Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F2 I0 R1
|
233 |
6461.8 |
9239822 |
98.3% |
9082745 |
135.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,764,877 |
T→G |
14.5% |
intergenic (‑57/‑204) |
ycfT ← / → lolC |
acyltransferase family protein/lipoprotein‑releasing ABC transporter permease subunit LolC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,764,877 | 0 | T | G | 14.5%
| 224.6
/ 14.7
| 163 | intergenic (‑57/‑204) | ycfT/lolC | acyltransferase family protein/lipoprotein‑releasing ABC transporter permease subunit LolC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (65/71); new base G (25/2); total (90/73) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.69e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
TAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCA > NZ_CP022686/4764742‑4765015
|
tAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCTATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCTGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCgttg < 5:452184/138‑3 (MQ=255)
tAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCgtgg < 6:778614/138‑1 (MQ=255)
tAAAGACCGAGTGCAAAATCACAACCACACCAATACATAACCCTTTGCTCTTGTTAATCCATAGGTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCgtgg < 6:109023/138‑1 (MQ=255)
aTGACCGAGTGAAAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTa > 4:289293/1‑140 (MQ=255)
tacagAGTGATAAATCACCACCTGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGGTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGAGGTTGATCCTGCGGGGGGAGTCGCGTGGTGTAAt < 8:630071/136‑1 (MQ=255)
taCCGAGTTATAAATCACCACCAGACAATTACATAACACTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACAAGCGTTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCgtggttttat < 2:303703/139‑6 (MQ=255)
gACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCAGGGCGAGTCGCGTGGTGTa < 5:314376/138‑1 (MQ=255)
gAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGTGCGAGTCGCGTGgtgtttagcgg > 7:588617/1‑133 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGGAAAGCGtt > 1:287490/1‑139 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGGAATGGGtt > 2:371952/1‑139 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGCTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGGGTAATGAGtt > 3:1025056/1‑139 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAt < 3:51834/140‑1 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAt < 3:982630/140‑1 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAt < 3:153314/140‑1 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAt < 1:1053579/140‑1 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAt < 1:1072562/140‑1 (MQ=255)
tGATAAATCACCACCAGACAAATACATACCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGGAATGCGtt > 6:524046/1‑137 (MQ=255)
tGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTa > 6:688242/1‑138 (MQ=255)
cgATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTATGATCTGGGTACTCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAtc < 7:354074/139‑1 (MQ=255)
tAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTTGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAtctgt < 3:1025534/140‑1 (MQ=255)
tAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAtctgt < 1:750321/140‑1 (MQ=255)
accaccAGACAAATACATAACCCTTTGCTCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACCCGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGACGCGTGCGGAATAGCGTAACTGTCTGTAt > 2:837663/1‑140 (MQ=255)
ccaccaGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGGGTATGAGTCTGTAtt > 8:267687/1‑140 (MQ=255)
caccaGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTAt > 6:450504/1‑138 (MQ=255)
accaGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGCGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTATGTAtt > 6:1064480/1‑138 (MQ=255)
aCAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGGAATGCGTATCTGTCTGTATTTTGTTAt > 1:445361/1‑140 (MQ=255)
aTACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTAATGCGTTTCTGTCAGTATTTTTTTAttttt > 2:30082/1‑140 (MQ=255)
tAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGAt < 1:42638/140‑1 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTTATGCGTATCTTTATGTATTTGGTTATTTTTCAtata > 7:288408/1‑140 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATGTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATa > 2:749882/1‑140 (MQ=255)
cccTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATTCGTATCTGTGTGTATTTGGTTATTTTTCAGATaaa > 3:782610/1‑140 (MQ=255)
cccTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTTTTTGGTTATTTTTAAtata > 6:213787/1‑138 (MQ=255)
cccTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGGTATGCGTATCTTTCTGTATTTGGTTTTTTTTAAGATaaa > 1:376564/1‑140 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTACCATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTAATGCGGATGAGGGTGTATTTGGTTATTTTTAAGATtaaaaa > 3:819567/1‑137 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGGAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTGAGATAAAGAt > 4:355024/1‑140 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTAAGATAAAGaa > 3:598299/1‑139 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCGCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTAGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGAt < 7:552590/140‑1 (MQ=255)
attGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCAAAAGTACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCTGTTGATCCTGCGGTGCGAGTCGCCTGGTGTTATACGATTCTGTCTGTAATTGGTTATTTTTAAGATAAAGAt > 3:826424/2‑140 (MQ=255)
tgctCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAAAATGCGGTTGATCGTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGGGTATCTGGGTTTATTTGGTTATTTTTCATATAAAGaaaa > 2:332262/4‑137 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCCTCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAAGTCGTATCGGTATGTATTTTGGTATTTTTCAACTAAAGATCa > 4:73440/1‑140 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATATGTCTGTATTTGGTTATTTTTCATATAAAGATCa > 7:697058/1‑140 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGGTAGTCGTATCTGTGTGGTTTTGGTTATTTTTAAGATAAAGAt > 5:1101369/1‑138 (MQ=255)
aTCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACTCGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTTGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAgg < 4:1104215/140‑1 (MQ=255)
aTCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATTCGTATCGGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCa > 6:219786/1‑138 (MQ=255)
aTCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCa > 6:943752/1‑138 (MQ=255)
aTCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCAATTTTTATTTAACATGAGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGTTGTAATGCGTATCGGTATGTATTTGTTTTTTTTtaagattaagataa > 6:634106/1‑136 (MQ=255)
tgTTAATCCATAGCTCTTTTTTTTTCAACAGGACAACACGCTCTATTTATTTAACATGCGCTTGCGCCTGCGGGGAGAGTCGCGGGGTGTAATGAGTATATAAATGAATTTGTATATATTTCACAAAAAGATCCAGCcac > 8:434745/2‑140 (MQ=255)
ggTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATGTGTGTGTATTTGGTTATTTTTAAGATAAATATAAAGcccc > 8:691986/1‑138 (MQ=255)
gTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCcaca < 2:465871/140‑1 (MQ=255)
gTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGGAATTCGTGTGTTTCTGGATTTGGTTTTTTTTCATATAAATATAAGGCcaca > 7:1029384/1‑140 (MQ=255)
gTTAATACATAGCTCTTTTTTTTTCATCAGGACAACACGCTCGTTTTATTTAAAATGCTGTTGATCCTGCGAGGCGAGTCGCGGGTTGTAAATCGTATATTTCTGTTTTTTGTTATTTTTCAAATAAAGATCacgacc > 6:453332/1‑133 (MQ=255)
aTCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGc < 1:119955/140‑1 (MQ=255)
ccATATCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGGAGATCCTGCGGGTCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGc < 5:226292/138‑1 (MQ=255)
cATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTTATTCGTTTCTGTGTGTATTTTGTTATTTTTTAGATAAAAATCAGGCCACATGGcc > 5:480884/1‑138 (MQ=255)
tAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATTCGGATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTGATAATAAGATCAGGCCACATAGCCga > 5:977134/1‑138 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTTACATTCGTGTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTTTTGGGTTTATGTTTGTTTTTTTTTATTTTTTTGATAAATATAAGGCCACATGGCCgatgt > 3:278282/1‑139 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGGCTGTATTTTGTTATTTTTAAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCgatga > 8:102982/1‑140 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGAAAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGATGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCgat < 5:998858/138‑1 (MQ=255)
ctctTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAAGATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTTTTTTGTTATTTTTAATATAAATATCAGGCCACATGGCCgctaa > 6:405830/1‑134 (MQ=255)
ctatttatGTTGCATGAGGACATCACGATCTTTTTATTTAAAATGCGGTGGATCAGGAGGGGAGAGTCTCGTTGTTTAATGCTGATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAACGATATGGCCAATTGGCATATGATa < 4:453174/137‑1 (MQ=255)
tttttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTTTATTTGTTTTTTTTTAAGATTAAGAACAGGCCACATGGCCGATTATaaaa > 7:775434/1‑140 (MQ=255)
tttttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTAAGATAAATATCAAGCCACATGGCCGATGATaaaa > 2:962771/1‑140 (MQ=255)
ttttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGAGTTTCTGTGTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAAt > 4:835335/1‑140 (MQ=255)
tttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATg > 1:822252/1‑140 (MQ=255)
ttCATCAGTACAACACGCTCTTTTTATTTAAAATGCGGTTGATACTGCGTGGAGAGTCGAGTTGTGTAATGCGTATCTTTCTGTAGTTTGTTATTTTTCAACTAAATATCAGTCAACATGGCCGAAGATAAAATGAGGCa > 8:953331/1‑140 (MQ=255)
ttCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGAGAGTCGCGTGGTGTAATGCGGATATCTCTGTATTTGGTTATTTTTCATATAAATATAATGCCACAAGGCCGAAGATaaaagtatgcc > 8:948320/1‑133 (MQ=255)
atcaGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTTTCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACtt > 8:164578/1‑140 (MQ=255)
ggACAACCCGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGc < 4:392104/140‑1 (MQ=255)
caacaCGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGcc < 5:943752/138‑1 (MQ=255)
cacGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTAAGATAAAGATAAGGCCACAAGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTATCCgattt > 4:956564/1‑139 (MQ=255)
acGCTCTTTTTATTTAACCTGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCgatt < 6:116011/138‑1 (MQ=255)
tttatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCgg < 4:500618/140‑1 (MQ=255)
tatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTa < 8:383142/140‑1 (MQ=255)
tatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTa < 7:841669/140‑1 (MQ=255)
cccATGGGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGGAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACtttt < 8:728610/138‑1 (MQ=255)
aaCATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGTCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACtttt < 1:1074241/140‑1 (MQ=255)
aaCATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGCCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACtttt < 1:182239/140‑1 (MQ=255)
aCATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTTATGCGTATCTGTGTGTATTTGGGTATTTTTAAGATAAATATAAGGCCACATGGGCGATGATAAAATGAGGCACTTTTGCCGATTGATTTTCCGGTTCtttta > 1:682606/1‑139 (MQ=255)
aCATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCATATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACtttta > 3:49493/1‑139 (MQ=255)
aCATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATAAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGAACTTTAGACGATTGATTTGGAGGTACtttta > 8:885935/1‑139 (MQ=255)
gCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAg < 5:419569/138‑1 (MQ=255)
gCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGAt < 4:1168122/140‑1 (MQ=255)
gCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGAt < 2:546519/140‑1 (MQ=255)
gCGGGTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGAt < 4:791727/140‑1 (MQ=255)
ttGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATATGTGTGTATTTGGGTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGAAAAAATTAGGCACTTTAGACGATTGATTTGGCGCTACGTTTAAGAATa > 6:361503/1‑138 (MQ=255)
tGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTTTTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGcc < 1:1124588/140‑1 (MQ=255)
gATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTTGTTATTTTTGAGATAAATATAAAGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTATCCGCTTGATTTTCCGGTACTTTTAAGATTAGccc > 4:184681/1‑140 (MQ=255)
ccTGCGGGGCGAGGCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGa < 4:1166658/140‑1 (MQ=255)
tGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGa < 6:480884/138‑1 (MQ=255)
gCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGa < 1:411075/140‑1 (MQ=255)
cGGGGCGAGTCGCGTGCTGTAATGCGTATCTGTCTGTAGTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGACACATGGCCGATGATAAAATGAGTCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGAt < 1:892252/140‑1 (MQ=255)
ggggCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATGTGTCTGTATTTTGTTATTTTTAAGATAAACATCAGGCCACATGTCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTTCCGGTAATTTTAAGATTAGACAGGACGa > 6:617279/1‑138 (MQ=255)
ggggCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATc < 1:907092/140‑1 (MQ=255)
ggggCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCGGGCTGTATTTGGTTATTTTTCAGAAAAAGATCAGGCCAGATGGCAGATGATAAAATGAGGCACTTTAGACGATTGATTTGCCGGTTCTTTTCAGATTAGCCCTGACGa < 6:873205/138‑1 (MQ=255)
cGAGTCGCGTGGTGTAATGCGGATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGGACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACtt > 4:1083781/1‑140 (MQ=255)
gAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCTCTTGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 7:743628/140‑1 (MQ=255)
gAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACt < 5:965074/138‑1 (MQ=255)
gTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACa > 4:856015/1‑140 (MQ=255)
gtggtgTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCa < 1:962771/140‑1 (MQ=255)
gtggtgTAATGAGGATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCa < 7:448374/140‑1 (MQ=255)
|
TAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCA > NZ_CP022686/4764742‑4765015
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
