Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F13 I0 R1
|
230 |
5035.0 |
9125430 |
98.4% |
8979423 |
135.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,764,877 |
T→G |
18.5% |
intergenic (‑57/‑204) |
ycfT ← / → lolC |
acyltransferase family protein/lipoprotein‑releasing ABC transporter permease subunit LolC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,764,877 | 0 | T | G | 18.5%
| 261.7
/ 16.9
| 184 | intergenic (‑57/‑204) | ycfT/lolC | acyltransferase family protein/lipoprotein‑releasing ABC transporter permease subunit LolC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (69/76); new base G (34/4); total (103/81) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.04e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
GGTAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTC > NZ_CP022686/4764740‑4765014
|
gTAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCgtggt < 1:1063935/140‑1 (MQ=255)
tAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCgtggtg < 3:941406/140‑1 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCgtggtg < 8:1042797/138‑1 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTATGATCTGGTTAATCCATAGCTCATTTTGTTTCATCAGGACACCACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTa < 5:858510/140‑1 (MQ=255)
gACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAAt < 3:180965/140‑1 (MQ=255)
gACCGAGTGATAAATCAACACCAGACAAATACAGAACCCTTTGATCTGGTTAATACATAGCTATTTTTGTTTCATCAGGACCACCCGCTCTGGTTATTTAACATGCGGTTGATCATGCTGGGCGAGTCTCGGGgtgtg > 7:69548/1‑137 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTa > 2:179563/1‑140 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTa < 3:1130878/140‑1 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTatagcg > 8:911495/1‑133 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATACTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTa > 1:292320/1‑140 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGt < 7:679773/138‑1 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAt < 3:157256/140‑1 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCACACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAt < 2:382457/140‑1 (MQ=255)
tAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTTGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTATTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGAGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAtctgt < 3:615158/140‑1 (MQ=255)
aaTCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAtctgtct < 2:463829/140‑1 (MQ=255)
accaccAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTTATGGGTTTctgtgtg‑ttt > 5:225027/1‑138 (MQ=255)
accaccAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGGGTTATGCGGATATGTCTG‑TAt > 6:1021479/1‑140 (MQ=255)
accaGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCTTTtatgtctggttt > 7:759573/1‑134 (MQ=255)
accaGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑Tttttt > 1:17564/1‑139 (MQ=255)
gACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTAATTCGTATCTGTCTG‑TTTTTGGttt > 5:534290/1‑139 (MQ=255)
aCAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGGAATGCGTTTCTGTCTG‑GATTTGGGTAt > 5:970406/1‑140 (MQ=255)
cAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTa > 8:280384/1‑138 (MQ=255)
cAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGGAATGGGTATATGTCTG‑TATTTTGttt > 7:164029/1‑137 (MQ=255)
aaaTACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTAttt > 4:72529/1‑140 (MQ=255)
tACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTc < 4:843249/140‑1 (MQ=255)
tACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTc < 1:194085/140‑1 (MQ=255)
tAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAg < 7:417066/138‑1 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGGGGTTCATTGTG‑TTTTTGGGTttttttgacaga > 5:4320/1‑134 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTAATGCGTATCAGTCTG‑TATTTGGGTATTTTTCAGATa > 4:964136/1‑140 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGGAATGGGTATCTGGCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATa > 4:866484/1‑140 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTATTTCGTATATGTCTG‑TATTTTGTTATTTTTAAGATa > 3:13324/1‑140 (MQ=255)
cccTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAAAGCGTATCTGGCTG‑TATTTGGTTATTTTTGAGATaaa > 2:611044/1‑140 (MQ=255)
cccTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTAATGGGGTTCTGTGTG‑TATTTGGTTTTTTTTAAGTTaaa > 5:608741/1‑140 (MQ=255)
cccTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTATTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTTTAATGAGTATATGAATT‑GATTTGGTTTATTTTAAGATaaa > 3:763782/1‑140 (MQ=255)
cTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTATG‑TATTTTGTTATTTTTAAGATAAAGa > 3:897744/1‑140 (MQ=255)
cTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGGGGATCTGTGTT‑TATTTTGTTTTTTTTAAGATaaa > 7:260317/1‑138 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCCTCAGGACAACACTCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCTAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGAt < 2:263316/140‑1 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCTGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGAt < 1:989985/140‑1 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTGTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGGTATATTTAATATAAAGAt > 1:452481/1‑140 (MQ=255)
ttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATTCGGATCTGTGTT‑TATTTGGTTATTTTTAATATAAatata > 3:1139686/1‑139 (MQ=255)
ttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGATGATCCTGCGGGGCGAGTCGCTTGGTGTAATGCGTATCTGTCTT‑TTATTGGTTATTTTTAAGATAAAGAta > 3:663259/1‑139 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGTTAATTGCTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCa > 5:467725/1‑140 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGGGTAATGAGTATCAGTATG‑TATTTGGGTTTTTTTGAGATAAAGaa > 8:482177/1‑137 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGGGGAATTCGTTTATGTGTG‑TTTTTGGTTATTTTTAAGATAAAGAt > 8:394930/1‑138 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTATCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGAt < 7:507884/138‑1 (MQ=255)
gATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAg < 1:89232/140‑1 (MQ=255)
aTCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGGGTTATTCTTATCTGTCGG‑TATTTGTTTATTTTTCAGATAAAAATCa > 7:478789/1‑138 (MQ=255)
tCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGc < 5:1088957/140‑1 (MQ=255)
tGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTTATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAAATCAGGccc > 3:449114/1‑139 (MQ=255)
ggTTAATCCATATCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTAAACATGCTGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTAAAGGGTATCTGTCGG‑GATTTTGTTATTTATAATATATAAATCAAGcaca > 5:242488/1‑137 (MQ=255)
ggTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACACCACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATATGTCTG‑TATTTTGTTATTTTTAAGATAAAGATCAGGCcac > 4:1140553/1‑140 (MQ=255)
ggTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTTATTCGTATCTGTCTG‑TATTTTGTTATTTTTCAGATAAAGATAAGGCcac > 1:136408/1‑140 (MQ=255)
ggTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTAATGCGTTTCTTGCTG‑GATTTGGTTTTTTTTCAGATAAAGATCAAGCcac > 3:836630/1‑140 (MQ=255)
ggTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATCTGTCGG‑TATTTTGTTATTTTTCATAAAAAGATCCGGCcac > 6:818535/1‑140 (MQ=255)
tCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGAt > 1:621726/1‑120 (MQ=255)
tCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGAt < 2:621726/120‑1 (MQ=255)
accATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATgg < 7:518036/137‑1 (MQ=255)
ccATAGCTCTTTTTGTTTCATGAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCGGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCg < 4:284643/140‑1 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATTCGGATCTTTCTG‑TATTTGGTTATTTTTAAGATAAATAACAGGCCACATGGCCgatga > 2:1146666/1‑140 (MQ=255)
ctctTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATa < 1:854093/140‑1 (MQ=255)
ctctTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGGAATGGGTATCTGTCGG‑TATTTTGTTTTTTTTAAGATAAATAACAGGCCCCATGGCCgatga > 7:245939/1‑138 (MQ=255)
tttttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGGAATGCGTATATGTCTG‑TTTTTGGTTATATTTCAAATTAAGATCAGGCCACAAGGCCGCTGTAaaaa > 4:51634/1‑140 (MQ=255)
ttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGGTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCATATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGa < 1:777141/140‑1 (MQ=255)
gTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGa < 7:280384/138‑1 (MQ=255)
gACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGAGCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGcc < 2:468130/140‑1 (MQ=255)
aacaCGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTT‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCgat < 3:599351/140‑1 (MQ=255)
cacGCTCTTTTTATTTAACTTGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGGAATGCGTTTATGTATG‑TATTTTGTTATTTTTCATATAAAGATAAGGCCACAATGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCgagtt > 3:358675/1‑137 (MQ=255)
cacGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTTTATGTCTG‑TATTTTTTTATTTTTCAGATAAATATCAGGCCACATGGCCGATGCTTAAAATCTGCACTTTAGCCgattg > 3:86024/1‑140 (MQ=255)
cacGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑GATTTGGTTTTTTTTCAGATAAATATAAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTTTCCgattt > 1:86606/1‑139 (MQ=255)
cacGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTATG‑TTTTTTGTTATTTTTAAGATAAAGATCAGGCCCAATGGCCGATGATAAAAAGAGGCACTTTAGCCgattg > 2:698000/1‑140 (MQ=255)
cacGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATCTGTGTG‑TTTTTGGTTATTTTTAAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATTAAATGAGGCACTTTAGCCgattg > 1:1137858/1‑140 (MQ=255)
ccgcgCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGGCGGGTGGTGTAATGCGTATCTGGCGG‑TATTTGGTTTTTTTTCAGATAAAGATCAGTCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCgatt < 8:5801/137‑1 (MQ=255)
acGCTCTTTTTATTTAACTTGAGGTTGATCATGCGTGTCTAGGCGCGCTGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGTTTATTTTTCAGATTAATATCTGGCCACATGGCCGATGATAATATTATGCACTTTAGCCgattga < 5:816149/140‑1 (MQ=255)
cGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTATG‑TATTTTGTTTTTTTTAAGATAAAGATAAGGCCACATGGCCGATGATAATATGAGGCACTTTAGCCgattg > 8:172755/1‑138 (MQ=255)
cGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGGGGATGAGTGGT‑TATTTGGTTGTTTTTAATATAAAGATCCGCCCACATGGCAGATGATTAATTGGTGCACTATATCCgcttg > 8:995925/1‑138 (MQ=255)
ctTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTTTCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGc > 6:949734/1‑140 (MQ=255)
ctTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGc < 3:72529/140‑1 (MQ=255)
tttatttaCCATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGAGCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGcc < 7:442658/138‑1 (MQ=255)
tatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTa < 5:301957/140‑1 (MQ=255)
tatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTa < 3:302027/140‑1 (MQ=255)
tatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGAGTGGTGTAATGCGTATCTGGCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTa < 6:37098/140‑1 (MQ=255)
aaCATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACtttt < 6:256121/140‑1 (MQ=255)
aaCATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACtttt < 4:159330/140‑1 (MQ=255)
aCATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTAAGATAAATATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACtttta > 2:4536/1‑139 (MQ=255)
aTGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTc > 8:426764/1‑138 (MQ=255)
gCGGTTGATGCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGAt < 4:767680/140‑1 (MQ=255)
ggTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGGGTATCTGTCAG‑TTTTTTGTTATTTTTAAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTa > 4:687206/1‑140 (MQ=255)
gTTGATCCTGCGGGGCGCGGCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACTTGGCCGATGATATTATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAg < 4:500153/140‑1 (MQ=255)
aTCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTTAAGCGTATGAGTCAGTTATTGGGTTA‑TTTTCAATTAAAACTAAGGGAACAAGGCCCAGGCTAAAATGAGGGACTTTAGCCCAATGATTAGCCCGTACATTTCAGATAAGacca > 2:551577/1‑139 (MQ=255)
ccTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCGGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGa < 3:1074516/140‑1 (MQ=255)
ccTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGa < 1:1031415/140‑1 (MQ=255)
tGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGGCTG‑TATTTGGTAATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTACCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACg < 5:656800/140‑1 (MQ=255)
ggCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCTCTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACg < 6:884645/139‑1 (MQ=255)
gCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑GATTTGGGTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGa > 1:732145/1‑140 (MQ=255)
cGGTGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCAGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGAt < 6:621181/140‑1 (MQ=255)
ggggCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTAAGATAAAGATAAGGCCACATTGCCGATGATAAAATTAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCGGACGATc > 1:872830/1‑140 (MQ=255)
ggggCGAGTCGCGGGGTGTAATGGGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTTTTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTTGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATc > 4:103349/1‑140 (MQ=255)
cGAGTCGCGTGGTGTTATGCGTATGTGTATG‑TATTTTGTTATTTTTAAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTTGCCGATTGGTTTGCCGGTTCTTTTAAGATTAGCCAGGACGATCACtt > 1:679291/1‑140 (MQ=255)
gAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACt < 7:93841/138‑1 (MQ=255)
cgTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTc < 5:758762/140‑1 (MQ=255)
|
GGTAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTG‑TATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTC > NZ_CP022686/4764740‑4765014
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
