Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F12 I0 R1
|
158 |
5737.7 |
7407908 |
98.3% |
7281973 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,764,877 |
T→G |
16.0% |
intergenic (‑57/‑204) |
ycfT ← / → lolC |
acyltransferase family protein/lipoprotein‑releasing ABC transporter permease subunit LolC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,764,877 | 0 | T | G | 16.0%
| 208.4
/ 11.7
| 136 | intergenic (‑57/‑204) | ycfT/lolC | acyltransferase family protein/lipoprotein‑releasing ABC transporter permease subunit LolC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/60); new base G (20/5); total (71/65) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.36e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
TAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCA > NZ_CP022686/4764742‑4765015
|
tAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATCACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCgtggtg < 2:773180/140‑1 (MQ=255)
tAATGACCGAGTGATAAATCACAACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCgtggtg < 1:157723/140‑1 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATACCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGgtgtt > 6:59756/1‑139 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGgtgtt > 1:100588/1‑139 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGgtgtt > 3:172569/1‑139 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTGGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTa < 1:350285/140‑1 (MQ=255)
aCCGAGTGAGAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATg < 5:647385/140‑1 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTa > 3:559498/1‑140 (MQ=255)
aGTGAGAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTGTGATCGGGTTAATCCATCGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTAGTTAACCTGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGGACTGCGtt > 3:246430/1‑139 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGt < 7:433349/138‑1 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGGGGAATGGGTAt > 3:623936/1‑140 (MQ=255)
tGATAAATCACCACCAGACAACTACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAtc < 5:456766/140‑1 (MQ=255)
tGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGCCAACACGCTCTTTTTATTTAAGAGGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGTGTGTAGTggggt > 7:203281/1‑134 (MQ=255)
tAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATTCGTAtctgt > 2:527044/1‑140 (MQ=255)
aataTCACCAACAGTCAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTATTGTTTCTTCAGGACAACACGCTCTTTTTTTTTTACATGCTGTTGATCCTGAGGGGCGTGTCGCGTTGTTTAATGCGGAtgt < 8:573782/135‑3 (MQ=255)
accaccAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCATGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTATGTCGTATGTGTGTGTAt > 4:492122/1‑140 (MQ=255)
ccaccaGACAAATACATAACCATTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTTCGGGGCGAGTCGCGGGGGTTATAGCGTATCTGGCTGTagt > 4:611603/1‑138 (MQ=255)
caccaGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTAttt > 4:589775/1‑140 (MQ=255)
caccaGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTAt > 8:532440/1‑138 (MQ=255)
aTACATAACCCTTTGATCTGGTTAATGCATAGATCTTTTTGTTTAATCAGGCCAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCATGAGGGGAGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTTTATTTGGTTAttttt < 5:519670/140‑1 (MQ=255)
aTACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTAttttt < 5:422276/140‑1 (MQ=255)
aTACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGGAATGCGGATCTGTCTGTATTTGGTTAttttt > 4:486248/1‑140 (MQ=255)
aTACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTAttt < 8:860990/138‑1 (MQ=255)
aTACATAACACTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGTCAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTAttttt < 4:843788/140‑1 (MQ=255)
tAAGCCTTTGATCTGCTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAg < 8:376696/138‑1 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACAGGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGGGTATCTGTGTGTATTTTGTTTTTTTTAAGATa > 3:864433/1‑140 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAt < 4:280278/112‑1 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAt > 3:280278/1‑112 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGGTa < 3:334489/140‑1 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTTATGCGGTTCATTCTGTAGTTGGTTATTTTTAAGATa > 4:647556/1‑140 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGa < 7:576750/138‑1 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGATGCTCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGAGTAATGGGTATCTGTCTGTATTTGTTTATATTTAAGATa > 2:101040/1‑140 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATACATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGTTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATa < 1:94524/140‑1 (MQ=255)
cccTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTTATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATaaa > 2:45217/1‑140 (MQ=255)
cccTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAtctgt > 4:97271/1‑114 (MQ=255)
cTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTTTTTGGTTTTTTTTCAGATaaa > 8:79980/1‑138 (MQ=255)
ttttATATGGTTAATCCATTGCTCTTTTTGTTTAATCAGGACATCACGCTCTTTTTATTTAAGATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTTTCTGTTTTTGGTTATTTTTCAGATAAAGAt < 2:427358/140‑1 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCa < 2:268254/140‑1 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTAATGGTTATCTGTGTTTATTTTGTTATTTTTCAGATAAatat > 7:805701/1‑138 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGGATCTGTCTGTATTTGGTTTTTTTTAAGATAAatat > 7:65703/1‑138 (MQ=255)
aTCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATATGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCa > 8:380856/1‑138 (MQ=255)
gTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCcaca < 1:622829/140‑1 (MQ=255)
gTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCcaca < 5:761507/140‑1 (MQ=255)
ttAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTTATGCGTATATGTATGTATTTGGTTATTTTTAAGATAAATATAAGGCcac > 7:684708/1‑138 (MQ=255)
tAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGGATTGCGTATCTGTATTGATTTGTTTTTTTTTCAGATAAAAATCAGGCcaca > 7:738813/1‑138 (MQ=255)
tCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGcc < 6:696475/140‑1 (MQ=255)
ccATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACCACACGATCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAAGGCGTATCTTTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATATATATCCGGCCACCTGGCCg < 6:289093/140‑1 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTTGTTATTTTTAAGATAAAGATCATGCCCCATTGCCgatga > 1:13407/1‑140 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCgatga < 2:897961/140‑1 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCgatga < 2:54817/140‑1 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTAAGATAAAGATCAGGCCCCATGGCCgatga > 6:176109/1‑140 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGAGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGGCTGTATTTTGTTTTTTTTGATATAAATATCAGGCGACCTGGCCgatta > 2:907273/1‑138 (MQ=255)
ctctTTTTGTTGCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGGTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTACTGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATa < 3:451119/140‑1 (MQ=255)
tttttGTTTCATCAGGACAACACGCGCTTTTTATTTAACATGCGGTGGATCCTGCGGGGCGAGGCGCGGGGTGTAATGCGGAGCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATaaaa < 4:710533/140‑1 (MQ=255)
tttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTTTTTGGTTATTTTTAAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATTATAAAAtt > 5:554945/1‑139 (MQ=255)
ttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGa < 4:31449/140‑1 (MQ=255)
ttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGa < 3:173243/140‑1 (MQ=255)
ttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGGTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGa < 5:25135/140‑1 (MQ=255)
ttGTTTCATCAGGACAACACGCGCTTTGTATTTCACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATGTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAAt < 7:863515/138‑1 (MQ=255)
tGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTAATGCGTATCTGTGTGTATTTGGTTATTTTTGAGATAAAGATCAGGCCACAATGCCGATGATAAAAtt > 7:801566/1‑137 (MQ=255)
gTTTCATCAGGACAACACTCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAgg < 2:856830/140‑1 (MQ=255)
tcatcaGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGGGTATATGTATGTATTTGGGTATTTTTAAGAAAAAGATAAGGCCACATGGCCGATGATAAAAAGAGGAAc > 6:220367/1‑140 (MQ=255)
caacaCGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGcc < 8:222856/138‑1 (MQ=255)
cacGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATATGTCTGTATTTGGGTATTTTTCATATAAAGATAAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACATTAGCCgattt > 5:563620/1‑139 (MQ=255)
cacGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGAGGGGCGAGTAGCGTGGTGGAATGCGTTTATTTCTGTATTTTGGTATTTTTCAGTTAAAGCTCAGGCCGCAAGGGCGAGGATAAATTGAGGGACTTTAGcagtgtg > 3:570848/1‑134 (MQ=255)
tctTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATAAGGCCCAATGGCCGATGATAAAATGAAGGACTTTAGCCGATAGAtttt > 6:495085/1‑139 (MQ=255)
tctTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTTATGCGTCTCTTTGTGTATTTGGGTATTTTTCAGAATAACAACACCCCACATAGCCGATGAAAAAAGGCGGCCAGTAAGACGAATGAtttt > 5:156767/1‑139 (MQ=255)
ctTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGc < 5:724369/140‑1 (MQ=255)
tttttATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTTTAATTCGGATCTGTCTGTTTTTGGTTATTTTTAAGATAAAGATAAGGCAAAAAGGCCGAAGAAAAAATGAGGAACTTTATACGATTGATTTg > 8:127344/1‑138 (MQ=255)
ttttATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGCGATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCg > 2:21659/1‑140 (MQ=255)
tttatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCgg < 5:248487/140‑1 (MQ=255)
ttatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGGAATGCGTATCTGTGTGTTTTTTGTTAATTTTCAGATAAAGATCAGGGCCCATGGCCGATGATAAAATGAGGGACATTAGCCGATTGATGTGGCggg > 4:414294/1‑139 (MQ=255)
tatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGTCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTa < 1:771181/140‑1 (MQ=255)
aaCATGCGGTGGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACtttt < 6:315305/140‑1 (MQ=255)
aCATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCGGTATTTGGGTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACttt > 8:129143/1‑138 (MQ=255)
ggTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCGGTATTTGGTTATTTTTAAGATAAATATCAGGCCCCATGGCCGATGATAAAATTAGGCACATTAGCCGATTGATTTTCCCGTACTTTTAAGATTa > 1:463886/1‑140 (MQ=255)
tGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGAGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAg < 7:543226/138‑1 (MQ=255)
cgtggggggCGAGTCGGGTGGTGTTATGCTTATCTGGCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCATTCGACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGa < 6:254774/135‑1 (MQ=255)
ccTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTTATGGGGATGTGTCTGTATTTGGTTTTTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGGCGATGTTTAAATTAGGGACTTTAGCCGCTTGTATTGCCGGTACTTTTCAGATTATccca > 7:127808/1‑137 (MQ=255)
ccTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAACGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGa < 4:875802/140‑1 (MQ=255)
ccTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACCTGGACGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGa < 1:713602/140‑1 (MQ=255)
ccTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAGCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGa < 4:267567/140‑1 (MQ=255)
ccTGCGGGGCGAGTCGCGTGGAGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAATATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGa > 3:896386/1‑140 (MQ=255)
tGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACg < 1:675883/140‑1 (MQ=255)
tGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACg < 5:601255/140‑1 (MQ=255)
tGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACg < 5:857381/140‑1 (MQ=255)
gCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATATGTCTGTATTTGGTTATTTTTAATATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACATTATCCCATTGATTTGACGGTAAGTTTAAGATTATCCCAGACGa > 6:873210/1‑140 (MQ=255)
gCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGGTATTTTTCAGATTAAGATCAGGCCACATGGCCGCTGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGGCGGTACGTTTCAGATTAGCCCTGACgc > 4:553942/1‑139 (MQ=255)
gCGAGTCGCGTGGGGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAACGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCa < 7:590040/138‑1 (MQ=255)
cGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTTTTTTTGAGATAAAGATCAGGCCCCATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCGGACGATCACtt > 1:947621/1‑140 (MQ=255)
gAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCTATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 3:589775/140‑1 (MQ=255)
gAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACt < 8:629949/138‑1 (MQ=255)
gAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 5:738554/140‑1 (MQ=255)
gAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 6:563620/140‑1 (MQ=255)
gAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 5:140158/140‑1 (MQ=255)
gAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 6:825282/140‑1 (MQ=255)
gcgTTGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAATATCAGGCCACATTGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCAGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGtt < 2:783796/140‑1 (MQ=255)
gcgTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTTTTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAg < 8:65703/138‑1 (MQ=255)
gtggtgTATTGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTTTTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCa < 3:76106/140‑1 (MQ=255)
gtggtgTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGtt < 7:827473/138‑1 (MQ=255)
|
TAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCA > NZ_CP022686/4764742‑4765015
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
