Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F12 I0 R1
|
158 |
5737.7 |
7407908 |
98.3% |
7281973 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,148,141 |
T→G |
18.4% |
F135V (TTC→GTC) |
panF → |
sodium/pantothenate symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,148,141 | 0 | T | G | 18.4%
| 198.0
/ 11.7
| 134 | F135V (TTC→GTC) | panF | sodium/pantothenate symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/74); new base G (22/6); total (54/80) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
TTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTGGCGGCTTTCGCGCCA > NZ_CP022686/2148004‑2148279
|
ttCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcg < 5:879023/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGTGGGGCGGGGGAGTTTTAGTTTGGTGGTTGagttggtt > 6:652790/1‑140 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 6:24598/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 1:813439/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcg < 8:526671/138‑1 (MQ=255)
cTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTgg < 6:214099/140‑1 (MQ=255)
tCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGTGGGGGGGGCGAGTTTGAGTTTTAAGGGTGcgttaggtt > 7:431646/1‑133 (MQ=255)
gTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGATCGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGGGGTGTGGGGGGCGAGTTTGAGTTTTGTGGTTGCGGTCGGTGGTGCg > 6:849999/1‑140 (MQ=255)
tctcGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGa < 3:108680/140‑1 (MQ=255)
tctcGGCAAGAAGGTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTATGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGGTGGTGCGATGa < 2:225002/140‑1 (MQ=255)
cGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGGGGGGGGGGGGGGGTTTAGTTTGGTGGGTGGGGTCGTTGGTGGGATGACCg > 4:107959/1‑140 (MQ=255)
ggCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTATGGTGTGGCGGGCGAGTTTTTGTTTGCTGGGTGGGGTGGTTGGTGCGATGAcc > 8:591030/1‑138 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 5:127723/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 3:748213/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 1:501425/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGGTTGCTGGTTGCGGTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 6:509905/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGAGCGCCGCTACAATGAGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTTGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACAGTg < 2:440974/140‑1 (MQ=255)
cAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGc < 5:717992/140‑1 (MQ=255)
cAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCGGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGTCGAGTTTGAGTTTGCGGGTTGCGTTCGGTTGTGCGATGACCGt < 7:685791/138‑1 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGTGTGGCTGGCGATTTTGTGTTTGGTGGTTGGGTTAGTTGGTGCGATGACCGTGcc > 6:307253/1‑139 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTATGGTGTGGCTGGCGAGGTTTAGGTTGGTGGGTGGGTTAGTTGGTGCGAAGACCGTGcc > 2:360646/1‑139 (MQ=255)
agaagTTCGCAAATCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGAAGCTGAAAGATATGCTGTTTGCCCGCTTCCAGAGTCGTCTTCTGGTGGGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGGTCGTTGGTGCGATGTCCGTGCAg < 3:404655/140‑1 (MQ=255)
gCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTGTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATcgg < 5:529157/140‑1 (MQ=255)
tGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgc < 2:110912/140‑1 (MQ=255)
gcgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGAGATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGGGTGGCGGGCGACTGTGATGTTGCTTGGGGCGGTAGTTGGGGCGGTGCCCGGGCCGTTTTTAGGCGGGgcgcg > 6:276934/1‑140 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgc < 7:189696/138‑1 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgc < 7:522085/138‑1 (MQ=255)
gcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGACCGAGATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGGCGGGGGGGGCGGGGGGGTTGTGGGTTGCTGGGTGCGGTGGTTTGTGCGCTTACCGGGCTGGGTTTGGGCGGGgcgcg > 8:283587/1‑138 (MQ=255)
gcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCGGGTGGGGCTGGCGCGTTTGATTTTGGTGGTTGGGTTGGTTGTGGGGCTGACCGTGGAGTTTTTCGGGGGTgcgcg > 8:283586/1‑138 (MQ=255)
tGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGGGTGGCTGGGGAGTTTGAGTGTTGGGGTGGCGGTGGTTGGTGCGCTGACCGGGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCGGCT‑GGGAAccc > 1:457105/1‑139 (MQ=255)
tGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTGCTGGTGTGGCTGGGGAGGTTGTGTTTGGTGGTTGCGGTGGTTGGTGCGATGCCCGTGGAGTTTTTCGGCGGTGCGCGCCAGCG‑GGCAAcac > 1:452639/1‑138 (MQ=255)
tGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGGGTGGGGGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTGGTTGGTGGGGGGACCGGGCAGGTTATAGTCGGGGCGCGCCTGCG‑GGATAccc > 6:414487/1‑139 (MQ=255)
tGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACAAGAGTCGTCGTATGGTGTGGAAGGCCAGGTTTAATTTGGTGGTTGCGTTGGTTGGTGCGATGACCGGGCAGTTTATCGGGGGTGCGCCCCAGCG‑GGAAAcac > 2:126770/1‑138 (MQ=255)
cGGTGACGCTTAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACcgcg < 2:792484/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTCCCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGGTGGTTGCGTTCGTTGGTGGGATGACCGGGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCAGCT‑GGAAACcgcg > 4:345210/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGGGGTGTGGCTGGCGTGTTTTAGTTTGCTGGTTGGGTTAGTTGGTGCGATGGACGTGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGGT‑GGAAAAcgcg > 4:787649/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTGGGTGGCGAGTTTTTGGTTTCTGGGTGCGGTGGTTTGTGGGGTGCCCGGGCAGTTTTAAGGCGGTGCGCGCCGGCTGGGAAAcccg > 1:377993/1‑138 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCGTTGCTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACcgcg < 5:717625/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTGCTGGGGTGGGTGGGGAGGTTTGGGTTGGTGGTTGCGTGCGTTGGTGGGCTTGCCGTGCCGTTTTTCGGCGGTGCGCGCCGGGT‑GGGAACcgcg > 4:271746/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTATGGTGTGGGTGGCGAGTTTGATGTTTCTGGTTGCGTTAGTTTGTGCGCTGACCGTGGAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACcgcg > 2:32874/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGGCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTAATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACcgcg < 5:664777/140‑1 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTTGGTGGCGAGTTTTAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTTGTGGGATGGCCCTGCAGTTTATAGGCGGGGCGCGCCAGCT‑GGAAACCccggc > 4:15520/1‑140 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCAACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCGGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTTCGTTCGTTGGTGGGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCgcggc < 6:808167/140‑1 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGGGTGGGGGGCGAGTTTGAGTTTTGAGGTTGCGTTCGTTGGGGGGCTGCCCGTGCAAGTTATCGGAGGGGCGCGCCTGCT‑GGGAACCgcggcg > 4:348864/1‑140 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGTGGGGGTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTAGTTTGTGCGATTACCGGGCAGGTTTTAGGGGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCgcggcg > 6:418264/1‑140 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTATGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCGTGTTGCGTTCGTTGGTGCGTTGACCGTGGAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGGAACCccggcg > 4:865327/1‑140 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGGTGGCGAGTTTTAGTTTTGTGGGTGGGGTAGTTGGTGCGGTTACCGTGCAGTTTTTAGGCGGGGCGCGCCGGCG‑GGAAAACgcggcg > 6:184594/1‑140 (MQ=255)
aCGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGTTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCggg < 5:152701/140‑1 (MQ=255)
gCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTa < 4:126978/140‑1 (MQ=255)
gCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCGGGTGTGGCTGGCGAGGTTGAGTTTGGTGGGTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGGGGAGTTTTTCGGCGGTGGGCGCAGGCT‑GGAAACCGCGGCggggt > 4:591829/1‑138 (MQ=255)
tGAACGATCTGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGGGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTAtt < 1:828701/140‑1 (MQ=255)
aaCGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTTGGTGGCGAGGTTGTGTTTTGTTGTTGGGTTCGTTGGTGCGGTGACCCAGCAGTTTATATGCGGTGCGCGCCGGCT‑GGTAACCCCCGCggggtttaa > 5:793699/1‑134 (MQ=255)
tatGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTGGCTGGGGAGGTTGTGTTTTGTGGTTGGGGTGGTTGGTGGGATGTCCGTGCAGTTTATAGGCGGGGCGCGCCTGCT‑GGCAACCGCGGCGGGTATTAATTAtt > 1:388109/1‑139 (MQ=255)
atGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGGGTGGGTGGCGATTTTGTGTTTGGTGGGTGCGTTGGTTGGTGGGGTGTCCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGACACCCCGGCGGGTGTTGCATATGa > 2:490632/1‑140 (MQ=255)
gCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGaaa < 1:198213/140‑1 (MQ=255)
gCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCGGGTGTGGGTGGGGAGTTTTAGGTTGGTGGGGGGGGTCGTTGGTGCGCTGACCCGGCCGGTTTTCCGCGGTGCGCGCCCGCT‑GGAAACCGGGGCGGGGTGTCCGTATGAAACCGGgcg > 6:154389/1‑139 (MQ=255)
ggtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCTATGACGGTGCTGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCG‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATTAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 6:502467/139‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 3:218999/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGGGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 7:814150/138‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGGTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 7:165527/138‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGGTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 4:828155/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGGTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAACCCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 5:873479/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTGCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGGTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 3:708616/140‑1 (MQ=255)
gtgttctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGATTTTGCTGGTTGCGTTCGGTGGTGCGATGCCCGGGGACTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAAACGCCGCGGGTATTACTTAAGAAAACGCGCAGCTGATTTTATGTAta > 4:287040/4‑139 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGTTTGCGTTCGTTTGTGCTATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACAGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 8:475963/138‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 2:758874/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 3:768895/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 3:590726/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 6:301082/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 5:799262/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGGTGGCGAGTTTGAGTGTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGACTGCT‑GGAAACCGCGTCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTTTCAGCAtt < 5:219345/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 4:168647/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 3:129659/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGGTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 7:266017/138‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGGTTGAGGTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGGTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 3:337780/140‑1 (MQ=255)
gggTGTGGATGGCGTTGTTGCGTGTTCGGGGTGCTTTCGTTGGTGAGATGACCGTGCATTTTATCGGCGTGGCTCGCCTGCT‑GTACACCGCGGCGGGTATTCATTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 2:269676/139‑1 (MQ=255)
gtgtGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTTCGGTAGTTGGTGCGATGACCGTGCATTTTATAGGCGGTGCGCGCCTTCT‑GTAAACCCCGGCCGGTATTCCTTATGAAAACGGGCTTCTGATTTTAGGTATCAGCAtt > 7:575388/1‑138 (MQ=255)
gtgtGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATTAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCATCATTGc > 1:946780/1‑140 (MQ=255)
gtgtGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCCCCAGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCTGTATCAGCATTGc > 6:282793/1‑140 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTCTCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 2:222136/140‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGGGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 3:615593/140‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCGGTGGTGCTATGACCGTGCAGTTTATCTGAGGTGCGCGCCTGCT‑GGATACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCCGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 5:671182/140‑1 (MQ=255)
ggtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTTCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 1:927114/139‑1 (MQ=255)
ggtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 3:224813/139‑1 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 1:751613/1‑140 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATATTCGGTATCAGCATTGCGtt > 4:620623/1‑140 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGAGTTTGATGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAACACGGGCTGCTGATTTTCGGGATCAGCATTGCGtt > 6:133667/1‑140 (MQ=255)
gggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGAGGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGAATTTCGGTATCAGCATTGCGtt < 1:24505/139‑1 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 7:824806/131‑1 (MQ=255)
tggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGAGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTTTTCCTTATGAAACCGGGCTGCGGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGt > 7:281625/1‑138 (MQ=255)
ggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCTTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGGGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGta < 8:61560/138‑1 (MQ=255)
ggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGAAGTTTATCGGGGGGGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGtata < 6:569028/140‑1 (MQ=255)
ggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGGGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGtata < 6:569023/140‑1 (MQ=255)
ggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGGTAGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTTTCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGtata < 1:108528/140‑1 (MQ=255)
cGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCTTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGAGGAGGGTATTCCTTATGAAAACGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATAcc > 6:705761/1‑140 (MQ=255)
agtttgagtttgCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTACGGTATCAGCATTGCGTTGTATAcc > 7:259745/1‑138 (MQ=255)
tgCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTggcggc > 4:493527/1‑140 (MQ=255)
gttcgttGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTGGCGGCTTTCgcgc > 7:655446/1‑138 (MQ=255)
gttcgttGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTGGCGGCTTTCGCGCCa < 4:538050/140‑1 (MQ=255)
gttcgttGGTGCGATGACAGTTCAGTTTATCGGCGGGGCGCGCCTGCT‑TGAATCCGCGGGGGGTATTACTTATCAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTGGCGGCTTTCgcgc < 7:407500/138‑1 (MQ=255)
|
TTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCT‑GGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCTTTGGCGGCTTTCGCGCCA > NZ_CP022686/2148004‑2148279
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
