Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F35 I0 R1
|
195 |
10216.4 |
8585726 |
98.3% |
8439768 |
135.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,764,877 |
T→G |
10.0% |
intergenic (‑57/‑204) |
ycfT ← / → lolC |
acyltransferase family protein/lipoprotein‑releasing ABC transporter permease subunit LolC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,764,877 | 0 | T | G | 10.0%
| 298.9
/ 3.6
| 170 | intergenic (‑57/‑204) | ycfT/lolC | acyltransferase family protein/lipoprotein‑releasing ABC transporter permease subunit LolC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (64/82); new base G (18/4); total (83/87) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.06e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
AAGGTAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTT > NZ_CP022686/4764738‑4765013
|
aaGGTTATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTGTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGGTCTTTTTATTTAAAATGCGGATTATCCTGAGGGGCGAGTCGCgt > 3:1042941/1‑140 (MQ=255)
aaGGTAATGACCGAGTGATATATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCTTCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCgt < 1:1023880/140‑1 (MQ=255)
tAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCgtggtg < 1:400046/140‑1 (MQ=255)
aTGACCGATTGATAAATCACCACCATACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCATGCGGGGCGAGTCGCgggggggt > 8:689735/1‑136 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGgtgtt > 3:465057/1‑139 (MQ=255)
aTGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGgtgtt > 3:30720/1‑139 (MQ=255)
aTGAACGAGTGATAAATCACCACCTGACAAATACATAACCCTTTGATCGGGTTAAGCCTTTGATCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTGGTATTATTTAAAATGCGGTTGATCCGGCGGGTCGAGTCGCGGGgggtg > 8:943766/1‑139 (MQ=255)
gtccGAGTGATAAATCACCACCAGCCAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAAt < 3:819164/138‑1 (MQ=255)
gACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAAt < 2:475665/140‑1 (MQ=255)
gACCGAGTGATAAATCACCAACAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGTTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCATGCGGGGAGAGTCGCgtgttttt > 6:508291/1‑133 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCGTTTTGTTTCATCAGGACACCACGCGCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGtt > 2:614027/1‑139 (MQ=255)
aGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCATTTGATCTGGTTAATCAATAGCTCTTTTTGTTTCATCATGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGCTCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCggt > 7:731818/1‑138 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGt < 5:283376/138‑1 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGt < 5:1036246/138‑1 (MQ=255)
gTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGt < 6:440822/138‑1 (MQ=255)
tGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTACATCAGGACAACACGCTCAATTAATATAACATGCGGATGATCCTGCGGGTCGAGTCGCGTTGTGAAATGCGTa > 6:924958/1‑138 (MQ=255)
accaccAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATAAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGTGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTAt < 3:604570/140‑1 (MQ=255)
accaGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGGATCTGTCTGTAtt > 5:836075/1‑138 (MQ=255)
aaaTACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGGGTTATGCGTTTCTGTGTGTATTTGGtttt > 5:966360/1‑136 (MQ=255)
ctACATAACCCTTTGATCTTGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCATGACAACACGCTCTTTTTATTTAACCTGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTAttt < 6:2803/137‑1 (MQ=255)
aTACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTAttttt > 4:490783/1‑140 (MQ=255)
aTACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTAttttt < 1:492339/140‑1 (MQ=255)
taaaTAACCCATTGATCTGTGTAATCCATAGCTCTTTATGTATCATCAGGACAACACGCTCTATATATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGAGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTc < 7:920369/137‑1 (MQ=255)
tACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTc < 3:1052002/140‑1 (MQ=255)
cATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATTAGTATATGTCTGTATTTGTTTTTTTTTCaa > 8:75008/1‑139 (MQ=255)
aaaCCCGTTGATCTGGTTATTCAATAGCTCTTTTTGTTTCATCTGGCCAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGGCTGTATTTTGTTATTTTTCAGAt < 7:638942/139‑1 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTTGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAAGATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATa < 3:1022699/140‑1 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTGATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGAGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGAGGTGTATTGCCTATCTGTCTGGATTTGGTTATTTTTAAGAtt > 8:334199/1‑139 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAAt > 7:958482/1‑106 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGa < 5:268091/138‑1 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATa < 3:861846/140‑1 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATa < 2:10403/140‑1 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTAAATTTCTGGATTTTGTTTTTTTTCAGATa > 7:411539/1‑140 (MQ=255)
aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGGCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATa < 8:239722/140‑1 (MQ=255)
aaCCCTTTGAGCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTGCATCAGGCCAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTAGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGTTTATTTTTCAGa < 5:93704/138‑1 (MQ=255)
cccTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCGGTATTTTGTTTTTTTTCAGATaaa > 4:105914/1‑140 (MQ=255)
cccTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTAAGATaaa > 2:233497/1‑140 (MQ=255)
cTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCTTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTGAGATaaa > 6:960956/1‑138 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTTATGCGGATCTGTCTGTATTTTGGTATTTTTCAGATAAAGAt > 3:683769/1‑140 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGGCGGTATTTGGTTATTTTTCAAATAAAGAt > 8:913760/1‑140 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGTGTGGAATGAGTTAATGTCTGTTTTATGGTATTTTTCAGAAAAAGAt > 4:307567/1‑140 (MQ=255)
tttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGAGAGTCGCGTGGGGTTATGCGTATAAGTCTGTAATTGTTTATTTTTAATATaaacaa > 1:265244/1‑137 (MQ=255)
ttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTTATGCGGATATGGCTGTATTTTGTTTTTTTTCAGATTAAgt > 5:160088/1‑137 (MQ=255)
ttGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATATGTGTGTATTTGGTTTTTTTTAAGATAAatata > 3:284271/1‑139 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCTGGGTGTTATGCGGATCTGGGGGTATTTGGTTTTTTTTCAGATAAAGAtac > 2:47058/1‑138 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCa < 2:988493/140‑1 (MQ=255)
tGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATACTGCGGGGAGAGTCGCGTGGTGTAATGCGGAAAAGTCTTTTAATGGTTATTATTAATATAAAAAt > 5:506906/1‑138 (MQ=255)
tCTGTTGAATACATAGCTCTTTTTTTTTAATCAGTACACCAAGCTCTTTTTCTTTAACATGATGTTGAGGCTGCTGGGATAGTCGCTTTTTGTAATGCGGATCTGTGTGTATTTGTTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGc < 3:442308/140‑1 (MQ=255)
gTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATCTGTCGGTATTTGGTTTTTTTTGAGATAAAGATCAGGCcaca > 1:864595/1‑140 (MQ=255)
tCCATATCTATTATTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGAGGTTGATCCTGCGGGTCGAGTCGCGTGGTGAAATTCGAATAGGTATGTATTTGGTTATTTTTAAGATAAAGATCAGGCCAAATGGcc > 8:842815/1‑140 (MQ=255)
tCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGGATCTTTAGGTATTTGGTTTTTTTTAAGATAAAGATCAGGCCCCATGGcc > 2:811788/1‑140 (MQ=255)
tCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGTGAATGCGTATCTGTCTGTTTTTTGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGcc > 4:541725/1‑140 (MQ=255)
cATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGGGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAATATAAGGCCACATGGcc > 6:522965/1‑138 (MQ=255)
atctctTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCgatga < 4:63290/138‑1 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTAtctgt < 4:448599/92‑1 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTAATGCGTTTCTGTCTGTTTTTGGTTATTTTTCATATAAATATCATGCCACATTGCCgatgt > 7:584192/1‑139 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTTTATGTGTTTTTTTGTTTATTTTTAAGATTAAAATCAGGCCACATAGGCgctga > 7:374249/1‑140 (MQ=255)
aGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCAGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATATGTCTGTATTTGGGTATTTTTAAGATAAAGATCAGGCCACAAGTCCgaagt > 8:726164/1‑137 (MQ=255)
ctctTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGAGTATATGTCTGTATTTTGTTATTTTTCAGATAAAGTACAGGCCACAAGGCCgatga > 5:616049/1‑138 (MQ=255)
tttttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATTCGTATGTGTATGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACAAGGCCGATGAGaaaa > 8:246273/1‑140 (MQ=255)
tttttGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATATGTCTGTATTTGTGTTTTTTTGAGATAAAGATCAGGCCCCATGGCCGATGATaaaa > 2:1017916/1‑140 (MQ=255)
tttGTTTCATCAGGAAAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGGATCTGTATGTATTTTGTTTTTTTTAAGATAAATATAAGGCAACCATGCCCATGATaaaa > 5:776993/1‑138 (MQ=255)
ttGTTTCCTCAGGACAACCCGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAAt < 6:585711/138‑1 (MQ=255)
gTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAgg < 7:120681/140‑1 (MQ=255)
tttCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGc < 3:730688/140‑1 (MQ=255)
acGCTCTTTTTATTTAACATGCGGGTGATCCTGCGGGGCGAGGCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCgatt < 6:836075/138‑1 (MQ=255)
ctTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGc < 2:748435/140‑1 (MQ=255)
tttttATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTTGTTATTTTTGAGATAAAGATAAGGCCAAATGGGCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTg > 5:632453/1‑138 (MQ=255)
ttttATTTAACATGCGGTTTATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATTCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCATGCCACATGGACGATGATAAAATTAGGCCCTTTATCCGATTGATTTTCCg > 2:1103718/1‑140 (MQ=255)
tttttaACATGCGGTTGAGCCTGCGGGGCGAGGAGCGTGGTGTAATGCGTATCTTTCTTTATTTGGTTATTTTTCAGATAACGATCTGGCCAGATGGCCGATGATAATATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTa < 7:66178/138‑1 (MQ=255)
tatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTa < 7:280766/140‑1 (MQ=255)
tatttaACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTa < 2:857805/140‑1 (MQ=255)
gcgtgagATCCTGAGGGGCTATGCGAGGTGTGTAATGAGTATCTGTCTGTATTTGGTGATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGACGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTAAg < 5:405045/132‑1 (MQ=255)
gCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCTTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTTGTTATTTTTCAGATAAATATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGAt < 4:964480/140‑1 (MQ=255)
gCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTTTCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGAt < 3:555675/140‑1 (MQ=255)
gCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGGCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGTTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAg < 5:381308/138‑1 (MQ=255)
tGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGcc < 4:858095/140‑1 (MQ=255)
tGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTAGTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAg < 6:352644/138‑1 (MQ=255)
tGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGGATCTGTCTGTATTTGGTTATATTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAg < 5:434170/138‑1 (MQ=255)
ccTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGa < 2:958043/140‑1 (MQ=255)
ccTGCGGGGCGAGTCGCGTGGGGTACTGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGa < 2:1045294/140‑1 (MQ=255)
ccTGCGGGGCGAGGCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCt < 6:350343/138‑1 (MQ=255)
tGCGGGGCGTGTGGCGTGGTGGAATGCGTATCTTGCGGTACTTGGTTTTTTTTCCTATAAAGATCCGGCCACATGGCCGATTATAAAATGCTGCACTTTATCCGATTGATTTGCCTGGACTTTTCAGATTAGCCCTGACg < 4:282898/140‑1 (MQ=255)
tGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACg < 7:758509/140‑1 (MQ=255)
tGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACg < 3:180416/140‑1 (MQ=255)
gCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTTATGCGTATCTGTCTGTTTTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGTTAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGa > 7:450162/1‑140 (MQ=255)
gCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTAAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACGTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGa > 4:156013/1‑140 (MQ=255)
gCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATATGTGTGTATTTGGTTATTTTTAAGATAAAGATCAGGCCACATGGGCGATGATAAAATAATGCACTTTATCCGATTGATTTGACCGTACTGTTAATATTAGACCTGACGa > 2:919383/1‑140 (MQ=255)
gCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGGATCTGTCGGTATTTGGGTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGTTAAAATGAGGCCCTTTTGCCGAGTTATTTTCGGGTACTTTTAATATTTGCCCGGCCGa > 4:227873/1‑140 (MQ=255)
gCGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATCTGGAGGTATTTGGTTATTTTTGAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGa > 8:544523/1‑140 (MQ=255)
gggggCGAGTCGCGGGGTGGAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGAt < 1:1056337/139‑1 (MQ=255)
cGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAAAGCGTATCGGTCGGTATTTGGTTTTTTTTCAGATAAAGATCACGCCACATGGCCGCTGATAAAATGAGGCACTTTAGCCCATTGATTTGCCGGTACTATTCAGATTAGCCCGGACGAt > 4:822624/1‑140 (MQ=255)
cGGGGCGAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTTTTTGGTTTTTTTTAAGATAAATATCAGGCCACAAGGCCGAAGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGGCGGTACTTTTAAGATAAGCCCTGACGaa > 1:473748/1‑139 (MQ=255)
gAGTCGCGTGGTGTAATTCGTATCTTTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 4:529491/140‑1 (MQ=255)
gAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACt < 5:337839/138‑1 (MQ=255)
gAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 3:380559/140‑1 (MQ=255)
gAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 3:312450/140‑1 (MQ=255)
gAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 1:716571/140‑1 (MQ=255)
gAGTCGCGGGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACt < 6:142796/138‑1 (MQ=255)
gTCGCGTGGTGTAATTCGTATCTGTCTGTTTTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAAATAGGGACTTTATCCGATTGATTTTACGGTACTTTTCAGATTAGACCTGACGATCACTTa > 6:721361/1‑138 (MQ=255)
|
AAGGTAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTT > NZ_CP022686/4764738‑4765013
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
