Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A29 F11 I0 R1
|
249 |
11230.8 |
10274356 |
98.4% |
10109966 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,148,122 |
T→G |
8.1% |
S128R (AGT→AGG) |
panF → |
sodium/pantothenate symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,148,122 | 0 | T | G | 8.1%
| 403.1
/ 2.9
| 206 | S128R (AGT→AGG) | panF | sodium/pantothenate symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (63/119); new base G (17/6); total (81/125) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
TTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATAC > NZ_CP022686/2147983‑2148256
|
cTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAGGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCgagtttgag < 7:569136/140‑1 (MQ=255)
cTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGATTGCCCGCTACCAGAGGCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCgagtttgag < 7:942860/140‑1 (MQ=255)
tGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTCCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGc < 2:493790/140‑1 (MQ=255)
aGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTgg < 1:781714/140‑1 (MQ=255)
aGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTgg < 1:984898/140‑1 (MQ=255)
tCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGtt < 6:146210/140‑1 (MQ=255)
tGGCATTAGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGAGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACCATATCCTGTTAGCCCGCTACCAGAGTCGTATGACGTTGTG‑GGTGGCGTGGTTGAGTTTGcgtgtttg > 1:642143/1‑133 (MQ=255)
ggCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTg < 3:1006133/138‑1 (MQ=255)
gCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGGGTG‑GGGGGGGGGGTTGTGTTTGGTGGTTgg > 3:630456/1‑137 (MQ=255)
cTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGGGTG‑GCAGGCGAGTGTGATTTTTGAGGTTGcggt > 6:286851/1‑138 (MQ=255)
tCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTATGTTGTG‑GGTGGGGAGTTTGTGTTTTGTGGTTGcgttggt > 5:256475/1‑140 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 2:1110382/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGGCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGcgttcgtt < 6:744683/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTGCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCAGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 6:638745/140‑1 (MQ=255)
gCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGGTTGGGGGTTTGGTTCGTTg > 8:316003/1‑140 (MQ=255)
cTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGTTGGGTG‑GCGGGCGAGTTTGAGTTTGCGGGTTGcgttggtt > 4:272612/1‑138 (MQ=255)
tCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCGGGTGTG‑GGGGGGGGGGTTGTGTTTGCTGGTTGGGGTGGTTg > 4:1025121/1‑138 (MQ=255)
ggTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGGTGTGTT‑GGTGGCGTGGTTGTGTTTGGTGGTTGCGGTCGGTggggg > 1:741476/1‑137 (MQ=255)
tATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGa < 2:63590/140‑1 (MQ=255)
tATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGa < 5:1248696/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGGGTGGGGTG‑GGGGGGGGGGTTGTGGTTGGGGGTTGGGTGCGGTGGTGGGATGGCCggg > 5:194571/1‑138 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCg < 4:4908/138‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 7:916535/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 1:269287/140‑1 (MQ=255)
cAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGt < 3:1132539/138‑1 (MQ=255)
cAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGc < 7:1118371/140‑1 (MQ=255)
agaagTGCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGGTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAg < 2:333872/140‑1 (MQ=255)
gaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTGCTGGTGGG‑GCTGGGGAGTGTGTGTTTGCTGGGTTGGGTGGGTGGTGGGCTGCCCGTGCa > 4:1242629/1‑138 (MQ=255)
ttCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGTTATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTAt < 2:589028/140‑1 (MQ=255)
tCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGTGTGTGGTGCCG‑GGGTGTGGTTTCTGGGGGCGGTGGGTGGTGGGTTGACCGTGGAGTTTAta > 5:45062/1‑139 (MQ=255)
gCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATcgg < 2:427263/140‑1 (MQ=255)
ttGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGGGGG‑GGGGGCGGGTTTGAGTTTGGTGGTTGGGTTGGGTGGTGGGATGACCGGGCAGTTTTTAGGCGGGgcg > 6:1176341/1‑140 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGGCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGGTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgcgc < 7:392459/140‑1 (MQ=255)
cgccgcTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTAGGGTGTG‑GCTGGGGTGTTTGAGTTTGGTGGGTGGGGTCGGTGGTGCGATGGCCGTGCAGTTTTTAGGCGGGGCGCGccg > 1:99264/1‑139 (MQ=255)
gcTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGGCTGGTGGG‑GGTGGGGGGTTTGAGTTTTGTGGTTGGGGTGGTTGGTGGGCTGGCCGTGCAGTTTTTCGGGGGGgcgcggcggc > 3:949520/1‑133 (MQ=255)
gcTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTGGTTGGTGCGATGACCCTGCAGTTTATCCGCGGGGCGCGccggg > 4:924172/1‑135 (MQ=255)
tGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCACGCTACCAGAGTCGTGTTGTGGTGTT‑GCTGGCGTGTTTTGGTTTTGGGGTTGCGTTGGTTTGGTCGATGACCGTGGCTTTTATAGGCGGTGCGCGACTTCGGGAAAccc > 8:1210075/1‑139 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCTTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 6:948357/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 6:404133/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 6:610077/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 1:1062922/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcg < 3:970366/138‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcg < 3:28338/138‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGTGTG‑GGGGGGGAGTTTGAGTTTTCTGGGTGCGTTGGTTGGTGGGATGACCCTGGAGTTTATAGGCGGTGCCCGCCGGCGGGTAACcgcg > 6:584372/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCGGTGTGCCCGCTACCAGAGTCGGCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 7:170674/140‑1 (MQ=255)
cGGGGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 6:1220137/140‑1 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGTGGTGTG‑GGTGGCGAGTTTGAGTTTGCGGGTTGCGGTGGTTTGTGCGATGACCGAGGCGGTTTTAGGCGGTGCGCGCCAGCGGGAAAcccccgc > 2:720960/1‑135 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGTGTG‑GGGGGCGAGTGTGAGTTTGGGGGTTGCGTTAGTTGGGGGGATGACCGGGCAGTTTATCTGGGGTGGGCGCCGGCGGGAAACCccggc > 2:1176657/1‑140 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGGGTTAGTTGGTGAGATGAACGTGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCTGGaaaacccg > 4:970366/1‑133 (MQ=255)
tGACGCTGACCGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGCGTCGTCTTCTGGGGGT‑GGGGGCGGGGTTTATTTTGGTTGTTGCGTTAGTGGGTTCGCTGGCCGTGCAGTTTTTAGGCCGTGCGCGCCGGGAGGAAAACgcggcg > 8:1110631/1‑140 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGTGTG‑GCGGGCGAGTTTGAGTTTGGTGGTTGCGTTGGTTGGTGCGAGGACCGTTCAGTTTATCGGCGGGGAGCGCCGGCTGGTAACCccggcg > 1:336139/1‑140 (MQ=255)
aCGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCGGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCggg < 8:36538/140‑1 (MQ=255)
tGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTAtt < 5:814460/140‑1 (MQ=255)
tGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTAtt < 6:247362/140‑1 (MQ=255)
aaCGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GGGGGCGAGTTTGATTTTTGTGGTTGGGGTGGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATAGGGGGTGCGCCCCTGCTGGAAACCGCGGCggggtttta > 2:459963/1‑134 (MQ=255)
gATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTa < 8:661327/140‑1 (MQ=255)
tatGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGGTTTAGTTTGCTGGTTGGGGTAGTTGGTGGGATGACCCGGGAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCCGCAGGCAACCGCGGCGGGTTTTCCGTATg > 8:630721/1‑140 (MQ=255)
gCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTATGGTGTG‑GGTGGGGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGGTTATCGGCGGGGCGCGCCTGCGGGAAACACCGGCGGGGTTTGCTTagta > 4:671620/1‑135 (MQ=255)
tttGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTATGGTGTG‑GGGGGCGAGGTGGTGTTTGGTGGTTACGTGCGTAGGTGGGATGAACCTGCAGAGTATCTGCGGTGCGCGCCCGATGGGAACCCCGGCAGGTATTCCTTATTaaaaccg > 8:495898/1‑136 (MQ=255)
tttGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTAGGGTGTG‑GGGGGCGAGTTTTAGTTTTCTGGTTGCGTGGGTTGGTGGGATGACCGTGGAGGTTATAGGGGGTGGCCGCCTGCGGGCAACCGCGGCCGGGATTACGTATTAAACCgg > 8:840664/1‑140 (MQ=255)
tttGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGTGTG‑GCTGGCGAGGTTGGGTTTGGTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGGCTGCGGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCgg > 8:1015701/1‑140 (MQ=255)
tGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTTGTGTG‑TCTGGAGTGTTTTGTTTTGCTGGGTGCGTTAGTTGGTGCGATGACCGTGGAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAAACCCGGCGGGTATTACTTTTTAAACCgg > 4:990360/1‑138 (MQ=255)
cGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGgctgct < 6:786928/140‑1 (MQ=255)
agTCGCCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTACTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCgg > 2:861208/1‑140 (MQ=255)
gcgtcTTCTGGTGTG‑GCTGGCGATTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTa < 6:1266175/139‑1 (MQ=255)
ggtcTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 1:1159172/139‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 8:853633/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 5:931039/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 5:618354/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTAGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCTGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 3:432082/138‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGGTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 4:1117879/138‑1 (MQ=255)
cggcttctGGAGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAACCCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 2:44724/137‑1 (MQ=255)
gtcTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGc > 8:157021/1‑63 (MQ=255)
cttctGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTAGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCAGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTACTTATGAAAACGGGCTGCTGATTTTAGGTAta > 4:1214906/1‑137 (MQ=255)
tctGGTGTG‑TCTGTCGAGTTTTAGTTTGCTGGGTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCTGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCTGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 3:746196/138‑1 (MQ=255)
tctGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTTCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCTGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 8:721379/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGGTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 6:1058893/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTG‑GCTGGAGATTATGAGTTTGCTGGTTTCGTTCGTTTGGGCGATGAGCGTGCAGTTTATCTGCTGTTAGCGCCTGCTTGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGTGATGCTGATTTTCGGTATCAg < 4:859939/138‑1 (MQ=255)
tctGGTGTG‑GCTGGAGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGGTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGAGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 5:632835/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTG‑TCTGGCGAGTTTGAGTTGGCTGGGTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 7:501203/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 5:349626/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 7:645918/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACAGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCTGTATCAGCAtt < 6:204429/140‑1 (MQ=255)
tGGGGTG‑GCGGGCGAGGTTGAGTTTGATGGCTGCGCTCGTTTGTGCGCTGACCGTGGAGTTTATCGGCGGTGCTCGCCTGCTGGAAACCGCGGCTGGTATTCCTTATGTAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 8:776416/140‑1 (MQ=255)
gtgtgtG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTGGCTGGTTGCGTTCGTGGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGTGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 8:433135/138‑1 (MQ=255)
tgtg‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTTGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTg < 3:1206622/138‑1 (MQ=255)
tgtg‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 7:974244/140‑1 (MQ=255)
tgtg‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 1:1135124/140‑1 (MQ=255)
tgtg‑GCTGGCGAGTTTGAGAATGCTGGTTGCGTGCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTAGCGGCGGTGCGCTCCTGATGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTg < 4:1136097/138‑1 (MQ=255)
ggtg‑GCTGCCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTTCGTTCTATGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCTGTGCGCGCCTGATGTAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 6:85109/139‑1 (MQ=255)
tg‑gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 7:819907/1‑140 (MQ=255)
tg‑gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTAGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 7:691398/1‑140 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg > 7:1029219/1‑85 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcg > 3:509910/1‑83 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGTGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 3:1076100/1‑138 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCATCATTGCGTTGt > 6:878188/1‑140 (MQ=255)
ctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTg > 3:854296/1‑138 (MQ=255)
ggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGTCCGTGCAGGTTCTCGGCGGTGCGCACCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTCTTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGtata < 1:1001484/140‑1 (MQ=255)
ggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAACAGCATTGCGTTGtata > 1:1273698/1‑140 (MQ=255)
ggcGAGTTTGAGATTGCTGGTTGCGGTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCGGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGtata < 7:1179235/140‑1 (MQ=255)
|
TTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATAC > NZ_CP022686/2147983‑2148256
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
