Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A27 F36 I0 R1
|
164 |
7919.5 |
7665810 |
98.4% |
7543157 |
135.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,148,122 |
T→G |
14.2% |
S128R (AGT→AGG) |
panF → |
sodium/pantothenate symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,148,122 | 0 | T | G | 14.2%
| 272.4
/ 9.4
| 165 | S128R (AGT→AGG) | panF | sodium/pantothenate symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/86); new base G (21/7); total (72/93) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.08e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
TTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACC > NZ_CP022686/2147983‑2148257
|
ttCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCgagt < 1:151479/140‑1 (MQ=255)
aGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGCTGGGgagtttg > 3:733304/1‑140 (MQ=255)
cTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCgagtttga‑g < 1:385844/140‑1 (MQ=255)
ccTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGGGGTGTGGCGGGGgggtttgg‑gttt > 7:835309/1‑140 (MQ=255)
tGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGTGGTGCTGGCgacgttga‑gttttg > 2:532199/1‑138 (MQ=255)
tCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGtt < 2:437328/140‑1 (MQ=255)
tCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTATGGTGTGGCGGGCGCGTTTTA‑GTTTGGAGGtt > 3:150333/1‑140 (MQ=255)
tCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTATGGGGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGATTGtt > 7:698570/1‑140 (MQ=255)
tGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTAGGGTGTGGCGGGGGAGTTTGA‑GTTTGCTGGtttg > 2:679216/1‑138 (MQ=255)
gggtttCGCTCTGTATTCTCGGCTAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGAAGCTGATCGATATGGTGTTTGCCCGGTTCGAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGcg < 7:395118/137‑1 (MQ=255)
ggCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGcg < 3:705226/140‑1 (MQ=255)
cgcgcgGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 8:534925/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 5:156011/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATGCTCGGCAAGAAGTGCGCAATTCTTGCGCGCCGCAACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGcggtcgtt < 6:784302/140‑1 (MQ=255)
gCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGTGTGGGTTGCGGGGTTGA‑GGTTGCTGGTTGgggtcggtt > 1:728572/1‑137 (MQ=255)
cTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTgg < 3:307358/140‑1 (MQ=255)
ggTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTTGTGTGGGGGGCGGGGTTTG‑GTTTGGTGGTTGCGTTGggtggttg > 6:905234/1‑138 (MQ=255)
tctcGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGa < 1:979314/140‑1 (MQ=255)
ctcGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCGGGCGTGTTTGA‑GTTTGGTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGGTggc > 2:844680/1‑138 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCTCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGGTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 6:511633/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCGGGTGTGGGGGGGGAGGTTGT‑GTTTGGTGGTTGGGGTGGTTGGTGGGAGGGCCggg > 2:736629/1‑138 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 5:912260/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGGTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 2:936288/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGAGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 3:861668/140‑1 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCAGGTGTGGGTGGCGAGTTTGT‑GTTTGCTGGTTGGGTTCGTTGGTGCGATGAACGTgga > 8:236179/1‑138 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGTGTGGCTGGCGAGTGTGT‑GTTTGGGGGTTTGGGTGGTTGGTGGGATGACCggggc > 8:11682/1‑136 (MQ=255)
gCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGGGTGGCGGGCGGGGTTGT‑GTTTGGTGGTTGGGTTCGGTGGTGGGTTGACCGTGCCGtttttagg > 7:358703/1‑135 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATCTGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGGCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgcgc < 3:572304/140‑1 (MQ=255)
ccgcTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTGATGGTGTGGATGGCGCATTTGA‑GTTTGGTGGTTTGGGTCGTTTGTGCGCTGACCGGGCAGTTTATAGGCGGTgcgcggcagg > 6:867616/1‑135 (MQ=255)
cgcgACAATGCGGTGACTCTGAACGTTCTGCTGGTTGCCCGCTACCATAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGATTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGAGCGATGACCGTGCAGTGTATCGGCGGTGCGCGCctgct < 1:762335/140‑1 (MQ=255)
tGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGGGTGGTGTTGGTGGGGAGGTTGT‑GTTTGGTGGTGGGGGTGGTTTGTGGGGTGCCCGTGGAGTTTTTAGGCGGTGGGCGCCGGCTGGAAAccc > 2:642635/1‑139 (MQ=255)
gggTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCTTCTTCTGGTGTGGCTGGCGTGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGGGCGATTACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 4:47838/139‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTTGTGTGGGTGGGGAGTTTGT‑GTTTGGGGGTTGGGGTCGTTGGGGCGATGCCCGTGGAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCGGCTGGAAACcgcg > 3:961284/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGTGTGGGGGGGGAGTTTGA‑GTTTGGTGGTTGCGTTCGTTGGGGCGCTGACCGGGCAGGTTATCGGCGGGGAGCGCCTGCTGGCAACcccg > 4:337556/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGAGTGGTGGGTGGCGAGTTTGA‑TTTTTGTGGTTGGGTTAGTTGGTGCGATGTACGGGAAGTTTATAGGCGGTGTGCGCCAGATGGaacacgac > 8:481202/1‑134 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTTA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 5:285984/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 5:375520/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 3:840917/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGCGGGCGCGGTTGA‑GTTTTCTGGTTGCGTTCGTTGGGGGGAGGCACGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGTAACcgcg > 4:910824/1‑140 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGGGTGGCTGGCCAGTTTTA‑GTTTGGTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGCCAGTGAAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCTGGACACCgaggg > 7:456605/1‑139 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGCTGGCGAGGTTGA‑GTTTGGGGGTTTCGTTAGTTGGTTCGATGACCGTGCACTTTATAGGCGGGGCGCGCCTGCTGGAAAcccccgc > 6:340700/1‑135 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCAGGGGTGGCTGGGGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGAGGTGACCCGGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCCGCTGGCAAACccggcg > 4:483014/1‑140 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTTGGTGGCGAGTTTTATGTTTG‑TGGTTGCGTTCGGTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTTTCGGCGGTGCGCGCCGGCTGGAAACCgcggcg > 2:962730/1‑140 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGGGGGCGAGTTTTT‑GTTTGGGGGGTTGGTTCGTTGGTGGGATGACCGTGGCGTTTATAAGCGGTGCGCGCCTGCAGGAAAACgcggcg > 8:737529/1‑140 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GGTTGCGGGTTGCGTTCGTTTGTGGGATTACCCGGCAGTTTATAGGGGGTGCGCCCCGGCTTGAACACgcggcg > 4:845855/1‑140 (MQ=255)
gacagaCGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTa < 7:246826/135‑1 (MQ=255)
gCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTa < 3:788724/140‑1 (MQ=255)
aaCGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGGGTGGCTGGCGGGGTTGA‑GTTTGGTGGTTGCGGTGGTTGGTGGGCTGCCCGAGGAGGTTTTAGGCGGTGCGCGCCAGCTGGCAAACGCGGCCGGGAtttc > 8:362302/1‑138 (MQ=255)
gATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTa < 8:340168/140‑1 (MQ=255)
atatGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGGGTGGCGGGCGAGGTTGA‑GTTTGCTGGTTGGGGTAGTTGGTGCGCTGACCGTGCAGTTTATAGGCGGGGCGCGCCAGCTGGGAACCCCCGCGGGGATTACGTAt > 4:661631/1‑140 (MQ=255)
tatGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTAAGGTGTGGCGGGGGAGGTTTA‑GTTTGCTGTTTTTGGTATTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTTAAGGCGGAGCGCCGCAGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTGCtattt > 6:20499/1‑136 (MQ=255)
atGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGGGTGGGTGGCGAGGTTGA‑GTTTGCGGGTTGGGGTCGGTGGTGGGATGACCGTGGAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTGCGTAtta > 3:449081/1‑138 (MQ=255)
gCTGTGTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGATGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGaaa < 7:539081/140‑1 (MQ=255)
tttGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCAGGTGTGGGGGGCGAGTTTTA‑GTTTGCAGGTTGCGTTGGTTTGGGAGAGGAACGTGCAGTTTATAGGCGGGGCGCGCCTGGAGGTACCAGCCGCCGGTATTACCTGAGAAAcccg > 4:734400/1‑138 (MQ=255)
tGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTGGGTGGCGAGTTTGA‑TGTTGGTTGTTGCGGTGGTTGGTGGGATGACCCTGGAGGTTATCGGCGGGGCGCGCCGGCGGGAAACCGCGGCGGGGGTTGCATATGCAAACgggg > 2:99682/1‑139 (MQ=255)
cAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTCTCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGAtttt < 8:276717/140‑1 (MQ=255)
cAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGAtttt < 7:143015/140‑1 (MQ=255)
tcgtcTTCTGGTGTGGCGGGCGAGGTTTA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGGGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCAGCTGGTAACCGCGGCGGGTAATCCTTATGAAACCCGGCTGCAGATTTTAGGtt > 2:699039/1‑139 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCTAGTTTGT‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 3:318357/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGGCTGCTGGAAACCGCGGCGTGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 3:764009/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTGGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 6:591971/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGGGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 8:39493/140‑1 (MQ=255)
gtgttatGGTGTGGCTGGCGAGTTTTA‑TTTTGCTGGTTGCGGTCGTTGGTGCGATTACCGAGCAGTTTATAGGCGGTGGGCGCCTGCTGGAAAACGCGGCGGGGTTTCATTATGTAACCCGGCTGCGGATTTTAGGTAta > 2:341834/7‑139 (MQ=255)
gtcgtcTGGGGTGGCGGTCGAGTTTGT‑GTTTTGTGGTTGCGGTCGTTGGTTCGATGACCGGGCCGGTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGTAAACGCGGCGGGGTTTTCTTTTTAAAACAGGCTGGGGATTTTAGGTAtt > 6:429215/1‑139 (MQ=255)
gcttctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGATGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCa < 5:49349/139‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 1:249485/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 5:813441/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 1:476524/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTGCGTTGGTGCGATGACCGGGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 1:764089/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTGTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTAGCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 4:374327/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGGTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 5:614882/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCGGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTGCGTGGGTGCTATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 7:29336/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 1:773723/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 3:585140/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 1:111851/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 2:840339/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 5:142643/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTGGCGTGCGGGGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCTGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTAATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 1:635045/140‑1 (MQ=255)
gcgtgtGGCTGGCGAGTTTGA‑GTGTGCGGGTAGCGCTCGTTGGTGCGAGGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGGATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATGTTCGGTATCAGCAtt < 5:703397/138‑1 (MQ=255)
ggTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGTAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGTCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTg < 5:81213/140‑1 (MQ=255)
gtgtGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGCCCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGCTATTCCTTATGAACCCGGGCTGCTGATTTTAGGTATCAGCATTGc > 2:604252/1‑140 (MQ=255)
gtgtGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGc > 8:635533/1‑140 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 4:405323/140‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 4:285875/140‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCGGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 2:279881/140‑1 (MQ=255)
ggtgGCTGGCGAGGTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGGGTAGCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 7:856897/139‑1 (MQ=255)
ggtgGCTGGCGAGGATGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGGTGGTGCGATGCCCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 3:176038/139‑1 (MQ=255)
gtgGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGt < 3:666263/140‑1 (MQ=255)
gtgGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGt < 5:734294/140‑1 (MQ=255)
gtgGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGGTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGt < 1:956764/140‑1 (MQ=255)
gtgGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGGTGCGTTCGTTGCTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGt < 7:487292/140‑1 (MQ=255)
gtgGCTGGCGAGTTTGA‑GGTTGCTGGTTGCGGTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGGGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGt < 1:97063/140‑1 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTTCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 3:481279/1‑140 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTCGAAACCGCGGCGGGTATTCCATATGAAACCGGCCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 2:416695/1‑140 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGA‑GCTTGCTGGTCGCGGTCGTTGGTGCGCTGACCGTGCAGCTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt < 6:358292/140‑1 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCTGCATTGCGTTGt > 7:728270/1‑140 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa > 4:151294/1‑131 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGt > 4:547055/1‑140 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTACGTTGGTGCCATCACCGAGCAGTTTATCGGCGGTCCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTAAGAAACCGGGCTGCTAATATACGGTATCAGCATTCCGTTGt > 6:661973/1‑140 (MQ=255)
gtggagtttgt‑gtttGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGCCCGTGCAGTTTATAGTCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCTCGGCGTGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGATGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGtata < 3:395835/137‑1 (MQ=255)
|
TTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGA‑GTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACC > NZ_CP022686/2147983‑2148257
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
