Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F2 I0 R1
|
117 |
5184.3 |
6857682 |
98.3% |
6741101 |
135.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,148,141 |
T→G |
10.4% |
F135V (TTC→GTC) |
panF → |
sodium/pantothenate symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,148,141 | 0 | T | G | 10.4%
| 184.6
/ 4.6
| 105 | F135V (TTC→GTC) | panF | sodium/pantothenate symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/56); new base G (11/2); total (47/58) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.52e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTGGCGGCTTTCGCGCCA > NZ_CP022686/2148003‑2148279
|
cTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTATGGTGTGGGGGGCGAGGTTGTGTTTTGTGGTTTcgtt > 6:444524/1‑140 (MQ=255)
ttCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgtt < 8:279559/138‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCCTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcg < 1:636064/138‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGAGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcg < 8:597289/138‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCACGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcg < 2:394332/138‑1 (MQ=255)
gCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGGGAGTTTGAGTTTTGTGGTTGcgttcgt > 1:466619/1‑138 (MQ=255)
ggTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGTGGTGGGGGGGAGTGTGAGGTTGGTGGTTGGGttggttggggg > 3:789879/1‑137 (MQ=255)
tATTGTCGGCAAGATTTTCGCATTTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTTAACGATTTGCTTTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGGGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCGGGTTGCGTTCGTTGGT‑Gcta < 6:268777/140‑3 (MQ=255)
gggCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCg < 4:34268/139‑1 (MQ=255)
cGGCAAGAAGTTCGCATTTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGAc < 8:792181/138‑1 (MQ=255)
ggCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTT‑GT‑GCGATGACCGTg < 6:20766/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGTGTGGGTTGCGACTTTTTGTTTGCTGGTTGCGGTCTTTGGT‑GCGATTACCggg > 6:524228/1‑138 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGGGGGGTGGCGGGCGCTGTTGAGTTTGCTGGGTGGGTGCGTTGGG‑GGGATgtaccgg > 4:214337/1‑134 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGGCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCGGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTg < 4:59405/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGGCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTg < 5:843913/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATCCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCATCTGGTGGGGCAGGCGCGTTTGTGGTTGATGGGTGCGGACGATGGT‑GCGAAGACCCTg > 6:528591/1‑140 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTCCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGATTGCCCGCTACCAGAGTCGGCTTCTGGTGTGGCTGGCTTGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCg < 7:366307/138‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTAGCAATTCTTGCGCGCCGCTACTATGCGGGGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGAcct < 2:690560/138‑2 (MQ=255)
ctagaagTTCGCTATTCTTGAGCGCCGATACAATGCGTTGACGCTTAACGATAAGCTGATTGCCCGCTACCAGAGACGTCTACTGGTCTGGCAGGCGAGATTCAGTTTGCTCGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGc < 5:17239/138‑1 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGGGTGGCTGGGGAGTTTGAGTTTGGTGGTTGGGTTGGTTGGT‑GCGCTGACCGTGCa > 4:288064/1‑140 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGTGTGGGGGGGGAGTTTGTGTTTTGGGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGGCCGGGCa > 6:175818/1‑140 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGGGTTCGTTGGG‑GCGATTGCCGGGCa > 4:376620/1‑140 (MQ=255)
gaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGTGTGGGTGGCGACTTTGTGTTTGCTGGGTGCGTTCGGTGGG‑GCGATGACCGTGCAGt > 4:775781/1‑140 (MQ=255)
tCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTg < 6:652201/140‑1 (MQ=255)
cTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTTGGTGGGGAGTTTGAGTTTGGTGGTTGCGTTGGTTGGT‑GGGATGACCGTGCAGTTTATagggggg > 1:466150/1‑137 (MQ=255)
tGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgc < 6:825184/140‑1 (MQ=255)
gcgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGGGGGGCTGGCGGGTTTGAGGTTTCTGGTTGAGGTGGGTGGT‑GCGGTGGGAGTGAAGATTTTCGGCGGTgcgcg > 4:226555/1‑140 (MQ=255)
ccgcTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGGGTGGCTGGCGGGGTTGTGTTTGGTGGGTGCGGTAGTTGGTGGGGATCA‑CGTGCAGTTTATCGGGGGTGCGCGccagg > 3:507803/1‑137 (MQ=255)
ccgcTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGGGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTTCTGTTTGCGTTCGGTGGG‑TGGATGCCCGTGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGccgtg > 6:491691/1‑137 (MQ=255)
tGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTGGGGGGGGGGGGTGTGGTTTGTGGGTGGGGTGGGTGGG‑GGGGTGACCCGGGAGTTTTTTGGCGGTGGGCGCCGGCTGGGAAccc > 3:728365/1‑139 (MQ=255)
gCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAAcc < 1:791040/138‑1 (MQ=255)
gggTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcg < 2:165727/137‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGTGGTGGGGGGGGCGCGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGGTGGTTGGT‑GGGCTGGCCGTGCAGTTTTTCGGCGGGGCGCGGCTGCGGGAAACagcg > 6:704467/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 6:432353/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 3:119962/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCGGGCGAGGTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGGTGACCGTGCAGTTTATCCGGGGGGCGCGCCTGCTGGTAACcgcg > 4:759829/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTATGGGGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTTCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GGGATGACCGGGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg > 4:661088/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGGGGGGAGGGCGGGATTGGTTGTTCTGGGTGGGGGAGTTGGT‑GAGTTTGCCGGGGAGGTTTTAGGGGGGGCGCGCCGGGTGGTAACcggg > 3:536635/1‑138 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGGATTGTGTGGGTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTTGGTTCGTTTGT‑GCGCTGAACGTGCAGTTTATATGCGGGGCGCGCCGGCTGGAAAAcgcg > 4:323818/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTCGCCCGCTACCAGAGGCGTCTGCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGGGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 5:385435/140‑1 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGTGTGGCGGGCGAGGTTGAGTTTGCTGGGTGGGGTCGTTGGT‑GGGATGGCCGGGGAGTTTATCGGCGGTGGGCGCCGGCTGGTAAcccccgc > 6:497999/1‑135 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGGCGTGGGGGGGGGCGGGCGGGGTTGAGTTTGCTGGTTGGGGTGGGTGGG‑GCGGAGGCCCGGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCCGCTGGACACCgcggg > 4:716450/1‑139 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCAGGGGTGGCTGGGGCGGTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCGGTTGG‑GAGATGCCCGTGCAGTTTAACGGCGGTGCGCGCCGTCTGGCAACCgcggcg > 6:359903/1‑140 (MQ=255)
gACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGTTGTGTTGGTTGGGAGTTTGAGTTTTGTGGTTTCGTTCTTTGGT‑GCGATGACCGTGGAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGCAACCgcggg > 2:229612/1‑137 (MQ=255)
gACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTGGCTGGCGGGGTTGAGTTTGGTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GGGCTGACCGGGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCGGCTGGAAACCgcggc > 8:651838/1‑138 (MQ=255)
aCGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCggg < 6:248337/140‑1 (MQ=255)
aCGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCATCTGGGTTTGGGGGCGCGGTTGATTTTTATGGGTGGGTTATTTGTT‑GCGATGTCCCTGCAGTTTTTAGGCCCTGCGCGGCTAGTGTAAACAgcggcg > 8:15916/1‑138 (MQ=255)
aCGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGGCTTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGAAGCGTTCGTTGGT‑GCGATGGCCGTGCAGTTTATCGGAGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCgcggcg < 8:287512/138‑1 (MQ=255)
cTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGGGGGCGAGTTTGAGGTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGGAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGttt > 4:406531/1‑138 (MQ=255)
tGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTGGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCGGGAAACCGCGGCGGGTa < 7:815464/138‑1 (MQ=255)
tatGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGTGTTTGGTGGGTGGGTTAGGTGTT‑GGGATGACCGTGGAGTTTTTCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGCAACCGCGGCGGGTATTCCTAAtt > 6:693164/1‑139 (MQ=255)
tttGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGGGTGGGTGGCGAGTTTGAGTTTGGTGGTTGCGTTCGTTGGG‑GCGATGACCGGGGAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCGGGGAACCGCGGCGGGGATTACTTATGAAACCgg > 6:656461/1‑140 (MQ=255)
tttGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGTGTTTGGTGGTTGCGGTGGTTTGT‑GCGATGAACGTGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCAGGAAACCGCGGCGGGTATTCCGTATTAAAcc > 2:505152/1‑138 (MQ=255)
ttGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGTGTTTGCTGGGTGCGTTCGTTGGT‑GCAATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCggg < 5:839836/140‑1 (MQ=255)
gCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCGGGTGTGGCGGGGGGGGTTGTGGTTGGGGGTTGGGTTGGTTGGT‑GGGTTGACCGGGGAGTTTTTCGGCGGGGAGCGCCAGCTGGAAACCGCGGCGGGGTTTGCTTATGTAACCggg > 8:285547/1‑138 (MQ=255)
cccGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGG‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGgc < 1:669934/138‑1 (MQ=255)
cTACCAGAGTCGGCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGgctgct < 8:36893/138‑1 (MQ=255)
ccAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGAttt < 3:825841/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 7:34391/138‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 3:268573/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGGGCAGTTTCTCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATGCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 8:741908/138‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGTCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 3:122831/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 6:551785/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCGTTGGG‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 1:880194/138‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGAGCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 1:208001/138‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGGTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 3:166507/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGGTGGAGTGTGCTGGTTGCGGTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 8:593244/138‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTTCGGGTTGCGTGCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGGGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 5:486304/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCTTTGGT‑GCGATGACCGGGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 8:215191/138‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 8:357070/138‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 3:535462/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGATGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCATTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 3:775781/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTGGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 8:327204/138‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGGTTGAGTTTGCTGGTTGCTTGCGTTGGG‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 7:86635/138‑1 (MQ=255)
gtgtGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGc > 3:354588/1‑140 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGTAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTg < 2:847387/138‑1 (MQ=255)
tggggcttgcGAGTTGGAGTTTGCTGGCTGCGTTCGTTGGT‑GAGCTGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTCTGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTg < 2:84543/135‑1 (MQ=255)
ggtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCTTGCAGTTTATCGGCGGCGCGCGCCTGCTGGAATCCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTg < 1:712645/137‑1 (MQ=255)
ggtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTg < 1:718063/137‑1 (MQ=255)
ggtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTg < 7:491015/137‑1 (MQ=255)
ggtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 3:6686/139‑1 (MQ=255)
gtgGCTGGCGAGTTTGATTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGTTATTCCTTATGAAACCGGGCAGCTTATTTTCGGTATCAGCATTGc > 7:602596/1‑138 (MQ=255)
gtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGc < 1:236855/138‑1 (MQ=255)
gtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGt < 5:319560/140‑1 (MQ=255)
gtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGAGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGc > 1:255884/1‑138 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 8:55121/1‑138 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGAGTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGt > 5:154542/1‑140 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACAGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 2:428977/1‑138 (MQ=255)
tggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGt > 7:375114/1‑138 (MQ=255)
tggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCAGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGt > 1:207560/1‑138 (MQ=255)
ggcGAGTTTGTGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGG‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGtata < 3:323818/140‑1 (MQ=255)
tgagtttgCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGCCCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGAGTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCttt > 6:351090/1‑140 (MQ=255)
tgattGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTGGCGGCt > 8:389469/4‑138 (MQ=255)
tGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTGGCGGCt > 7:548337/1‑138 (MQ=255)
ggTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTGGCGGCtt > 1:215562/1‑138 (MQ=255)
ttGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTGGCGGCTTTcgc > 3:528307/1‑140 (MQ=255)
gCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTGGCGGCTTTcgc > 8:216982/1‑138 (MQ=255)
gttctttGGT‑GCGATGTCCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTGGCGGCTTTCgcgc < 7:386152/138‑1 (MQ=255)
gttcgttGGT‑GCGATGCCCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTTCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAATCCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTGGCGGCTTTCGCGCCa < 5:482523/140‑1 (MQ=255)
gttcggtGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTGGCGGCTTTCGCGCCa < 5:444524/140‑1 (MQ=255)
|
CTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGT‑GCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTGGCGGCTTTCGCGCCA > NZ_CP022686/2148003‑2148279
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
