Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A26 F36 I0 R1
|
149 |
10545.8 |
7272710 |
98.3% |
7149073 |
134.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,357,324 |
A→C |
22.1% |
N37T (AAC→ACC) |
dcrB → |
phage sensitivity protein DcrB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,357,324 | 0 | A | C | 22.1%
| 242.3
/ 28.0
| 163 | N37T (AAC→ACC) | dcrB | phage sensitivity protein DcrB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (87/37); new base C (2/37); total (89/74) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.07e-13 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
ATGGCCGTTTATCGAAAGGAAGAAGTCAATGCGCAATCTGGTTAAATATGTCGGAATTGGCCTGCTGGTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAACATGCATGTCTGGTCCGACGCCACAGGGCAGA > NZ_CP022686/2357187‑2357458
|
ttGGCCGTTTATCGAAAGGAAGAAGTCAATGCGCAATCTGGTTAAATTTGTCGTAATTGGCCGGCTGGTTTGGGGGCTTGCGGCGTGTGTTGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTGCGGGCGCATAAAGTaa < 4:32747/137‑1 (MQ=255)
aTGGCCGTTTATCTAAAGGAAGAAGTCAATGCGCAATCTGGTTAAATATGTCGTAATTGGCCTGCTGGTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATTATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGGTCGGTCGCAGAAAGTaa < 4:78737/138‑1 (MQ=255)
aTCGAAAGGAAGAAGTCAATGCGCAATCTGGTTAAATATGTCGGAATTGGCCTGCTGGTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGCCCggg > 2:600224/1‑138 (MQ=255)
aTCGAAAGGAAGAAGTCAATGCGCAATCTGGTTAAATATGTCGGAATTGGCCTGCTGGTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCggg > 8:153555/1‑138 (MQ=255)
agTCAATGCGCAATCTGGTTAAATATGTCGGAATTGGCCTGCTGGTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAAcc > 1:484387/1‑138 (MQ=255)
tGCGCAATCTGTTTAAATATGGCGGAATTGGCCGGCTGGTTAGGGGGCTTGCGGCGTGTGATTATAAATACACTAA‑CGCTAGGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTg < 2:862250/138‑1 (MQ=255)
tGCGCAATCTGGTTAAATATGTCGGAATTGGCCTGCTGGTTATGGGGCTTGAGGCATGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCTGGAATCCCGTCAACCTGCTTGAt > 5:375948/1‑140 (MQ=255)
cgcAATCTGGTTAAATATGTCGGAATTGGCCTGCTGGTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCTACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGAt > 8:316447/1‑138 (MQ=255)
agaaaTCAGGTTAAATATGACGGAATTGGCATGCTGCTTATGCGGCTTGCTGCCTGAGATGATAAAGACACTAC‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGTTCGCAGACAGTAACGAGACCGGCAATCACGTCAAACTGCTTTAt > 3:728797/4‑138 (MQ=255)
aaTCTGGTTAAATATGTCGGAATTGGCCTGCTGGTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCaa > 6:174601/1‑140 (MQ=255)
tCTGGTTAAATATGTCGGAATTGGCCTGCTGGTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCaa > 2:906273/1‑138 (MQ=255)
cTGGTTAAATATGTCGGAATTGGCCTGCTGGTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCaag > 2:846427/1‑138 (MQ=255)
gTTAAATATGTCGGAATTGGCCTGCTGGTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGCCACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCCACCTGCTTGATGGCaagttaag > 5:697150/1‑140 (MQ=255)
ttAAATATGTCGGAATTGGCCTGCTGGTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCTCAGAAAGTAACGCGACCGGGGATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCaagttaagt > 6:149231/1‑140 (MQ=255)
aaaTATGTCGGAATTGGCCTGCTGGTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCaagttaagt > 8:771612/1‑138 (MQ=255)
atagGTCGCAAGTCGCCTGCGGGTTATGGGGCTTGCGCCCTGTGATGATAAACCCACTAC‑CGCTATGGCGCCGGGTTCGGGCGCAGAAAGAACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGgtt < 4:906101/138‑1 (MQ=255)
tCGGAATTGGCCTGCTGGTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGCCCGGGAATCCCGTCATCCTGCTTGATGGCAAGTTATGTTTCTCGCTg > 6:286420/1‑140 (MQ=255)
ggAATTGGCCTGCTGGTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTg > 1:673511/1‑138 (MQ=255)
ggAATTGGCCTGCTGGTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTg > 3:136767/1‑138 (MQ=255)
ggAATTGGCCTGCTGGTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTg > 8:595935/1‑138 (MQ=255)
ggAATTGGCCTGCTGGTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTg > 4:203397/1‑138 (MQ=255)
taaTTGGCCTGCTGGTTTGGGGGGTGGCGGCCTGTTATTATAACGACACTAA‑CGCTATGGCGCTGGGTGCGGTCGAAGAAAGAAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGc < 1:256328/137‑1 (MQ=255)
taaTTGGCCTGCTGGTTTGGGGGGGTGCGGCCTGTGATTAAAAAAACACTAA‑CCCTATGGCGCTGTGTTCGGCCGCAGAATCAAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGc < 7:399414/137‑1 (MQ=255)
taaTTGCCCTGGTGGTTTGGGGGCTTGCGGCGTGTGATTAAAAACACACTAC‑CGCTATGCCGCTGGGTGCGGGCGCACAAATAAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCa < 6:787045/139‑1 (MQ=255)
cattgggCCTGGTGGTAATGGGCCTTGCGCCCTTTTATGATAAACACAATAA‑CGCTATGGTGCTGGGATCGGGCGCAGAACGTACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTATCTCGCTGCCa < 6:593134/135‑1 (MQ=255)
ggCCTGCTGGTTATGGGGATTGCGGCCGGTGATGATAAACCCACTAA‑CGCTATGGCGCCGGGTTCGGGCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCg < 4:403969/138‑1 (MQ=255)
ggCCTGCTGGTTAGGGGGCTGGCGGCCGGGGATGATAAAGACACTAA‑CGATATGGCGCAGGGTTCGGGCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGa < 6:217213/140‑1 (MQ=255)
ggCCGGGTGTTTTTGGGGGTTGTGGCGTGTTTTTATAAATACACTAA‑CTTTATGGCGCAGGTTTGGTTCGCAGATAGAACCTCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCg < 2:291624/138‑1 (MQ=255)
ggCCGGCTGTTTAGGGGGCTTGCGGCCTGTGATTAAAAACACACAAA‑CGCTAGGGCGCCGGGTGCGGGCCCAGAATGAAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGa < 5:450822/140‑1 (MQ=255)
gctgGTTTTGGGGCTGGCGGCCGGTGAGCATAATCACACTAA‑GGCTATGGCGCTGGGTGCGGTCGCAGAATGTACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGatat < 3:694624/138‑1 (MQ=255)
gctgGTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGatat < 4:923298/138‑1 (MQ=255)
gctgGTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTGCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGatat < 4:771453/138‑1 (MQ=255)
gctgGTTATGGGGCTGGCGGCCTTTGATTATAAACACACTAC‑CGCTATGGCGCTGGGTGCGGCCGCATAAAGAACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGatat < 3:19473/138‑1 (MQ=255)
ctgGTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATgac > 5:254388/1‑140 (MQ=255)
ggTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATgac > 3:32538/1‑138 (MQ=255)
ggTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATgac > 2:580058/1‑138 (MQ=255)
ttATGGGGCTGGCGGCCTGTGATCAAAAATACACTAC‑CGCTATGGCGCTGGGTTCGGTCGCAGAAAGTACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATgaccg < 2:110086/138‑1 (MQ=255)
tGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCACCCTGCTTGATGGCAAGTGAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATgaccgacc > 3:508233/1‑138 (MQ=255)
tGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATgaccgacc > 2:739880/1‑138 (MQ=255)
gggggCTGGCGGCCTGTGATCAAAAAG‑CACAAACCGATATGGCGCAGGGTTCGGCCGCATAAAGTACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATgaccgacc < 7:153555/137‑1 (MQ=255)
gctgggggCCTGTTATTATAATGTCACTAA‑CTCTCTGGCGCTGGGTTCGGGCGAATAATGTAACGCTACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCagag < 7:732411/132‑1 (MQ=255)
cTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGc > 7:164800/1‑138 (MQ=255)
ttGCGGCTGGTTATTATAACGACAATAC‑CGCTATGCGGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGAACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGt < 5:604977/140‑1 (MQ=255)
tggCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAC‑CGCTATGGCGCAGGGGTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCg < 4:502868/136‑1 (MQ=255)
tGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGACTCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGCCCAGAGCgggc > 6:368646/1‑138 (MQ=255)
gCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGTGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGTAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGAACAGAGCGGt > 1:275891/1‑138 (MQ=255)
gCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGt > 1:119081/1‑138 (MQ=255)
cGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCACCCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTa > 2:730474/1‑138 (MQ=255)
cGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGatat > 2:524471/1‑121 (MQ=255)
cGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGatat < 1:524471/121‑1 (MQ=255)
cGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTa > 7:566453/1‑138 (MQ=255)
cGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTa > 8:128530/1‑138 (MQ=255)
gtgtgATCATAACGACACTAA‑CGGTTTGGCGCTGGGGGCGGAGGAAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCt < 2:622518/137‑1 (MQ=255)
tgtgATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGGTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCTGTAAGCTggg > 5:668703/1‑140 (MQ=255)
agtgATGATAAAGTCACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGATCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACAGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCACCGTATATGACCGACCAGAGCGGTAAgattgg > 5:304047/2‑135 (MQ=255)
attaaaaaGACACTAA‑CGCTATGGCGCGGGGTGCGGGCCCACAAAGAACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGaa < 1:331668/133‑1 (MQ=255)
atgatATCGACACTCA‑CGCTAGGGCGCAGGGTTCGGTCGCATAATGTACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGCTCGGTAAGCTGGGaa < 3:523805/138‑1 (MQ=255)
atgatAAAGACACTAC‑CGCTCTGGCGCCGGGTGGGGTCGCAGAATGAACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGaa < 1:860201/138‑1 (MQ=255)
atgatAAACACACTAC‑CGCTAGGGCGCCGGGGTCGGGAGCACAAACAACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGaa < 3:434275/138‑1 (MQ=255)
atgaaAAACACCCTAA‑CTCTCTGGCGCAGGGTGCGGACGCAGAAAGAAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAACTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGaa < 8:412376/138‑1 (MQ=255)
ataaaaaaCACACTAC‑CCCAATGGCGCGGGGTCGGGTCGCCAATAGTACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGaa < 7:89756/133‑1 (MQ=255)
aaacgACACAAC‑CGCTATGGCGCTGGGGGCGGTCCCAGAATGAAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACTCa < 2:652776/134‑1 (MQ=255)
aaaGACACTAA‑CGCTCTGGCGCAGGGTGCGGGCCCCGAAAGTACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAg < 1:174809/138‑1 (MQ=255)
gACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACAAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGcc > 7:316073/1‑138 (MQ=255)
cacacTAC‑CGCTATGGCGCAGGGGTCGGTCGCAGAAAGTACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGcc < 4:702019/137‑1 (MQ=255)
acacAAC‑CGCTAGGCCGCGGGGTTCGGCCGCAAAAAGCACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCa < 1:388008/138‑1 (MQ=255)
cacaAA‑CGCTATGGCGCTGGGTGCGGCCCCAGAACTAACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCaa < 3:278202/138‑1 (MQ=255)
cacTAC‑CGCTTGGCCGCAGGGTTCGGTCCCAGAATTTACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGTCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATa < 6:388958/140‑1 (MQ=255)
aacTAC‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCCCAACCAACCGCGACCGGGAATCCCGTCACCCTGCTTGATGGCAAGGTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATa < 6:743088/139‑1 (MQ=255)
tAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATaa > 3:302615/1‑138 (MQ=255)
tAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAAca > 5:132648/1‑140 (MQ=255)
tAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAAAGCGACCGGGACTCCCGTCAACCTGCTTGTTGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAAca > 5:426300/1‑140 (MQ=255)
a‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGCGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAAca > 3:177138/1‑138 (MQ=255)
a‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAAca > 7:289334/1‑138 (MQ=255)
cggcactGGCGCAGGGCGCGGGCGAATAAAGAACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAAca < 4:635360/132‑1 (MQ=255)
aggCTCTGGCGCCGGGTGGGGTCGCACAATGTAACGCTACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGCTGGCAAGTTAAGGTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGTAACGCAGGCCAATAAca < 7:539651/136‑1 (MQ=255)
cGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAAcat < 2:673511/138‑1 (MQ=255)
tGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGCATCCCGTCAACCTGCTTGATCGCTAGTTAAGTTACTCGCTGCCAGAGGATATGACCGAAGAGAGCTGAAAGCTGGGATCGCAGGCCAATACCATGCTTGta > 6:81087/1‑139 (MQ=255)
ggCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGaa < 2:267440/116‑1 (MQ=255)
gtgcAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAACATGCATGTc > 4:262586/3‑138 (MQ=255)
gcgcAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACg < 3:682404/117‑1 (MQ=255)
gcgcAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAACATGCATGTc > 1:685980/1‑138 (MQ=255)
gcgcAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAACATGCATGTc > 7:483550/1‑138 (MQ=255)
gcAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCGGGGAACGCAGGCCAATAACATGCATGTCTg > 1:91331/1‑138 (MQ=255)
cAGGGTGCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAACATGCATGTCTgg < 4:129906/138‑1 (MQ=255)
ggTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGCCCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAACATGCATGTCTGGTCCGa > 6:563248/1‑140 (MQ=255)
ttCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGCCCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAACATGCATGTCTGGTCCGa > 8:78461/1‑138 (MQ=255)
ttCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAACATGCATGTCTGGTCCGa > 8:298297/1‑138 (MQ=255)
gggcGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAACATGCATGTCTGGTCCGACGCca < 6:675385/137‑1 (MQ=255)
gggcGCACAAAGAACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAACATGCATGTCTGGTCCGACGc < 1:496400/135‑1 (MQ=255)
ggccGCTGAAAGAACCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAACATGCATGTCTGGTCCGACGc < 8:199664/135‑1 (MQ=255)
gcgcccAGAACGTCCCGCGACCGGGAAGCCCGTCACCCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATCTGACCGACCAGAGCGGTAAGCGGGGAACGCAGGCCAATAACATGCATGTCTGGTCCGACGc < 1:436611/133‑1 (MQ=255)
gTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAACATGCATGTCTGGTCCGACGcc > 3:908874/1‑138 (MQ=255)
tCGCATAACGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAACATGCATGTCTGGTCCGACGCcaca < 6:308750/140‑1 (MQ=255)
tCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAACATGAATGTCTGGTCCGACGCca > 3:621220/1‑138 (MQ=255)
tCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTAGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAAGAACATGCATGTCTGGTCCGACGccc > 1:433038/1‑137 (MQ=255)
gAAAGTAACGCGACCGGGCATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAACATGCATGTCTGGTCCGACGCCACAggg > 2:384684/1‑138 (MQ=255)
gAAAGTAACGCGAACGGGAAACCCGTCAACCTCCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGCTTAGGACAGACCATATCGGTAAGCAGGGAACTCAGGCCCATAGCATGCATGTCTGGTCCGACGCCGCAggg > 1:431888/1‑138 (MQ=255)
agaaaCGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAACATGCATGTCTGGTCCGACGCCACAGGGCAg < 4:529000/135‑1 (MQ=255)
gaaaCGCGACCGGGAATCCAGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAACATGCATGTCTGGTCCGACGCCACAGGGCAGa < 2:344033/136‑1 (MQ=255)
|
ATGGCCGTTTATCGAAAGGAAGAAGTCAATGCGCAATCTGGTTAAATATGTCGGAATTGGCCTGCTGGTTATGGGGCTTGCGGCCTGTGATGATAAAGACACTAA‑CGCTATGGCGCAGGGTTCGGTCGCAGAAAGTAACGCGACCGGGAATCCCGTCAACCTGCTTGATGGCAAGTTAAGTTTCTCGCTGCCAGCGGATATGACCGACCAGAGCGGTAAGCTGGGAACGCAGGCCAATAACATGCATGTCTGGTCCGACGCCACAGGGCAGA > NZ_CP022686/2357187‑2357458
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
