Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F35 I0 R1
|
157 |
6985.9 |
8006972 |
98.3% |
7870853 |
134.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,764,877 |
T→G |
16.9% |
intergenic (‑57/‑204) |
ycfT ← / → lolC |
acyltransferase family protein/lipoprotein‑releasing ABC transporter permease subunit LolC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,764,877 | 0 | T | G | 16.9%
| 224.8
/ 15.1
| 166 | intergenic (‑57/‑204) | ycfT/lolC | acyltransferase family protein/lipoprotein‑releasing ABC transporter permease subunit LolC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (66/68); new base G (27/5); total (93/73) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.89e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
TAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCA > NZ_CP022686/4764742‑4765015
|
aTGACCGAGTGATAAATCACGACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTGAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGGTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑gtggtg < 2:646167/138‑1 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑gtggtg < 7:316371/138‑1 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGgtgtt > 7:726035/1‑139 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTa < 8:42460/140‑1 (MQ=255)
gACCGAGTGATAAATCACCACCAGACACATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTa < 1:272580/138‑1 (MQ=255)
gACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTTATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTGCCTCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTa < 2:721595/138‑1 (MQ=255)
gACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑gtggtggt > 2:1027158/1‑136 (MQ=255)
gACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTa > 1:297093/1‑138 (MQ=255)
gACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGAGCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGgggtt > 2:67773/1‑137 (MQ=255)
gACCGAGTGATAAATCACCAACAGAAAAATACATAACCCTTTGATCTGTTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCATGACAAAACGCTCTTTTTATTTAACATGCGTTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGTTGTAAt < 8:746173/140‑1 (MQ=255)
ccGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTTATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAAt < 3:242112/138‑1 (MQ=255)
aGTGATAAATCTCCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTa < 7:774228/140‑1 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGt < 6:512751/138‑1 (MQ=255)
tGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACACCACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGCGTCGC‑GGGGTGTATTggggt > 5:761974/1‑134 (MQ=255)
tGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTATTGCGtt > 1:292508/1‑137 (MQ=255)
tGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTa > 6:261840/1‑138 (MQ=255)
tGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCGTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACTTGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGGTGTaagggag > 3:685756/1‑133 (MQ=255)
tAAATCCCCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTAtct < 4:704448/138‑1 (MQ=255)
tAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTAtct < 2:922584/138‑1 (MQ=255)
aaaaTCACCACCAGACAAAAACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATATAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTAtct < 2:414196/137‑1 (MQ=255)
ccaccaGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACCCGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGGGTGtatggctggttt > 8:287850/1‑136 (MQ=255)
caccaGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTGTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGTCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCCTATCTGGCTGTAt > 2:85435/1‑138 (MQ=255)
accaGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTAtt > 1:675073/1‑138 (MQ=255)
accaGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATATGGCTGTAtt > 6:359609/1‑138 (MQ=255)
gACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGGGTTATGCGTATCTGTCTGTTTTTg‑gg > 1:199045/1‑137 (MQ=255)
gACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTATTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATAGGTCTGTAttttggta > 7:691410/1‑135 (MQ=255)
gACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCGTTTTGTGTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTACCATGCGGGTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGGGGATCTGTGTGTATTTg‑ggtt > 7:357059/1‑137 (MQ=255)
aaaTACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTTTCTGTATTTG‑GTTAt > 1:555304/1‑138 (MQ=255)
tACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTAtttt < 2:152007/138‑1 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGa < 3:807506/138‑1 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGa < 4:968589/138‑1 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGa < 1:763410/138‑1 (MQ=255)
cccTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATTCGTATCTGTATGTATTTT‑GTTATTTTTAAGATa > 5:607051/1‑138 (MQ=255)
cccTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAAAGCGTATAAGTATGTTTTTG‑GTTATTTTTAAtata > 5:647412/1‑138 (MQ=255)
cccTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGGGTTATTCGTTTGTGTCGGTATTTT‑GTTATTTTTAAGAtt > 1:51499/1‑137 (MQ=255)
cccTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGTAATGCGTATATGGATGGATTTG‑GTTATTTTTAAGATtaa > 8:620780/1‑140 (MQ=255)
cccTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAAAATGAGGTTGATCCTGAGTGGCGAGTCGC‑GTGGTTTTAAGAGTATCTGTCTGTATTTT‑GTTATTTTTCAtata > 5:319204/1‑138 (MQ=255)
cTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACAAGCTCTTTATATTTAACATGAGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGGATAAAGCGTCTCTGTCAGGATTTGTGTTA‑TTTTCAGTTaaata > 8:53977/1‑138 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAg < 1:207082/138‑1 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTT‑GTTATTTTTGAGATAAATATCa > 8:41334/1‑140 (MQ=255)
gATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATTCGTATCAGTCTGTATTTT‑GTTTTTTTTGAGATAAAGAta > 5:983525/1‑137 (MQ=255)
gATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATTCGTATATGTGATTATTTG‑GTTATTTTTAAGATAAAAAta > 3:127291/1‑137 (MQ=255)
aTCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTTATGGGTATGTGTCTGTATTTT‑GTTATTTTTAAGAAAAAGAtaa > 5:664077/1‑136 (MQ=255)
aTCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGGGTTAAGCGTATCTGTGGGTATTTG‑GTTATTTTTAAGATAAAGAACa > 2:601349/1‑138 (MQ=255)
ttAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGATAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGGGTAATTCGTATCAGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTGATATTAAGATCAGGcccc > 6:428927/1‑136 (MQ=255)
ttAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTTATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTTTTTTTAATATAAATATCAGGcccc > 1:105463/1‑136 (MQ=255)
ttAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGTTATGCGTATATGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTAAGATAAATATCAGGCcac > 2:982066/1‑138 (MQ=255)
ttAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGGGTTATGGGTATCTTTGTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAATATAAGGCcaa > 3:554218/1‑137 (MQ=255)
ttAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCCGGGCGAGTCGC‑GGGGTGTAATGCGTATCTCTATGTAATTG‑GTTATTTTTAAGATAAAGATCACGcccc > 4:1006116/1‑136 (MQ=255)
ccATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGc < 4:430403/138‑1 (MQ=255)
ccATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGc < 5:786075/138‑1 (MQ=255)
ccATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGc < 2:297093/138‑1 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGGATATGTATGTTTTTG‑GTTATTTTTCAGATTAATATAAGGCCACATTGCCgatga > 8:199112/1‑140 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGTAATGCGTATCTTTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCgatga > 8:318193/1‑140 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGTAATGCGTATCTTTATTTATTTT‑GTTTTTTTTAATATAAATATCAGGCCCCATGGCCgatgt > 8:203724/1‑139 (MQ=255)
gCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTGTGTATTTG‑GTTATTTTTAAGATAAAGATCAGGCCACATTGCCgatgat > 7:278659/1‑140 (MQ=255)
ctctTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTGAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCgatga > 4:838211/1‑138 (MQ=255)
ctctTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAAAATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTTATGCGTATCTGTATGTTTTTG‑GTTTTTTTTAAGATAAAGATCAGGCCACCTGGGCgatgg > 6:615044/1‑137 (MQ=255)
tttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGAGAGTCGC‑GTTGTGTTATTGGTATATGGGTGTATTTT‑TTTTTTTTTCAGATAAATATAAAGCCACATTGCCGAAGTTaaaa > 6:952112/1‑138 (MQ=255)
tttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATACTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTTTAATGCGTATATGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTAACATAAATATAAGGCCACAAGGCCCATGATaaaaat > 7:299263/1‑138 (MQ=255)
tttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACAAGCGGATGATCCAGCGGGGCGAGTCGC‑GTCTTGTTAAGCGTATAATTCTGGATTTG‑GGTTTTTTTCAGATAAATATAATCCCAAAAGGCCGATGATaaaa > 6:225895/1‑138 (MQ=255)
tttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAAAATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGTTTTTGGTATCTTTCTGTTTTTT‑GTTATTTTTAATATAAAGATAAGGCCCCATTGCCGATGATtaaa > 5:546562/1‑138 (MQ=255)
taggttCATAAGGACAACCCGCTCTTTATATTTAACATGCGGTTGATCCAGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GATATTTTTCAGATAAAGCTCAGGCCACATGGCCGATGATAAAAt < 3:349195/134‑1 (MQ=255)
gTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGa < 4:35744/138‑1 (MQ=255)
caGGACAACACGCTCTTTTTATTTACCATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTa < 8:138053/140‑1 (MQ=255)
cacGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCgattg > 8:702706/1‑140 (MQ=255)
ccGCTCTTTTTATTTCACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCgatt < 2:688602/137‑1 (MQ=255)
cGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGTAATGCGTATATGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTAAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCgattt > 2:1019634/1‑137 (MQ=255)
ctTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGT‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGAGCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGc < 7:137926/140‑1 (MQ=255)
tttttATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTTTTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGAtttt > 4:118739/1‑137 (MQ=255)
tttttATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATATGTCTGTATTTT‑GTTATTTTTAATATAAATATCAGGCCACAAGGCCGATGATAAAATTATGCACTTTATCCGATTGAtttt > 3:545323/1‑137 (MQ=255)
tttttATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GGGGTGTAATGAGTATCTGTCGGTATTTT‑GTTATTTTTAAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCCATGAAAAAATTACGCCCTATATCCGAGTTAtttt > 4:346645/1‑137 (MQ=255)
tttatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGcc < 1:1009507/138‑1 (MQ=255)
tatttcACATGCGGGTGATCCTGCGGGGCGAGGCGC‑GGGGTGAAATGCGTATCTGTCTGAATTTG‑GTTATTTATCAGATAAAGATCCGGCCACATCGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCgg < 4:870341/138‑1 (MQ=255)
tatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCgg < 6:174955/138‑1 (MQ=255)
tatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCgg < 1:891975/138‑1 (MQ=255)
aTGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCAACATGGCCGAAGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGGCGGTACttttg > 4:558361/1‑137 (MQ=255)
aTGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGGATCTGTGTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAACATAAGGCCCCATGGGCGATGATAAAATTAGGCACCTTAGCCGATATATTTGCCCGTACtttta > 6:662781/1‑137 (MQ=255)
gCGGTTGCTCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAg < 5:662781/138‑1 (MQ=255)
gCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAg < 2:542513/138‑1 (MQ=255)
ggTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATTCGTATCTGTTTGTATTTT‑GTTATTTTTCAGATAAATATCAGGCCAAATGGCCGAAGAAAAAAAGACGCACTTTTGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTGAGAt > 3:605011/1‑138 (MQ=255)
tGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCAGATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAg < 1:944688/138‑1 (MQ=255)
tCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGGGTAATGCGTATCTTTGTGTATTTG‑GTTTTTTTTAAGATAAAGCTAAGGCCACATGGCCGAGGATAAAATGAGGCACTTTATCCGATTGATTTGCCGGGACGTTTCAGATTAGccc > 4:325892/1‑138 (MQ=255)
ccTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCt < 4:336329/138‑1 (MQ=255)
ccTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCt < 2:199045/138‑1 (MQ=255)
ccTGCGGGGCGAGTAGA‑GTGGTTTAATGCTTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTATAAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCt < 1:737079/138‑1 (MQ=255)
ccTGCGGGGAGAGTCGC‑GGGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTT‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAAAGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGa < 7:247630/140‑1 (MQ=255)
tGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGa < 1:434882/138‑1 (MQ=255)
gCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTGTGTATTTG‑GTTATTTTTAAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATTATAAAATTATGCACTTTAGCCGAGTGATTTGCCGGTACGTTTAAGATTAGCCCTGAc > 6:697737/1‑138 (MQ=255)
cGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACGTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACg > 4:762532/1‑138 (MQ=255)
ggCGAGTCGC‑GGGGTGTAATTCGTATATGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTGAGATAAAGATAAGGCCACATGGCCGATTATAAAAAGAGGCACTTTAGCCGAATGATTTGCCGGTACTTTTAAGATTATCCCATACGAta > 2:270078/1‑137 (MQ=255)
gAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACt < 1:1018831/138‑1 (MQ=255)
gAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACt < 5:261840/138‑1 (MQ=255)
gAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACt < 5:220970/138‑1 (MQ=255)
gAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACt < 4:513493/138‑1 (MQ=255)
gAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGGATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGCTCAGGCCTCATGGCCGATGATTAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 8:691410/140‑1 (MQ=255)
gAGTCGC‑GTGGTGTAATGAGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATATAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGGACTTTTCAGATTAGCCCTGACGCTCACTTa < 8:898802/140‑1 (MQ=255)
aGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACg > 4:983362/1‑131 (MQ=255)
aGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACg < 3:983362/131‑1 (MQ=255)
gtggtgTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCa < 7:367392/140‑1 (MQ=255)
|
TAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGC‑GTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTG‑GTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCA > NZ_CP022686/4764742‑4765015
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
