATAAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCCCTTTATCCGATTGATTTGCCGGTTCttt > 6:54052/1‑140 (MQ=255)
taACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGGAATGCGTATCAGGT‑AGGATTTTGTTTTTATTAAAATAAATAAAACGGCACAAGGCCCATTATATAATGAAGCACTTTTGAGGATTGGTTTTCAGGTaaatt > 4:331698/1‑136 (MQ=255)
aaCCTGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTTGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACtt < 2:685320/138‑1 (MQ=255)
aaCATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTTGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACtttt < 4:964465/140‑1 (MQ=255)
aaCATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACtttt < 7:982627/140‑1 (MQ=255)
aTGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACtttta > 2:524807/1‑137 (MQ=255)
gCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGAt < 5:272215/140‑1 (MQ=255)
gCGGTGGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAg < 1:521205/138‑1 (MQ=255)
gCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTTATGCGTATCTTGC‑TGTATTTGGTTATTTTTAAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGCCGa > 6:1151012/1‑140 (MQ=255)
gCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTG‑TGTATTTGGTTATTTTTCATATAAAGAACAGGCCACAAGGCCGCTGATAAAATGAGGCACTTTTGCAGATTGATTTTCCGGTTATTTTAAGATTAGCCCAGACGa > 6:230311/1‑140 (MQ=255)
gCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAAATCGTATATGTC‑TGTATTTTGTTATTTTTCAGATAAAGATAAGGCCACATTGCCGATGATAAAAATAGGCACTTTAGCCGATTGATTTTCCGGGTCTTTTAAGATTTGCCCTGACGa > 7:720444/1‑140 (MQ=255)
gCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAAAGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTAAGAAAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCAGGAACTTTTCAGATTAGACCTTACGa > 3:1115444/1‑140 (MQ=255)
gCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGCTAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACt < 7:339038/140‑1 (MQ=255)
cGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTG‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATTAGGGACTTTAGCCGCTTGATTTGCCGGGACTTTTCAGATTAGACCTGACGATCACtt > 4:557905/1‑140 (MQ=255)
cGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATATGTC‑AGTATTTGGGTATTTTTAAGATAAAGATAAGGCCAAAAGGCCGATGATAAAATTAGGGACGTTAGCCGATTGATTTGCCAGGACGTTTGAGTTTAGGCCTGACGAGCACtt > 8:870197/1‑140 (MQ=255)
cGAGTCGCGTGGTGTAATGCGGTTCTGTC‑TGTTTTTGGGTTTTTTTCAGAAAAATATCAGGCCACATTGCCGATGATTAAATGAGGCCCTTTATGCCATTGATTTGCCCGTACTTTTCAGATTAGCCCAGACGATcccat > 8:524701/1‑136 (MQ=255)
cGAGTCGCGGGGGGGAATGCGTATCTGTG‑TGTATTTTGTTTTTTTTCAGATAAAGATCAGGCCCCATTGCCGATTATAAAATGAGGCCCTTTTGCCGATTGATTTGCCGGTTCTTTTAAGATTATCCCAGAACATCAcat > 6:320776/1‑138 (MQ=255)
gAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACt < 2:845015/138‑1 (MQ=255)
gAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGATACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 5:701137/140‑1 (MQ=255)
gcgTGGGGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGtt < 6:531135/140‑1 (MQ=255)
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AAGGTAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTC‑TGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCA > NZ_CP022686/4764738‑4765015
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
