Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F35 I0 R1
|
157 |
6985.9 |
8006972 |
98.3% |
7870853 |
134.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,148,141 |
T→G |
12.6% |
F135V (TTC→GTC) |
panF → |
sodium/pantothenate symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,148,141 | 0 | T | G | 12.6%
| 264.7
/ 7.9
| 158 | F135V (TTC→GTC) | panF | sodium/pantothenate symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/94); new base G (21/3); total (61/97) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.27e-07 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
TTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTGGCGGCTTTCGCGCCA > NZ_CP022686/2148005‑2148279
|
ctcTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGAAGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCTCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcg < 6:380451/136‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcg < 1:125612/138‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcg < 5:462010/138‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcg < 2:77525/138‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCGGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcg‑tt < 8:238747/140‑1 (MQ=255)
gCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGGGGGGCTGGCGGGTGTGTGGTTTGTGGGTGcggtag‑ttt > 8:644766/1‑139 (MQ=255)
tATTCTCGGCAAGTAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTAGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGc < 1:49268/138‑1 (MQ=255)
tctcGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGAt < 4:499100/138‑1 (MQ=255)
tctcGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGAt < 1:211485/138‑1 (MQ=255)
ctcGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGCCGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCGGGGGGGGCGGGGGAGTTTGCGGGTGCGGGTTGCGTTGG‑GTGGGGGGATg > 6:546524/1‑138 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCg < 1:918264/138‑1 (MQ=255)
cAAGAAGTTCTCAATTCTGTCGCGAGTCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTTCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTGTGAGTTTGCTGGTTTCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGt < 5:52665/138‑1 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGGGTGGCGGGCGAGGTTGAGTTTGCTGGTGGCGGTAG‑TTGGTGCGATGGCCCTGCa > 8:297631/1‑140 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGTGTGGGGTGGGAGTTTTAGTTTGTAGGTTGGGGTCG‑TTGGTGGGGTGTCCggg > 3:941837/1‑136 (MQ=255)
gaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGTGTGGCGGGGGGCGTTGATGTTGGTGGTTTCGTTCG‑GTGGTGGGCTGACCgagga > 6:678527/1‑134 (MQ=255)
gaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGGGTGGGGGGGGCGGTTGTGTTTGGTGGTTGGGTTGG‑GTGGTGCGCTGGCCCTggg > 5:428381/1‑136 (MQ=255)
gaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGTGTGGGGGGCGAGGTTTAGTTTTGTGGTTGGGGTGG‑TTGGTGGGAAGAACGGGCa > 3:244790/1‑138 (MQ=255)
gaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGGTGGCGAGTTTGAGTTTGCGGGGTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCa > 1:835417/1‑138 (MQ=255)
tCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCGGGTGTGGCTGGCGAGTTTGTTGTTGCGGGTTTAGTGAG‑TTGGGGGGCTGACCCTGGAGTTTAtt > 8:166958/1‑139 (MQ=255)
cGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGGGGGGTGGCGGGCGAGGTTGATGTTTTTGGTTGCGGTCGTTTGGTG‑GATGACCGGGCTGTTGATcg > 7:426727/1‑140 (MQ=255)
gCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTAACAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATc < 6:95956/138‑1 (MQ=255)
ttGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGATCGATATGCTGTTTGCCTGCTACCAGAGTCGTCTAATGGAGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGAGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTTTCGGCGGTg < 1:304186/138‑1 (MQ=255)
ttGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTATGGGTGGGCGGGGGAGTTTGAGTTTTCTGGTTTCGTTGG‑TTGGTGGGATGACCGGGCAGTTTATAGGCGGTgcg > 8:914216/1‑140 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgcgc < 7:23117/140‑1 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgc < 2:188101/138‑1 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgc < 3:559877/138‑1 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGACGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgcgc < 8:303065/140‑1 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATCCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTGTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgc < 5:24941/138‑1 (MQ=255)
ccgcTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGTGTGGCTGGGGCGTTTGAGTTTGGTTGTTTGGGGAG‑TTGGTGAGAAGCCCGTGCCGTTTTTAGACTGTGCGCGccc > 1:934675/1‑137 (MQ=255)
cTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGGGTGGGGGGGGCGTGTGTGTTTGGTGGTTGGGTTGG‑TTGGGGCGAGGACCGTGGAGTTTTTAGGGGGTGCGCGccgggt > 1:611842/1‑134 (MQ=255)
gCGGTGAGGCTGAACGATCTGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCTATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAAcc < 5:867796/138‑1 (MQ=255)
gCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgc < 8:39835/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGCACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCGGGTGTGGGGGGCGAGGTTGAGGGTGCTGGTTGGGGTCG‑GTGGGGCGTGGCCCGGGGAGATTTTAGGGGGGTCGCGCCCGCGGGTCACcgcg > 8:551983/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTTCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCAGGTGTGGCTGGCGAGGTTTAGTTTGCTGGTTGCGTTAG‑TTGGTGAGGATACCGTGAAGGTTATCAGGGGTGCGCTCCTGCTGGaacacg > 2:803158/1‑134 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGTGGTGTGGGTGGGGAGTTTTAGTTTGCTGGGTGCGGTCG‑TTGGTGGGATTCCCGTGCAGTTTTTAGGCGGTGGGCGCCAGCTGGAAACcgcg > 8:670461/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTGTGGGGCGCGGTTGGGTTTGGTGGGTGGGTTGG‑TTGGTGGGTTGCGCCTGCAGTTTATAGGCCGGGGGCGCCAGCTGGAAAccccc > 8:69760/1‑137 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcg < 5:426425/138‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGATGTTTTCCCGCTACCAGAGTCGTGTTATGGTGTTGCTTGCGAGGTTTTGTATTGGGGGTGGGTTAG‑TTGTTGCGATGTACGAGCTGTTTATAGGCGGTTGCCGCCAGCTGGaaaaac > 4:669974/1‑135 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTTGTGTGTGGCTGGCGTGGTTGATTTTGATGGTTGCGTTGC‑TTGGTGCGATGAACGTGCCGTTTATAGGGGGGGCGCGCCTGCTGGAAACcgcc > 2:320117/1‑137 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGGGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTTGTGGTTGGGTTCG‑TTTGTGCGCTTACCGTGGTTTTTTTAGGGGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcccg > 2:537230/1‑138 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGGTGGCGAGTTTGAGTTTGGTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg > 2:616162/1‑138 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCATCTGGTGTGGCTGGAGGGTTTTAGTTTGCTTGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCCTGCAGTTTATCCGCGGGGCGCGCCGGCTTGAAACcgcg > 2:665600/1‑138 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGTGTGGGTGGCGAGTTTGAGTTTTGTGGTTGGGTTGG‑TTGGTGCGATGCCCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCGGGGGGCAACCgcgggg > 8:398664/1‑138 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTTAGTTTGCTGGTTGCGTTAG‑TTGGTGGGATGACCCGGGAGTTTATGGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCgcggcg > 8:335668/1‑140 (MQ=255)
aCGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTTGTGTGGGTGGGGAGTTTGTGTTTGCTGGGTGGGTTGG‑TTGGTGCGGTGACCGGGGAGTTTATCGGCGGGGGGCGCCTGCTGGAAACCgcgccg > 4:364179/1‑138 (MQ=255)
aCGCTGAACGATAAGCTGTTTGCCCGCTACCCGAGTCGTCTGCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑GTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCggg < 8:301126/140‑1 (MQ=255)
gCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCggg < 5:618760/138‑1 (MQ=255)
gCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGGCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCggg < 4:266492/138‑1 (MQ=255)
cTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGAGAGGGGGGGCTGGAGCGGTTGAGTTTGTTGCGTGGGGTCG‑GTGGTGGGTAGACCGTGGAGTTTATAGACGGTGCGCCCCTGAAGTAAACCGCGTCGGGTaa > 8:138644/1‑139 (MQ=255)
tGAACGCTATGCTGTTTGCAACCAACCAGAGTCGTCTTCCGGTGTTGCTGGCGAGTATTAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGAGGTGCGCGCCTGCTGGAAACAGCGGCGGGTa < 4:446692/138‑1 (MQ=255)
cGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGTGTGGGTGGCGAGGTTGAGTTTGATGGGTGCGGTCG‑TTGGTGGGAATTCCGGGCACTATAAAGGCGGGGCGCCCCAGCTGGTAACCGCCGCCGGTAttac > 4:338250/1‑136 (MQ=255)
atatGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGGGTGGGGGGCGCGGTTGAGGTTGGAGGGTGCGGGCG‑TTTGGGCGATGGCCCGGGAGGATATACGCGGTGCGCGCCGGGTGGTAACCCCCGCGGGTTTTACata‑t > 8:424143/1‑140 (MQ=255)
tGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCGGGTGTGGGGGGCGAGTTTGTGTTTGGGGGTTGGGGTCG‑TTGGGGCGGGGCCCGGGCAGTTTATAGGGGGGGCGCGCCGGCGGGGAACCCCGGCGGGTGTTTCGTA‑TGAAAcccg > 2:515576/1‑136 (MQ=255)
cccGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGTGTGGGGGGCGAGTTTGAGTTTTCTGGTTGCGGTCG‑TTGGTGCGATGGCCGGGGAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCAGCTGGGAAACGCGGCGGGGTTTACTTATTGAAACgggg > 2:456190/1‑138 (MQ=255)
cccGCTACCAGAGGCGGCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTGTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCC‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGgctg < 7:309919/140‑1 (MQ=255)
cGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGGGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGgctg < 1:387990/138‑1 (MQ=255)
cAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGAtttt < 7:33188/140‑1 (MQ=255)
gtcgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTCGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 7:874198/140‑1 (MQ=255)
tcgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCgg < 5:750187/138‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 7:644766/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCG‑GTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 2:403057/138‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCG‑GTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCGGCTGATTTTCGGt < 2:570181/138‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTGGAGTTTGCTGGTTGCGGGCG‑TTGGGGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 5:976324/138‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCGGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 4:95669/138‑1 (MQ=255)
cgtaTTCTGGTGTGGATGGCGAGTGTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCT‑TGGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 5:598766/138‑1 (MQ=255)
cggcttctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTTGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 8:849559/137‑1 (MQ=255)
gtcgtatGGTGTGGCGGGGGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGGGTTCG‑TTGGTGGGATTAACGTTCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCTTGAAACCGCGGCGGGTATTGCTTA‑TTAAACCCGGCTTCTGATTTTAGGTa > 4:143757/7‑138 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGCGTTTGAGTGTGCTGGTTGCTTTCG‑TTGGTGCGCTGACCGTGCAGTTTATCGGCGGCGCGCGCCTGCTGTAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGAATTTCGGTATCAg < 4:939038/138‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 2:28072/138‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 5:164473/138‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 7:830390/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGGGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 1:820274/138‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGGGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 3:137987/138‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCG‑GTGGTGCGAGGACCGTGCAGTGTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 8:254932/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGGTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCG‑TTGGTGCGATGACCGGGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCGGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 3:580806/138‑1 (MQ=255)
gctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTGGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 1:721926/137‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTTAGTTTGCAGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGAGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCATTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 3:717646/138‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 7:741403/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTGGAGTGTGCTGGTTGCGTTCG‑GTGGTGCGATGACCGTGCATTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 5:341146/138‑1 (MQ=255)
gggTGTGGCTGGCGAGGTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCG‑GAGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGTAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 1:439583/137‑1 (MQ=255)
ggTGGGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑GTGGTGCGATGACCGTGCAGGTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTg < 7:298743/140‑1 (MQ=255)
gtgtGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTTCCATGACCGTGCACTTTATCAGCGGTGCGCGCCTGCAGGAAACCGCCGCGGGTAATCCTTA‑AGAAACCCGGCTTCTGAATTTCCGTATCAGCAtt > 6:584866/1‑138 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTg < 4:802163/138‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGGTCG‑TTGGTGCGCTGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCTGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTg < 6:770229/138‑1 (MQ=255)
tgtgGCGGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTTGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTg < 6:221361/138‑1 (MQ=255)
gtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTTCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCAGCTGGAAACCCCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTACGTATCAGCATTGc > 3:141952/1‑138 (MQ=255)
ggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGt > 3:402737/1‑138 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 1:156871/1‑138 (MQ=255)
tggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGt > 6:932182/1‑138 (MQ=255)
tggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGt > 6:713437/1‑138 (MQ=255)
gcGAGTTTGAGTGTGCTGGTTGCGTTCG‑TGGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAACCCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGCTTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGtat < 2:270353/138‑1 (MQ=255)
agtttgagtttgCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATAcc > 5:713393/1‑138 (MQ=255)
gCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTGGCGGCt > 7:670356/1‑140 (MQ=255)
cTGGTTGCGTGCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTggcggc < 4:416788/138‑1 (MQ=255)
ggtGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTGGCGGCTTTcg < 8:350169/138‑1 (MQ=255)
gTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTGGCGGCttt < 6:840431/138‑1 (MQ=255)
gTTGCGGTCG‑GTGGTGCGCTGCCCGTGCAGGTTCTCGGCGGGGCGCGCCGGCTGGAACCCGCGGCGGGGATTCCTTA‑TGAACCCGGGCTGCGGATTTTCGGTATCAGCATTGCGGTGTATACCGCCTTTGGCGGCttt < 2:947034/138‑1 (MQ=255)
gttcg‑ttGGTGCGATGACCGTGCAGTTAATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTGGCGGCTTTCgcgc < 5:811246/138‑1 (MQ=255)
gttcg‑ttGGTGCGATGACCGGGCAGTTTTTCGGCGGGGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGCAACCGGGCGGCAGATTTTCGGTATCACCATTGCGTTGTATACCGCCATTGGCGGCTTTCGCGCCa < 8:621853/140‑1 (MQ=255)
ttcg‑ttGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTGGCGGCTTTCGCGcc < 4:244790/138‑1 (MQ=255)
|
TTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCG‑TTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTA‑TGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTGGCGGCTTTCGCGCCA > NZ_CP022686/2148005‑2148279
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
