Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F2 I0 R1
|
122 |
5985.5 |
7364544 |
98.3% |
7239346 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,764,877 |
T→G |
24.0% |
intergenic (‑57/‑204) |
ycfT ← / → lolC |
acyltransferase family protein/lipoprotein‑releasing ABC transporter permease subunit LolC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,764,877 | 0 | T | G | 24.0%
| 147.3
/ 23.4
| 132 | intergenic (‑57/‑204) | ycfT/lolC | acyltransferase family protein/lipoprotein‑releasing ABC transporter permease subunit LolC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/51); new base G (28/6); total (74/58) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.16e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
AGGTAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCA > NZ_CP022686/4764739‑4765015
|
tAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCgtggtg < 1:341913/140‑1 (MQ=255)
tAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTATCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCgtggtg < 3:230809/140‑1 (MQ=255)
tAATGAACGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCgtggtg < 2:739403/140‑1 (MQ=255)
aTGCCCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCATGCGGGGCGAGTCGCGGGgtgtt > 1:693061/1‑139 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCgtggtg < 5:866951/138‑1 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGgtgtt > 3:291037/1‑139 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTa > 2:250053/1‑140 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTa < 1:250053/140‑1 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGAGCCTGCGGGGAGAGTCGCgtggggga > 2:348862/1‑136 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTGTTTGTTTCATCAGGACAAGACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGCGTCGGGTGgtgtt > 8:687046/1‑139 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTa < 3:185626/140‑1 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGGGTAATGCgga > 2:540173/1‑138 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTATTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTAATGCGtt > 3:568491/1‑139 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAt < 4:161290/140‑1 (MQ=255)
tGATAAATCACCACCAGACAACTACATAACCCGTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTATTATTTAACATGCGGGTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTAATGCGtt > 6:270658/1‑137 (MQ=255)
tAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAtctgt < 3:133926/140‑1 (MQ=255)
tAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCGGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAtctgt < 3:807841/140‑1 (MQ=255)
accaccAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTAt > 2:115715/1‑140 (MQ=255)
ccaccaGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTAtt > 8:196727/1‑140 (MQ=255)
ccaccaGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATTCGTATCTGTCTGTAtt > 7:422814/1‑140 (MQ=255)
ccaccaGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCACTTTTTATTTAACATGCGGATGATCCAGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGGAATGCGGATCTGTCTGTAtt > 7:608300/1‑140 (MQ=255)
aCAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATTCGTATCTGTCTGTATTTGGTTAt > 1:848415/1‑140 (MQ=255)
aCAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTAt > 1:766696/1‑140 (MQ=255)
aaTACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCTTAGCCCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTCTACCTGCGGGGCGAGTGGCGGGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGG‑TAttttt < 8:268829/140‑1 (MQ=255)
tccATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTATTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATCTGGCTGTATTTGGTTATTTTTc < 4:834507/138‑1 (MQ=255)
aaCATAACCCTTTTATCTGGTTAATACATAGCTAATTTTGTTTCATCAGGACCACCAGCGCTTTTTATTTAACATGCGTTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGAGTATCTGTCTTTATTTGGTTATTTTTc < 4:472362/139‑1 (MQ=255)
tAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGAt < 7:19613/140‑1 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGa < 5:409522/138‑1 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATa < 4:820315/140‑1 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGGTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGGAATGGGTATCTGTGTGTATATTGTTTTTTTTAAGAtt > 1:600370/1‑139 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGATGATCCTGCGGGGCGAGTCGAGGGGGGTAAAGCGTTTCTGTGTCATTTAGGTTATTTTAGAGATa > 4:139751/1‑140 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGAGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGTGTGTAATTGGTATCTGTATGTATTTGTTTATTTTTAAAATa > 7:568676/1‑140 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCAATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTTTCTGTATTTGGTTATTTTTAAtata > 8:118244/1‑140 (MQ=255)
cTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGGAATGCGTATCTGTCTGTTTTTGGTTATTTTTCAGATaaa > 5:541041/1‑138 (MQ=255)
cTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGGAATGCGTATCTGGGAGGATTTGGTTATTTTTCAGATaaa > 5:172965/1‑138 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGAt < 1:320470/140‑1 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATGAGTCTGTATTTGGTTATTTTTAATATAAAGaa > 4:601233/1‑139 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGGGTAATGAGTAACTGTCTGTATTTTGTTATTTTTAAGAaaaataa > 8:760660/1‑137 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCAATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCACTATTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTTATACGGATCTGTGTGAATTTGGTTATTTTTCAGATAAAAAt > 3:595334/1‑140 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGTGCGAGTCGCGTGGTTGAATTCGTATCTGTCTTTATTTGGGTATTTTTAATATAAAGAt > 6:598451/1‑138 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCGCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGAt < 5:755192/138‑1 (MQ=255)
gATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACACCACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGGGTTAAGCGGATGTGTATTTTTTTGGTTATTTTTAAGATTAAAAta > 5:134374/1‑137 (MQ=255)
tGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATATGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAATATAAGGCca > 1:335927/1‑140 (MQ=255)
ggTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATTCGTATCTGTATGTATTTGGTTATTTTTAAGATAAAGATAAGGCcac > 3:435117/1‑140 (MQ=255)
ggTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGGAATGCGTATCTGTCGGTATTTGGTTATTTTTAAGATAAAGAACAGGCcac > 2:747533/1‑140 (MQ=255)
ggTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGGAATGCGGATCTGTCTGTTTTTGGTTATTTTTAAGATAAAGATCAGGcccc > 1:499723/1‑138 (MQ=255)
ggTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGGTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTAATGAGGATGGGGCTGTTTTTTGTTATTTTTCAGAAAAAGATCACGcccc > 8:418347/1‑138 (MQ=255)
ggtAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCcaca < 3:295208/138‑1 (MQ=255)
gTTAATCCATATAGCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTATTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCTCGTGGTGTAATGCTTATCTTTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCca < 6:337278/138‑1 (MQ=255)
gTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACCACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGAGCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGGGGAATGCGGATCAGGCTGGTTTTGGTTATTTTTCTGATAAATATCAGGCcacc > 1:901228/1‑139 (MQ=255)
gTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTTATGCGTTTGTGTATGTTTTTGGTTATTTTTAAGATAAAGATAAGGCcacc > 2:588055/1‑139 (MQ=255)
tAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGGGTGGATTTTGTTATTTTTGAGATAAAGATAATGAcaca > 6:709753/1‑138 (MQ=255)
tAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTAATGCGTATGTGTCTGTATTTTGTTATTTTTAAGATAAAGATCAGGCcaca > 6:879516/1‑138 (MQ=255)
tAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGGAATGCGTATATGTGTGGTTTTGGGTATTTTTAAGAGAAAGATAACGCccca > 6:21574/1‑138 (MQ=255)
aTCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGTCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGc < 8:816649/140‑1 (MQ=255)
tCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTAATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGGTAAGCGTATCTGTCGGTATTTGGTGATTTTTGAGATAAATATAAGGCCACATGGcc > 3:914335/1‑140 (MQ=255)
ccATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCg < 1:465763/140‑1 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCTGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCgat < 6:328865/138‑1 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTGTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGGTATTCGTTTCTTTGTGTAGTTGTGTATTTTTATAAAAAAGATCAGCACCCAAGGGCgatga > 7:148387/1‑140 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGAAAACACGCTATTTTTATTTAACATGCGGATGATCCTGCGGGGCGAGACGCGGTGTGTTATGAGTATCGATCCGTTGTTTGGTATTTTTAATATAAACATCAAGACACAAggaccaagg > 4:628187/1‑133 (MQ=255)
ctctTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCTCGTGGTGTAATGCGTTTCTGTGTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCCTGGCACATGGACgattt > 6:472963/1‑136 (MQ=255)
ctctTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTTTATGTATGAATTTGGTTATTTTTAAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCgatga > 5:739505/1‑138 (MQ=255)
tttttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGGTATTTTTAACATAAATATCAGGCCACATTGCCGAAGATaaaa > 2:34264/1‑140 (MQ=255)
ttGTGTCATCAGGACAACACGCTCTGTTTCTTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGTTTAATTTTCAGATTAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGa < 1:827488/140‑1 (MQ=255)
tGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTATGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAATATAAGGCCACATGGCCGATGATAAAAtt > 6:59708/1‑137 (MQ=255)
gTTTCATCAGGACCCCACGCTCTTTTTATTTCACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCCGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAgg < 2:399405/140‑1 (MQ=255)
gTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGa < 5:349429/138‑1 (MQ=255)
cacGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTGTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCgattg > 1:428146/1‑140 (MQ=255)
acGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCgattga < 4:105883/140‑1 (MQ=255)
tctTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATATGTCTGTATTTGGTTTTTTTTAAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGAtttt > 7:394283/1‑139 (MQ=255)
tctTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGGGTTATTCGTTTCTGGGTTTTTTTGGTTATTTTTAAGATAAATATCACGGCAAATTGCCGATGTTAAAATTAGGCGCTATATACGATTGATTTg > 7:793737/1‑140 (MQ=255)
tatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAACGATCAGGCCACAGGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTa < 1:673649/140‑1 (MQ=255)
taACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGGGTTATGCGGATCTGGGTGTATTTTGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACttt > 8:395944/1‑140 (MQ=255)
aaCATGCGGTTGATCCTGCGTGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACtt < 6:292172/138‑1 (MQ=255)
aaCATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACtt < 6:292169/138‑1 (MQ=255)
aCATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTTGTTTTTTTTCAGATAAAGATCAGGCCCCATGGCCGATGATAAAATGAGGCAATTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACtttta > 3:390567/1‑139 (MQ=255)
aCATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATTCGTATCTGTATGTATTTGGTTATTTTTGAGATAAAGATAAGGCCACATGGCCGATGATAAAATTAGGCACGTTAGACCATTGATTTGCCGGTaaatt > 5:612583/1‑134 (MQ=255)
gCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGAt < 7:523948/140‑1 (MQ=255)
gCGGGTTATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTTTAATGCGTATCTGTCTGTAGTTGGTTAATTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGAt < 8:223860/140‑1 (MQ=255)
tGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGcc < 7:196727/140‑1 (MQ=255)
tGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGcc < 8:710279/140‑1 (MQ=255)
aTCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCGGTCGTTATTTTGTTTTTTTTCAGCTAAAGTTCAGGCCACATTGCCGATGATAAAATTAGGCACTTTAGCCGATTGATTTTGCGGGACTTTTAATATTTGcccg > 2:362794/1‑139 (MQ=255)
ccTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTTATGCGTATCTGGCTGTATTTGGTTTATTTTCAGATAAAGATAAGGCCACCTGGCCGATGATTAAATTAGGCACGTTTGCCGCTTGATTTGCCGGTACATTTCAGATTAGACCCGa > 8:161884/1‑140 (MQ=255)
ccTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGa < 2:829906/140‑1 (MQ=255)
ccTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGa < 2:342001/140‑1 (MQ=255)
ccTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCt < 5:695032/138‑1 (MQ=255)
tGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACg < 1:882504/140‑1 (MQ=255)
tGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACg < 3:355192/140‑1 (MQ=255)
tGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACg < 1:632798/140‑1 (MQ=255)
tGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACg < 4:653794/140‑1 (MQ=255)
tGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGGTATTTTTCAGATAAAGAGCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGa < 5:174179/138‑1 (MQ=255)
cGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGAt < 4:468290/140‑1 (MQ=255)
gCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGGCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACt < 7:820118/140‑1 (MQ=255)
gCGAGTCGCGTGGTGTAAGGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCa < 6:720896/138‑1 (MQ=255)
cGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGAT‑AAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCACATTAGCCCTGACGATCACTTa < 2:848415/140‑1 (MQ=255)
gAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATACAGCTCAGGCCACATGGCCGATGATAAACTGAGGCTCTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 2:202270/140‑1 (MQ=255)
gAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 8:422814/140‑1 (MQ=255)
aGTCGCGTGGGGTAATGCGGATCTGGCTGTATTTGGGTATTTTTAAGAGAAAGATCAGGCCCCATGGCCGATGATAAAATGCGGCCCGTTAGCCGAATGATTTGCCGGGACGTGTCCGATTAGACCGGACGCACACtt > 6:839264/1‑138 (MQ=255)
gTCGCGTGGTGGAATGCGTATAAGTCTGTATTTGGTTATTTTTAAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCCCTTTAGCCGATTGATGTTCCGGTACTTTTCAGATTAGCACTGCCGATCACTTACa > 2:719062/1‑140 (MQ=255)
gtggtgTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCa < 1:265329/140‑1 (MQ=255)
|
AGGTAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCA > NZ_CP022686/4764739‑4765015
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
