Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A30 F2 I0 R1
|
181 |
7914.3 |
8336376 |
98.4% |
8202993 |
136.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,148,122 |
T→G |
16.2% |
S128R (AGT→AGG) |
panF → |
sodium/pantothenate symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,148,122 | 0 | T | G | 16.2%
| 270.6
/ 6.8
| 156 | S128R (AGT→AGG) | panF | sodium/pantothenate symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/89); new base G (23/6); total (61/95) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.08e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
TCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCT > NZ_CP022686/2147984‑2148261
|
tCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCgagtt < 1:628765/140‑1 (MQ=255)
aGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTCCCAGAGTCGTCGGCTGGGGGGGCGGGCgcgtttg > 5:863897/1‑140 (MQ=255)
aGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACAAGAGTCGTGGTAATGTGTGGCTGGCgagtttt > 3:104197/1‑139 (MQ=255)
cTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGagtttgagtttg < 7:385998/140‑1 (MQ=255)
cTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCGGGGGGGGCTGGCGagtttgagtttg > 4:954939/1‑140 (MQ=255)
cTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTAGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGagtttgagtttg < 7:316946/140‑1 (MQ=255)
tGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGCGGGGgagtttgagttttc > 4:60434/1‑138 (MQ=255)
tGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGATGTTGGGTGGGTGGGGAGTTTTAGTTTggtgggtgg > 1:307740/1‑139 (MQ=255)
tGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGGTTGGGTGGGGAGTTTGTATTTTCTGGGTgg > 5:674982/1‑139 (MQ=255)
ggCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcg < 2:670749/140‑1 (MQ=255)
gCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGCGGGGCAGTTTGAGTTTGGTGGTTGcgg > 6:501244/1‑139 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 6:472253/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 6:680740/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 8:305155/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 1:881703/140‑1 (MQ=255)
tATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGa < 2:601108/140‑1 (MQ=255)
tctcGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGa < 8:844558/140‑1 (MQ=255)
tctcGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGa < 8:840399/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACATTGCGGGGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGTGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 5:12539/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 5:940528/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 3:30583/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 1:1000349/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 1:234648/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGATGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 8:45039/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTATGGTGTGGGTGGCGAGGTTTTGTTTGGGGGTTGCGGTGGTTGGTGCGATGAGCGTg > 3:140879/1‑140 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGGCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 2:852180/140‑1 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGGGGTGTGGGGGGGGAGGTTGTGTTTTGGGGTTGGGGTCGTTGGTGGGGTGACCggggg > 1:18358/1‑136 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTGGGGGGGGAGGTTGTGGTTGGGGGTTGGGTTGGGTGGTGGGATGGCCgggga > 1:982930/1‑136 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGGGTGGGGGGGGAGGTTTTGTTTGGTGGTTTGGGTAGTTGGTGGGAGGGCCGTggc > 7:341095/1‑138 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGGTGGGGAGTGTGTGTTTGGGGGGTTCGGTGGTTGGTGCGCTGACCGTGCa > 4:310658/1‑140 (MQ=255)
gaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGt < 7:496635/140‑1 (MQ=255)
cTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTGGCGGGGGAGGTTGAGTTTTGGGGTTGCGGTCGGTGGGGCGCTGGCCGGGCAGGTTATcggcggggg > 4:400179/1‑137 (MQ=255)
gcgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGGGGTGTGGGGGGCGAGTTTGAGTTTGGTGGTTGGGTTCGGTGGTGGGATGCCCGGGGCGTTTTTAGGGGGTgcgcg > 4:181912/1‑140 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgcgc < 5:475689/140‑1 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgcgc < 7:363909/140‑1 (MQ=255)
cgccgcTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGGGGGGTGGGGGGGGTGGTTGAGGTTTCTGGTTGCGTTGGGTGGGGGGATGCCCGTGGAGTTTATCGGCGGTGCGCGccc > 1:1045177/1‑139 (MQ=255)
ccgcTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGGGTGGGGTGGGTGGCGGGCGTTTGTTTGCTGGTTGGGTTGGGTGGTGGGCTGTACGGGGCGTTTTTGGGGGGGGGGCGCctgc > 5:153074/1‑140 (MQ=255)
ccgcTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCGGGGGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCGGGTTGCGTTCGGTGGGGGGATGCACGTGCAGGTTATAGGCGGTGCGCGCcggc > 4:749238/1‑140 (MQ=255)
tGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGCGGGCGAGTTTGAGGTTGCTGGTTGCGTTCGGTGGTGGGATGGCCGTGCAGTTTATCGGGGGTGCGCGCCTGCGGGaaaacc > 1:829632/1‑137 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 3:400179/140‑1 (MQ=255)
cGGGGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGGGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 7:607353/140‑1 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCGGGTGTGGCGGGCGAGTTTGAGTTTTCGGGTTGCGGTCGTTGGTGCGATGGCCGTTCTGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCTGTAAACCgcggc > 8:813660/1‑140 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGGTGGCGAGTTTGGGTTTGCTGGTTGCGGTCGTTGGTGGGATGGCCGTGCAGTTTTTCGGCGGTGCGCGCCTGGAGGGAACcgccgc > 4:1020831/1‑140 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGGGTGGCGGGGGAGGTTGAGTTTTGTGGTTGCGTTGGGTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCgcggc > 7:991999/1‑140 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGGGTTGTGTGGGGGGCGAGTGTGTGTTTGGTGGGTGGGGTCGTTGGTTGGGAGAGCGTGGCGGTTATCGGCGGGGCGCGCCGGCTGGGACACgcgggg > 2:621003/1‑138 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGTGTGGCGGGGGAGTTTTTGTTTGGTGGTTGGGTTCGGTGGGGGGATGACCGGGCAGTTTATATGGGGGGCGCGCCGGCTGGAAACCgccgcg > 1:532691/1‑140 (MQ=255)
aCGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGTGTGGGGGGCGCGTTTGTGTTTGGTGGTTGCGGTCGTTTGTGCGATGGCCGTGGAGTTTTTAGGCGGTGGGCGCCGGCTGGAAACCGCGGCggg > 1:731001/1‑140 (MQ=255)
aCGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGTGGGGGGGGCGCGTTTTAGTTTTCTGGGTGCGGTCGTTGGTGGGGTGGACGGGCAGTGTATCGGCGGTGCGCGCCGGCTGGCAACCCCGGCggg > 5:113524/1‑140 (MQ=255)
gCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCTAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCTTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTa < 6:134362/140‑1 (MQ=255)
gCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGGGTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTa < 1:822258/140‑1 (MQ=255)
gAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGCGGGGGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGGGTTCGTTGGTGCGATGACCGGGGAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGtttta > 4:936748/1‑139 (MQ=255)
tatGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGGGTGGCTGGGGAGGTTGTGTTTGGGGGTTGGGGTGGTTGGTGCGGTGTCCGGGGAGTTTATCGGCGGTGCGCGGCGGCTGGAAACCGCGGCGGGTTTTCCTTAtt > 6:411866/1‑139 (MQ=255)
tatGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTTGCTGGAGAGGTTGAGTTTGGTGGTTGGGTTCGTTGGTGGGCTGGACGTGCTGTTTTTAGTCGTGGCGCGCCGGGTGGGAACCGGGGCGGGTTTTccgtttt > 8:913239/1‑135 (MQ=255)
tGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGGGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTAGTTGGTGGGCTGACCGTGCAGTTTATAGGCGGTGCGCCCCTGCGGGAAACCGCTGCGGGTATTACTTATTAGAcc > 4:696943/1‑140 (MQ=255)
tGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGTGGGGGGGGGGGGGAGGGTGAGTTTGATGGGTGGGTTCGGTTGTGCGGGTGCCGTGGAGGTTTTCTGGGGTGCGCGGCAGCTGTGAAACGCGGGTGGTCTTTCTTATTAAACCCGgc > 8:83656/1‑140 (MQ=255)
cGCTACCAGAGGCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGgctgct < 5:989973/140‑1 (MQ=255)
cTACCAGAGTCGTGGTCGGGTGTGGCGGGGGAGGTTGAGTTTTCTGGTTTGGGTGGTTGGTGCGCTGACCGTGCAGTTTATCGGCGGGGCGCGGCCGGTGGAAACCGCGGCGGGGCTTCCATTTGAAACCGGgctgcggg > 8:127329/1‑137 (MQ=255)
ccAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGAttt < 2:247809/140‑1 (MQ=255)
tgagTAGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGATTGCTGGTTGCGTGCGTTCGTGCGATGACCGTGCTGTTTATCGGCTGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTc < 7:572484/139‑1 (MQ=255)
agagTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGTTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTc < 7:813660/140‑1 (MQ=255)
attcgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCgg < 3:394936/138‑1 (MQ=255)
gtcgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTCTCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 1:367138/140‑1 (MQ=255)
ggtgttctGGGGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTGCGTTTGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 5:659273/136‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGTTGTGGCTGGCTAGGTGGAGTTTGCTGTGAGCGTTCGTTGGTGCGATGACAGTGCAGTTTATCGGCTGTTCTAGCCTGCTGGAAACCGAGGCGTGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCTGTAt < 3:602257/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGGGGCTGGCGAGGTTGAGGTTGCTGGTTGCGTTCGTGTGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 7:121170/140‑1 (MQ=255)
gtggtctGGTGTGGCTGGCGAGGTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTAGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCGGCTGGAAACCGCGGCGGGTTTTACTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTAGGTAta > 4:307619/5‑139 (MQ=255)
gtcgtatGGTGTGGCGGGCGAGTTTGAGTTTTCGGGGTGCGTTAGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCCCGGCGGGTTTTACTTATTAAACCGGGCGGCTGAGTTTAGGGAta > 4:871863/7‑139 (MQ=255)
tcatctGGTGTGGCTGGCGAGGTTGAGTTTTCTTGTTGCGTTAGTTGTTGGGATGAACGAGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCCGCGGGGATTACTAATGATAACCGGCTGGAGAATTTAGGTATCa > 6:910769/4‑140 (MQ=255)
tctGTTGTGGCTTGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGGTCGTTGGGGCGATGACCTGGCAGTTTATCGGCGGTGCGAGCCTGCTGGAAAGCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGTCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 5:786317/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 6:851669/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 2:22079/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 2:1045177/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 5:309624/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGGTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGGGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 1:275642/140‑1 (MQ=255)
gctGGTGTGGGTGGAGAGTTTGAGTGTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTTGAAACCGCGGCTGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 6:677535/139‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 6:426793/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 3:9017/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGGTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGATATCAGCAtt < 3:489530/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGGTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGATGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTGTGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 5:461804/140‑1 (MQ=255)
tGGGGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTGGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 3:749238/140‑1 (MQ=255)
gggggtgGCTGGCGAGTCTGCGTTTGCTGGGTGCGTGCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTCTCGGCGGTGCGCGCCTGCGGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 8:273908/136‑1 (MQ=255)
gtgtGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGc > 4:994468/1‑140 (MQ=255)
gtgtGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCACCATTGc > 7:240906/1‑140 (MQ=255)
gtgtGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCCGGTATTACTTAATAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATAAGCAtttc > 3:14748/1‑138 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGATTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTAGCGGCGGTGCGCGACTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 2:395260/140‑1 (MQ=255)
ggtgGCTGGCTAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCGGTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCTCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 1:658655/139‑1 (MQ=255)
ggtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCGGGTTGCGTGCGTTGGTGCGATGACCGGGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 6:36731/139‑1 (MQ=255)
ggtgGCTGGCGAGTTTGAGGTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 1:397495/139‑1 (MQ=255)
gtgGCTGGGGAGGGTGAGTGTGCTGGGTGGGTGGGTTGGGGCGATGCCCGGGCAGTTTTTCGGCGGGGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCGGCTGATTTTCGGTAGCAGCATTGCGt < 8:567464/140‑1 (MQ=255)
gtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGt < 3:994468/140‑1 (MQ=255)
gtgGCTGGCGAGTTTGAGATTGCTGGTGTCTGTCGATGGTGCGATGACCTGTCAGTATATCGGCGGTGCTCGCCTGATGGAAACCCCGGCTGGTATTCCTTATGAAACCGGCCTGCTGATTATCGGTATCAGCATTGCGt < 2:969567/140‑1 (MQ=255)
gtgGCGGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATGGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGt < 4:382947/140‑1 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 1:441247/1‑140 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 6:645890/1‑140 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTGGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGt > 7:14047/1‑140 (MQ=255)
ggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGtata < 5:304068/140‑1 (MQ=255)
ggcGAGTTTGAGTGTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCTTGCAGGTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGtata < 1:771707/140‑1 (MQ=255)
cGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATAcc > 6:873024/1‑140 (MQ=255)
cGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGATTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGAGGCGGGTATTCCTTATGAAACAGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATAcc > 5:945014/1‑140 (MQ=255)
tttgagtttgCTGGTTGCGTTCGTTTGTGCGATGAGCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCATGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCt < 8:84982/140‑1 (MQ=255)
|
TCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGTATACCGCCT > NZ_CP022686/2147984‑2148261
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
