Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F14 I0 R1
|
127 |
310.1 |
10402230 |
94.2% |
9798900 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
234,994 |
G→T |
18.8% |
S77* (TCA→TAA) |
ykfM ← |
lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 234,994 | 0 | G | T | 18.8%
| 481.4
/ 22.7
| 246 | S77* (TCA→TAA) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (107/80); new base T (27/32); total (134/112) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.36e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
CAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACA > CP009273/234847‑235141
|
cAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGa < 1:1203061/149‑1 (MQ=255)
aGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGAt < 1:929904/149‑1 (MQ=255)
ggggTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGAtt > 2:809342/1‑149 (MQ=255)
gggTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAATAATGAttt > 1:2800214/1‑149 (MQ=255)
tGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATATCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttat < 2:3598008/149‑1 (MQ=255)
tGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttat < 1:4250082/149‑1 (MQ=255)
gATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAATGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttatt < 1:2701833/149‑1 (MQ=255)
gATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttatt < 1:4737544/149‑1 (MQ=255)
tAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTtattat > 1:196044/1‑149 (MQ=255)
tAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTtattat < 2:5186048/149‑1 (MQ=255)
tAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTtattat < 2:3017517/149‑1 (MQ=255)
aTTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAAATATTTtattatag > 1:3640651/1‑147 (MQ=255)
ttAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGATCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCgt < 2:3180640/149‑1 (MQ=255)
ttAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCgt > 2:2777535/1‑149 (MQ=255)
aGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCgtaa > 2:3655377/1‑149 (MQ=255)
aGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCgtaa > 1:4222099/1‑149 (MQ=255)
gTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATCgtaag > 1:2111791/1‑149 (MQ=255)
gTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCgtaag > 1:2535847/1‑149 (MQ=255)
aCATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATGATTTTTTTATATTAAATaaaaa > 1:3070596/1‑148 (MQ=255)
aCATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATAGTAATTaaaaa > 1:2988554/1‑148 (MQ=255)
aCATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAAt < 2:230157/149‑1 (MQ=255)
aCATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTTATTAATAAATATTTTATTATAGTAAGTAAAAt > 1:907741/1‑149 (MQ=255)
tCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACAt < 1:3788537/149‑1 (MQ=255)
ccTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATg < 2:1975741/149‑1 (MQ=255)
tgtgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGaa < 2:136925/149‑1 (MQ=255)
tgtgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGaa < 2:3898833/149‑1 (MQ=255)
cAAAACGAGCTATTAAAGGTTCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATAttt < 2:4106665/149‑1 (MQ=255)
aatgagaTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACTTGAATATTTaaa < 1:5119647/146‑1 (MQ=255)
aaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTTAGAATGATTTTTTTATAGTAATTAAAATTAAAAGAATATTTaaa > 1:3521039/1‑149 (MQ=255)
aGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATGAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTaaaa > 2:5041831/1‑149 (MQ=255)
aGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTaaaa > 2:1096/1‑149 (MQ=255)
ggAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTTATAATGATTTTATTATCGTAAATAAAAATACATGAATATTTaaaaa > 1:1018707/1‑149 (MQ=255)
aGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAgg > 2:628928/1‑149 (MQ=255)
aGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAgg < 1:3183070/149‑1 (MQ=255)
cTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaa > 2:3673364/1‑149 (MQ=255)
cTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaa > 2:1071267/1‑149 (MQ=255)
cTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaa < 1:716356/149‑1 (MQ=255)
tATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaaa > 2:1971776/1‑149 (MQ=255)
tATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaaa > 2:2101592/1‑149 (MQ=255)
aTTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaaaa < 1:642303/149‑1 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAAAGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAAc > 1:2971837/1‑149 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAg < 1:400175/143‑1 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAc < 2:3020428/149‑1 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAc < 2:4535421/149‑1 (MQ=255)
aaaGGTTCTATTACGATAGCAATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGATGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑a < 2:4673842/149‑1 (MQ=255)
aaaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑a < 2:718727/149‑1 (MQ=255)
aaGGTGCTATTACGATAGCTATTATTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑Ac < 2:856417/149‑1 (MQ=255)
gCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATTATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACAAGAATATTTAAAAATGAAAACG‑ACATGaa > 1:1559336/1‑149 (MQ=255)
gCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGTATATTTAAAAAGGAAAACG‑ACATGaa > 2:313701/1‑149 (MQ=255)
gCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAAAG‑ACATGaa > 2:313230/1‑149 (MQ=255)
cTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAAATACATGAATATTTAAAAATGAAAACG‑ACATGaaa > 1:2423974/1‑149 (MQ=255)
tATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑ACATGAAAc > 2:3246670/1‑149 (MQ=255)
aTTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAATAATGATTTTATTATAGTTATTTAAATTAAAAGAATATTTAAAAATGAAAAAG‑ACATGaaaac > 1:1386374/1‑147 (MQ=255)
tACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTTAGTAAAAATACATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑ACATGAAAACGa > 1:4601850/1‑149 (MQ=255)
ttAGATATTTTTAAAAATATAATATTTTGTTTTATTTTTTTTTCTGTGGCGAATTTGACTACTTTCGTTTTTTTTATTAAGATTTATTTTTTTATCTTAATTAAATTTACTTTATTATTTAAAAAGTAACACG‑ACATGAAACCGAAGca < 2:600627/148‑1 (MQ=255)
aTAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTATTAATTATTTTTTTATAGTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAATGAAAAAG‑ACATTAAAACGAAGca > 1:525270/1‑149 (MQ=255)
cTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑ACAAGAAACCGAAGCACAGa > 1:4305160/1‑149 (MQ=255)
tATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAATAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑ACATGAAACCCAAGCACAGaa > 2:908545/1‑149 (MQ=255)
ttattaAAAATATAATAGTTAGGTTTTTTTTTTTGTCTGTGGCTAAATTGAATACCTTTTTTTTTTTTTTTAAGAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATc < 2:4014037/149‑1 (MQ=255)
ttAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATGTATATTTAAAAATGAAAAAG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATc > 1:2509232/1‑149 (MQ=255)
ttAAAAATATATGTGTTTGCTGTATTTTTATGTCTGTGGCGAAATTTACTACCTTCTTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAAc < 2:1545525/148‑1 (MQ=255)
aaaaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAAAGAAAATTTAAAAAGGAAAAAG‑ACATGAAACCGAATCACAAAATaaaaaa > 1:4666807/1‑146 (MQ=255)
aaaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTTTTTTAGAATTATTTTTTTTTAGTAAGTAAAAATAAAAGAATATTTAAAAAGGAAAAAGAACAT‑AAACCGAAGCACAGAAAAAACaat > 1:2202530/1‑147 (MQ=255)
aaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATtct > 2:2573321/1‑149 (MQ=255)
taAGTGTTCGCTGTATTTTTATGTCTGTGGCGAAATTGACGACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCaa < 2:1500318/149‑1 (MQ=255)
aaGTGTTTGCTTTATTTTTTTGTCTTTGGCTAAATTGACTACATTGGTTTTTTTTATTAATATTGATTTTATTATCTTAAGAAAAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAt < 1:771711/149‑1 (MQ=255)
aaGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAAAATTCTACAAt > 2:1221394/1‑149 (MQ=255)
aaGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAAATATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAAAATTTAAAAAGGAAAACG‑ACAATAAACCCAAGCACAGAAACAACAATATCCaaa > 1:1239552/1‑148 (MQ=255)
agagTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTTTTATAGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAAAG‑ACATGAAACCCAAGCACAGAATAAACATTCTACAAta > 1:1155978/1‑148 (MQ=255)
agTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATTATTTTTTTATAGTAAGTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAAAT‑AAATGAAAACGAAGCACAGAATAAACATTCTACAAtaaa > 2:4770587/1‑146 (MQ=255)
tttAGATTTATTGTTTTGTCTTTGGCTAAATTTAATACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGTAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATa < 1:3412202/148‑1 (MQ=255)
gTTAGCTTTATTTTTTTGTCTGTGGCTAAATTGACTACATTCTTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGTAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATa < 2:722225/149‑1 (MQ=255)
ttAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑ACATTAAACCGAAGCACAGAATCAACATTATCCAAtaataa > 2:4842192/1‑149 (MQ=255)
tGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAACATAAAatat > 2:2474427/1‑149 (MQ=255)
gTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTTAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGt > 2:4023899/1‑149 (MQ=255)
gTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAACATAAAAAATTTACGt > 2:3507067/1‑149 (MQ=255)
gTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTTAGTAAAATTACATGTATATTTAAAAATGAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGCATCAACATTCTCCAATCATAAAATAtttgagt > 2:3505606/1‑145 (MQ=255)
ttGTCTGTGGATAATTTTAATACATTCTTTTTTTTTATTATTATTTATTTTTTTATCTTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAATTAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGa < 1:3190437/148‑1 (MQ=255)
aTGTGTGTGGCGAAATTTACTACATTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGa < 2:1661275/149‑1 (MQ=255)
gTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTAATTAAAAATAAAAGAATATTTAAAAAGGAAAAAG‑ACAAGAAACCCAAGCACACAAAAAACAATATACAAACATAAAATATTTCAGTGGAGc > 1:3299183/1‑149 (MQ=255)
tCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAAAGAATATTTAAAAAGGAAAAAG‑ACAAGAAACCGAATCACAAAAACAACAATATACAAACATAAAAAATTTAAGTTGAGCa > 2:4792585/1‑149 (MQ=255)
gctaaaTTCACTACCTTCTTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttat < 1:4211307/146‑1 (MQ=255)
aaaTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATTTTTAAAAAGTAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTtattat < 2:1859205/149‑1 (MQ=255)
aaaTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTtattat > 2:1256398/1‑149 (MQ=255)
aaTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTAATATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTACAATCATAAAATATTTACGTGGAGCATTTTattatt > 2:2857254/1‑149 (MQ=255)
aTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑AAATTAAAACGAAGCACATAAACAACATTATCCAATAATAAAATATTTAAGTGGATCATTTTattattt > 2:4949623/1‑148 (MQ=255)
tGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGaa < 2:4182834/149‑1 (MQ=255)
gACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAAAAATTAAAAAGGAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCACCAATCAAAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAat > 2:835526/1‑149 (MQ=255)
ttCTTTTTTTTTATTATTATTTTTTTTTTTATCGTAAGAAAAATTACATTAATATTTAAAAAGCAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAgg < 1:5041706/149‑1 (MQ=255)
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ttttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACt > 1:4644926/1‑149 (MQ=255)
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ttAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTa > 2:765333/1‑149 (MQ=255)
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gAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaa > 2:1815098/1‑149 (MQ=255)
gAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaa > 2:4389527/1‑149 (MQ=255)
aaTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaaa > 1:902255/1‑149 (MQ=255)
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CAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACG‑ACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACA > CP009273/234847‑235141
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
