Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A26 F2 I0 R1
|
64 |
5414.3 |
5027226 |
98.2% |
4936735 |
134.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,408,861 |
Δ1 bp |
100% |
pseudogene (1097/3115 nt) |
mdtF → |
multidrug efflux pump RND permease MdtF |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,408,861 | 0 | T | . | 99.1%
| 522.0
/ ‑3.0
| 113 | pseudogene (1097/3115 nt) | mdtF | multidrug efflux pump RND permease MdtF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base . (51/61); total (51/62) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
AAGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAATTCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCATCG > NZ_CP022686/2408728‑2408996
|
aaGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTTTTCAGGAAGTTTTCAACACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAAtcatc > 4:415845/1‑134 (MQ=255)
gACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGCATTTCCGCGCCACAA‑TCATccc > 1:54861/1‑138 (MQ=255)
tttATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGAtt > 6:88313/1‑140 (MQ=255)
tATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGAtt > 2:61953/1‑138 (MQ=255)
aTCCTTACGACACCTCACCGTTTATCAAAATTTCTATTCCTGATGTTTTCTAAACGCTGGTTGTGGCTATCTTCCTCGTCTTCGTGGTCATGTTTCTGTTTTTGGAGAATTTCGGCTGCAC‑ATTGATCCGGACGATTg < 4:532994/138‑1 (MQ=255)
tACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTAcc > 6:281721/1‑140 (MQ=255)
accacaccacaccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAATACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATTTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTAc < 2:28018/135‑1 (MQ=255)
cGACACCACACCTTTTATCAAAATTTCTAATCAGGAAGTTTACAAAACGCTGGTTGAGGCTATAATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTCTTTTAGAAGAAATTCCGCGCCACAA‑ACATCCCACCGCTTGCCGTAcc > 8:6537/1‑138 (MQ=255)
cGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTAcc > 3:139056/1‑138 (MQ=255)
cGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTg > 8:363675/1‑131 (MQ=255)
cGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTg < 7:363675/131‑1 (MQ=255)
cGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTAcc > 1:519306/1‑138 (MQ=255)
cGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTAcc > 4:254593/1‑138 (MQ=255)
cGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTAcc > 7:150951/1‑138 (MQ=255)
cGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCAGACGATTGCCGTAcc > 4:110070/1‑138 (MQ=255)
cGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTAGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCTCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTAcc > 2:385075/1‑138 (MQ=255)
gACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTTAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCAACAA‑TCATCCCTACGATTGACGTACCg > 4:159119/1‑138 (MQ=255)
gACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCTTCTGCCTGGTCATGTATCTGTTTTTTCAGAATATCCTCGCAACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCg > 3:41428/1‑138 (MQ=255)
cacaccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCggtggt > 2:629524/1‑138 (MQ=255)
cacaccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTa > 6:113766/1‑140 (MQ=255)
cacaccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGATGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTTGTCATGTATCTGATTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCggtggt < 8:168821/138‑1 (MQ=255)
caccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTa > 3:451885/1‑138 (MQ=255)
ccGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTAtt > 1:202181/1‑138 (MQ=255)
tttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATtctc < 8:418652/138‑1 (MQ=255)
tttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCgg > 6:194929/1‑140 (MQ=255)
tttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATACTCGTATTCATGGTCATTTATCTGTTTTTGAAGAATTTCAGCGCCACAA‑TAAACCCGACTTTTGACGTTACGGTGGTTATTCTCgg > 5:52587/1‑140 (MQ=255)
tttATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTGTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTTGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTCCCGGTGGTTATtctg > 2:211200/1‑137 (MQ=255)
ttgaTCAAAATTTCTAATCAGGAAGATTTCAAAACGCAGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTACCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTTCCGTCCCGGTGGTTATtctc > 8:243062/4‑138 (MQ=255)
tATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCgg > 8:557470/1‑138 (MQ=255)
tATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCgg > 3:82507/1‑138 (MQ=255)
tATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCgg > 1:214954/1‑138 (MQ=255)
cAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGt > 6:463821/1‑140 (MQ=255)
aaaTTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGt < 2:519306/138‑1 (MQ=255)
gTTTTCAAAACTCTGGTTGAGGATAACATCCACGGCTTCCTTGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGcggt < 5:33378/140‑1 (MQ=255)
gTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTcggcg < 3:513877/138‑1 (MQ=255)
aaaCGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTc > 5:108318/1‑140 (MQ=255)
aaCGCTGGTTGAGGCTATCTTCCTCGTCTTCCTGGGCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TGATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGttt < 8:229358/138‑1 (MQ=255)
aaCGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCa < 6:16470/140‑1 (MQ=255)
aaCGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCa < 6:16467/140‑1 (MQ=255)
tGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTTGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCa < 1:293469/138‑1 (MQ=255)
tGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTTCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATc < 6:303590/140‑1 (MQ=255)
tGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATc < 6:442355/140‑1 (MQ=255)
ggTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCT‑ATTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATc < 7:144710/138‑1 (MQ=255)
gTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCTGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATc < 7:335890/138‑1 (MQ=255)
gTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATc < 2:456556/138‑1 (MQ=255)
gTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATc < 4:417189/138‑1 (MQ=255)
gTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATACCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCaa < 5:591767/140‑1 (MQ=255)
gTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGAGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCaa < 5:595046/140‑1 (MQ=255)
gTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTGGAAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCTTCCCGACGATAGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATc < 3:590017/138‑1 (MQ=255)
tGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAaca < 5:281721/140‑1 (MQ=255)
ggCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAacac < 3:630759/138‑1 (MQ=255)
ggCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAacac < 2:644733/138‑1 (MQ=255)
ggCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAacac < 2:182489/138‑1 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTCGTGTTCATGTATGTGTTTTTTCAGAATTTCCGCGCCTCAA‑TCATCACGACGATTGCCGTACAGGTGGTTATTCTGCGGACGTTTGCTATCTTGTCGGCTGTCGGTTTCACCATCAACACGTTaa < 4:285042/138‑1 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTaa < 2:214954/138‑1 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACt < 5:113766/140‑1 (MQ=255)
tcatcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGCCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACt > 5:548545/1‑140 (MQ=255)
ccatcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGAGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACt < 6:581867/139‑1 (MQ=255)
ccatcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTGTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTaa < 4:377562/137‑1 (MQ=255)
atcCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACt > 1:224889/1‑138 (MQ=255)
tCTTCCTGGTCATGTATCTTTTTTTTCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTTCCGTACCGGTGGTTATTATCGGTACTTTTGCGATCTTTTCGGCGGTAGGTTTCTCAATCAACACGTTAACTATGTTCg > 1:86026/1‑138 (MQ=255)
tCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCATAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACAGGTGGTTATTCTCTGGACGTTTGCGATATTGTCGGCGGTCGGTTTCACAATCAACACGTTAACTATGTTct > 1:198982/1‑137 (MQ=255)
tCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCCGTTTCACCATCAACACGTTAACAATGttag > 1:646066/1‑136 (MQ=255)
cgtCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATGTCCGCGCCCCAA‑GCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCgg < 8:483966/136‑1 (MQ=255)
cTTCCTTGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATATCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGGCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGa < 6:58038/140‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTTTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGa < 6:311729/140‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCgg < 2:198979/138‑1 (MQ=255)
cTTCCTGGTCATGTATCTGATTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCgg < 2:18995/138‑1 (MQ=255)
cTTACTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTAGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCgg > 8:95169/1‑138 (MQ=255)
tCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGa < 3:210363/138‑1 (MQ=255)
tGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATgg < 7:3807/138‑1 (MQ=255)
tGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTAACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATgg > 1:564928/1‑138 (MQ=255)
tGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGAGCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATgg > 8:377095/1‑138 (MQ=255)
tGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCAGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTATCTGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGCTTTCACCATCAACACGATAACAATCATCGGTATgg > 1:208467/1‑138 (MQ=255)
tCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGc > 4:419259/1‑138 (MQ=255)
tGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCAGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTCCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTAAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCg > 5:87388/1‑140 (MQ=255)
tctCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATAGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGCGACGTTTGCGATCGTGTCGGCGGTCGGGTGCACCATCAACACGGTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGAt < 6:446227/138‑1 (MQ=255)
tATCTGTTTTTTCAGAATTTCCGAGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTTCCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGAGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCg < 7:164001/138‑1 (MQ=255)
tATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCTCAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACGTGTGGGTATTCTCGGGACGTGTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGTGAGGGTGCTGGCg < 4:181172/138‑1 (MQ=255)
tATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCg < 3:254593/138‑1 (MQ=255)
tATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCg > 4:625484/1‑138 (MQ=255)
tATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGAt < 5:41597/140‑1 (MQ=255)
tATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGGTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGGCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGAGGGTGCTGGCg < 7:158535/138‑1 (MQ=255)
tATCTGATTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGGACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGTTCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACTTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCg < 4:295508/138‑1 (MQ=255)
aTCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATAGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGAACTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTAAGTTCGGGATGGTGATGGCGa > 8:110743/1‑138 (MQ=255)
tggttttGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGGTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGGCGGTTTCACCATCAACACGGTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAggg < 6:259190/137‑1 (MQ=255)
gTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAgg < 3:465632/138‑1 (MQ=255)
gTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAgg < 7:86720/138‑1 (MQ=255)
ttttGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCCCCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAgggg > 3:34/1‑137 (MQ=255)
tttGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGAAGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGTGtt < 1:549348/138‑1 (MQ=255)
tGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTAc > 7:473804/1‑138 (MQ=255)
tGCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTAc > 1:278241/1‑138 (MQ=255)
gCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGGTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACt < 2:415920/138‑1 (MQ=255)
gCAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATACCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTAGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGTCGATAGGGTTACt < 4:200819/138‑1 (MQ=255)
cAGAATTTCCGCGCCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGTTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACtg > 1:175703/1‑138 (MQ=255)
cgcCACAA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCa > 6:202145/1‑140 (MQ=255)
cacaA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACTTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCAt < 1:52507/138‑1 (MQ=255)
cacaA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCATCg < 5:600543/140‑1 (MQ=255)
cacaA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGGTACTGGTGGATGACGCCAt < 7:567591/138‑1 (MQ=255)
cacaA‑TCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGGCGGGTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCAt < 4:536927/138‑1 (MQ=255)
|
AAGACGGTTTATCCTTACGACACCACACCGTTTATCAAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACGCTGGTTGAGGCTATCATCCTCGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGCGCCACAATTCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTAACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCATCG > NZ_CP022686/2408728‑2408996
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
